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Home製品・サービス情報バイオインフォマティクス・ソフトウェア>Biognosys AG社製 質量分析用ソフトウェア

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+ Biognosys AG

Biognosys AG 社製 質量分析用 解析ソフトウェア
SpectronautTM Pulsar / SpectroDiveTM


SpectronautTM Pulsar(網羅的定量プロテオミクス解析ソフトウェア)


Spectronaut(TM) Pulsarは、スペクトル・ライブラリーのないワークフロー(directDIA(TM))によって取得したデータの解析や、スペクトル・ライブラリーを使った(Hyper Reaction Monitoring-HRM(TM))データのターゲット解析のどちらも解析することができます。Pulsarは、Biognosys社独自のデータベース検索エンジンであり、Spectronaut(TM) Pulsarは、上記2つのワークフローに対応し、外部の検索エンジンを必要としません。
また、解析結果は、各サンプル中の各タンパク質ごとの正確な定量値が入った単純なデータですので、プロテオミクスの専門的な知識がなくても、どんな研究者によっても解釈できるデータです。

■主な特長
High Content
数千種類のタンパク質を同時に測定可能で、他に類をみないタンパク質同定数の多さです。
High data quality
生データには欠測値がほとんどなく、肺がんのデータセットにおいて、24回繰り返し測定を行っても、すべてのタンパク質の98%を再現性よく同定することができました。同定されたタンパク質のすべてにおいて低いCV値(変動係数・中央値10%未満)を実現しています。
Digital viability
測定サンプルデータは、包括的なイオン取得法に基づいてデジタルデータに変換されます。このデータは、元のサンプルを再測定することなく、再解析や再検討することが可能です。
DIAワークフロー(direct(TM)とHRM(TM))により、1回の測定で、全ての同定されたペプチドを高感度かつ精度よく定量できます。
比類なきタンパク質同定数:理想的なディスカバリー・プロテオミクスアプリケーション
最小限のバイオインフォマティクス・リソースで大規模データセットを高速解析
完全なワークフロークオリティーコントロールでデータの信頼度を高めます。
簡単で使いやすく、質量分析装置メーカーの種類に依存しません。
スペクトルライブラリーのないワークフローと、スペクトルライブラリーを使ったDIAデータのターゲット解析のどちらにも対応しています。

■directDIA
(TM)とHRM(TM) のワークフロー

Spectronaut Pulsarは、directDIA(TM)とHRM(TM)のワークフローの各ステップの解析に対応しています。

directDIATM

新しいdirectDIA(TM)ワークフローとSpectronaut(TM) Pulsarを組み合わせることで、DDAベースのスペクトルライブラリーなしに、1回の測定で数千種類のタンパク質を再現よく高精度に解析できます。

HRM
TM

HRMTMは、DIAベースのワークフローで、データ解析中のペプチド同定のためのテンプレートとしてスペクトルライブラリーが必要です。HRMTMは、タンパク質の同定数と定量を最大にするために最適化されています。

■Spectronaut
(TM) Pulsar のモジュール

Spectronaut
(TM) Pulsarは、DIAデータ解析のために開発されました。
Pulsarデータベース検索エンジンが搭載されているので、スペクトルライブラリーのないワークフロー(directDIA
(TM))と、スペクトルライブラリーを使ったDIAデータ(HRM(TM))のターゲット解析のどちらにも対応しています。
解析フローを伴うPerspectivesと呼ばれるモジュールで構成されています。

Prepare perspective:

Biognosysの特許であるPulsarデータベース検索エンジンが大きな特長となっています。それ以外にも、MaxQuant, Mascot, Proteome Discoverer, ProteinPilot(ver.5.0以降)などの外部の検索エンジンのデータにも対応しています。
Prepare perspectiveは、検索されたショットガンデータを自動的にすぐに使えるスペクトルライブラリーに変換します。
Review perspective:

DIAデータ解析には、directDIA(TM)、またはHRM(TM)ワークフローのいずれかで実行されます。生データは、解析中または解析後に様々な可視化オプションで確認することができます。
(XIA(Extracted Ion Chromatogram), cross-run intensity alignmentsなど)
QC perspective:

統合されたクオリティーコントロールは、サンプル中に添加するキャリブレーションペプチドに基づいています。クロマトグラフィー、マス・スペクトルメーター、データ解析結果は、様々なパフォーマンス・インジケーターを使ってモニターできます。
Report perspective:

