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Home製品・サービス情報バイオインフォマティクス・ソフトウェアProtein Metrics社製 質量分析用ソフトウェア>Byonic/Preview(Protein Metrics社製)

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+ Protein Metrics
Byos
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Protein Metrics社製品(タンパク質特性解析ソフトウェア)
Byonic
TM

修飾ペプチド・オリゴペプチド同定用ソフトウェア
Lineup / Byos / Byonic / Byologic / Byomap / Intact Mass / Supernovo


概要


Protein Metrics社(アメリカ)のByonic
TMは、タンデムマス(MS/MS)データからペプチド及びタンパク質を同定するソフトウェアです。Modefication Fine Controlや、Wildcard Search、Glycopeptide Searchといった3つの特徴的な機能を搭載し、高感度かつ包括的な修飾ペプチドの検索や、予期せぬ(または未知の)修飾の検証、グリコペプチドの探索を実行することが可能です。
付属のビューワー(Byonic
TM Viewer)で検索結果をインタラクティブに検証することが可能です。さらに、補助ツールであるPreview(TM)を用いることで、検索条件をより効率的に設定できます。

トップダウンおよびボトムアップのサーチ機能
Modification Fine ControlTMによる、20種類以上の修飾の高感度かつ迅速な検索
Wildcard SearchTMによる、未知の修飾の検索
糖ペプチド検索
ジスルフィド結合と架橋構造の同定
シークエンスバリアント検索および修飾部位の特定
あらゆるタイプのフラグメントに対するスコアリングモデル:CID, TOF-TOF, QTOF HCD, ETD/ECD, EThcD
付属のビューワーによる検索結果の閲覧
エクセルファイルによる検索結果の共有
補助ツールとの連携による解析の半自動化


Byonic


●使い易いユーザーインターフェイス

●インプットデータの指定: マスデータ、タンパク質データベース
* インプット可能なデータファイルについては、「Byonic(TM)/Preview(TM)対応ファイルフォーマット」をご覧下さい。

●検索する修飾の設定: Modefication Fine Control(TM)

●予期せぬ(または未知の)修飾の検索の設定: Wildcard Search
(TM)

●グリコペプチド検索の設定: Glycopeptide Search

●その他オプションの設定: 消化特異性、フラグメントタイプ etc.

【Modification Fine Control
TM

検索する修飾情報をリストから設定
修飾リストは、Unimodをサポート
リストに登録されていない修飾は、マニュアルで設定可能
修飾タイプは、FixedとVariable(common, rare)の3種類
Variableをcommonとrareに分けることで、検索時間を短縮

*左表は、Protein Metrics社アプリケーションノート「Modification Fine ControlTMより抜粋・編集。

【Wildcard Search
TM

予期せぬ修飾、または未知の修飾の検証
オプションにチェックを入れ、mass delta 設定するだけで実行
検索するアミノ酸残基を指定することも可能

本機能によって見出されたマスシフトが、未報告の新規修飾を示唆することがあります。
Protein Metrics社は、M[+33.969](homocysteic acid)を明らかにしました(Bern, et al. 2010)。

Bern M, Saladino J, Sharp JS. Conversion of methionine into homocyteic acid in heavily oxidized proteomics samples. Rapid Commun Mass Spectrom. 2010; 24:768-772

【Glycopeptide Search】

グリコペプチドの検索
N-結合型およびO-結合型の両方をサポート
特定のグリカン組成を指定するか、グリカンデータベースを選択して検索
ユーザーの作成したグリカンデータベースも利用可能

本機能は、グリカン組成のレベルでグリコグリコペプチドを特定します。N-アセチルグルコサミンやN-アセチルガラクトサミンといったアイソマーの区別や、分子構造や立体構造を明らかにできないなど、いくつかの制限があります。

【その他の機能(一部紹介)】

消化部位や特異性の設定
許容する質量誤差の設定
フラグメントタイプの設定
一般的なフラグメントタイプをサポート:
CID, HCD, QTOF, ETD, EThcD etc.
ジスルフィド結合、トリスルフィド結合ペプチドの検索
その他クロスリンクペプチドの検索

