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+ Biognosys AG

Biognosys AG 社製 質量分析用 解析ソフトウェア
SpectronautTM / SpectronautTM Pulsar / SpectroDiveTM


SpectronautTM


本製品は、特にHRM-MS
(TM)(DIA(データ非依存性収集)またはSWATH(TM)データセット)解析のために特別に開発されたソフトウェアです。
HRM(Hyper Reaction Monitoring)は、Biognosys社で開発された次世代のプロテオミクス技術であり、DIA(Data Independent Acquisition:データ非依存性収集)に基づいており、1回のランで数千種類のタンパク質を再現性高く正確な定量を可能とします。
Biognosys社が推奨する別売の「HRM Calibration Kit」を組み合わせることで、ユーザーのDIAまたはSWATH
(TM)データセットのシグナル処理を、高速かつ正確に全自動で実行できます。
Spectronaut
(TM)は、多種多様なDIA法(HRM-MS(TM)、WiSIM-DIA、AIF、SWATH(TM)、SWATH(TM)2.0)のデータ解析にお使い頂けます。マルチプレックスDIAデータはサポートしていません。
解析可能な測定データ条件は、逆相クロマトグラフで、リニアまたは非リニアのグラジエントで少なくとも移動相10-35%アセトニトリルで解析したデータであることです。
MS/MSデータのみの場合でも、MSとMS/MSの両データがそろっている場合でも同様にサポートしています。

■主な機能

高速に解析を行い、迅速に解析結果を得ることができます。
MaxQuantとProteome Discoverer(TM)での検索結果からスペクトルライブラリーを作成
全自動キャリブレーション機能(最大20ppmのMass shiftsに対して正確です。)
クオリティーコントロールの自動化
効果的なピークスコアリング
自動干渉補正
すばやく、かつ直感的なデータ表示

■対応機種

・Thermo Scientific
(TM) Q Exactive(TM)
・Thermo Scientific
(TM) Q Exactive Plus(TM)
・Thermo Scientific
(TM) Q Exactive HF(TM)
・Thermo Scientific
(TM) Orbitrap Fusion(TM)
・Thermo Scientific
(TM) Orbitrap Fusion(TM) Lumos(TM)
・AB SCIEX TripleTOF® 5600
・AB SCIEX TripleTOF® 5600+
AB SCIEX TripleTOF® 6600
・Bruker impact U(TM)

■動作環境

・最少:
 Windows7 ×86,
 CPU Intel® Core
(TM) CPU2.7GHz(クアッドコア以上),
 HDD200GB フリースペック, メモリー8GB以上,
 Software.NET 4.5以上
・推奨:
 Windows7 ×64以上,
 CPU Intel® Core
(TM) i7 4770, 3.4GHz(オクタコア)以上,
 HDD500GB フリースペック(SSD), メモリー16GB以上,
 Software.NET 4.5以上 

■Product Documents(メーカー)

・Spectronaut(TM) 7.0 User Manual
・FASTA of iRT peptides for shotgun search
・Skyline Schema for exporting Spectronaut compatible libraries
 - simply add this schema to Skyline’s report list

Spectronaut(TM) Video Tutorials
・Introduction (Part 1)
・Introduction (Part 2)
・Spectral library generation using MaxQuant 1.5
・Spectral library generation using Proteome Discoverer 1.4


Test Files
Spectral library generation using Proteome Discoverer 1.4 (HEK293 cell line sample)
Proteome Discoverer 1.4 Search Files (zip, 1.3 GB) for spectral library generation
Spectral library generation using MaxQuant 1.5 (HEK293 cell line sample)
MaxQuant Search Files (zip, 386 MB) for spectral library generation

(HEK293 demo data set)

・Description Demo Data Set (pdf file)