データのエクスポートはとても柔軟で、ユーザーのニーズに合わせて、列を指定してエクスポートすることができます。スプレットシートで情報を保存した後、その結果をユーザー自身の統計ワークフローやパスウェイ解析に組み込むことができます。
Post-analysis perspective:

発現に差のあったタンパク質は、解析後にすぐに表示されます。Spectronaut(TM) Pulsarは、ユーザーの実験に設定されたすべての条件について、t-検定ペアワイズ比較を実行します。

■対応機種

・Thermo Scientific(TM) Q Exactive(TM) Series
・Thermo Scientific(TM) Orbitrap Fusion(TM) Series
・SCIEX TripleTOF® Series(5600, 5600+, 6600)
・Bruker Q-TOF Series
・Waters Xevo G2-XS QTof

HRM
(TM) ワークフローは、上記のすべての質量分析装置に対応しています。DirectDIA(TM) ワークフローは、Thermo Scientific(TM)製の装置に対応しています。

■対応している分析手法

・DIA
・WiSIM-DIA
・SWATH
(TM)
・SWATH
(TM) 2.0
・SONAR
(TM)
上記手法のMS1とMS2スキャンデータ、またはMS2スキャンデータのみが必要となります。分析法のサイクルタイムは、平均ピーク幅に応じて1-3秒の範囲でなければなりません。気相分画にも対応しています。

■動作環境

・推奨:
 OS: Windows7(64bit版)以降
 CPU: Intel® Core i7 4770, 3.4GHz(8 core)以上
 HDD: 500GB以上の空き容量
 メモリー: 16GB以上
 Software.NET 4.5以上 

■Q&A

・directDIA
(TM) とHRM(TM) ワークフローの違いは?
DirectDIA(TM)とHRM(TM) は、データ独立取得(DIA)ベースのワークフローであり、数千種類のタンパク質を一度に解析可能な網羅的プロテオーム測定結果を提供します。DirectDIA(TM)は、スペクトルライブラリー作成のための追加測定の必要がない、シンプルなワークフローです。一方、HRM(TM)では、定量されるペプチドやタンパク質の同定数や精度を高くするために、スペクトルライブラリー作成のための追加DDAまたはDIA測定が必要となります。
・PULSARとは?
Pulsarは、Biognosys社の特許であるデータベース検索エンジンで、Spectronaut(TM)に統合されています。この検索エンジンは、大規模データセットにおける同定数を最大化するためと、修飾されたペプチドの様なPSM(ペプチドスペクトルマッチ)サブセットのFDRをコントロールするために、ダイナミックなPSM層化法を搭載しています。
・Spectronaut(TM) Pulsarで外部の検索エンジンを使用することは可能ですか?
可能です。Spectronaut(TM) Pulsarは、HRM(TM)法のPulsarに加えて、MaxQuant, Mascot, Proteome DiscovererとProteinPilot(ver.5.0以降)の外部検索エンジンに対応しています。しかし、directDIA(TM)ワークフローは、搭載されたPulsar検索エンジンのみ使用が可能です。

■デモ版

Spectronaut
(TM) Pulsarには、30日間使用できるデモ版があります。ご希望の方は、biosupport@filgen.jp までお問合せください。

■税別価格

製品名 ライセンスタイプ 税別価格 カタログ#
SpectronautTM Pulsar1) アカデミック Single system(年間ライセンス)2) お問合せ F-BGS-SPN-SS-AA
アカデミック Multi system(年間ライセンス)2) F-BGS-SPN-MS-AA
アカデミック Single system(永久ライセンス)3) F-BGS-SPN-SS-AP
コマーシャル Single system(年間ライセンス)2) F-BGS-SPN-SS-CA
コマーシャル Multi system(年間ライセンス)2) F-BGS-SPN-MS-CA
コマーシャル Single system(永久ライセンス)3) F-BGS-SPN-SS-CP
Single system 年間更新(アカデミック、コマーシャル共通) F-BGS-SPN-SS-MUS
* DirectDIATMワークフローは、Thermo Fisher Scientific製の装置のみ対応しています。
* Protein Pilotの検索結果は、ver.5.0以降に対応しています。
1) SpectronautTM Pulsar上でHRMワークフローの解析を行うには、別売りのHRM Calibration Kit またはiRT Kit を使って質量分析したデータである必要があります。
2) ライセンス有効期間中のバグ修正のアップデートは含まれていますが、Ver.10からVer.11の様なメジャーバージョンアップの場合は、別途新規でご購入いただく必要があります。
3) 永久ライセンスには、購入後1年間のバグ修正のアップデートが含まれています。次年度は別途更新費用が発生いたします。


