製品情報・受託サービス情報 What's New!　製品・サービス情報　ダウンロード　e-mail_news登録　　　　 会社情報 概要　ミッション　アクセス　リクルート　連絡先　ビジネスパートナー　ライセンス　個人情報保護方針 Home＞製品・サービス情報＞受託サービス＞データマイニング＞データマイニングサービス（有償）＞解析例 製品・サービス情報 　　 受託サービス サービス別ラインナップ ・データマイニング + マイクロアレイ ・ Microarray Data Analysis tool ・ データマイニングサービス - ラインナップ・価格 - 解析フローチャート - 解析内容の詳細 - 解析例 - QCシート 　　 科学機器 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ 　　 試薬・材料・消耗品 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ 　　 ソフトウェア 製品別ラインナップ メーカー別ラインナップ データマイニングサービス（マイクロアレイ） / 解析例 ラインナップ・価格 / 解析フローチャート / 解析内容の詳細 / 解析例 / QCシート フィルジェンでは、大好評の解析ソフトウェア「Microarray Data Analysis tool」の無償提供に加え、マイクロアレイの各種データ解析をサポートする「データマイニングサービス」もご提供しています。 これまで、「データマイニングサービスは、内容･価格がわかりにくく、申し込みしづらい。」と感じていたお客様のために、内容がわかりやすく、さらに必要な解析項目だけ選択でき、加えて安価な価格でご利用頂けるサービスをご用意しました。 「解析フローチャート」をご参照頂ければ、どの解析項目を選択すればよいかなどが、ご理解頂けると思います。 論文投稿するためには、どの様な解析を行えばよいのか、どの様な点に注意すればよいのか、これは、解析を進める上で重要なポイントとなります。実験内容や繰り返し実験の有無によって、他手法との相関実験や統計検定の必要性など、留意すべきポイントがいくつかあります。ここでは、実験目的別でのデータマイニングサービスとその組み合わせ解析例およびポイントについて説明します。 遺伝子・機能のスクリーニング ノックアウトマウスと野生型マウス、癌細胞と正常細胞などを比較し、それぞれの表現型を特徴づける遺伝子とその機能を大まかに調べたい場合の解析例です。 2, 3サンプルという例が多く、再現性やサンプルの個体差による影響までは考慮していません。そのため、リアルタイムPCRなど他の手法による検証と組み合わせてデータをまとめていく必要があります。（*リアルタイムPCR該当ページへ) 解析例1 データセット GeneChipTM Mouse Gene 2.0 ST Array 　2サンプル1比較 サンプル 特定の遺伝子についてのノックアウトマウスと野生型マウス 目的 ある遺伝子のノックアウトによってどの様な遺伝子が発現変化するか調べ、同時に発現変動が起きた遺伝子について生物学的機能を確認する。 サービス名 Gene Ontology解析サービス 解析の流れ お客様 ① Cutoff/ノイズデータの除去(Negative controlなどを指標に行ってください。) ② マイクロアレイ比較データから、Test/Control比が2以上と0.5以下のデータを抽出します。この段階で2種類の遺伝子リストが作成できます。 *変動遺伝子の数が多い場合は、閾値の条件を3倍などに切り上げたり、Cutoffの条件をあげて、抽出数を減らします。 ③ 作成した抽出遺伝子リストを弊社にご送付頂きます。 *弊社納品データの抽出結果をそのままご利用の場合や抽出条件をご指定の場合は、リストを送る必要はありません。 ↓ 当社　＊Gene Ontology解析サービス(2リスト) ④ ご送付頂いた抽出遺伝子リストを元に、2倍以上発現遺伝子群と、0.5倍以下発現遺伝子群、それぞれについて、Gene Ontology解析を行います。 Gene Ontologyは、遺伝子ごとに付けられる生物学的機能を表しているので、抽出遺伝子リスト内にどの様なGene Ontologyをもつ遺伝子が多いかを調べることにより、遺伝子ノックアウトがどの様な影響を及ぼしているのか推測することができます。 ⑤ 解析結果をお客様へ納品致します。 解析例2 データセット GeneChipTM miRNA 4.0 Array　2色法1比較 サンプル ヒト癌細胞と非癌細胞 目的 非癌細胞と比べて癌細胞ではどんなmicroRNAが発現しているのか調べ、さらにそのmicroRNAがどの様な遺伝子に作用し、それら遺伝子は細胞内でどの様なパスウェイに関わっているかを推測する。 