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- TimTec

Timtec社製 化合物データベースソフトウェア
ChemDBsoft

ChemDBsoftは、1つのデータベースで最大10,000,000までの化合物の構造、記録を管理できる化合物データベースソフトウェアです。

主な特徴

Windows OSの全てのVersionに対応
使い易いインターフェイスです。1分もかからずに新しいデータベースを作成できます。
重複を見つけるために、データベースを比較します。
高速マルチプル・データベース検索、ソーティング、比較、統合が可能
SDF, MOL, JCAMPやその他の一般的なデータファイル形式をサポート
構造編集機能搭載
70種類以上の構造テンプレートが含まれています。
Synthesis Planning機能搭載
多様性解析(*)
NMR, MS, IRのスペクトルデータの保存
SDFファイルアナライザー、編集、ビューワー(*)
20,000件の化合物用語集が含まれています。
バーコードモジュール機能搭載
タイマー機能搭載。これは、データベースが開かれているとき、アラートで知らせてデータフィールドに入力できます。例えば、有効期限の入力、注文・プロジェクト期限の入力時に役立ちます。
* それぞれの機能追加用モジュールを別途購入する必要があります。

Synthesis planning 機能


【Synthesis planning(合成プランニング)】

物質収支-1回の合成で得られる化合物を含む合成物(生成物)の数量とボリュームを計算します。収率と余剰分は考慮に入れます。
組成-元素組成から分子式を計算します。
電荷推定-分子の原子電荷を計算します。
濃度-ユニットの濃度再計算
溶媒希釈-2つの溶液を混合した場合の濃度計算

【Material balance(物質収支)】

Common Chemistry submenuのこの機能は、化学反応の物質収支を計算するためのルーチンとして使用されます。
構造または分子量は、物質収支を計算するために入力しなければなりません。
以下のMaterial balanceダイヤログは、それらを入力したあとに表示されます。
【Composition(構成)】

Common Chemistry submenuのこの機能は、原子組成と分子量からBrutto-formulaを計算するためのルーチンとして使用されます。
計算を実行するために、左図のedit-controlsダイヤログで、適切に原子組成と分子量を入力してください。
原子価側を考慮に入れるため、Valecy checkにチェックを入れてください。
得られた候補物は、分子量や偏差値によって、分類されます。
【Charge estimation(電荷推定)】

Common Chemistry submenu のこの機能は、原子電荷分布を計算するためのルーチンとして使用されます。
電荷の計算を実行するために、調査された構造を入力してください。
電荷を確認するために、見たい原子をクリックするかテーブル上の行を選択してください。
π(パイ)結合とσ(シグマ)結合の様な2つの部分的な構成要素の電荷を確認することもできます。
【Charge calculation procedure(電荷計算手順)】

部分的な原子の正味電荷は、原子価結合の理論という意味で、化学結合の数に基づいています。計算方法は、以下の通りです。
部分的な原子の電荷を構成している3つの条件が考慮されます。

1) 1つ目の条件は、s軌道の相互作用によって決定されます。2原子分子A-Bの電荷は、電気陰性度の違いに比例すると考えられます。
 q(A)=constant*(c(B)-c(A))
q(A)は原子Aの電荷を、c(i)はボーリングの電気陰性度です。最も一般的な式におけるA-B-・・・・Zの原子鎖の同じ表現は、
 q(A)=constant*(c(B)-c(A))*f(r)
で、f(r)は原子核間距離rの単調減少関数です。グラフ理論的な方法で分子をモデル化するために、分子グラフの中の距離が、概算値rとして使われました。
f(r)の湯川ポテンシャルで表したものは、量子力学的方法における誘導的な電子影響をシュミレーションするのに用いられました。s電荷の最終的な式は、以下の様になります。
 q(i)=Sum(j=1,N){[c(i)-c(j)]/(10ln2)*r*2^r}
Nは分子中の原子数になります。
2) P誘導電荷は、以下の式で決定されます。
 q(i)= - Sum(j=1,N){cos(pr)*[c(i)-c(j)]*[2^(-r(i,j)/2ln2)]/r(i,j)}
3) Pシステムと相互作用する(関係する)孤立電子対から電子密度の逆供与を説明するには、Eq(ii)においてcos(pr)の代わりにcos(pr/2)が孤立電子対を含む原子から各ステップ(例えば、フルオロベンゼンの第2ポジション)におかれた原子への電子供与の再生に使われました。
参考文献: D.B.Kireev, V.I.Fetisov, N.S.Zefirov, Approximate molecular electrostatic potential computations: applications to quantitative structure-activity relationships, J. of Molecular Structure (Theochem), 304 (1994) 143-150

