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 CLC bio社製品のソフトウェア単体販売からインテグレーションまで、すべて取り扱える正規販売代理店です。
CLC bio Bioinformatics Solution
Biomedical Genomics Workbench
(疾患研究に特化した次世代シークエンス解析用ソフトウェア)
フィルジェンでは、CLC bio社/QIAGEN社の日本における正規販売代理店として、CLC bio社の各種バイオインフォマティクスソリューションの販売とサポートを行っております。CLC bio社は、DNA、RNA、タンパク質をはじめとする各種配列解析に対応したソフトウェアの他、ドッキング予測・バーチャルスクリーニングや、最先端のテクノロジーである次世代シークエンシング分野においても世界を牽引するバイオインフォマティクスソリューションプロバイダーです。

概要

Biomedical Genomics Workbenchは、疾患研究に特化した次世代シークエンス解析ソフトウェアです。次世代シークエンス解析ソフトウェア「CLC Genomics Workbench」をベースにつくられており、データのクオリティーチェックからマッピング、変異検出、アミノ酸置換の有無の確認や、遺伝子名の付加など、複数のステップから構成される専用の解析パイプラインを搭載しています。全ゲノム解析、全エクソーム解析、ターゲットアンプリコン解析、全トランスクリプトーム解析をよりシンプルに行うことができ、必要に応じてカスタマイズなども行える画期的なソフトウェアです。

特徴
○直感的な使いやすいインターフェイス
○解析パイプラインを標準装備し、カスタマイズも可能
○レアバリアント用変異検出用ツールを新たに搭載
○多検体の比較やトリオ解析にも対応
○癌解析に有用な様々なデータベースをリスト表示し、容易にデータを取得することが可能

標準装備された解析パイプライン

(クリックして拡大)
全ゲノム解析、全エクソーム解析、ターゲットアンプリコン解析、全トランスクリプトーム解析の4種類の解析パイプラインを標準装備。煩雑な解析作業を必要とせず、いくつかの設定を入力するだけで、直ちに解析が始まり、データを得ることが可能です。

フローチャートで解析パイプラインを表示

(クリックした拡大)
解析パイプラインの内容は、フローチャートで確認できます。また、各ステップで使用されているパラメーターなどもフローチャートの該当箇所をクリックするだけで詳細の確認・変更が行えます。フローチャートは、図として保存でき、論文にて解析の詳細を説明する際にもご利用頂けます。

使いやすいインターフェイス

(クリックして拡大)
使いやすいインターフェイスと洗練されたビジュアライゼーションにより、結果の考察、検証をより直感的に行えます。

人種を特定したフィルタリング
データベースから入手した1000genomes dataを利用すれば、人種を特定したフィルタリングを行うことも可能です。

充実のデータベース
検出された変異へのアノテーションや、絞込みを効率的に行える様、様々なデータをCLC bioレポジトリにはEnsembleやdbSNP、ClinVar、HapMap、1000 Genomes Projectなどのデータが登録されています。登録されていないデータも別途インポートすることで、外部データベースとしてご利用頂くことが可能です。

分かりやすいビジュアライゼーション

(クリックして拡大)
変異テーブルで興味のある変異をクリックすると、ゲノムブラウザの該当箇所へジャンプします。スクロールしたり、領域を入力したりせず、見たい情報をすぐに閲覧できます。

充実した解析ツール

(クリックして拡大)
より高度な解析にも対応できる様に、解析パイプライン以外の解析ツールも充実しています。これらのツールをパイプラインに加えたり、自分でパイプラインを作る際にも利用できます。変異データのサンプル間比較ツール、ケース/コントロール関連解析ツール・トリオ解析ツール、さらにGene Ontologyなどの機能解析ツールも搭載されています。