サービス名 microRNA機能推定Pathwayサービス（セット解析） 解析の流れ お客様 ① Cutoff/ノイズデータの除去(Negative controlなどを指標に行ってください。) ② マイクロアレイ比較データから、Test/Control比が1.5以上のデータ、つまり非癌細胞に比べて癌細胞で発現量が1.5倍以上になっているmicroRNAを抽出します。 ③ 解析対象とするmicroRNAを弊社にご連絡ください。 ↓ 当社　＊microRNA機能推定Pathwayサービス（1microRNA）　1解析 ④ ご送付頂いたmicroRNAについて、Pathway解析を行います。 microRNAは、ターゲットとなる遺伝子の働きを阻害するので、ターゲットとなる遺伝子にどんなパスウェイに属しているものが多いかを調べることにより、癌細胞ではどんなパスウェイが抑制されるか推測することができます。本サービスでは、変動があり、なおかつターゲット遺伝子を複数持つmicroRNAを1つご選択ください。 ⑤ 解析結果をお客様へ納品致します。 繰り返し実験を含む多サンプルを用いた解析 多数の臨床検体などを用いて、疾患群と正常群にサンプルをグループ分けし、統計的手法を用いて、疾患関連遺伝子の抽出、機能解析などを行うときの解析例です。繰り返し実験を行っているので、再現性や個体差によるバイアスを除去するために、統計的な検定を求められることが多くあります。マイクロアレイ実験に関する論文では、多くの場合、下記の流れで解析を行っています。 　１．信頼性の低いノイズデータの除去 　２．統計検定による解析対象遺伝子の検定 　３．クラスタリングによる遺伝子分類 　４．特徴クラスターの抽出 　５．各クラスターの生物学的な意味づけ 解析例3 データセット GeneChipTM Human Gene 2.0 ST Array　8サンプル2比較 サンプル 特定の疾患の臨床検体（4サンプル）と健常者の検体（4サンプル） 目的 患者サンプルにおいて、統計的有意に発現変動している遺伝子の抽出と機能解析を行い、疾患の分子メカニズムを解明する。 サービス名 統計検定解析サービス 階層クラスタリング解析サービス Gene Ontology解析サービス 解析の流れ お客様 ① 解析対象となるデータセットを弊社に送付します。あるいは弊社で納品した解析結果のファイル名にてご連絡ください。 ↓ 当社　＊統計検定解析サービス(1解析) ② Cutoff/ノイズデータの除去 統計検定解析サービスで疾患群と非疾患群のサンプルを比較して、統計的有意差をもつ遺伝子を抽出します。ここでは、2群間の比較となりますので、Student t-testを用い、P-valueを算出します。 ③ 統計検定の結果をお客様にご連絡します。 ↓ お客様 ④ 解析結果より、階層クラスタリング解析に使用するデータを抽出します。 一般的にP-valueが0.05あるいは0.01以下のデータを、有意差のあるデータとしてその後の解析対象遺伝子とします。 ⑤ 解析対象とする遺伝子群を弊社にご連絡ください。 ↓ 当社　＊階層クラスタリング解析サービス(1解析) ⑥ 抽出した遺伝子群に対して、階層クラスタリング解析を行い、結果をお客様にお返し致します。 ↓ お客様 ⑦ 解析結果より、Gene Ontology解析に使用するデータを抽出します。ここではクラスタリング結果より正常群と疾患群を識別できるクラスターの抽出を行います。 ⑧ 抽出したクラスターの遺伝子リストを弊社にお送り下さい。 ↓ 当社　＊Gene Ontology解析サービス(2リスト) ⑨ 抽出した各クラスターについて、Gene Ontology解析を行い、疾患によって発現量が増加または減少している遺伝子に、どの様な機能をもつものが多いのかについて、解析を行います。 ⑩ 解析結果をお客様に納品致します。 複数の実験条件を対象とした解析 タイムコース実験や薬物効果の濃度依存性、多種類の疾患などの条件の下で、遺伝子だけではなくサンプルに対しても、データに基づくクラス分けを行いたい場合の解析例です。比較数が多く、同一条件による繰り返し実験はない場合が多数です。この場合も再現性などに問題があるので、リアルタイムPCRなど他手法による検証と組み合わせてデータをまとめていく必要があります。 解析例4 データセット GeneChipTM Rat Gene 2.0 ST Array 　5サンプル4比較 サンプル 薬物非投与のRatをコントロールとし、4種類の濃度（10nM、50nM、100nM、500nM）の薬物投与Ratをテストサンプルとする。 目的 4比較分の薬物投与Ratについて、薬物濃度によって発現量が様々なパターンで変化する遺伝子群の抽出、また、その抽出された遺伝子群の機能解析を行う。 