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- Qlucore

Qlucore Omics Explorer - オミックスデータ解析用ソフトウェア
Qlucore Omics Explorerは、マイクロアレイをはじめとするオミックスデータをよりスピーディーに解析するための次世代型のバイオインフォマティクスソフトウェアです。3Dグラフィック、ポイント&クリック・ユーザー・インターフェース、最高水準の統計解析によって、解析時間を大幅に短縮し、より多くの創造力をお客様の研究に加えることができます。

主な特長


スピーディーなデータ解析と視覚化が可能
すべてのデータを3Dプレゼンテーションとしてフルリアルタイムで動かすことができます。
mRNA、miRNA、DNA Methylation解析のシンプルなワークフロー(Agilent社データのノーマライゼーション機能を含む)を提供します。
GEOで公開されているデータをダウンロードし、お客様ご自身のデータと比較することができます。
1回のマウスクリックでフィルターやパラメーターの設定条件を簡単に変更できます。
階層クラスタリングとヒートマップ、さらに主成分解析(PCA)、スキャッタープロットをサポートしています。
高スペックのコンピュータを必要とせずに、リアルタイムに大規模データセット(more than 100 million entries)を解析できます。


Visualize(Heat map, Dynamic PCA, Scatter)


解析結果の視覚化は、Qlucore Omics Explorerにおける重要なキーポイントです。パワフルな統計解析機能とフレキシブルな選択ツール、さらにスピーディーな視覚化機能が組み合わさり、迅速に解析結果が得られます。
Qlucore Omics Explorerは、下記の4つの異なるプロットグラフをサポートしています。
・Sample PCA
・Heat map
・Variable PCA
・Scatter
いくつものプロットをインタラクティブに動かすことができます。フィルタリングや選択などの変更において、その結果はすべてのプロットに瞬時に反映され、複数の角度から同時にデータを分析することができます。グラフのカラーやネットワーク描写を使い、結果をさらにわかりやすく表示することができます。
*以下の画像をクリックすると、拡大画像をご覧頂けます。


【表示例】
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Analyze(Powerful statistics, Automatic variable lists, Networks)


一般的な線形統計モデルをフレキシブルかつ簡単に使用して、データを解析することが可能です。以下の統計手法を選択することができます。

・two group comparision(t-test)
・multi group comparison(F-test)
・linear regression
・quadratic regression
・rank regression

上記手法の他に、Fold Changeによるデータのフィルタリングにも対応しています。線形統計モデルは、バッチ誤差の様な除外要因のハンドリングについてもサポートします。
また、以下の解析手法もサポートしています。

・Hierarchical clustering
・Isomap
・GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)

Version3.0より搭載されたGSEA(Gene Set Enrichment Analysis)機能を利用することにより、解析結果の遺伝子グループがどの様な機能をもっているのかを、容易に調べることができます。


【表示例】
*以下の画像をクリックすると、拡大画像をご覧頂けます。


 【GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)】

*以下の画像をクリックすると、拡大画像をご覧頂けます。
【Hierarchical Clustering】


Explore(One button GEO download, Synchronized plots, Coloring flexibility)


データの迅速な検索は、Qlucore Omics Explorerの重要なキーポイントです。お客様自身でワークフローと出発点を決定し、特定の要件を満たす様にその検索をコントロールして調整することができます。

・RNA-SeqのAligned BAMファイルをインポートし、発現レベルデータとして使用できます。
・発現レベル、p-value、q-valueの様な変数に対して着色できます。
・異なるデータを同時に選択できます。
・分散分析の様な複数の統計フィルターを利用できます。
・プロットを同期し、また、異なる角度からデータを分析できます。
・GEOの公開データをご自身のデータと比較できます。
・GO(Gene Ontology) Browserを搭載し、遺伝子の機能情報を容易に検索することができます。


【表示例】
*以下の画像をクリックすると、拡大画像をご覧頂けます。


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Share(Export picture & videos, Export lists & data, Global restore & log)


