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- Protein Lounge
Protein Lounge Online & Bio-Tools
ePath3D
Biology Animations
Custom Pathway & Posters
Bio Visualizer

Protein Lounge社製
バイオインフォマティクスデータベース&ツール
Protein Lounge Online Bio-Tools / ePath3D / Biology Animation・Custom Pathway & Posters・Bio Visualizer

Protein Lounge Online Bio-Tools
〜パスウェイデータベース&バイオリサーチ解析ツール〜


  概要

Protein Lounge社(アメリカ)は、システムバイオロジーのリーディングカンパニーであり、教育者や研究者をサポートするためのデータベース、及びリサーチツールをパッケージしたオンラインアプリケーションを提供しています。データベースは、パスウェイマップやタンパク質など9種類から構成されており、それぞれ引用文献へのリンクや、データベース間の相互リンクなど、様々な関連付けがなされています。リサーチツールには、パスウェイイラストレーションやPCRクローニングなど6種類が用意されています。本製品の大規模ユーザーとして、NIH(アメリカ国立衛生研究所)やスタンフォード大学でも利用されています。

【データベースとリサーチツールのパッケージ】

●パスウェイなど9種類のデータベース
Pathway Database
Protein Database
Protein Interaction Database
Kinase-Phosphatase Database
Transcription Factor Database
Peptide-Antigen Database
GPCR Database
siRNA Database
Biochemical Compound Database

●6種類のリサーチツール
パスウェイイラストレーション
PCRクローニング
siRNA標的配列の検出・クローニング
ペプチド抗原候補の検索
ハイドロパシープロット
タンパク質3Dビューワー

●データベースと様々なリンク
引用文献へのリンク
データベース間の相互リンク

●オンラインアプリケーション
インターネット接続のあるコンピュータからなら、いつでも、どこからでもアクセス可能


  Databases


Protein Lounge Online Bio-Toolsは、全部で9種類のデータベースを収録しています。
Pathway Database, Protein Database, Protein Interaction Database, Kinase-Phosphatase Database, Transcription Factor Database, Peptide-Antigen Database, GPCR Database, siRNA Database, Biochemical Compound Database


【Pathway Database】
(パスウェイデータベース)


Pathway Databaseは、Protein Loungeのメインとなるパスウェイマップのデータベースであり、465のシグナル伝達パスウェイ及びメタボリックパスウェイを収録しています。(2013年4月現在)
Pathway Databaseでは、シグナル伝達パスウェイやメタボリックパスウェイ、生物種や機能といったカテゴリー、または、キーワードから興味のあるパスウェイを検索します。
Protein Loungeのパスウェイマップは、非常にグラフィカルであり、PathwayやDescription、Homologous、Items、Legendといったタブから構成されます。
Pathwayタブでは、パスウェイマップが表示されます。パスウェイに表示されているタンパク質や生化学化合物は、Protein DatabaseやBiochemical Compounds Databaseとリンクしており、クリックすることで、それらのデータベース中の情報を閲覧することができます。
Descriptionタブでは、パスウェイに対する説明が記載されており、引用された文献はReferenceにリストされています。各引用文献は、PubMedにリンクしており、クリックすることでアクセスできます。
Homologousタブでは、ホモローグなパスウェイの一覧が表示され、クリックすることで、そのパスウェイマップにアクセスします。
Itemsタブでは、パスウェイマップに表示される分子の一覧が表示されます。各分子は、Protein Databaseとリンクしています。
Legendタブでは、パスウェイマップで使用されている記号の説明が記載されています。
他にもOrthologousタブがあり、オーソログなパスウェイの一覧が表示されます。
Pathway Databaseにおいて、各パスウェイのパワーポイントファイルが公開されており、これをダウンロードすることができます。これを基に、独自のパスウェイを作図することが可能です。

【Protein Database】
(タンパク質データベース)

Protein Databaseは、様々なタンパク質に関するデータシートやレビュー、関連するパスウェイ、疾患、DNAおよびアミノ酸配列、引用文献など、様々な情報を含んでいます。
Protein Databaseでは、ヒトタンパク質の一覧、または生物種や機能の一覧から、興味あるタンパク質を検索できます。もちろん、キーワードから検索することも可能です。
本データベースにおいて、各タンパク質は、Data sheet, Review, Pathways, Disease, Sequencesといった複数のタブから構成されています。
Data Sheetタブでは、生物種やタンパク質ファミリー、機能、タンパク質局在などの基本的な情報が表示されます。
Reviewタブでは、タンパク質の解説が記載されており、Referenceに引用文献がリストアップされています。各文献は、PubMedにリンクしており、クリックすることでアクセスします。
Pathwaysタブでは、タンパク質が関与しているパスウェイマップのリストが表示されます。各パスウェイマップは、Pathwya Databaseとリンクしています。
Diseaseタブでは、タンパク質が関連する疾患の説明が記載されており、引用文献がReferenceにまとめられています。
Sequencesタブでは、タンパク質のDNA配列およびアミノ酸配列を閲覧できます。

