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Home製品・サービス情報バイオインフォマティクス・ソフトウェアCLC bio Bioinformatics Solution>CLC Assembly Cell


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 CLC bio社製品のソフトウェア単体販売からインテグレーションまで、すべて取り扱える正規販売代理店です。

CLC bio Bioinformatics Solution
CLC Assembly Cell
フィルジェンでは、CLC bio社/QIAGEN社の日本における正規販売代理店として、CLC bio社の各種バイオインフォマティクスソリューションの販売とサポートを行っております。CLC bio社は、DNA、RNA、タンパク質をはじめとする各種配列解析に対応したソフトウェアの他、ドッキング予測・バーチャルスクリーニングや、最先端のテクノロジーである次世代シークエンシング分野においても世界を牽引するバイオインフォマティクスソリューションプロバイダーです。

概要


CLC Assembly Cellは、SIMD高速アルゴリズムを使用し、膨大な次世代シークエンシング解析データのDe novo assembly や Reference assembly をより高速に実行するためのハイパフォーマンス-コンピューターシステムです。コマンドライン形式のインターフェースによって、次世代シークエンシングのフローに簡単に組み込むことができます。また、Windows, Mac, Linuxと各種プラットフォームに対応しています。
*「CLC NGS Cell」から、名称変更しました。
 

CLC Assembly Cellの特徴
Reference assembly De novo assembly
illumina Genome Analyzer, SOLiD, GS FLX レファレンスアセンブルに対応
SOLiD(Applied Biosystems)のcolor-spaceデータのアセンブルに対応
GS FLX Titanium(Roche)のデータを含むショートリード、ロングリードのアセンブルにも対応
ショートリードアセンブル時のギャップ配列、非ギャップ配列にも対応
ペアエンドリードのアセンブルにも対応
PacBioのリードデータの補正(De novo assembly解析前の前処理) 
補正されたPacBioのリードデータのDe novo assembly 
PacBioまたはOxford Nanoporeのロングリードデータ(fastqファイル)のMapping 

その他の機能
レポーティング機能を含む生データの迅速な解析が可能
プラットフォームの異なる次世代シークエンシングデータを組み合わせたハイブリッドデータ解析に対応(de novo assemblyのみ)
カバレッジ、ペアエンドリードのマッチング率、マッチとミスマッチリードの統計的データなどのレポート機能
アセンブルを分割したり、つなげたりするためのプログラム機能やアライメント結果を視覚化するビューアー機能搭載
目的領域からのリードデータの抽出が可能
Fasta, sff, GenBank, csfasta, scarf形式のファイルをインポート可能
CLC Genomics Workbench と完全統合し、CLC NGS Cell のデータをCLC Genomics Workbench の他の解析にスムーズにインポート可能
マルチコアコンピュータによる計算に対応

SIMD高速アルゴリズム
上図は、ヒト全ゲノムに対して、約38倍となる36億リード、リード長36bpのデータセットを、CLC Assembly Cellで、De Novo assembly解析した時の処理能力を示したものです。ここでは、ポピュラーなショートリードのアセンブリアルゴリズムのABySSと比較しています。この図を見ても分かる様に、CLC Assembly Cellは、ABySSと比べて高速かつ少ないメモリー消費で、De Novo assemblyを行うことができます。


 バージョンアップ履歴、システム要件


下記サイトより、本ソフトウェアのバージョンアップ履歴やシステム要件を確認できます。

 Latest Improvements: http://www.clcbio.com/products/clc-assembly-cell-latest-improvements/
 System Requirements: http://www.clcbio.com/support/system-requirements/#system-requirements



価格
商品名 数量 税別価格 型式
CLC Assembly Cell     1固定永久ライセンス(アカデミック)(*1)(*2) お問合せ Cat.#F-CLC-AC
1固定永久ライセンス(コマーシャル)(*1)(*2) お問合せ Cat.#F-CLC-AC-C
1ネットワーク永久ライセンス(アカデミック)(*1) お問合せ Cat.#F-CLC-ACN
1ネットワーク永久ライセンス(コマーシャル)(*1) お問合せ Cat.#F-CLC-ACN-C
CLC Assembly Cell 現地取扱説明 実施しておりません。
*1: 永久ライセンスには、購入後1年以内のソフトウェアのバージョンアップ及び、テクニカルサポートが含まれています。2年目以降のソフトウェアのバージョンアップ及び、テクニカルサポートにつきましては、別途保守契約(有償、定価の20%)が必要となります。テクニカルサポートは、電話、あるいは電子メールでの対応のみとなります。2年目以降のサポート&バージョンアップをご購入頂かなくても、ソフトウェアは継続してご使用になれますが、メーカーサポートは受けられなくなりますので、ご注意ください。サポート&バージョンアップの有効期間が切れた後でも、保守契約を更新することは可能ですが、有効期限の切れたところからさかのぼってご加入頂く必要がございますので、ご注意ください。
*2: 固定ライセンスは、CPUのコア数が64コア以上(ハイパースレッドを含む)のコンピュータやリモート操作のコンピュータ上では使用できません。これらのコンピュータでの利用をご希望の場合は、ネットワークライセンスをご購入ください。

メーカーサイトへのリンク


CLC Assembly Cell
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