Qlucore Omics Explorerでは、いくつかの異なる方向で結果を共有することができます。

・Export of images
・Export of variable lists
・Export of data
・Export of videos

ユニークな全記録(ログ)と機能回復は、何を実行したのかについて経過を追うだけでなく、お客様が実行した各解析ステップの情報も含みます。お客様がログポイントを元に戻すとすぐに、すべてのデータが復元されます。つまり、お客様が使用したデータセットがロードされ、すべてのプロットを再生し、そしてフィルターとデータ選択へのすべての設定も回復されます。


【表示例】
*以下の画像をクリックすると、拡大画像をご覧頂けます。


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File formats

Qlucore Omics Explorerは、下記プラットフォームのデータファイルをダイレクトにインポートし、ノーマライゼーションを行うことが可能です。

・Affymetrix 3' and WT arrays
・Agilent mRNA arrays
・Agilent microRNA arrays
・Aligned BAM files with RNA-Seq data

また、Qlucore Omics Explolerは、下記のリストに記載のデータファイルフォーマットをサポートします。

・Aligned BAM files(RNA-Seq)
・Affymetrix CEL files(*.cel)
・Affymetrix Probe Set Files(*.chp)
・Agilent Text Files(*.txt)
・Agilent Gene View files(*.txt)
・Simple Data Files(*.txt)
・Qlucore Data Files(*.gedata)
・Geo Data Sets(*.soft, *.soft.gz)
・Geo Series Matrix(*.txt, *.txt.gz)

上記データファイルに加えて、アノテーションファイルは、(*.txt)または(*.csv)のテキストファイルとして、インポートすることができます。



対応プラットフォーム


遺伝子発現解析(マイクロアレイ、RNA-seq)
RNA-Seq
Aligned BAMファイルをインポートし、各種手法(FPKM/RPKM, TPM)でノーマライゼーションすることが可能です。
Affymetrix
3'アレイとWTアレイにおいて、「*.chp」「*.cel」ファイの両フォーマットファイルを直接インポートし、RMA法またはPLIER法でノーマライゼーションすることが可能です。アノテーションは、Affymetrix NetAffxから自動的にダウンロードできます。
Agilent
Feature Extractionソフトウェアの出力データを直接インポートし、ノーマライゼーションすることができます。
illumina
Genome StudioソフトウェアのGX moduleによる出力データファイルを、簡単なフォーマット変換を行うことでインポートが可能になります。
プロテインアレイ解析
Invitrogen/Life technologies/Thermo Fisher Scientific
ProtoArray解析用のPrptoArray Prospectorソフトウェアから出力された「Comparisons Results.txt」ファイルをインポートできます。
illumina
Genome StudioソフトウェアのPT moduleによる出力データファイルを、簡単なフォーマット変換を行うことでインポートが可能になります。
MicroRNA発現解析(miRNAアレイ)
Affymetrix
miRNA QC Toolソフトウェアの出力データファイルをインポートすることができます。
Agilent
Feature Extractionソフトウェアの出力データを直接インポートし、ノーマライゼーションすることができます。
illumina
Genome StudioソフトウェアのGX moduleによる出力データファイルを、簡単なフォーマット変換を行うことで、インポートが可能になります。
Invitrogen/Life technologies/Thermo Fisher Scientific
「Ncode Profiler」ソフトウェアの出力データファイルをインポートすることができます。
DNAメチレーション解析(DNAメチレーションマイクロアレイ)
illumina
「Genome Studio」ソフトウェアのMethylation moduleによる、「Infinium HumanMethylation27 BeadsChip」または、「Infinium Human Methylation450 BeadChip」の出力データファイルを、簡単なフォーマット変換を行うことで、インポートが可能になります。
Agilent
Feature Extractionソフトウェアの出力データをインポートすることができます。
プロテオミクス解析(二次元電気泳動、LC-MS、LC-MS/MS)
Aushon
SearchLight Array Analystソフトウェアの出力データファイルを、簡単なフォーマット変換を行うことで、インポートが可能となります。
Ludesi
Ludesi Redfinソフトウェアの出力データファイルを、簡単なフォーマット変換を行うことでインポートが可能になります。
Nonlinear dynamics
Samespotsソフトウェアの出力データファイルを、簡単なフォーマット変換を行うことでインポートが可能になります。