・HTRMS Spectronaut(TM) Sample 1 Run 1 (htrms file, 2.9 GB)
・HTRMS Spectronaut(TM) Sample 1 Run 2 (htrms file, 3.4 GB)
・HTRMS Spectronaut(TM) Sample 1 Run 3 (htrms file, 3.0 GB)
・HTRMS Spectronaut(TM) Sample 5 Run 1 (htrms file, 3.4 GB)
・HTRMS Spectronaut(TM) Sample 5 Run 3 (htrms file, 2.9 GB)
・HTRMS Spectronaut(TM) Sample 8 Run 1 (htrms file, 3.1 GB)
・HTRMS Spectronaut(TM) Sample 8 Run 2 (htrms file, 3.3 GB)
・HTRMS Spectronaut(TM) Sample 8 Run 3 (htrms file, 2.9 GB)
・Spectral library HEK (kit file, 73MB)

(Yeast (Saccharomyces cerevisiae) sample)

・HTRMS Spectronaut(TM) Test Data Set (htrms file, 310 MB), noise reduced  file for quick download, reduced signal content
・SWATH(TM) Spectronaut(TM) Test Data Set (wiff-file, 8 MB)
・SWATH(TM) Spectronaut(TM) Test Data Set (wiff-file.mtd, 35 MB)
・SWATH
(TM) Spectronaut(TM) Test Data Set (wiff-file.scan, 2 GB)

Spectral library is provided with the Spectronaut
(TM) installer.  

(HeLa cell line sample)
HTRMS Spectronaut
(TM) Test Data Set 1 (htrms file, 2.5 GB)

HTRMS Spectronaut(TM) Test Data Set 2 (htrms file, 2.5 GB)
HTRMS Spectronaut
(TM) Test Data Set 3 (htrms file, 2.5 GB)

Spectral library is provided with the Spectronaut
(TM) installer.  

(HEK cell line sample)
RAW Test Data Set 1 (raw file, 2.4 GB)
RAW Test Data Set 2 (raw file, 2.8 GB)
RAW Test Data Set 3 (raw file, 2.5 GB)
Spectral library HEK293 (xls file, 4.2 MB)
Spectral library E. Coli (xls file, 5.9 MB)
Window sizes (txt file) - this file is needed only when analyzing the data with software other than Spectronaut(TM)

Spectronaut
(TM) は、1クリックでスペクトル・ライブラリーを作成できます。 (クリックして拡大)



実験データのバックグラウンド処理を行う際に、HRM-MS(TM) データをマニュアルで解析することができます。 (クリックして拡大)


実験データを正常に読み込んだ後、カスタムレポート・スキーマが作成できて、レポート全体を保存することができます。 (クリックして拡大)



A quality control system that monitors overall performance is integrated in the Spectronaut(TM) Software for setting the highest standards in data analysis. (クリックして拡大)



Post Analysis画面の候補物リストは、3条件の各3回の反復実験を含む実験の全ての候補物が表示されます。デフォルトでは、このリストは変動値1.5以上でp-value0.01以下でフィルタリングされています。(クリックして拡大)



スプレットシート形式におけるスペクトルライブラリーをインポートした時の画面です。列は自動的に検出されます。列の名前が不明な場合は、新しい同義語で保存することができます。(クリックして拡大)

■税別価格


製品名 ライセンスタイプ 税別価格 Cat.#
Spectronaut(TM) *2 アカデミック/年間ライセンス *1 お問合せ F-BGS-SPN-AS
*1 購入後1年以内のソフトウェアのバージョンアップ及びテクニカルサポートが含まれています。テクニカルサポートは、電話または電子メールでの対応のみとなります。また、メジャーバージョンアップ(Ver.10→Ver.11など)はできませんので、新規で購入して頂く必要があります。
*2 DIAまたはSWATH(TM)データセットの解析をSpectronaut(TM)で行うためには、別売りのHRM Calibration Kit または iRT Kit を使って質量分析したデータである必要があります。


SpectronautTM Pulsar(網羅的定量プロテオミクス解析ソフトウェア)