データベース管理ツール
 

(クリックして拡大)
解析に必要なリファレンスデータや各種アノテーションデータ用のデータベースマネージャーを搭載しているため、ゲノム配列データや遺伝子アノテーションデーtあ、dbSNPや1000 GenomeなどのSNPデータベース、さらにClinVarなど臨床情報と関連する変異のデータベースも容易に取得・管理することが可能です。各データに更新があるとワークベンチ起動時にお知らせが表示されるため、常に最新の状態に保つことができます。

CNV解析ツールを搭載
 

(クリックして拡大)
新たにコピー数(CNV)解析用のツールが搭載されました。マッピング結果のカバレッジ情報から、コントロールサンプルとの比較による、遺伝子の増幅や欠失を調べることができます。

分子バーコード解析
QIAGEN社QIAseq Panelを使用した、分子バーコード解析に対応しています。パネルの各種デザインファイルを、分子バーコード解析用の専用ツールまたは解析パイプラインにそのまま使用し、ゲノム上の遺伝子変異、RNA-Seqデータによる遺伝子発現解析や融合遺伝子の検出が可能です。

大量サンプルの一括処理
バッチ解析機能を利用することで、大量のサンプルデータが存在する場合でも一括して処理を行い、解析の手間と人的ミスを削除できます。

Biomedical Genomics Workbench と CLC Genomics Workbench の機能比較
機能 詳細 Biomedical Genomics Workbench CLC Genomics Workbench
データダウンロード ヒト, マウス, ラットデータ専用
ダウンロードマネージャー
-
Homo sapiens sequence
Homo sapiens Variant data
Conservation Scores -
Gene Ontology -
Small Transcripts
ヒト, マウス, ラット以外のモデル生物データ -
NCBI GenBank Search -
SRA Search
標準搭載ワークフロー  Whole Genome sequencing -
Whole Exome sequencing -
Targeted Anplicon sequencing -
Whole Transcriptome sequencing
(ヒト, マウス, ラット)
-
ワークフローの作成・編集 -
QC -
Trimming -
Mapping -
Local realignment -
Variant Detection Basic Variant Detection
Fixed Ploidy Variant Detection
Low Frequency Variant Detection
InDels and Structural Variants
Copy Number Variant Detection -
Annotation付加 -
Variantのフィルタリング -
Candidate Genesの同定 -
Transcriptomics Analysis RNA-Seq Analysis
Small RNA Analysis
Epigenomics Analysis ChIP-Seq Analysis
Bisulfite Sequencing Analysis
De novo assembly - -
BLAST Search - -

Biomedical Genomics Workbench + Ingenuity® Variant Analysis(TM) バンドルパッケージ
Ingenuity® Variant Analysis(TM) は、クラウドサービスを利用して、変異データのフィルタリング、アノテーション付けを行うためのツールです。
Biomedical Genomics Workbenchと統合して使用することができ、ホールゲノムやホールエクソーム解析で検出した膨大な変異データの中から、生物学的に重要な変異を効率よく見つけてくることができます。フィルタリングの内容は、ワークフロー化されており、各変異のRead depth やQuality scoreなどのクオリティー情報、dbSNPや1000 Genome Project などのCommon Variants情報、さらにSIFTやPolyphen-2などの変異の機能予測・保存部位情報に基づいてフィルタリングが可能で、Ingenuity社のナレッジベースやHGMDなどのキュレーションデータベースの情報も利用可能です。


クラウドへのアップロード後、ワークフローに従って自動的にフィルタリング・アノテーション付けが実行され、結果が直ちに表示されます。

解析結果は、自動的にBiomedical Genomics Workbenchにインポートされ、Ingenuity® Variant Analysis(TM)へのリンクが付いたテーブル形式で表示されます。

アノテーション情報に基づき、変異データを分類したグラフを作成可能です。

Ingenuity社のナレッジデータベースからパスウェイ情報も表示可能です。


メーカー提供資料


Tutorial
Manual 



 バージョンアップ履歴、システム要件


下記サイトより、本ソフトウェアのバージョンアップ履歴やシステム要件を確認できます。

・Latest Improvements:
 https://www.qiagenbioinformatics.com/products/biomedical-genomics-workbench/latest-improvements/current-line/

