製品情報・受託サービス情報
What's New! 製品・サービス情報 ダウンロード e-mail_news登録  Facebook  Twitter
会社情報
概要 ミッション アクセス リクルート 連絡先 ビジネスパートナー ライセンス・特許 個人情報保護方針
Home製品・サービス情報受託サービスマイクロアレイSNPアレイ受託解析>Affymetrix® Axiom® Array


製品・サービス情報
  
受託サービス
サービス別ラインナップ
・マイクロアレイ
遺伝子発現解析
CNVアレイ
Non-coding RNAアレイ
SNPジェノタイピングアレイ
- illumina Omni BeadChip
- Affymetrix® Genome-Wide Human SNP Array
- Affymetrix® Axiom® Array
DNAメチル化アレイ
ChIP-chipアレイ
  
科学機器
製品別ラインナップ
メーカー別ラインナップ
  
試薬・材料・消耗品
製品別ラインナップ
メーカー別ラインナップ
  
バイオインフォマティクス
ソフトウェア
製品別ラインナップ
メーカー別ラインナップ

 ハイスループットSNPジェノタイピングアレイ受託解析
 Affymetrix
® Axiom® Array 受託解析サービス 
Affymetrix® Axiom® Array を用いた受託解析サービスをご提供致しております。96サンプルを同時に解析でき、ゲノムワイドなSNPジェノタイピングをハイスループットに行います。ゲノムワイド関連解析(GWAS)など、多検体のSNPタイピングに適しています。本サービスの解析作業は、業務提携先(Affymetrix認定サービスプロバイダー)である DNA Link社で実施します。

Axiom® Genotyping Solution について

本サービスで使用するAxiom® Genotyping Solutionは、検証済みのSNPで構成されるAxiom® Genomic Databaseからコンテンツを選択した、レディーメイドもしくはカスタムメイドのアレイプレート、専用の試薬キット、データ解析ツール、GeneTitan® Multi-Channel(MC) Instrumentを利用して完全に自動化されたワークフローで構成されています。  

【構成内容】
Axiom® Genome-Wide Arrays ヒト疾患研究:各集団に最適化されたヒトAxiom® Genome-Wide Array Platesシリーズ。白人、アジア人、西アフリカ人集団で頻度の高いまたは低いSNPと挿入/欠損(in/del)のゲノムカバー率が最大になる様に事前にデザインされています。
農業ゲノミクス:Axiom® Genome-Wide BOS1 Array Plate。Bos taurus, Bos indicusなどの肉牛及び乳牛における遺伝学的、物理的SNPカバー率が最大化されています。
Axiom® myDesign(TM) Genotyping Arrays 完全にカスタマイズ可能なAxiom® myDesign Genotyping Plates。Axiom® Genomic Databaseから選択される1,500〜260万SNP、またはシークエンシングイニシアチブから取得されるお客様独自のマーカーに対応可能です。
Axiom® Genomic Database 独自に構築された生物学的及び解析的に検証済みのゲノムマーカーのデータベース、HapMap、1000Genomes Project、NHGRI GWAS Catalogのコンテンツを含み、Axiom® myDesignプログラムのSNP選択を容易にします。
Axiom® Assay Axiom 2.0 Reagent Kitは、プレート1枚につき、96反応を並行処理するためのユニバーサルな自動化ワークフローを可能にする様最適化され、実証されたアッセイキットです。
Beckman Biomek® FXP Target Prep Express System及び、GeneTitan® MC Instrumentを活用した手動または完全自動化ワークフロー。
Genotyping Console(TM) Software(GTC) 自動化アレルコールと遺伝子型の品質評価のための包括的で使いやすいソフトウェアツール。
完全自動化されたハンズフリーのワークフロー Beckman Biomek® FXP Target Prep Express System及び、GeneTitan® MC Instrument に基づいています。