【Protein Interaction Database】
(タンパク質相互作用データベース)


Protein Interaction Databaseは、数千のヒトタンパク質間相互作用の情報をまとめたデータベースです。
本データベースでは、アルファベット順にリストされたタンパク質名から選択します。他にも、タンパク質名またはGenBank IDから検索することも可能です。
関心のあるタンパク質を選択すると、それと相互作用する他のタンパク質のマップが表示されます。このマップにおいて、活性化や阻害、結合など、相互作用別にタンパク質を表示させることが可能です。
相互作用マップに表示されるタンパク質は、Protein Databaseとリンクしており、クリックすることでアクセスすることが可能です。
関連するパスウェイの一覧のリストを表示させるオプションも用意されています。これらのパスウェイは、Pathway Databaseとリンクしています。

【Kinase-Phosphatase Database】
(キナーゼ・ホスフォターゼ データベース)

Kinase-Phosphatase Databaseは、キナーゼとホスフォターゼのデータベースであり、それらの基質や生物種情報も含んでいます。
本データベースは、Kinases、Phosphatases、Kinase-Phosphatasesのリストに分けられており、各リストから、またはキーワードから興味のあるキナーゼやホスフォターゼを検索します。
各キナーゼ、基質、ホスフォターゼは、Protein Databaseにリンクしています。

【Transcription Factors Database】
(転写因子データベース)


Transcription Factor Databaseは、転写因子のデータベースであり、生物種や結合配列等の情報を提供します。
転写因子は生物種ごとに表示させたり、キーワード検索にヒットした分を表示させたりすることが可能です。

【Peptide Antigen Database】
(ペプチド抗原データベース)


Peptide Antigen Databaseは、既知タンパク質に対する抗原的ペプチドターゲットの情報をまとめたデータベースです。こうした情報には、遺伝子名やそのアクセッション番号、ベストターゲット配列、ハイドロパシーなどが含まれています。
本データベースでは各タンパク質をヒトおよび他の生物種、転写因子、キナーゼ・ホスフォターゼ、疾患ターゲットごとに表示させることができます。疾患ターゲットでは、疾患別に分類されており、そこから選択していくことが可能です。上記の分類されたリスト以外にも、キーワードから特定のタンパク質を検索することも可能です。
各ペプチド抗原リストは、数種の列から構成されています。
Best Peptide Sequence列には高親水性であり、タンパク質の表面上に暴露される可能性が高いペプチド配列が表示されます。
Hydroplot列のViewをクリックすると、Best Peptide Sequence以外のペプチド配列および各ハイドロパシーと共に、ハイドロパシープロット(Kyte-Doolittle Plot)が表示されます。
ペプチド抗原データベースのリストに表示される遺伝子名は、Protein Databaseとリンクしているため、クリックすることで、そのタンパク質に関する情報を得ることができます。

【GPCR Database】
(Gタンパク質共役受容体データベース)


GPCR Databaseは、神経伝達や細胞伝達などの生理学的現象を調節する膜タンパク質で、巨大なスーパーファミリーを形成しているGタンパク質共役受容体をまとめたデータベースです。本データベースは、これら受容体のタンパク質名や生物種、リガンド、機能などの情報を提供します。
本データベースでは、Rhodopsin Like, Secretin Like, Metabotropic Glutamate, Fungal Pheromone, cAMP Receptors(Dictystelium), Frizzled/Smoothenedなどに分類されています。
各受容体はProtein Databaseに、各リガンドはBiochemical Compound Databaseにリンクしています。

【siRNA Database】
(siRNAターゲットデータベース)

siRNA Databaseは、遺伝子名と共に、それに対するsiRNAの標的配列の情報を提供します。
このデータベースは、ヒトおよびその他の生物、転写因子、キナーゼ/ホスフォターゼ、疾患ターゲットに分類されています。疾患ターゲットでは疾患別に各遺伝子およびsiRNA標的配列を閲覧することが可能です。
各リストは、遺伝子名およびそのGenBank ID、siRNAの標的配列等の列から構成されています。
siRNA Best Target列には各遺伝子に対する標的配列が表示され、Position列から実際の配列の位置を確認することが可能です。
More siRNA列からは、Best Target以外の配列を閲覧することができます。
Clone列をクリックすると、siRNAクローニングツールが起動します。
各遺伝子名は、Protein Databaseにリンクしているため、タンパク質情報やパスウェイ情報などを閲覧できます。

【Biochemical Compound Database】
(生化学化合物データベース)


Biochemical Compound Databaseは、細胞シグナリングや生合性、代謝において一般的に重要とされている分子をまとめたデータベースです。
各分子は、Datasheet、Pathways、Review、Diseaseのシートから構成されています。
Datasheetでは、分子式や分子量、機能の情報が含まれています。
Pathwaysでは、分子の関与するパスウェイの一覧が表示されます。これらのパスウェイは、Pathway Databaseにリンクしています。
Reviewでは分子に対する解説および引用された文献のリストが表示されます。引用文献は、PubMedにリンクしています。
Diseaseでは、関連する疾患の情報が表示されます。PubMedにリンクされた引用文献もリストアップされます。