【ByonicTM Viewer】

ByonicTMによる検索結果を閲覧するためのビューワー
Protein List, Peptide Coverage Map, Peptide List, Spectrum の4画面から構成
ヒットしたタンパク質・ペプチド情報やp-valueなどの統計値、検出された修飾基および修飾部位、スペクトルなどの閲覧


【エクセルデータ】


ByonicTMは、検索結果をビューワー用データ以外にも、エクセルデータとして出力:
Summary, Spectra, Proteinの3つのシートから構成
Summaryでは設定した検索条件を確認することが可能



PreviewTM(ByonicTM補助ツール)


Previewは、Byonicでの解析を補助するコンパニオンツールです。Previewは、Byonic検索用パラメーターファイルを作成しますが、他にもサンプル中に最も多く認められた上位10種類のタンパク質やマスエラー、消化特異性、見出された修飾の種類などの情報も得られます。また、Previewにはプリカーサー及びフラグメントのリカリブレーション機能が内臓されているため、リカリブレーションを実行したマススペクトルデータも出力されます。

ByonicTMによる検索を補助するツール
ByonicTM用の検索パラメーターファイルの作成
ByonicTMとの連携による解析の半自動化


【機能】

消化部位や特異性の設定
フラグメントタイプの設定: CID/HCD, ETD/ECD
Fixed modificationの設定: Carbamidomethylation, iTRAQ, TMT etc.
その他オプション

【アウトプット:ByonicTMパラメーターファイル, HTMLファイル】

PreviewTMを実行すると、ByonicTMパラメーターファイルが出力されます。
パラメーターファイルを開くと、各パラメーターの設定されたByonic(TM)が起動します。
解析者は、設定されたパラメーターをレビューし、必要に応じて編集します。
PreviewTMを実行すると、HTMLファイルが出力されます。
HTMLには、様々な情報が含まれています。
-ヒットした上位10個までのタンパク質
-プリカーサー及びフラグメントの質量誤差
-普遍的に認められた修飾など
 
   


ByonicTM/PreViewTM 対応ファイルフォーマット

データタイプ ファイル形式
マス スペクトルデータ .raw, .d, .mgf, .mzML, mzXML, .wiff
タンパク質データベース .fasta
*上記以外のファイルは、質量分析装置付属のソフトウェアやProteo Wizard(http://proteowizard.sourceforge.net/)で変換することで、インポート可能です。


ByonicTMデモライセンス(30日間)

全機能をご利用いただける、30日間有効なライセンスが用意されています。サンプルデータも収録していますので、直ぐに機能をお試し頂けます。デモライセンスをご希望される場合、弊社までお問い合わせください。(biosupport@filgen.jp)


System Requirements


Minimum requirement
・OS: Windows7 64-bit
・RAM: 4GB
・500GB disk space
・One core CPU
・Java 7 or higher
Recommended PC
・OS: Windows 7 64-bit
・RAM: 16GB
・1TB disk space
・Many Core CPU(e. g. Intel Core i7-5930K @3.50GHz)
・Java 7 or higher


価格


商品名 ライセンスタイプ 税別価格 Cat.#
PreviewTM アカデミック(年間ライセンス) お問合せ PM-PRV-A
コマーシャル(年間ライセンス) お問合せ PM-PRV-C
ByonicTM(16 logical core) アカデミック(年間ライセンス) お問合せ PM-BNC16-A
コマーシャル(年間ライセンス) お問合せ PM-BNC16-C
ByonicTM(32 logical core)  アカデミック(年間ライセンス) お問合せ PM-BNC32-A
コマーシャル(年間ライセンス) お問合せ PM-BNC32-C
ByonicTM(64 logical core) アカデミック(年間ライセンス) お問合せ PM-BNC64-A
コマーシャル(年間ライセンス) お問合せ PM-BNC64-C
* 本ソフトウェアは、年間ライセンスです。
* テクニカルサポートは、電話、あるいは、電子メールのみでの対応となります。
* Byonic(TM)では、ライセンスによって、計算に使用できるCPUコア数(ハイパースレッドを含む)の上限に違いがあります。


Webセミナー資料 / カタログ

2015/10/30 Webセミナー資料 


カタログダウンロード(PDF)

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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