【特長】
最高の遺伝的カバー率 Axiom Genomic Databaseに登録されている11,000,000個の検証済みSNPによって、1000Genomes Project、HapMap、NHGRIなどから得られる頻度の高い変異と低い変異について業界最高のカバー率を実現。各変異は、数多くの生物学的サンプルで幅広く検証されており、配列決定エラーによるものではないこと、マイナーアレルを高い信頼度で検出可能であること、Axiomアッセイで一貫して機能することが確認されています。
柔軟なフォーマット Axiom Genomic Databaseから得られる検証済みのマーカー、または、お客様独自のターゲット配列を用いて、1,500〜260万個のマーカーを搭載したアレイをデザインして頂けます。
迅速な結果 検証済みマーカー及びワークフローによって、実際のデザインとアッセイの最適化に要する時間を短縮。
高い処理能 自動化されたサンプル処理システムの導入と18時間以下に短縮されたハンズオン時間により、1週間あたり760サンプルを処理できます。
データの信頼度 事前に最適化された試薬と検証済みのワークフロー、そして経験的に実証されたSNPの組み合わせが、最高の信頼度を備えた結果を生みます。

【合理化されたアッセイ】

全ゲノム(200ng)を増幅し、25〜125塩基対(bp)の断片にランダムに断片化します。これらの断片を生成し、Axiom Genome-Wide and myDesign Array Platesにハイブリダイズさせます。ハイブリダイゼーション後、結合したターゲットを厳しい条件下で洗浄することにより、非特異的なバックグラウンドを除去し、ランダムなライゲーション反応によって生じるバックグラウンドのノイズを最小限に抑えます。各々の多型ヌクレオチドは、アレイ表面で繰り広げられるマルチカラーのライゲーション反応を通じて検出されます。ライゲーション後、アレイを染色し、GeneTitan MC Instrument上で画像を取得します。