  Bio-Tools


Protein Lounge Online Bio-Toolsは、全部で6種類のリサーチツールを収録しています。
Pathway Builder, Clone Easy, Easy siRNA, Peptide Antigen Finder, Protein Hydroplotter, Protein Vision

【Pathway Builder】
(パスウェイ イラストレーション)


Pathway Builderは、パスウェイマップを作図するためのツールです。
OrganellesやMoleculesなどのタブから、アイテムを選択し、配置していくことで作図していきます。テキストボックスの追加や、背景色の変更なども行えます。
Templatesタブには、プリメイドのパスウェイが数種類用意されていますので、編集して独自のパスウェイの作成に利用することが可能です。

【Clone Easy】
(PCRクローニング)


Clone Easyは、PCRクローニングを支援するツールです。
目的とする配列を入力し、ベクターや制限酵素などを選択することで、オンライン上でクローニングを行います。
目的とする配列は、遺伝子名やGenBank IDから検索することが可能であり、その場合は自動的にそのCDS配列が入力されます。
いくつかのベクターは、あらかじめ用意されていますが、ユーザーが追加することも可能です。
設計したベクター画面ではベクターとインサートDNAのマップが表示されます。また、この画面では、制限酵素やプライマーなどの情報も表示されます。

【Easy siRNA】
(siRNA標的配列の検出・クローニング)

Easy siRNAは、siRNAターゲットの検索とクローニングを支援するツールです。
目的とする配列において、siRNAターゲットとなる候補を検索しますが、この配列は自身で入力する以外にも、遺伝子名やGenBank IDから検索することが可能です。
検索結果として取得されたsiRNAフラグメントを、オンライン上でクローニングするオプションも用意されています。

【Peptide Antigen Finder】
(ペプチド抗原候補の検索)

Peptide Antigen Finderは、タンパク質配列から抗原ペプチドを見出すツールです。
タンパク質配列をスクリーニングし、親水性領域を検出します。こうした領域は、タンパク質の表面上に暴露している可能性が高く、抗体や薬剤のターゲットとなります。
タンパク質配列を入力する必要がありますが、遺伝子名やGenBank IDから検索することもできます。
配列中に見出されたペプチド候補が、ハイドロパシーやそのプロットと共に表示されます。

【Protein Hydroplotter】
(ハイドロパシープロット)


Protein Hydroplotterは、タンパク質配列の親水性および疎水性領域を検証するために、ハイドロパシープロットを作成するツールです。
検証するタンパク質配列は、遺伝子名やGenBank IDから検索して入力するか、自身で入力します。
入力されたタンパク質配列情報を基に、Kyte-Doolittle-Hydrophobicity plotおよびHopp-Woods-Hydrophilicity plot, Kolaskar-Tongaonkar-Antigenicity plotが作成されます。
プロット画面に表示されているタンパク質配列、またはプロット上の任意の領域を選択することで、各アミノ酸のハイドロパシーを棒グラフ形式で閲覧することもできます。

【Protein Vision】
(タンパク質3Dビューワー)


Protein Visionは、既知のタンパク質を3D形式で閲覧できるツールです。
3Dモデルは、インタラクティブに閲覧でき、RCSB Protein Data Bank(PDB)から取得されています。
ビューワー画面には、ディスプレイやエクスポートに関する、様々なオプションが用意されています。


  デモ版ダウンロード


 Protein Lounge Online Bio-Toolsには、トライアル版(7日間)があります。
 ご興味のある方は、弊社までお問い合わせください。



  対応OS


 Windows、Mac、Linux


  価格


Protein Lounge Online Bio-Toolsのライセンスへのご契約により、全てのバイオツール及びデータベース、イラストレーションツールをご利用頂けます。ライセンスには、個人ライセンスとサイトライセンスとがあり、企業様や大学様など、組織全体で本サービスをご利用頂く場合は、サイトライセンスのご契約を推奨いたします。
商品名 Cat.# 数量 税別価格
Protein Lounge Online Bio-Tools(個人ライセンス) PRLG-DBI-3M 1ライセンス(3ヶ月間) ¥43,000
PRLG-DBI-6M 1ライセンス(6ヶ月間) ¥68,000
PRLG-DBI-1Y 1ライセンス(1年間) ¥105,000
PRLG-DBI-3Y 1ライセンス(3年間) ¥205,000
Protein Lounge Online Bio-Tools(サイトライセンス) PRLG-DBS-1Y 1ライセンス(1年間) ¥1,117,000
*本サービスは、オンラインアプリケーションですので、インターネットに接続されているどのコンピューターからでも、ログインすることにより、アクセスすることが可能です。ただし、サイトライセンスでは、申請されたIPアドレスにライセンスが発行されるため、そのIPアドレスを有するネットワーク外からではアクセスできませんので、ご注意下さい。


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