Spectronaut
(TM) Pulsarは、スペクトル・ライブラリーのないワークフロー(directDIA(TM))によって取得したデータの解析や、スペクトル・ライブラリーを使った(Hyper Reaction Monitoring-HRM(TM))データのターゲット解析のどちらも解析することができます。Pulsarは、Biognosys社独自のデータベース検索エンジンであり、Spectronaut(TM) Pulsarは、上記2つのワークフローに対応し、外部の検索エンジンを必要としません。
また、解析結果は、各サンプル中の各タンパク質ごとの正確な定量値が入った単純なデータですので、プロテオミクスの専門的な知識がなくても、どんな研究者によっても解釈できるデータです。

■主な特長
High Content
数千種類のタンパク質を同時に測定可能で、他に類をみないタンパク質同定数の多さです。
High data quality
生データには欠測値がほとんどなく、肺がんのデータセットにおいて、24回繰り返し測定を行っても、すべてのタンパク質の98%を再現性よく同定することができました。同定されたタンパク質のすべてにおいて低いCV値(変動係数・中央値10%未満)を実現しています。
Digital viability
測定サンプルデータは、包括的なイオン取得法に基づいてデジタルデータに変換されます。このデータは、元のサンプルを再測定することなく、再解析や再検討することが可能です。
DIAワークフロー(direct(TM)とHRM(TM))により、1回の測定で、全ての同定されたペプチドを高感度かつ精度よく定量できます。
比類なきタンパク質同定数:理想的なディスカバリー・プロテオミクスアプリケーション
最小限のバイオインフォマティクス・リソースで大規模データセットを高速解析
完全なワークフロークオリティーコントロールでデータの信頼度を高めます。
簡単で使いやすく、質量分析装置メーカーの種類に依存しません。
スペクトルライブラリーのないワークフローと、スペクトルライブラリーを使ったDIAデータのターゲット解析のどちらにも対応しています。

■directDIA
(TM)とHRM(TM) のワークフロー

Spectronaut Pulsarは、directDIA(TM)とHRM(TM)のワークフローの各ステップの解析に対応しています。

directDIATM

新しいdirectDIA(TM)ワークフローとSpectronaut(TM) Pulsarを組み合わせることで、DDAベースのスペクトルライブラリーなしに、1回の測定で数千種類のタンパク質を再現よく高精度に解析できます。

HRM
TM

HRMTMは、DIAベースのワークフローで、データ解析中のペプチド同定のためのテンプレートとしてスペクトルライブラリーが必要です。HRMTMは、タンパク質の同定数と定量を最大にするために最適化されています。

■Spectronaut
(TM) Pulsar のモジュール

Spectronaut
(TM) Pulsarは、DIAデータ解析のために開発されました。
Pulsarデータベース検索エンジンが搭載されているので、スペクトルライブラリーのないワークフロー(directDIA
(TM))と、スペクトルライブラリーを使ったDIAデータ(HRM(TM))のターゲット解析のどちらにも対応しています。
解析フローを伴うPerspectivesと呼ばれるモジュールで構成されています。

Prepare perspective:

Biognosysの特許であるPulsarデータベース検索エンジンが大きな特長となっています。それ以外にも、MaxQuant, Mascot, Proteome Discoverer, ProteinPilot(ver.5.0以降)などの外部の検索エンジンのデータにも対応しています。
Prepare perspectiveは、検索されたショットガンデータを自動的にすぐに使えるスペクトルライブラリーに変換します。
Review perspective:

DIAデータ解析には、directDIA(TM)、またはHRM(TM)ワークフローのいずれかで実行されます。生データは、解析中または解析後に様々な可視化オプションで確認することができます。
(XIA(Extracted Ion Chromatogram), cross-run intensity alignmentsなど)
QC perspective:

統合されたクオリティーコントロールは、サンプル中に添加するキャリブレーションペプチドに基づいています。クロマトグラフィー、マス・スペクトルメーター、データ解析結果は、様々なパフォーマンス・インジケーターを使ってモニターできます。
Report perspective:

データのエクスポートはとても柔軟で、ユーザーのニーズに合わせて、列を指定してエクスポートすることができます。スプレットシートで情報を保存した後、その結果をユーザー自身の統計ワークフローやパスウェイ解析に組み込むことができます。
Post-analysis perspective:

発現に差のあったタンパク質は、解析後にすぐに表示されます。Spectronaut(TM) Pulsarは、ユーザーの実験に設定されたすべての条件について、t-検定ペアワイズ比較を実行します。

■対応機種

・Thermo Scientific(TM) Q Exactive(TM) Series
・Thermo Scientific(TM) Orbitrap Fusion(TM) Series
・SCIEX TripleTOF® Series(5600, 5600+, 6600)
・Bruker Q-TOF Series
・Waters Xevo T-QS

HRM
(TM) ワークフローは、上記のすべての質量分析装置に対応しています。DirectDIA(TM) ワークフローは、Thermo Scientific(TM)製の装置に対応しています。

■対応している分析手法

・DIA
・WiSIM-DIA
・SWATH
(TM)
・SWATH
(TM) 2.0
・SONAR
(TM)
上記手法のMS1とMS2スキャンデータ、またはMS2スキャンデータのみが必要となります。分析法のサイクルタイムは、平均ピーク幅に応じて1-3秒の範囲でなければなりません。気相分画にも対応しています。

■動作環境

・推奨:
 OS: Windows7(64bit版)以降
 CPU: Intel® Core i7 4770, 3.4GHz(8 core)以上
 HDD: 500GB以上の空き容量
 メモリー: 16GB以上
 Software.NET 4.5以上 

■Q&A

・directDIA
(TM) とHRM(TM) ワークフローの違いは?
DirectDIA(TM)とHRM(TM) は、データ独立取得(DIA)ベースのワークフローであり、数千種類のタンパク質を一度に解析可能な網羅的プロテオーム測定結果を提供します。DirectDIA(TM)は、スペクトルライブラリー作成のための追加測定の必要がない、シンプルなワークフローです。一方、HRM(TM)では、定量されるペプチドやタンパク質の同定数や精度を高くするために、スペクトルライブラリー作成のための追加DDAまたはDIA測定が必要となります。
・PULSARとは?
Pulsarは、Biognosys社の特許であるデータベース検索エンジンで、Spectronaut(TM)に統合されています。この検索エンジンは、大規模データセットにおける同定数を最大化するためと、修飾されたペプチドの様なPSM(ペプチドスペクトルマッチ)サブセットのFDRをコントロールするために、ダイナミックなPSM層化法を搭載しています。
・Spectronaut(TM) Pulsarで外部の検索エンジンを使用することは可能ですか?
可能です。Spectronaut(TM) Pulsarは、HRM(TM)法のPulsarに加えて、MaxQuant, Mascot, Proteome DiscovererとProteinPilot(ver.5.0以降)の外部検索エンジンに対応しています。しかし、directDIA(TM)ワークフローは、搭載されたPulsar検索エンジンのみ使用が可能です。

■デモ版

Spectronaut
(TM) Pulsarには、30日間使用できるデモ版があります。ご希望の方は、biosupport@filgen.jp までお問合せください。

■税別価格

製品名 ライセンスタイプ 税別価格 カタログ#
Spectronaut(TM) Pulsar Single System シングルユーザー、年間ライセンス (*1) お問合せ F-BGS-SPN-PL
Spectronaut(TM) Pulsar Multi System (*1) マルチユーザー、年間ライセンス (*1) お問合せ F-BGS-SPN-PL
*DirectDIA(TM)ワークフローは、Thermo Fisher Scientific製の装置のみ対応しています。
*Protein Pilotの検索結果は、ver.5.0以降に対応しています。
*HRM(TM)ワークフローの解析を行うには、別売りのHRM Calibration Kit またはiRT Kit を使って質量分析したデータである必要があります。
*1 サイトライセンスとなり、同時に複数のユーザーが使用可能です。


