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マイクロアレイ解析/遺伝子発現解析
-解析内容と実験の流れ-

微量サンプルをお送り頂き、ご希望のアレイを用いて実験を行い、データ解析結果(EXCELシート上でのデータ解析結果)を、オリジナルデータ解析ソフトウェア「MicroArray Data Analysis tool」を添付して、ご返却するサービスです。
レディーメイドDNAアレイ(Affymetrix GeneChip®)の豊富なラインナップから、ご必要なアレイをお選びいただけます。


解析内容と実験の流れ / サンプルの準備と送付 / QCシート


 解析内容と実験の流れ


1
DNAマイクロアレイ(Affymetrix GeneChip)の選択

DNAアレイ(Affymetrix GeneChip®)から、使用するDNAマイクロアレイをご選択頂きます。
2
組織や細胞からのTotalRNA抽出

QCシートとともにお送りいただいた、組織や細胞から、TotalRNAを抽出します。
オプション作業(税別¥15,000/サンプル)となります。
DNAマイクロアレイ受託解析のtotalRNA抽出
3
サンプルの品質チェック

お送り頂いたサンプルは、Agilent2100バイオアナライザと分光光度計により、品質(QC;Quality Control)チェックを行います。
RNA QCチェック結果が基準値以下の場合は、サンプルの再提出をお願いすることがあります。再RNA抽出は、有償となります。また、再QCチェックは、基本的には無料ですが、3回目以降は有償(「30,000円/1回・12サンプル」までとなります。実験を中止する場合は、そこまでにかかったRNA抽出費用やQCチェック費用をご請求させて頂きます。
DNAマイクロアレイ受託解析のRNA検定
4 サンプルの増幅、蛍光標識、品質チェック


Gene ST Array/Exon Array/Transcriptome Array

GeneChip® WT Terminal Labeling and Controls Kit で、cDNAを合成・精製し、In vitro transcriptionとT7RNA増幅を行い、GeneChip® Hybridization, Wash, and Stain Kitで、cRNAのフラグメント処理とラベリングを行います。

オプションの「真核生物由来の微量RNAからの増幅作業」をお申し込み頂いた場合は、GeneChip® WT Pico Reagent Kitを使用して、RNAの増幅を行います。

3'IVT Array

(真核生物の場合)
GeneChip® 3'IVT Express Kit で、cDNAを合成・精製し、In vitro transcriptionとT7RNA増幅及びラベリングを行い、GeneChip® Hybridization, Wash, and Stain Kitで、aRNAのフラグメント処理を行います。
5
ハイブリダイゼーション

調整したサンプルを、自動化されたシステム(GeneChip® Scanner 3000 7G System)を用いて、ハイブリダイゼーション、洗浄・染色を行います。
単色法のみの対応となります。

GeneChip® Scanner 3000 7G System
for Affymetrix GeneChip® Array
6
スキャンニング・データ解析(数値化)

GeneChip® Scanner 3000 7Gにて、ハイブリダイゼーション後のGeneChip®をスキャンニングし、画像ファイルを数値データに変換し、バックグラウンド減算、ノーマライズ、発現比の算出などを行い、Microarray Data Analysis tool(弊社オリジナル解析ソフトウェア)で読み込める形式に変換します。また、グループ比較の場合、統計検定データ(P-value)も標準で添付しています。(Human Transcriptome Arrayについては、Microarray Data Analysis toolは非対応です。Affymetrix社の専用解析ソフトウェア「Transcriptome Analysis Console(TAC) Software」をご使用ください。)
DNAマイクロアレイ受託解析で使用しているGenePix4000Bスキャナー
GenePix®4400A for CustomArray
DNAマイクロアレイ受託解析のExcel数値データとスキャッタープロット図
RNA品質チェックデータ(BioAnalyzer) 数値解析データ(EXCEL)/スキャッタープロット図
7
解析データのご報告

データ解析結果を、CD-ROMに収めて、ご報告致します。

納期は、以下の通りとなります。

・アレイ在庫が社内にある場合は、サンプル到着後、15〜20営業日程度。
 (Human/Mouseの「Gene ST Array」、Humanの「3'IVT Array」については、常時社内に在庫を保有しております。)
・アレイ在庫が社内にない場合は、別途アレイの入荷に2週間程度かかります。

データの見方や考え方など、ご不明な点については、お電話やメールのやり取りをご納得頂けるまでさせて頂いております。
また、ユーザーのご要望を集めて開発した当社オリジナルのアレイデータ解析ソフトウェア「MicroArray Data Analysis Tool」を無償で同送しております。(Human Transcriptome Arrayについては、Microarray Data Analysis toolは非対応です。Affymetrix社の専用解析ソフトウェア「Transcriptome Analysis Console(TAC) Software」をご使用ください。)
本ソフトウェアを用いれば、簡単にお客様の必要なデータ抽出やGene Ontology解析(機能別遺伝子解析)やPathway解析、統計検定、公共データベースへのハイパーリンク機能による遺伝子情報取得が可能です。
また、「Cluster、Treeview(統計解析フリーソフトウェア)」に準拠したフォーマットデータの出力も可能で、統計解析まで簡単にご自分で行っていただけます。
*オプション抽出サービスをお申し込み頂いた場合は、別途抽出サービスの納期(通常、キット及びサンプル受け入れ後、5〜10営業日)が追加となります。
*サンプル数、オプション作業の追加などにより、標準納期より、お時間を頂戴する場合があります。
 詳しくは、担当までお問い合わせください。
8 データマイニング
ご自身でデータ解析や統計解析される方のために・・・(無償サービス)
当社の受託解析データに対応した専用ソフトウェア「Microarray Data Analysis Tool」を無償でご提供いたしております。
遺伝子機能別解析や、各公共データベースへのハイパーリンクや、便利なグラフィック機能、統計検定機能、フィルタリング機能、外部データマッチング機能、Gene Ontology解析機能、Pathway機能分類表示機能などを、ユーザーフレンドリーにお使い頂けます。本ソフトウェアで排出したデータは、スタンフォード大学から提供されているフリーソフト「Cluster」及び「Tree View」で読み込むことができ、研究者自身で統計解析を行うことができます。
ソフトウェアを用いてご自身のPC(Windows)で解析していただけるため、インターネット上における解析に比べ、スピードやインターネット環境によるストレスなく、解析を行って頂けます。
Affymetrix GeneChip® Human Transcriptome Arrayについては、Microarray Data Analysis toolは非対応です。Affymetrix社の専用解析ソフトウェア「Transcriptome Analysis Console(TAC) Software」をご使用ください。
    詳細は、こちら ≫≫≫ MicroArray Data Analysis Tool のご提供について(無償)
データマイニングサービスをご希望の方のために・・・(有償サービス)
DNAマイクロアレイ実験から得られた膨大なデータをもとに、当社内のバイオインフォマティクス専門担当者によるデータマイニングサービスを有償提供しています。必要な解析項目をご選択頂き、作業を進めていくため、作業内容が明瞭でわかりやすく、安価にサービスをご利用頂けます。
  詳細は、こちら ≫≫≫ データマイニングサービスのご提供について(有償)

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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