SpectroDiveTM



本製品は、定量用の質量分析法である、MRM(Multiple Reaction Monitoring)法やPRM(Parallel Reaction Monitoring)法のシグナル解析を行うソフトウェアです。
高性能なピーク・ピッキングアルゴリズムは、大規模なデータセットでも比較的高速に解析を実行できます。
Biognosys社が販売している「iRT Kit」と併用することで、より高精度な解析を行うことができます。

■主な機能

・統合されたiRTキャリブレーション
・効果的なピークスコアリング
・すばやくかつ直感的なデータ表示
・カスタマイズ・レポーティング
・全自動クオリティーコントロール
・自動化されたMS法セットアップ、シグナル処理・解析

■対応機種

(MRM法)
・Thermo Scientific
(TM) TSQ Vantage(TM)
・Thermo Scientific
(TM) TSQ Quantum(TM)
・Thermo Scientific
(TM) TSQ Quantiva(TM))
・AB SCIEX API 4000
(TM)
・AB SCIEX Triple Quad
(TM) 5500
・Agilent 6400 Series

(PRM法)
・Thermo Scientific(TM) Q Exactive(TM) Series
・Thermo Scientific
(TM) Orbitrap Fusion(TM) Series
・AB SCIEX TripleTOF® 5600
・AB SCIEX TripleTOF® 5600+
・AB SCIEX TripleTOF® 6600


■動作環境

・最少:
 Windows7 ×86,
 CPU Intel® Core
(TM) CPU2.7GHz(クアッドコア以上),
 HDD50GB フリースペック, メモリー4GB以上,
 Software.NET 4.5以上
・推奨:
 Windows7 ×64以上,
 CPU Intel® Core
(TM) i7 4770, 3.4GHz(オクタコア)以上,
 HDD50GB フリースペック(SSD), メモリー16GB以上,
 Software.NET 4.5以上 

■Product Documents(メーカー)

・SpectroDive(TM) 7.0 User Manual
・Skyline Schema for exporting SpectroDive compatible assay panels
 - simply add this schema to Skyline’s report list

Test Files

MRM
(Yeast (Saccharomyces cerevisiae) sample)
・MRM Test Data Set 1 (raw file, 4.3 MB)
・MRM Test Data Set 2 (raw file, 4.3 MB)

・MRM Test Data Set 3 (raw file, 4.3 MB)
・Yeast Demo Assay Panel (txt file)


PRM
(Yeast (Saccharomyces cerevisiae) sample)
・PRM Test Data Set 1 (raw file, 284 MB)
・PRM Test Data Set 2 (raw file, 263 MB)
・PRM Test Data Set 3 (raw file, 271 MB)
・Yeast Demo Assay Panel (txt file)

SpectroDive(TM)は、対応するMRM Assay Panelプラグインと組み合わせて解析することができます。(クリックして拡大)



各検体のターゲットペプチド(light)と参照ペプチド(heavy)の強度プロットを表示します。



Transition groupノードは、同位体標識によるGroup transitionで使用されます。安定的な同位体スタンダードが絶対的定量に使われているので、2つのTransition groupが表示されています。



データ解析後、全ての定量情報を含んだレポートが作成されます。レポートは、csvファイルとしてエクスポートすることができます。SpectroDive(TM)は、最終的なレポートでデータ選択を行うことができます。



Kit Inport Managerは、テキストベースのパネル情報の列の先頭とSpectroDiveの列をマッチングさせることによって、パネル情報をSpectroDiveにインポートします。(クリックして拡大)

■税別価格


製品名 ライセンスタイプ 税別価格 Cat.#
SpectroDiveTM アカデミック Single system(年間ライセンス) お問合せ F-BGS-SPD-SS-AA
コマーシャル Single system(年間ライセンス) お問合せ F-BGS-SPD-SS-CA
* ライセンス有効期間中のバグ修正のアップデートは含まれていますが、Ver.10からVer.11の様なメジャーバージョンアップの場合は、別途新規でご購入いただく必要があります。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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