【Concentrations(濃度)】

Common Chemistry submenu のこの機能は、他のユニットへ濃度を変更するためのルーチンとして使用されます。それを行うには、最初に構造を入力するか分子量を入力し、Concentrationsダイアログで濃度を入力してください。Edit-controlsに一致する様に再計算された濃度値を入力します。他のユニットの濃度は、適切なedit-controlsにおいて確認することができます。
【Dilution(希釈)】

Common Chemistry submenu の希釈機能は、基質の量、ボリューム、2つの別の溶液を混合する場合は、溶液濃度を計算するために使われます。濃度を除き、もし、相対的なパラメーターがedit-controlsに一致する様に入力されれば、他のパラメーターは計算されます。計算結果は、Saveボタンをクリックすると、テキストファイルで保存されます。

Chemical Glossary 機能


Chemical Glossary(化合物用語集)は、20,000以上の化合物の名称と構造がデータベース化されており、検索することができます。これは、ChemDB soft Standard versionに付属しています。

■インストール手順
1. もし起動していたら、ChemDBsoftのプログラムを終了してください。
2. ChemDBsoftの実行ファイルが入っているディレクトリーへCD-ROMから全てのglossaryファイルをコピーしてください。(例: C:/ChemDBsoft)
3. コピーされたファイルの許可を標準(ファイルのプロパティーにおいて「読み取り専用」のチェックをはずします。)に変えてください。
4. ChemDBsoftを起動してください。用語集はツールメニューの中に表示されます。

分子構造テンプレート


ChemDBsoft登録ユーザーは、以下の様な70以上のテンプレートが利用可能です。

バーコードモジュール


バーコードモジュールは、バーコードをスキャンする、または文字を入力するだけでデータベース検索をするのに使用されます。
バーコード検索は、とても高速です。120,000の記録があるデータベースから100,000の記録を探すのに、それほど時間がかかりません。
また、バーコードリーダーを使う代わりに文字(数字)を入力することもできます。

Additional Modules


ChemDBsoftでは、有償の機能モジュールを追加することにより、ソフトウェアに様々な機能を追加することができます。

■Spectra Processingモジュール
NMR, IR, MASSスペクトル処理を含むスペクトル処理モジュール

【NMRスペクトル処理】
1. 構成要素の特性−核磁気共鳴吸収スペクトル特性のリスト
2. スペクトル計算−与えられたデータベースを使ってNMRピークテーブルスペクトルを予測します。
3. データベースの内容と照合−予測されたスペクトルとデータベースのスペクトルを比較します。
4. スタンダード再計算−他のスタンダードからスペクトルを再計算
5. HNMR(プロトンNMR)処理と割り当て−processing and assignment-loads instrumental FID, processing FT, Phase correction, Integral calculation
6. 1H, 13C, 31P化学シフトの予測
7. 4000の13Cと4000の31Pの指定されたスペクトルのデータベース

【IRスペクトル処理】
1. スペクトル処理−装置からスペクトルの読み込み、ベースライン補正の実行、スペクトル補正、スペクトル控除
2. ピークテーブル作成−スペクトル曲線からピークテーブルを計算
3. スペクトル編集−点によるスペクトル編集
4. Contour分解−スペクトル曲線をLorentz/Gauss contoursに分解する。

【MASSスペクトル処理】
1. JCAMP(Wiley)からJCAMP-Link形式へのファイル変換の実行
2. 装置ファイルのインポート−Finnegan*.picとVector*.txtファイルの読み込み
3. 強度補正−キャリブレーション・テーブルを使ったスペクトル強度補正
4. テキスト変換フォーマットへのエキスポート−スペクトルのテキストファイルへの保存
5. ピークの同位体構造−massピークの同位体成分の強度計算
6. 正確なmass-与えられた同位体組成の正確なmassデータの計算
7. 元素の性質−同位体の正確なmassテーブル
8. ピーク組成−与えられたmassデータの分子式を提示する。
9. エキスパート−予想される断片を使ってmassスペクトルを分析する。
10. 計算機−構造中の選択した断片のmassと同位体分布をリアルタイムに計算します。
学習データベースに指定された断片のスペクトルを保存します。
11. 割り当てられたデータベース閲覧−学習データベースのブラウザー
12. スペクトル解析−学習データベースを使ってスペクトルを解析する。

