【他のソフトウェアとの違い】
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他のソフトウェア |
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FCS Express7 |
他のソフトウェアは、基本的なプロットと統計を生成するだけです。
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他のソフトウェアパッケージを使用すると、基本的なプロットと統計のみが得られるため、外部ソフトウェアパッケージにコピー＆ペーストして最終結果を作成する必要があります。最終結果に到達する前に、複数の外部ツールを使用して、スプレッドシート、グラフ、PowerPoint、出版用の図、およびRスクリプトを作成する必要があります。 |
FCS Expressは、結果を取得するための完全に統合された分析、統計、グラフ作成、およびレポート作成ツールです。
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FCS Expressは、統合されたスプレッドシートを利用するため、ゲートが変わるとグラフと統計が更新されます。すべてのグラフィックは、高解像度でPowerPointに直接エクスポートされます。また、分析から公開の準備が整った結果に簡単に移行できる様に、個々のグラフィックを最大700DPIでエクスポートすることもできます。 |
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【操作画面】
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操作画面は、Microsoft Power Pointと同じインターフェイスを採用しているので、簡単に操作することができ、Microsoft
Officeで使える様なショートカットキーを同じ様に使うことが可能です。面倒な操作方法を覚えることなく、直感的な操作で迅速かつ効率的にデータ解析を行えます。 |
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【統合されたスプレッドシート】
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FCS Expressのスプレッドシートは、Excelの多くの一般的な書式設定機能を共有しているため、2つのソフトウェアパッケージを開いたり、コピーしたりすることなく、並べ替え、マージ、条件付き書式設定の使用、列/行の挿入/削除、テキストの書式設定などを行うことができます。
さらに、Microsoft Excelが提供するほとんどすべての数式の機能と円グラフ、棒グラフ、散布図、回帰グラフ作成は、FCS Expressに含まれており、数式の結果をプロットまたはゲートベースの統計に直接リンクできるという利点もあります。ゲートを移動し、p値、t検定、その他の高度な統計情報をすぐに更新できます。 |
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【プロット機能】
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プロットは、フォント、カラー、タイトルなど、カスタマイズすることが可能です。
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【ゲーティング機能】
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ゲーティングは、複数のゲートを組み合わせたり、ゲート内のプロットを強調させたり、ゲート内のプロットを抜き出すなど、様々な機能があります。また、各ゲート内のイベント数や統計情報を簡単に表示させることができ、ゲートを移動させた場合でも、リアルタイムで即座に数値が更新されます。
| ・四角形 |
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・1D gates |
| ・楕円形 |
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・4分割 |
| ・多角形 |
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・ウェルゲート（96well plates） |
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・フリーフォーム |
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など |
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（Emphasizing Gated Populations）
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Emphasizing Gated Populationsは、ドットプロットを強調させる機能です。興味のある対象の細胞集団に注目を集めるために、ゲートで囲まれた低頻度の細胞集団を強調させることができます。 |
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（Hierarchical Gating）
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Hierarchical Gating は、ゲーティングした細胞集団を階層型で表示させる機能です。右図は、ある細胞集団をゲートで囲み、その中からCD3陽性細胞とCD19陽性細胞を階層に分け、さらにCD3陽性細胞の中からCD3とCD8の両方に陽性の細胞を抜き出したイメージ図です。 |
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（Flexible gating formulas）
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Flexible gating formulasは、組み合わせた複数のゲートから任意のプロットを抜き出す機能です。複数の集合に対してブール演算を行い、特定のゲートにのみ含まれるプロットを抜き出すなどの複雑な解析にも対応可能です。 |
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（Gates Heat Maps）
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Gates Heat Mapsは、複数のデータファイルにわたるゲート化された母集団の配列スタイルのヒートマップを作成します。 |
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【統計解析】
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FCS Expressは、様々な統計処理に対応しています。また、プロット・ベースの統計処理もカスタムで行うことができるので、カスタムな統計処理表の作成や様々なプロットからの統計データを組み合わせたりすることができます。
| ・中央値 |
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・% Positive |
| ・標準偏差 |
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・% Gated |
| ・算術平均 |
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・% of Total |
| ・幾何平均 |
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・パーセンタイル |
| ・濃度解析 |
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・F test |
| ・変動係数 |
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・Z test |
| ・カイニ乗検定 |
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・分散分析 |
| ・T test |
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など |
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【Transformations】
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FCS Expressを使用すると、直感的なインターフェイスにドラッグアンドドロップすることにより、複雑なスクリプトやプラグインに依存することなく、これらのツールに簡単にアクセスして使用できます。
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（t-SNE/v-SNE）
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tSNE(viSNE)は、次元削減の手法としてよく使用され、高次元データを2次元で表示することが可能です。tSNE(viSNE)の優れたところは、2次元で表示しても各クラスターの配置が保たれるため、極少数のデータからなる細胞群の検出を可能とします。このインターフェイスでは、含めるパラメーターを選択し、実行するアルゴリズムの変数を選択するだけで、必要な結果を得ることができます。 |
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（SPADE）
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SPADEツリーは、各クラスターが分岐ツリーのノードとして表されるヒートマップで簡単に作成できます。ヒートマップは、特定のマーカーの表現またはクラスターに関連付けられた統計に基づいて、各ノードに色を付ける様にフォーマットできます。さらに、各ノードのサイズを特定の統計に比例して表示できるため、必要な結果をより柔軟に出力できます。 |
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（K means cluster analysis）
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K-Meansクラスタリングを使用すると、クラスター分析をすばやく実行し、クラスター化された結果をヒストグラム、2Dプロット、ヒートマップで確認できます。クラスターは、簡単なドラッグアンドドロップで簡単にゲート、バックゲート、分析およびレポートに統合できます。 |
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（Principle Component Analysis(PCA)）
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PCAを使用すると、既存のパラメーターの変換に基づいて関連する新しい母集団を見つけて分析したり、より少ないパラメーターを使用して同じデータセットを分析したりすることができます。FCS
Expressでプロットに定義および適用された主成分は、プロットの新しいパラメーターとして分析にアクセスできます。 |
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（R Integration）
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FCS Express は、変換ツール内のR統合変換オプションを介して、Rスクリプトを統合できます。 |
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（Parameter Math）
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パラメーターの比率を作成したり、イベントレベルで別のカスタム計算を実行したりする必要がある場合は、Parameter Mathが最適です。Parameter
Mathを使用すると、これまでにない速さで結果を得ることができます。 |
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【レポート機能】
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FCS Expressは、様々なレポートツールを搭載しているので、簡単に解析結果を共有したり、他のフォーマットに出力することができます。また、洗練されたPowerPointスタイルのインターフェイスは、見やすくて情報満載なレポートを迅速に簡単に作成できます。バッチ機能を使うと、数百ものデータファイルを一気に解析し、PDF、PowerPoint、Excel、Wordやテキストファイルに出力できます。プロットも高解像度で様々なファイル形式（BMP、EMF、JPEG、TIFF、PNG、GIF）で出力できます。
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