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 CLC bio社製品のソフトウェア単体販売からインテグレーションまで、すべて取り扱える正規販売代理店です。

CLC bio Bioinformatics Solution
CLC Sequence Viewer

フィルジェンでは、CLC bio社/QIAGEN社の日本における正規販売代理店として、CLC bio社の各種バイオインフォマティクスソリューションの販売とサポートを行っております。CLC bio社は、DNA、RNA、タンパク質をはじめとする各種配列解析に対応したソフトウェアの他、ドッキング予測・バーチャルスクリーニングや、最先端のテクノロジーである次世代シークエンシング分野においても世界を牽引するバイオインフォマティクスソリューションプロバイダーです。


概要


CLC Sequence Viewer は、DNA/RNA/タンパク質配列解析、スムーズなデータ管理、各種フォーマットに応じた出力機能を搭載したソフトウェアを無償で提供します。
CLC Sequence Viewerは、多数の解析機能を搭載しています。

 例:
   ・制限酵素切断部位解析
   ・アライメントの作成と編集
   ・系統分類
   ・GenBank検索
   ・DNAからタンパク質への翻訳
   など、多数の機能を搭載

CLC Sequence Viewerは、Windows、Mac OS X 及び、Linuxプラットフォーム上で稼動します。

【プラットフォームに依存しない稼動環境】
CLC Sequence Viewerは、CLC bioの他のすべてのモジュールと完全に統合されるので、Workbench間でデータをスムーズにやり取りすることが可能です。さらにデータの入出力は、プラットフォームに依存しないため、Windows、Mac OS X、Linuxコンピュータが混在する環境であっても問題なくご利用いただけます。
かつてない「使いやすさ」と「柔軟な解析環境」を皆様にご提供いたします。
CLC bioでは、最新のワークフローを実現するソフトウェアを、必要なライセンス数や機能に応じて製品をご選択頂ける、柔軟なライセンス体系によってご提供しております。

【異なるデータフォーマットのハンドリング】
CLC Sequence Viewerは、データと画像ファイルの入力と出力に関して幅広く対応しております。例えば、解析結果を画像ファイル(PNG/PDF/EPS)にて出力することができます。また、Vector NTI、CLUSTAL W、DNA Striderからのデータインポートが可能となっており、GenBank、Fasta、Swiss-Prot、UniProt及びEMBLフォーマットについては入出力が可能です。


主な機能とメリット


【アライメント】
マルチプルシークエンスアライメントにおいて、個々の配列のアノテーションを示すことができます。アライメントを通じて特定の領域が保存されているかどうか容易に確認することができます。さらに、アライメントの情報はシークエンスロゴの形で示されます。

【アミノ酸配列への翻訳】

ヌクレオチド配列からアミノ酸配列への翻訳が可能です。Cording領域(CDS,ORF)やstart codonなど様々な解析オプションを選択できます。

【グラフィカルシークエンスビュー】
配列の拡大・縮小、配列の詳細と全体像の両方を表示することができ、大きなゲノム配列でも効果的に操作することができます。加えて、アノテーションと制限酵素認識部位について、線状と環状マップの両方で表示させることができます。

【データベース検索】
GenBankのすべての配列検索にアクセスすることができます。配列がダウンロードされる際、すべてのアノテーション(遺伝子、コード配列、エクソン、その他)が表示されます。GenBank検索では、一度に最大で500の配列のバッチダウンロードをサポートします。また、ヌクレオチド配列とアミノ酸配列、両方の検索に対応しています。

【系統樹】
UPGMA, neighbor-joiningの2つのアルゴリズムで系統樹を作成できます。上図ではいくつかの哺乳類のグロビンのアミノ酸配列の系統樹で、neighbor-joiningのアルゴリズムを用いています。

【入力フォーマットとグラフ出力】
CLC Sequence Viewerでは、様々な入力フォーマットに対応し、ほとんどすべてのシークエンスデータの読み込みを可能にします。また、CLC Sequence Viewerのすべてのデータは、JPG, PDF, PNG, TIF, EPS, PS, SVGのいろいろなフォーマットで高品質なグラフィックスとして出力させることができます。


 バージョンアップ履歴、システム要件


下記サイトより、本ソフトウェアのバージョンアップ履歴やシステム要件を確認できます。

 Latest Improvements: http://www.clcbio.com/products/latest-improvements-sequence-viewer/
 System Requirements: http://www.clcbio.com/support/system-requirements/#system-requirements



メーカーサイトへのリンク


CLC Sequence Viewer
Latest improvements
Free software download/User manual

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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