■Diversityモジュール(DiversityとSimilarity解析)
・Diversity sorting−とても高速なアルゴリズムを使用して、Diversityによるデータセットのソーティング(分類)が可能
 (200,000化合物の完全ソーティングは、12時間で行えます。)
・Compound Selection−最大化されたDiversityを使って外部データベースから化合物を選択します。
・Similarity calculations−選択されたデータセットを使って、最初のデータセットの各化合物の類似性を計算します。

【Similarity(類似性)】
 類似性は、2つの分子の類似性をみる量的な尺度となります。
 類似性を計算するために、ChemDBsoftは、1分子を構造断片に分けます。
 解析する分子間でより一般的な構造断片が存在すればするほど、類似性は高くなります。

【Diversity(多様性)】
 多様性は、データセットの1つの特性で、その中には、分子の類似性(または相違点)の特性を示します。

【データセットの類似性によるソーティング】
 この機能を使用すると、ソース・データベースへのターゲットデータベースのすべての化合物のデータベースの類似性が計算されます。
 処理の終了後、レコードは、類似性の降順で目的のデータベースはソート(並び替え)されます。
 この手順は、いくつかの活性をもつ化合物の選択に役立ちます。
 それは、適切な活性の種類の化合物データベースをもっているであろうと考えるからです。
 このコマンドの実行は、ターゲットデータベースから活性のある化合物のソース・データベースと最も類似性の高い構造の化合物の数を選択して行います。

【Diversity(多様性)のソーティング(並び替え)】
 多様性計算とソーティングの目的は、与えられた分子候補の大規模プールから与えられたサイズの最も多様性のあるサブセットを選択することです。
 この多様性のあるデータセットは、化合物精査や化合物選択にかかる時間を極力抑えるために、スクリーニングを目的とする場合には、とても有用です。

【最も多様性のある化合物を選択】
 テストしたデータセットから、最も類似性の低い化合物を使って、大規模なストックデータベースを作りたいとします。
 この問題を解決するには、新しい化合物を追加するごとに、ストックデータベースとの多様性を計算し、ストックの相違性の順に並び替えなければなりません。
 この手順の結果は、テストデータセットにソーティングされ、最初のレコードは、ストックデータベースで最も相違性の高いデータでなければなりません。

■Structure Processingモジュール
 ・SDFファイルエラー解析−SDFファイルにおける予想されるエラーのチェック
 ・SDFファイル処理−データベースへの変換なしにSDFファイルにおける編集と検索
 ・SDFファイル作成−選択されたディレクトリーからの*.molファイルをSDFファイルへ変換します。
 ・SDFファイルソーティング−多様性によるSDFファイルレコードのソーティング
 ・仮想化合物作成−ラジカル再結合による結合データセットの作成
 ・独立したDLLとしてCheDに埋め込むことができる化学構造式ファイルを作成するいくつかのルーチン作業があります。
  化学構造ファイル・サブメニュー・コマンドは、主要なCheDのメニューのツールアイテムとなっています。
  このサブメニューは、CheDに搭載されているstrifiles.dllファイルのみを使用することができます。

【Browser-Editor】
 化学構造ファイルサブメニューのコマンドは、Browser/Editorといわれています。
 異なるファーマットの構造ファイルをみつけて閲覧したり、編集したりすることができます。

【SDF Browser】
 SDF browserは、SDFファイルの内容を閲覧したり、編集することが可能です。

【Standard Chemistry(CW)->MOLfileコンバーター】
 standard Chemistry→MOLfileコンバーターは、Chem Window
(TM)のscfファイルをmolファイルに変換します。

【MOLfile->SDFコンバーター】
 MOLfile->SDFファイルコンバーターは、一般のディレクトリーにある複数のmolファイル(*.mol)を1つのグループにまとめて、1つのマルチデータsdfファイル(*.sdf)にするのに使用されます。

■Drug-likenessモジュール
 以下のものを計算します。
 ・ドナー数
 ・アクセプター(受容体)数
 ・回転結合数
 ・PSA(極性表面面積)

■Combinatorial Librariesモジュール
 ・ラジカル発生
 ・スキャフォールド生成

デモ版ダウンロード


 →http://www.timtec.net/software/demo/ChemDBsoftStandard-demo.zip

価格


商品名 ライセンスタイプ 税別価格 Cat.#
ChemDBsoft アカデミック ¥312,000 F-CDS-A
コマーシャル ¥456,000 F-CDS-C
Structure Processing(SMILES+Keys) - ¥206,000 F-CDS-STP
Spectra Processing - ¥86,000 F-CDS-SPP
Diversity - ¥219,000 F-CDS-DV
Combinatorial Libraries - ¥99,000 F-CDS-CL
Drug-likeness - ¥46,000 F-CDS-DL

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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