アレイのラインナップ

Axiom® Genome-Wide Exsome Array Plate 非同義SNPと同義SNP、ならびにスプライシングと停止コドンのバリアントを含めた30万を超えるコーディングSNPを搭載。1000ゲノムプロジェクトPhaseTのドラフトエクソームコールから得られた約3万のSNPとインデルを搭載。疾患関連の機能性バリアントをスクリーニングするための最適なアレイ。
Axiom® Genome-Wide Exsome Plus Array Plate 1000ゲノムプロジェクトPhaseTのドラフトエクソームコールから得られた約3万のSNPとインデル(約30万マーカー)に最大10万のカスタムマーカーを搭載可能。
Axiom® Genome-Wide Human Origins 1 Array Plate 11種の現代のヒト集団および初期のヒト科生物の62.9万個のSNPを搭載。ヒトや人種分布の起源・進化研究用にHarvard Medical School Dept of GeneticsのDr. David Reichと共同で開発されたアレイ。
Axiom® Genome-Wide CEU 1 Array Plate ヨーロッパ人集団にみられる頻度の低い変異(MAF>1%)のカバー率を最大化したGWAS用アレイプレート。
Axiom® Genome-Wide ASI 1 Array Plate 東アジア人(JPTおよびCHB)のゲノムの共通配列にみられる頻度の低いアレル(MAF>1%)のゲノムカバー率を最大化したGWAS用アレイプレート。
Axiom® Genome-Wide CHB 1 Array Plate 漢民族系中国人のゲノムに見られる頻度の高い変異(MAF>5%)の遺伝的カバレージを最大化したGWAS用アレイプレート。
Axiom® Genome-Wide CHB 2 Array Plate 漢民族系中国人のゲノムに見られる頻度の高い変異(MAF 2-5%)の遺伝的カバレージを最大化したGWAS用アレイプレート。
Axiom® Genome-Wide EUR 1 Array Plate(World Array1) 疾患に関連した頻度の高い変異および頻度の低い変異をカバーし、GWAS、レプリケーション、ファインマッピングを一度にできる様にデザインされたアレイプレート。北ヨーロッパ人種での遺伝的カバレージを最大化する様にマーカーを選択。
Axiom® Genome-Wide EAS 1 Array Plate(World Array2) 疾患に関連した頻度の高い変異および頻度の低い変異をカバーし、GWAS、レプリケーション、ファインマッピングを一度にできる様にデザインされたアレイプレート。ヨーロッパ人種と東アジア人種での遺伝的カバレージを最大化する様にマーカーを選択。
Axiom® Genome-Wide AFR 1 Array Plate(World Array3) 疾患に関連した頻度の高い変異および頻度の低い変異をカバーし、GWAS、レプリケーション、ファインマッピングを一度にできる様にデザインされたアレイプレート。アフリカ系アメリカ人種での遺伝的カバレージを最大化する様にマーカーを選択。
Axiom® Genome-Wide LAT 1 Array Plate(World Array4) 疾患に関連した頻度の高い変異および頻度の低い変異をカバーし、GWAS、レプリケーション、ファインマッピングを一度にできる様にデザインされたアレイプレート。西アフリカ、ヨーロッパ、アメリカ先住民人種での遺伝的カバレージを最大化する様にマーカーを選択。
Axiom® Biobank Genotyping Array バイオバンクサンプルなど、大規模なコホート研究に適する様にデザインされ、低コストな解析を可能にしたアレイプレート。GWAS用マーカー、Exomeマーカーに加え、Loss of function SNP, Pharmacogenomics, eQTLマーカーなどを搭載。
Axiom® Biobank Plus Genotyping Array BioBank Genotyping Arrayに115,000マーカーまでのカスタムコンテンツの搭載が可能なアレイプレート。
Axiom® miRNA Target Site Genotyping Array miRNAのターゲットサイトのジェノタイピングが可能な唯一の市販アレイ。miRNAプロモーター、miRNAシードサイト、miRNAターゲットバインディングサイトなどにある、既知および予測されるSNPやインデルマーカーを搭載。
Axiom® miRNA Target Site Genotyping Plus Array miRNA Target Site Genotyping Arrayに、170,000マーカーまでのカスタムコンテンツの搭載が可能なアレイプレート。
Axiom® Genome-Wide BOS1 Array 肉牛、乳牛の10のウシ品種において、限られたSNP数で最大の遺伝学的カバレージを得るため、独自のプロセスによりデザイン。
Axiom® Genome-Wide Chicken Genotyping Array ブロイラーや採卵用の鶏の複数の品種をカバーした、市販ではじめての鶏用ゲノムワイドジェノタイピングアレイ。アカデミックおよび家禽業界のリーダーによる共同研究によりデザイン。
Axiom® Buffalo Genotyping Array 複数の種にわたるWater BuffaloのSNPのゲノムワイドなカバレージを最大化したアレイ。International Buffalo Genome Consortiumにて開発。
Axiom® Strawberry Genotyping Array 8倍体であるイチゴのジェノタイピングを可能にした、初めてのアレイ。
Axiom® Salmon Genotyping Array Atlantic salmonの約13万SNPを搭載。The Roslin Institute(University of Edinburgh), Edinburgh Genomics, Landcatch Natural Selection Ltd., University of Striling, and Unicersity of Glasgowとの共同研究。
Axiom® myDesign(TM) TG Array SNP検証研究、候補遺伝子研究、ファインマッピング研究のターゲットジェノタイピング用に1,500〜500,000個のタグ付けされたSNPを搭載。
Axiom® myDesign(TM) GW Array レプリケーション、ゲノムワイド関連解析用に、500,000〜260万個のタグ付けされたSNP搭載。


解析の流れ


フィルジェン株式会社 バイオサイエンス部 受託解析センター

1. 解析内容の打ち合わせ
 ご希望のアレイやサンプル数などの内容をお聞きします。お見積もり、必要サンプル量などの情報をご連絡いたします。。
 ↓

2. サンプル送付
 解析サンプルを、QCシートと同封の上、弊社までお送り下さい。
 送付された内容物を弊社で確認し、弊社からDNA Link社にサンプルを送付します。
  *本サービスは、海外での解析という性質上、サンプルを受け取った以降のキャンセルはお引き受けできません。
 ご発送は、代理店へご依頼いただくか、直送願います。
 発送の際の送料は、お客様負担となります。(着払いは受け取りできませんので、ご注意ください。)

サンプル 輸送温度 ご送付サンプル量
ゲノムDNA 冷凍状態で保存されている場合: -80℃(ドライアイス詰めで冷凍便)
4℃で保存されている場合: 冷蔵便
1ug以上

