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Home製品・サービス情報バイオインフォマティクス・ソフトウェア>AptaIT社製 AptaAnalyzer-SELEX

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- AptaIT
AptaAnalyzerTM-Peptide
AptaAnalyzerTM-SELEX
AptaAnalyzerTM-BCR
AptaAnalyzerTM-TCR

AptaIT社製 次世代シークエンス解析ソフトウェア
AptaAnalyzer
TM-SELEX アプタマー解析ソフトウェア
Lineup
AptaAnalyzerTM-Peptide / AptaAnalyzerTM-SELEX / AptaAnalyzerTM-BCR / AptaAnalyzerTM-TCR


概要


AptaAnalyzerTM-SELEXは、AptaIT社(ドイツ)が開発した、次世代シークエンサー(次世代シーケンサー)を用いたアプタマー選別実験用の解析ソフトウェアです。SELEX(Systematic Evolution of Ligands by Exponential enrichment)法により選別したアプタマー配列の解析作業を効率化し、目的とする配列データを容易に得ることができます。


SELEX実験データの管理



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◆完全なワークフロー

AptaAnalyzerTM-SELEXは、とても直感的な完全なワークフローをサポートしています。FASTQあるいはFASTAなどの生データを解析してデータセットを保存、実験データを分析して、分析結果をまとめたテーブルデータと、論文などの出版物にそのまま使用できるレベルのグラフを作成します。


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◆実験のデジタル化

実験データは、プロジェクトやサブプロジェクト内のデータベースに統合されます。その際、「Sequence Parts Editor」では、アプタマー配列内の定常領域(左図の濃い灰色部分)と可変領域(左図の薄い灰色部分)の定義が可能で、複数の定常領域と可変領域をもつ複雑な分子の定義を行うことができます。


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◆迅速な意思決定

迅速かつ簡単なNGSデータの解釈と、出版物に使用できるレベルの各種データの容易な作成は、NGSデータを有効利用する際に重要です。AptaAnalyzerTM-SELEXでは、出版物レベルのグラフ作成と、データ出力値のExcelファイル出力が可能です。


テーブルビュー



◆フルクローンオーバービュー

AptaAnalyzerTM-SELEXのクローンレベルオーバービューでは、ユーザーが定義した定常領域と可変領域ごとに列が区切られた、全配列のリストが表示されます。

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◆可変領域

可変領域は、2レベルのテーブルで詳細情報が表示されます。トップテーブルでは、各ファミリーのリーダー配列が表示され、ミドルテーブルでは、選択されたファミリーメンバーの配列が表示されます。

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◆実験データへの導入

同定されたクローンのリストは、ユーザー定義の列を追加することが可能です。例えば、結合定数の様な実験データに、特定のスコアやクローン特徴的な他の情報を含め、データベースに保存することが可能です。

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◆フィルターの使用

任意の検索条件にマッチしたクローンのみを表示する様に、カスタム定義のテーブルフィルターを適用することができます。ユーザー定義列の情報も、フィルター条件に使用可能です。

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◆データのエクスポート/インポート

フィルターの適用・非適用ともにテーブルはCSVファイルとしてエクスポート可能で、Excelや他のサードパーティーソフトウェアで読み込むことができます。新たな列を追加したテーブルをインポートし直すことで、テーブルの配列情報データベースを更新することも可能です。

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単一データセットの解析グラフ



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◆クローン分布

バーチャートでは、定義された配列領域のクローン頻度を視覚化します。左図は、SELEX 7ラウンド目の配列データを表示したものです。


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◆長さの分布

バーチャートでは、配列のランダム領域の長さを視覚化します。左図は、SELEX 7ラウンド目の配列データを表示したものです。


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◆ヌクレオチド分布

積み重ねバーチャートでは、定義された可変領域のヌクレオチド分布を表示し、スタートライブラリーのクオリティー評価や、配列の保存領域や可変領域を同定することが可能です。グラフのデータ値はエクスポート可能で、Excelや他のサードパーティーソフトウェアで読み込むことができます。


比較データセットの解析グラフ



◆配列の追跡

バーチャートでは、ラウンド回数などの複数実験間で、配列頻度の追跡が可能です。グラフでは、様々なレベルの詳細情報を確認可能で、例えばファミリー配列のバーをクリックすると、そのファミリーメンバーの頻度グラフが表示されます。

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◆配列の比較

スキャッタープロットでは、選抜回数などの2実験間で、完全クローンまたは定義された配列領域の頻度分布を比較することが可能です。グラフでは様々なレベルの詳細情報を確認可能で、例えば、ファミリー配列のドットをクリックすると、そのファミリーメンバーの頻度グラフが表示されます。また、配列データは、CSVファイルでエクスポートが可能です。

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◆配列の分布

ベン図では、複数実験間で存在する配列を同定することが可能です。例えば、右のベン図上の黄色のセグメントをクリックすると、A(ラウンド5)とB(ラウンド6)に共通に存在し、C(別ラウンド6)には存在しないすべての配列を抽出します。

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ソフトウェア・メーカー資料ダウンロード


 https://ngsdataanalysis.com/donwload/


システム要求


OS Windows 7(64bit)以上 or MacOSX Ver.10.8以上
Hardware Intel Core i5 2.7GHz, 8GB DDR3-1600(Smaller dataset:2-3 Mio reads)
Intel COre i7-7700K 4.2GHz, 64GB DDR4-2133(Bigger dataset:8 Mio reads)


ライセンスタイプ


回数制ライセンス 解析可能なデータセット数に制限があるライセンスです。テクニカルサポートは非対応です。
年間ライセンス 解析可能なデータセット数に制限がなく、1年間使用できるライセンスです。
電話あるいは電子メールによるテクニカルサポートに対応します。


価格


商品名 ライセンスタイプ 税別価格 カタログ#
AptaAnalyzerTM-SELEX 回数制ライセンス(10データセット) アカデミック:お問合せ F-AP-SE-A10
コマーシャル:お問合せ F-AP-SE-C10
回数制ライセンス(50データセット) アカデミック:お問合せ F-AP-SE-A50
コマーシャル:お問合せ F-AP-SE-C50
回数制ライセンス(100データセット) アカデミック:お問合せ F-AP-SE-A100
コマーシャル:お問合せ F-AP-SE-C100
回数制ライセンス(250データセット) アカデミック:お問合せ F-AP-SE-A250
コマーシャル:お問合せ F-AP-SE-C250
回数制ライセンス(500データセット) アカデミック:お問合せ F-AP-SE-A500
コマーシャル:お問合せ F-AP-SE-C500
年間ライセンス アカデミック:お問合せ F-AP-SE-AY
コマーシャル:お問合せ F-AP-SE-CY
* 全てUSBドングルを使用し、ライセンスを管理します。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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