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Home製品・サービス情報バイオインフォマティクス・ソフトウェア>AptaIT社製 AptaAnalyzer-BCR

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- AptaIT
AptaAnalyzerTM-Peptide
AptaAnalyzerTM-SELEX
AptaAnalyzerTM-BCR
AptaAnalyzerTM-TCR

AptaIT社製 次世代シークエンス解析ソフトウェア
AptaAnalyzer
TM-BCR BCRプロファイリング解析ソフトウェア
Lineup
AptaAnalyzerTM-Peptide / AptaAnalyzerTM-SELEX / AptaAnalyzerTM-BCR / AptaAnalyzerTM-TCR


概要


AptaAnalyzerTM-BCRは、AptaIT社(ドイツ)が開発した、次世代シークエンサー(次世代シーケンサー)を用いたBCR(B-cell Receptor)解析と抗体同定を行うソフトウェアです。BCRレパトアのプロファイリングによる免疫システム状態の解析と、治療や診断に用いる新規抗体の同定を効率的に行うことが可能です。


BCR 免疫状態データの管理



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◆完全なワークフロー

AptaAnalyzerTM-BCRは、とても直感的な完全なワークフローをサポートしています。FASTQあるいはFASTAなどの生データを解析してデータセットを保存、実験データを分析して、分析結果をまとめたテーブルデータと、論文などの出版物にそのまま使用できるレベルのグラフを作成します。


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◆実験のデジタル化

実験データは、プロジェクトやサブプロジェクト内のデータベースに統合されます。その際、グラフィカルな「Parser」で、ヒト、マウスあるいはウサギの重鎖と軽鎖の自由なパラメーター設定を可能にします。


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◆迅速な意思決定

迅速かつ簡単なNGSデータの解釈と、出版物に使用できるレベルの各種データの容易な作成は、NGSデータを有効利用する際に重要です。AptaAnalyzerTM-BCRでは、出版物レベルのグラフ作成と、データ出力値のExcelファイル出力が可能です。


テーブルビュー



◆フルクローンオーバービュー

AptaAnalyzerTM-BCRでは、モノクローンレベルの結果が表示されます。自動的に同定された重鎖と軽鎖の全配列のリストを含み、柔軟に解析に使用するために、それらはV領域、CDR3領域、J領域ごとに列が区切られて表示されます。フィルターの適用・非適用ともにテーブルはCSVファイルとしてエクスポート可能で、Excelや他のサードパーティーソフトウェアで読み込むことができます。

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◆CDR3領域の詳細

可変領域(CDR3領域)は、3レベルのテーブルで詳細情報が表示されます。トップテーブルでは、各ファミリーのリーダー配列が表示され、ミドルテーブルでは、選択されたファミリーメンバーの配列、ボトムテーブルでは、選択クローンのDNAレベルの配列が表示されます。テーブルビューはそれぞれ連動していて、選択した領域に合わせて変化します。

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◆フィルターの使用

任意の検索条件にマッチしたクローンのみを表示する様に、カスタム定義のテーブルフィルターを適用することができます。

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単一データセットの解析グラフ



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◆クローン分布

バーチャートでは、定義された配列領域のクローン頻度を視覚化します。左図は、ヒト IGH CDR3領域を表示したものです。


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◆CDR3 スペクトルタイピング

バーチャートでは、定義された配列領域の長さを視覚化します。左図は、ヒト IGH CDR3領域を表示したもので、ガウス分布は、バイアスのない免疫システムを反映しています。


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◆領域の連結度

ヒートマップでは、CDR3sとV遺伝子の組み合わせ頻度を可視化します。赤あるいは黄色でマークされた組み合わせが、高い頻度で見られたものとなります。


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◆アミノ酸分布

積み重ねバーチャートでは、定義されたCDR3領域のアミノ酸分布を表示し、配列の保存領域や可変領域を同定することが可能です。グラフのデータ値はエクスポート可能で、Excelや他のサードパーティーソフトウェアで読み込むことができます。


比較データセットの解析グラフ



◆配列の追跡

バーチャートでは、別サンプルやタイムポイントなどの複数実験間で、CDR3配列頻度の追跡が可能です。グラフでは、様々なレベルの詳細情報を確認可能で、例えばリーダー配列のバーをクリックすると、そのファミリーメンバーの頻度グラフが表示されます。

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◆配列の比較

スキャッタープロットでは、別タイムポイントや重複サンプルの外れ値の検出などの2実験間で、頻度分布を比較することが可能です。グラフでは、様々なレベルの詳細情報を確認可能で、例えばリーダーCDR3配列のドットをクリックすると、そのファミリーメンバーの頻度グラフが表示されます。

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◆配列の分布

ベン図では、複数実験間で存在するBCRまたはCDR配列を同定することが可能です。例えば、右のベン図上のオレンジ色のセグメントをクリックすると、AとBに共通に存在し、CとDには存在しないすべての配列を抽出します。

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ソフトウェア・メーカー資料ダウンロード


 https://ngsdataanalysis.com/donwload/


システム要求


OS Windows 7(64bit)以上 or MacOSX Ver.10.8以上
Hardware Intel Core i5 2.7GHz, 8GB DDR3-1600(Smaller dataset:2-3 Mio reads)
Intel COre i7-7700K 4.2GHz, 64GB DDR4-2133(Bigger dataset:8 Mio reads)


ライセンスタイプ


回数制ライセンス 解析可能なデータセット数に制限があるライセンスで、AptaAnalyzerTM-Peptideの機能も使用できます。
テクニカルサポートは非対応です。
年間ライセンス 解析可能なデータセット数に制限がなく、1年間使用できるライセンスで、AptaAnalyzerTM-Peptideの機能も使用できます。
電話あるいは電子メールによるテクニカルサポートに対応します。


価格


商品名 ライセンスタイプ 税別価格 カタログ#
AptaAnalyzerTM-BCR 回数制ライセンス(10データセット) アカデミック:お問合せ F-AP-BR-A10
コマーシャル:お問合せ F-AP-BR-C10
回数制ライセンス(50データセット) アカデミック:お問合せ F-AP-BR-A50
コマーシャル:お問合せ F-AP-BR-C50
回数制ライセンス(100データセット) アカデミック:お問合せ F-AP-BR-A100
コマーシャル:お問合せ F-AP-BR-C100
回数制ライセンス(250データセット) アカデミック:お問合せ F-AP-BR-A250
コマーシャル:お問合せ F-AP-BR-C250
回数制ライセンス(500データセット) アカデミック:お問合せ F-AP-BR-A500
コマーシャル:お問合せ F-AP-BR-C500
年間ライセンス アカデミック:お問合せ F-AP-BR-AY
コマーシャル:お問合せ F-AP-BR-CY
* 全てUSBドングルを使用し、ライセンスを管理します。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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