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Home製品・サービス情報バイオインフォマティクス・ソフトウェア>Mind the Byte社製 SaaS Software as a Service


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- Mind the Byte
SaaS Platform

Mind the Byte社製
Mind the Byte SaaS Platform
創薬用バーチャルスクリーニングソフトウェアサービス

Mind the Byte社(スペイン)が提供する創薬用バーチャルスクリーニングソフトウェアサービス(SaaS Software as a Service)は、必要な時に必要な分だけクラウドを通じて使うことができる解析サービスです。下記すべてのアプリケーションがご利用可能です。

●Cabrakan-2Dバーチャルプロファイリング


Cabrakanは、Mind the Byte SaaSプラットフォームで提供される2Dリガンドベースのバーチャルプロファイリング・アプリケーションです。たった5分で分子プロファイリングが可能です。Cabrakanは、2D Fingerprintによる生物学的活性を評価することで、分子同士を比較します。

・生物学的ターゲットの予測(タンパク質)
・治療指標の予測
・作用機序の最初のアプローチ
・ADME/Tox(薬物動態/毒性)問題をサポート


●Chaac-2Dバーチャルスクリーニング


Chaacは、2Dリガンドベースのバーチャルスクリーニング・ツールです。この最新鋭のソフトウェアは、Cabrakanと同じ2Dアプローチを使って、ユーザーの分子とリガンドデータベースを比較し、その分子と化学的プロファイルの類似した候補分子のリストを出力します。


●Kizin-2Dリガンドベース化合物セレクション


Kizinは、最先端の化合物セレクションツールです。既存のまたは選択された生物学的ターゲットから既定のライブラリーに対して、2Dバーチャルスクリーニングを実行します。ユーザーは、カスタマイズされたデータベースに存在するそれらの活性分子のリストを得ることができます。

・ターゲットに対する活性分子の同定
・シングルヒットのリスクを低減


●Hurakan-高度な3Dリガンドベースバーチャルプロファイリング


Hurakanは、3Dリガンドベースのバーチャルプロファイリングアプリケーションです。Hurakanは、分子同士をその環境における作用によって比較し、異なる構造で同じ様な作用を示す化合物を得ることができます。3D方法を使用して、分子を重ね合わせることに基づく従来の2D方法または3D方法では、見ることのできない活性を確認することができます。

・生物学的ターゲット予測(タンパク質)
・治療指標の予測
・ライブラリーエンリッチメントのためのバーチャルスクリーニング
・ADME/Tox(薬物動態/毒性)問題を解決
・作用機序の解明


●Ik-3Dバーチャルスクリーニング


Hurakanの様に、独自の特許である3Dアルゴリズムを使って、本バーチャルスクリーニングツールは、その環境における作用を分子同時で比較します。ユーザーのクエリーに類似した化合物のリストを、非構造的類似物を含んだもので作成します。

・クエリーに類似した分子の同定
・ユーザーの化合物ライブラリーの改良
・IP問題の解消


●Ixchel-3Dプロテインベースバーチャルプロファイリング


Ixchelは、プロテインベースの生物活性予測アプリケーションです。ユーザーは、1分子のデータファイル(SDFまたはSMILE形式)をインプットして、9,000以上のタンパク質の空隙(ポケット)のデータベースでテストすることができます。得られる結果は、タンパク質-リガンド結合エネルギーによって分類されます。他のプログラムとは違い、Ixchelは活性を推定して分子を比較するのではなく、その代わりに可能性のあるタンパク質を直接テストします。

・生物学的ターゲットの予測(タンパク質)
・作用機序の最初のアプローチ
・ADME/Tox(薬物動態/毒性)問題をサポート


●Itzamna-3Dプロテインベースバーチャルスクリーニング


Itzamnaは、ドッキング技術を使って、ターゲットに対して活性のある化合物を同定します。ユーザーは、タンパク質データをアップロードでき、ドッキングは、100万以上の活性化した化合物からなるMind the Byteの化合物データベースに対して、またはカスタムライブラリーに対して実行されます。Ixchelと同様に、Itzamnaは、生物活性を計算して分子を比較しません。その代わり、分子は既定のタンパク質ライブラリーに対して直接スクリーニングします。

・ターゲットに対する活性分子の同定
・シングルヒットのリスクを低減


●Ixtab-化合物ライブラリー管理


Ixtabは、コンピュータによる創薬のためのMind the Byte Saasプラットフォームに統合された横断的化合物ライブラリー管理ツールです。これは、ユーザーの化合物ライブラリーをアップロードし、スクリーニングを行うことができます。ユーザーのもつ分子データベースを作成することができ、そのデータベースとChaac, Ik また、Kizin と一緒に作成することができます。カスタマイズされたデータベースでは、ユーザーが使ったシード分子グループによる、より特異な結果を検索することができます。ユーザーにとって重要な分子だけで調べることが可能です。また、ユーザーは、バーチャルスクリーニング結果を化合物ライブラリーにすることができ、サーチやダウンロードすることもできます。

・化合物ライブラリーの容易な管理
・ユーザー自身の分子の生物活性の大量検索
・コラボレーターとのライブラリー共有


●Kin-ブラインドドッキング


Kinは、コンピュータ創薬の Mind the Byte Saas プラットフォームに統合されたブラインド・ドッキングツールです。既定のタンパク質のすべての可能性のある空隙について、クエリー分子のドッキングを行って予測します。このソフトウェアは、非結晶の空隙との相互作用予測を計算し、空隙-分子のリストを作成し、結合エネルギーによってソートします。Ixchelと同様に、Kinは生物活性を計算して分子同士を比較しません。その代わり、既定のタンパク質に対して直接テストします。

・すべての可能性のある空隙に対して、タンパク質・リガンド相互作用がどの様になるかを予測
・バーチャルプロファイリング解析の高価値な検証を実行


●Kucumatz


Kucumatzは、SaaSプラットフォームを通して、必要とするときにいつでもユーザーに強力な計算装置へアクセスすることのできるサービスです。Kucumatzは、企業または研究所ごとにカスタマイズされています。Mind the Byteチームは、ソフトウェアをインストールし、必要とされる資源に基づいて、サーバーテンプレートを準備します。ユーザーは、プログラムを実行するために、データを入力するKucumatzオンラインにアクセスするだけです。システムは、GPU、多くのCPU、高メモリ、高いディスク容量を持っています。こちらのプラットフォームは別途有償となります。


価格


*ライセンスの種類については、弊社までお問合せください。
サービス名 Job queue 非HPC解析数 *2 HPC解析数 *3 Ixrabデータベース数 税別価格 Cat.#
Basic Flat Fee
(1年間有効)
一般 制限なし *1 15 10 お問合せ F-MTB-BF-1Y
Advanced Flat Fee
(1年間有効)
優先 制限なし *1 制限なし *1 制限なし お問合せ F-MTB-AF-1Y
*1 ジョブ数に制限はありませんが、同時に行えるのは1ジョブとなります。HPC解析の平均解析時間は、35時間です。もし、より高速な解析をしたい場合は、別途Platinum Flat Fee(15時間/1HPC)、Gold Flat Fee(5時間/1HPC)もございます。
*2 非HPC解析は、Cabrakan, Chaac, Kizinとなります。
*3 HPC解析は、Hurakan, Ik, Ixchel, Itzamnaとなります。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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