O.D.260/O.D.280:1.8〜2.0、
O.D.260/230:1.8以上(推奨)
Buffer: TE bufferをご使用ください。

 *サンプルのご準備および送付方法に関する注意事項
サンプルの発送は、必ず、「サンプル送付方法およびご注意点(PDF)」をご参照の上、その内容に従って行ってください。
DNase、RNaseフリーのスクリューキャップ式の1.5mLエッペンチューブをご使用ください。
DNAサンプルは、電気泳動にて明瞭なバンドが検出され、分解がないことをご確認ください。サンプル送付時に、電気泳動写真を添付してください。
サンプル到着後、OD測定及び電気泳動による濃度・純度などの確認を行います。その結果によっては、DNAサンプルの再送をお願いする場合があります。予めご了承ください。
再度サンプルをお送り頂く場合、別途送料をご請求させて頂きます。
ゲノムDNAは、凍結融解をできるだけ避け、4℃でTE Bufferにて保存してください。長期保存の場合は、-20℃、又は、-80℃で保存してください。
送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れが起きない様にしてください。
サンプルの入ったチューブに油性マジックでサンプル名を明記し、遠心チューブやチューブボックス等に入れ、砕いたドライアイスとともに、梱包してください。DNAの場合は、アイスバックなどとともに梱包し、クール便でお送り下さい。ただし、DNAが冷凍状態で保存されている場合は、砕いたドライアイスとともに梱包して、クール便でお送り下さい。
組織・細胞をご送付の際には、ペレット状態にして、十分量のドライアイスを同梱の上、冷凍宅急便にて凍結状態にてご送付ください。
お預かりできるサンプルは、BSL2(バイオセーフティレベル2)までのものに限らせていただきます。感染性が著しく高いサンプル(HIV, HCV, HBVウイルスに感染していることが確認されている患者由来の検体など)は、お受けできませんので、ご了承ください。
ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供願います。
ご提供頂くサンプル及び本作業から生じる知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセントなどの問題については、弊社では、一切の責を負いかねます。
お送り頂いたサンプルは、ご返却いたしかねます。実験後のサンプルにつきましては、基本的には、弊社側にて破棄させて頂きますので、ご了承ください。
本事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。

DNA Link社

3. サンプルの品質チェック
 アガロースゲル、分光光度計などにより、品質(QC:Quality Control)チェック及び濃度測定を行います。
 QCチェック結果は、サンプル受領日から10営業日以内を目安にご報告いたします。

 サンプル受領後、QCチェック結果が芳しくない場合は、以下のいずれかを選択してください。
 a. 追加の精製を行う(追加精製で問題が解決される場合)。
   この場合、サンプルの精製料金が別途必要となります。
 b. 再度新しいサンプルをご用意ください。この場合、別途送料(海外)が必要となります。
 c. お客様の同意の上、同じサンプルで実験を進めます。ただし、この場合、データの保証はされません。
   結果如何によらず、通常料金をご請求させて頂きます。
 *本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受け出来ません。
  やむを得ない理由で、キャンセルする場合は、それまでの工程に応じた料金をご請求させて頂きます。
 ↓

4. マイクロアレイ解析
  Axiom® Array は、Affymetrix®社の推奨する以下の手順でターゲットサンプルの調整及び、全自動化装置によるハイブリダイゼーション、スキャンニング等の作業を行います。解析には、Affymetrix社が推奨する試薬・ソフトウェアを使用します。
  a. DNA増幅
  b. 断片化処理
  c. Axiom® Array とのハイブリダイゼーション
  d. ポリメラーゼによる伸張反応
  e. 蛍光標識
  f. スキャンニング
 ↓

5. 解析データのご報告

スキャンニングシグナルを数値化した後、データ作成を行い、解析結果を、CD-ROMに収めて、ご報告します。

 (納品データ)
 ・Sample QC report(Excel)
 ・Raw data(.cel format) *右図参照
 ・Cell rate, gender check,
  familial check summary(Excel)
 ・Genotype call(Excel)