・System Requirements:
https://www.qiagenbioinformatics.com/system-requirements/


技術資料・セミナー資料


Biomedical Genomics Workbench ウェブトレーニングセミナー「がん解析編」(2017年3月15日)」
フィルジェン Webセミナー「疾患ゲノム解析セミナー 〜変異検出から解釈まで〜」(2016年3月2日)」
NGS変異データ解析 Webセミナー「ナレッジデータベースを利用した疾患関連変異の探索」(2015年11月13日)」
NGS変異データ解析 Webセミナー「NGS変異データ解析アプローチのご紹介」(2015年6月24日)」


価格

商品名 仕様 税別価格 型式
Biomedical Genomics Workbench(*4) 1固定永久ライセンス(*1)(*2) アカデミック:¥776,000 F-CLC-BGW
コマーシャル:¥1,553,000 F-CLC-BGW-C
1固定年間ライセンス(*2)(*3) アカデミック:¥388,000 F-CLC-BGW1Y
コマーシャル:¥776,500 F-CLC-BGW1Y-C
1ネットワーク永久ライセンス(*1) アカデミック:¥1,553,000 F-CLC-BGWN
コマーシャル:¥3,105,000 F-CLC-BGWN-C
Biomedical Genomics Workbench+Ingenuity® Variant Analysis(TM)(50サンプル分)バンドルパッケージ(*5)  1固定年間ライセンス  アカデミック:お問合せ F-CLC-BGW1Y-IVA50
コマーシャル:お問合せ F-CLC-BGW1Y-IVA50-C
Biomedical Genomics Workbench
現地取扱説明
1回(所要時間4時間程度) お問い合わせ F-CLC-BGW-TR
Biomedical Genomics Workbench
解析システム
Biomedical Genomics Workbenchライセンスと、ご指定の解析PC及びインストール作業を含む お問い合わせ -
*1: 永久ライセンスには、購入後1年以内のソフトウェアのバージョンアップ及び、テクニカルサポートが含まれています。2年目以降のソフトウェアのバージョンアップ及び、テクニカルサポートにつきましては、別途保守契約(有償、定価の20%)が必要となります。テクニカルサポートは、電話、あるいは電子メールでの対応のみとなります。2年目以降のサポート&バージョンアップをご購入頂かなくても、ソフトウェアは継続してご使用になれますが、メーカーサポートは受けられなくなりますので、ご注意ください。サポート&バージョンアップの有効期間が切れた後でも、保守契約を更新することは可能ですが、有効期限の切れたところからさかのぼってご加入頂く必要がございますので、ご注意ください。
*2: 固定ライセンスは、CPUのコア数が64コア以上(ハイパースレッドも含む)のコンピューターやリモート操作のコンピューター上では、ご使用できません。これらのコンピュータでソフトウェアをご利用になりたい場合は、ネットワークライセンスをご購入下さい。
*3: 年間ライセンスは、購入後1年間のみソフトウェアをご使用いただけます。また、使用期間中のソフトウェアのバージョンアップ及びテクニカルサポートも含まれております。なお、テクニカルサポートは、電話または電子メールのみの対応となります。
*4: データベースからのデータのダウンロードを行うために、インターネット接続環境が必要です。
*5: データベースからのデータのダウンロード、及び、クラウドサーバーへのデータのアップロードを行うために、インターネット接続環境が必要です。また、Ingenuity® Variant Analysis(TM)については、50サンプル分のデータセットをクラウドサーバーにアップロード可能で、それ以上のデータセットで解析するには、クラウドサーバー上のデータの削除が必要となります。1サンプル分のデータセット(Biomedical Genomics Workbenchで作成した変異データのリスト)とは1サンプルあるいは複数サンプルの変異データをまとめたデータセットです。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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