サービス名 階層クラスタリング解析サービス Gene Ontology解析サービス 解析の流れ お客様 ① 解析対象となるデータセットから、Cutoff/ノイズデータの除去 ② 繰り返し実験がないため、この場合、統計検定ができません。そのため、マイクロアレイデータから4比較のうち1比較でも発現量が2倍以上、または0.5倍以下になっている遺伝子を抽出し、解析対象とします。 ③ 作成した抽出遺伝子リストを弊社に送付します。 ↓ 当社　＊階層クラスタリング解析サービス(1解析) ④ ご送付頂いた抽出遺伝子リストを元に、階層クラスタリング解析を行います。この解析を行うことによって、濃度変化によってどの様な発現パターンを示す遺伝子群があるのかを調べることができます。また、どのサンプル同士の発現プロファイルが似ているのかを調べることもできます。また、本サービスでは、手法の違う4種の階層クラスタリングの解析結果をご提出します。 ⑤ 階層クラスタリングの解析結果をお客様にご送付します。 ↓ お客様 ⑥ 階層クラスタリングの解析結果から特徴的なクラスターを抽出します。各濃度別で特徴的なクラスターを4パターン抽出します。各クラスターに含まれる遺伝子群をリストから抽出し、遺伝子リストを作成します。 ⑦ 作成した抽出遺伝子リストを、弊社にお送り下さい。 ↓ 当社　＊Gene Ontology解析サービス(4リスト) ⑧ ご送付頂いた抽出遺伝子リストを元に、特定の発現パターンを示す遺伝子についてのGene Ontology解析を行います。Gene Ontologyは、遺伝子ごとに付けられる生物学的機能を表しているので、抽出遺伝子リスト内にどの様なGene Ontologyをもつ遺伝子が多いかを調べることができます。 ⑨ 解析結果をお客様に納品致します。 解析例5 データセット GeneChipTM Mouse Gene 2.0 ST Array 　6サンプル5比較 サンプル 薬物非投与のMouseをコントロールとし、5種類の別々の薬物を投与したMouseをテストサンプルとする。 目的 5比較分の薬物投与Mouseについて、薬物特異的に発現が変化する遺伝子群の抽出、また、各比較データにおける変動遺伝子群の該当Pathwayのうち、薬物特異的なPathwayをみつける。 サービス名 変動遺伝子サービス Pathway比較解析サービス 解析の流れ お客様 ① 解析対象となるデータセットを弊社に送付します。 ↓ 当社　＊変動遺伝子サービス(1比較＋追加3比較) ① 解析対象となるデータセットから、Cutoff/ノイズデータの除去。 ② 繰り返し実験がないため、統計検定ができません。そのため、マイクロアレイデータから5比較のうち1比較でも発現量が2倍以上、または0.5倍以下になっている遺伝子を抽出し、解析対象とします。 ③ 最初に変動遺伝子サービスで、5比較分のデータから実験間で共通に変動、さらに実験特異的に変動している遺伝子を抽出致します。その後、各比較データの変動遺伝子群から共通変動遺伝子群を差し引き、各比較データにおいて、特異的な遺伝子群の抽出を行います。 ④ 変動遺伝子の抽出結果をお客様にご送付します。 ↓ お客様 ⑤ お送りしたリストより、Pathway比較解析サービスで用いるリストをご選択頂きます。(1)個別の比較データから抽出した変動遺伝子群を用いて解析する場合と、(2)③の過程で抽出した、個別の比較データから共通変動遺伝子を除いた実験特異的な変動遺伝子群を用いた解析ができます。前者の場合は、Pathway比較解析サービスを行うことで、実験特異的、または、共通で有意なPathwayを確認することができます。後者の様に、遺伝子レベルの段階で実験特異的な遺伝子群に絞っている場合、個別の実験特異的な遺伝子群に対して、Pathway解析サービスを行うことを推奨します。ここでは、各比較データより抽出した2倍以上の変動遺伝子リストを用います。 ⑥ 解析対象とする遺伝子リストについて弊社までご連絡ください。 ↓ 当社　＊Pathway比較解析サービス(2リスト＋追加3リスト) ⑦ Pathway比較解析サービスでは、お客様から頂いた遺伝子リストを元に5比較分のデータそれぞれにおいて、各PathwayのP-valueを計算します。そして、このP-valueの値を用いてPathwayクラスタリングを行い、クラスタリング図を作成します。この図では統計学的に有意なPathwayが色付けされているので、実験ごとに特異的、または、共通に有意なPathwayがすぐに確認できます。 ⑧ 解析結果をお客様に納品致します。 お問い合わせ　バイオインフォマティクス部： biosupport@filgen.jp　P.052-624-4388 https://filgen.jp/ Copyright (C) 2004-2021 Filgen, Inc.　All Rights Reserved.