SpectroDiveTM



本製品は、定量用の質量分析法である、MRM(Multiple Reaction Monitoring)法やPRM(Parallel Reaction Monitoring)法のシグナル解析を行うソフトウェアです。
高性能なピーク・ピッキングアルゴリズムは、大規模なデータセットでも比較的高速に解析を実行できます。
Biognosys社が販売している「iRT Kit」と併用することで、より高精度な解析を行うことができます。

■主な機能

・統合されたiRTキャリブレーション
・効果的なピークスコアリング
・すばやくかつ直感的なデータ表示
・カスタマイズ・レポーティング
・全自動クオリティーコントロール
・自動化されたMS法セットアップ、シグナル処理・解析

■対応機種

(MRM法)
・Thermo Scientific
(TM) TSQ Vantage(TM)
・Thermo Scientific
(TM) TSQ Quantum(TM)
・Thermo Scientific
(TM) TSQ Quantiva(TM))
・AB SCIEX API 4000
(TM)
・AB SCIEX Triple Quad
(TM) 5500
・Agilent 6400 Series

(PRM法)
・Thermo Scientific(TM) Q Exactive(TM) Series
・Thermo Scientific
(TM) Orbitrap Fusion(TM) Series
・AB SCIEX TripleTOF® 5600
・AB SCIEX TripleTOF® 5600+
AB SCIEX TripleTOF® 6600

■動作環境

・最少:
 Windows7 ×86,
 CPU Intel® Core
(TM) CPU2.7GHz(クアッドコア以上),
 HDD50GB フリースペック, メモリー4GB以上,
 Software.NET 4.5以上
・推奨:
 Windows7 ×64以上,
 CPU Intel® Core
(TM) i7 4770, 3.4GHz(オクタコア)以上,
 HDD50GB フリースペック(SSD), メモリー16GB以上,
 Software.NET 4.5以上 

■Product Documents(メーカー)

・SpectroDive(TM) 7.0 User Manual
・Skyline Schema for exporting SpectroDive compatible assay panels
 - simply add this schema to Skyline’s report list

Test Files

MRM
(Yeast (Saccharomyces cerevisiae) sample)
・MRM Test Data Set 1 (raw file, 4.3 MB)
・MRM Test Data Set 2 (raw file, 4.3 MB)

・MRM Test Data Set 3 (raw file, 4.3 MB)
・Yeast Demo Assay Panel (txt file)


PRM
(Yeast (Saccharomyces cerevisiae) sample)
・PRM Test Data Set 1 (raw file, 284 MB)
・PRM Test Data Set 2 (raw file, 263 MB)
・PRM Test Data Set 3 (raw file, 271 MB)
・Yeast Demo Assay Panel (txt file)

SpectroDive(TM)は、対応するMRM Assay Panelプラグインと組み合わせて解析することができます。(クリックして拡大)



各検体のターゲットペプチド(light)と参照ペプチド(heavy)の強度プロットを表示します。



Transition groupノードは、同位体標識によるGroup transitionで使用されます。安定的な同位体スタンダードが絶対的定量に使われているので、2つのTransition groupが表示されています。



データ解析後、全ての定量情報を含んだレポートが作成されます。レポートは、csvファイルとしてエクスポートすることができます。SpectroDive(TM)は、最終的なレポートでデータ選択を行うことができます。



Kit Inport Managerは、テキストベースのパネル情報の列の先頭とSpectroDiveの列をマッチングさせることによって、パネル情報をSpectroDiveにインポートします。(クリックして拡大)

■税別価格


製品名 ライセンスタイプ 税別価格 Cat.#
SpectroDive(TM) アカデミック/永久ライセンス *1 お問合せ F-BGS-SPD-AS
コマーシャル/年間ライセンス *2 お問合せ F-BGS-SPD-CS
*1 永久ライセンスは、購入後1年以内のソフトウェアのバージョンアップ及びテクニカルサポートが含まれています。2年目以降のバージョンアップ及びテクニカルサポートは、別途保守契約(有償)が必要となります。テクニカルサポートは、電話または電子メールでの対応のみとなります。
*2 購入後1年以内のソフトウェアのバージョンアップ及びテクニカルサポートが含まれています。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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