System Requirements


Windowsバージョン
Windows Vista or Windows7 or Windows8 or Windows10 (32bitと64bitの両方に対応)
RAM: 512MB以上
A graphical card with support of at least Open GL 2.1

Macバージョン
Mac OS X 10.10 or 10.11
RAM: 512MB以上
A graphical card with support of at least Open GL 2.1

*CPUのマルチコアとマルチプロセッサーをフルに活用することが可能です。


NGS module


Qlucore Omics Exploreでは、別途有償の機能モジュールである「NGS module」を導入することにより、新たな機能を使用できる様になります。

統合されたゲノムブラウザー
変異データやカバレッジデータを用いた、ゲノムブラウザー上でのダイナミックなデータフィルタリング
BAM, VCF, GTF, BEDなど各種ファイルを、プロジェクトマネージャー上でドラッグ&ドロップするだけで、容易に取り込みが可能
BAMファイルからの変異コール機能を搭載


マイクロアレイ用データ解析システム インテグレーションサービス

マイクロアレイを用いた遺伝子発現解析をされているお客様のために、マイクロアレイデータ解析ソフトウェア「Qlucore Omics Exploler」、さらに解析コンピューターをパッケージにしたデータ解析システムを販売しています。
また、「Protein Lounge Online Bio-Tools」もパッケージに加えたデータ解析システムも販売しています。
Affymetrix社、Agilent社など、各メーカーのマイクロアレイを使った階層型クラスタリング解析、GSEA解析などを行い、パスウェイ情報の確認までをトータルサポートできるシステムです。
コンピューターのスペックについては、お客様のご要望に合わせてのカスタマイズにも対応いたしております。
お気軽に弊社までお問い合わせください。 
 


デモ版ダウンロード


以下のアドレスからデモ版をダウンロードできます。
 http://www.qlucore.com/evaluation.aspx


価格


商品名 数量 税別価格 Cat.#
Qlucore Omics Explorer 年間1ライセンス/アカデミック ¥387,000 F-QOE-A
年間1ライセンス/コマーシャル ¥1,437,000 F-QOE-C
NGS module 年間1ライセンス/アカデミック ¥137,000 F-QNG-A
年間1ライセンス/コマーシャル ¥505,000 F-QNG-C
現地取扱説明
Qlucore Omics Explorer
現地取扱説明
1回 お問い合わせ F-QOE-TR
マイクロアレイ用データ解析システム  Qlucore Omics Explolerライセンス、
解析PC及びインストール作業を含む
お問い合わせ 
マイクロアレイ用データ解析システム
(Protein Lounge Online Bio-Tools付属)
Qlucore Omics Explolerライセンス、
Protein Lounge Online Bio-Tools、
解析PC及びインストール作業を含む
お問い合わせ 
* データベースからのデータダウンロードを行うのに、インターネット接続が必要になります。
* 本ソフトウェアは、年間ライセンスとなります。2年目以降に使用する場合は、再度年間ライセンスを購入していただく必要があります。
* テクニカルサポートは、電話、あるいは、電子メールでの対応のみとなります。
現地での対応が必要な場合は、別途お申し込みが必要で、有償対応となります。


技術資料(メーカー該当サイトへのリンク)

Webセミナー資料
フィルジェンWebセミナー「Qlucore Omics Explorerを用いた遺伝子発現解析」(2015年9月29日)
Qlucore Omics Explorer Features 
How to Import Data 

Movies etc.(メーカー該当サイト)


使用論文


 ・References(Qlucore社サイト)



お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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