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 Affymetrix GeneChip® Arrays 受託解析サービス
 
(レディーメイドDNAマイクロアレイ受託解析サービス)

フィルジェンでは、World StandardなDNAマイクロアレイである、Affymetrix社のGeneChip® Arraysを用いて、受託解析サービスをご提供しています。

Performance / 概要・価格

GeneChip®のPerformance
 

<最高レベルの再現性と感度>

Microarray Quality Controlプロジェクト(MAQC)の結果によって、アフィメトリクスがマイクロアレイのゴールドスタンダードであると考えられており、GeneChip®を用いて28,290報(2013/11/20現在)の科学論文が発表されてきた理由が実証されています。MAQCにおいてアフィメトリクスのテクノロジーは、最も再現性が高く、高感度で信頼できる発現データを生成しました。MAQC研究に参加した企業のうち、結果からのデータの除外や別のアレイでの再解析が発生しなかったのは、アフィメトリクスだけでした。MAQC研究は、厳密なプラットフォーム比較を目的としてデザインされたものではありませんが、結果は明らかでした。アフィメトリクスのプラットフォームは、以下の性能を実現しました。

最高レベルの施設内・施設間再現性
各施設で各サンプルから最高品質のデータを得ることが必要な、他施設臨床研究で重要です。文献データとの比較など際にも重要です。
最高レベルの感度
実際のサンプルの微小な遺伝子発現変化の検出に重要です。
最高レベルの信頼性
アレイの不具合によるサンプル浪費の発生を最小限にするために重要です。
最も包括的な外部コントロール
結果を正確に解釈するための変動原因の評価に重要です。

<GeneChip® アレイの合成工程>


光化学反応で取り除くことができる保護基を持った合成リンカーを石英ガラスの基板上に結合させておき、マスクと呼ばれる遮蔽物質を通して紫外線の光を照射することにより、特定の領域だけ保護基を脱離させ、水酸基を露出させる。
脱保護可能な保護基で修飾されたデオキシヌクレオチドのうちのいずれか1種類と反応させると、前のステップで光が照射された部分でのみ、重合反応が起こる。
次のラウンドの脱保護とカップリング反応を行うために、別のマスクで基板上の異なる領域を照射し、ヌクレオチドの重合反応が繰り返される。
この様に異なるマスクを適用した保護基の脱保護と、A, C, T, Gそれぞれの塩基を持ったヌクレオチドモノマー前駆体のカップリング反応を、プローブが通常25塩基である全長に達するまで繰り返すことで、アレイ基板上の特定の領域に、任意の配列のオリゴヌクレオチドプローブを合成することが可能となる。


1.
フォトリソグラフィックマスクを利用して、活性化させたい部位を特異的に光照射します。





2.
光照射した領域が活性化されます。





3.
ヌクレオチドとインキュベーションすると、活性化された位置においてのみ化学的なカップリング反応が起こります。




4.
次に新規のマスクパターンを使用します。





5.
1〜3と同様のカップリングステップが繰り返されます。




6.
この過程を繰り返して目的とする25merのオリゴヌクレオチドプローブを合成します。

<マイクロアレイデザイン・プローブデザイン>

【Clariom(TM) Assay】
(Clariom D Assay)
Clariom Dは、600万を超えるプローブが搭載されたアフィメトリクスによる次世代型超高密度マイクロアレイです。プローブは、コード転写産物だけでなく、非コード転写産物やエクソン間のスプライス接合部にもデザインされており、全転写産物愛想フォームのプロファイリングのほか、non-coding RNA(lncRNA)の解析などに用いることができます。
Clariom Dは、遺伝子発現解析を超えたバイオマーカー探索のための最適なツールです。

(Clariom S Assay)
Clariom S Assayは、遺伝子レベルでのトランスクリプトームビューを提供する、ヒト・マウスおよびラット試験用の次世代全トランスクリプトーム遺伝子レベル発現プロファイリングツールです。Clariom S Assayは、アクショナブルな結果への最も簡便かつ最もスケーラブルな最速パスを提供します。新規のClariom S Assayデザインは、業界をリードするAffymetrixのマイクロアレイ技術を基に、アノテーションが十分な既知遺伝子を広範にカバーし、各種臨床検体やスケーラブルなフォーマットおよびフレキシブルなデータ解析用ソフトウェアを用いた研究を可能にしました。Clariom S Assayは、機能が明らかな発現バイオマーカーをできるだけ迅速に簡単に低コストで見つけるための最適なツールです。


【Exon ST Array】
転写産物全領域において、各Exonごとに特異的なプローブを4つデザイン(平均40プローブ)。1遺伝子あたり約40個のプローブを備えており、遺伝子発現と選択的スプライシングという2つの相補的なレベルの解析が可能です。1つのエクソンに複数のプローブが対応しているため、「エクソンレベル」の解析が可能であり、1つの遺伝子の異なるアイソフォームを区別できます。この様な全ゲノム規模のエクソンレベル解析は、疾患のメカニズムや病因に中心的な役割を果たしている可能性のある、エクソンの特異的な変化の検出を可能とします。もう1つの「遺伝子レベル」での解析では、異なるエクソンにある複数のプローブのデータを、同一の遺伝子に由来するすべての転写産物の発現値にまとめます。エクソンアレイは、実験的な証拠のある転写配列や予測される転写配列など、ゲノムを最も包括的にカバーしたアレイで、これまで同定されていない新規転写産物の発見を可能にします。

【Gene ST Array】
転写産物全領域に渡って特異的なプローブを複数デザイン(平均21〜27プローブ)。デザインは全て最新のゲノムコンテンツに基づいており、タンパク質をコードするRNAと遺伝子間の長い非コードRNA(lincRNA)の両方の転写産物を測定するためのプローブを含んでいます。mRNAの完全な発現プロファイルだけでなく、mRNA発現プロファイルに影響を与える中間lincRNAの完全な発現プロファイルも提供します。市販されている他の従来の3'バイアスのマイクロアレイソリューションよりも、高い解像度と精度を実現しています。全転写産物発現解析の場合、複数の転写産物のアイソフォームの検出が可能となります。こうしたアイソフォームには、スプライスバリアント、ポリアデニル化されない転写産物、選択的ポリアデニル化部位を有する転写産物、切断された転写産物など、3'バイアスマイクロアレイでは見落とされるかもしれないものも含まれます。Exon ST Arrayのプローブの一部を利用しており、十分なアノテーションを持ったコンテンツのみをカバーしています。

【3'IVT Array】
3'末端側より600ntの範囲で特異的なプローブを複数デザイン(9〜16プローブ)。過去から幅広く使用されているため、論文数や公共データベース情報等が豊富。


本ページは、Affymetrix, Inc. 及び、Applied Microarrays, Inc.のHomepageの情報を引用しています。
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