価格/納期


【価格】
サービス名 数量 税別単価 Cat.#
Axiom® Genome-Wide Exsome Array Plate 受託解析 96サンプル単位で受付 お問合せ F-DLINK-901861
-(サンプル数)
Axiom® Genome-Wide Exsome Plus Array Plate 受託解析 96サンプル単位で受付
480サンプルより受付
お問合せ F-DLINK-000838
-(サンプル数)
Axiom® Genome-Wide Human Origins 1 Array Plate 受託解析 96サンプル単位で受付 お問合せ F-DLINK-901853
-(サンプル数)
Axiom® Genome-Wide CEU 1 Array Plate 受託解析 96サンプル単位で受付 お問合せ F-DLINK-901608
-(サンプル数)
Axiom® Genome-Wide ASI 1 Array Plate 受託解析 96サンプル単位で受付 お問合せ F-DLINK-901640
-(サンプル数)
Axiom® Genome-Wide CHB 1 Array Plate 受託解析 96サンプル単位で受付 お問合せ F-DLINK-901764
-(サンプル数)
Axiom® Genome-Wide CHB 2 Array Plate 受託解析 96サンプル単位で受付 お問合せ F-DLINK-901842
-(サンプル数)
Axiom® Genome-Wide EUR 1 Array Plate(World Array1) 受託解析 96サンプル単位で受付 お問合せ F-DLINK-901787
-(サンプル数)
Axiom® Genome-Wide EAS 1 Array Plate(World Array2) 受託解析 96サンプル単位で受付 お問合せ F-DLINK-901847
-(サンプル数)
Axiom® Genome-Wide AFR 1 Array Plate(World Array3) 受託解析 96サンプル単位で受付 お問合せ F-DLINK-901848
-(サンプル数)
Axiom® Genome-Wide LAT 1 Array Plate(World Array4) 受託解析 96サンプル単位で受付 お問合せ F-DLINK-901849
-(サンプル数)
Axiom® Biobank Genotyping Array 受託解析 96サンプル単位で受付 お問合せ F-DLINK-902186
-(サンプル数)
Axiom® Biobank Plus Genotyping Array 受託解析 96サンプル単位で受付
480サンプルより受付
お問合せ F-DLINK-000854
-(サンプル数)
Axiom® miRNA Target Site Genotyping Array 受託解析 96サンプル単位で受付 お問合せ F-DLINK-902163
-(サンプル数)
Axiom® miRNA Target Site Genotyping Plus Array 受託解析 96サンプル単位で受付
2880サンプルより受付
お問合せ F-DLINK-000853
-(サンプル数)
Axiom® Genome-Wide BOS1 Array 受託解析 96サンプル単位で受付 お問合せ F-DLINK-901791
-(サンプル数)
Axiom® Genome-Wide Chicken Genotyping Array 受託解析 96サンプル単位で受付 お問合せ F-DLINK-902148
-(サンプル数)
Axiom® Buffalo Genotyping Array 受託解析 96サンプル単位で受付 お問合せ F-DLINK-520951
-(サンプル数)
Axiom® Strawberry Genotyping Array 受託解析 96サンプル単位で受付 お問合せ F-DLINK-550466
-(サンプル数)
Axiom® Salmon Genotyping Array 受託解析 96サンプル単位で受付 お問合せ F-DLINK-550452
-(サンプル数)
Axiom® myDesign(TM) TG Array 受託解析 96サンプル単位で受付
480サンプルより受付
お問合せ -
Axiom® myDesign(TM) GW Array 受託解析 96サンプル単位で受付
480サンプルより受付
お問合せ -
* 本サービスは、96サンプル単位での受注となります。
* 本サービスには、基本的なバイオインフォマティクスサービスを含みます。
* Axiom Genome-Wide Exome Plus Array/Axiom myDesign TG Array/Axiom my Design GW Array/Axiom Biobank Plus Genotyping Array は、480サンプルより承ります。
* Axiom miRNA Target Site Genotyping Plus Array は、2,880サンプルより承ります。

【納期】
DNA Link社に、アレイ在庫がある場合は、サンプル到着後、約1ヶ月程度です。
DNA Link社に、アレイ在庫がない場合は、アレイの入荷に別途3週間〜1ヶ月程度かかる場合があります。


本ページは、DNA Link社のホームページに掲載されている情報を引用させて頂いております。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
Copyright (C) 2004-2017 Filgen, Inc. All Rights Reserved.