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Home製品・サービス情報試薬・材料・消耗品>Phase Genomics社 Hi-C解析用サンプル調整キット


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Phase Genomics社製
Hi-C解析用サンプル調整キット

概要

Hi-C解析では、ホルムアルデヒド固定した細胞・組織を用いて、クロスリンクしたクロマチンから、選択的にDNAライブラリーを作製・シークエンス(シーケンス)することで、各ゲノムの近接性情報が得られます。
これにより、多様な動植物ゲノムにおいて、染色体スケールのアセンブリを可能にしたり、混合サンプルから特定の種ごとのアセンブリを可能にします。
Hi-Cの市販キットを最初に開発した Phase Genomics社は、ヒト用、動植物用、微生物用など多様な製品の提供により、Hi-C技術をリードし続けています。本キットを使用して得たHi-Cデータと、Proximo
TM genome scaffolding や ProxiMetaTM metagenome deconvolution プラットフォーム(受託解析)と組み合わせることで、非常に正確で迅速な結果をリーズナブルに得ることができます。


特長

■高速プロトコル:
 1.5日以内に完了するプロトコル。1日(10時間)で完了することも可能。
■シークエンシング対応インデックス付きライブラリーの調整
■高分子DNAの抽出が不要
■標準的な実験室設備で作業可能(超音波処理不要)
■クラウド内のProximo及びProxiMeta platformを使用した迅速な解析
■経済的なシークエンシング条件
■品質保持期間: 6ヶ月間
簡単な操作。前工程をサポート。


Hi-Cテクノロジー

【Proximo
TM Hi-C】

Proximo
TM Hi-Cは、in vivoでのDNA構造を測定し、染色体スケールのスキャフォールディングを構築します。この強力なスキャフォールディングアプローチは、インタクトな生物学的サンプルのみを必要とするため、高分子量のDNAを単離する必要がありません。Proximoで生成された染色体スケールのスキャフォールドは、これまでになかった生物学的な問題に答えることができ、重要な新しい発見をすることができます。
細胞内において、染色体は典型的にはヘアポール様のクロマチン構造を形成しています。同一の染色体上にあるDNA配列は、物理的空間でより近接する傾向があります。染色体上で互いに近接した位置に存在する配列は、染色体上の離れた一にある配列に比べ、物理的空間においても近接している可能性が高くなります。Hi-Cは、ゲノムの近接性を測定することで、配列情報を補完するためのゲノム構造情報を提供します。
ProximoTM Hi-Cでは、染色体をホルムアルデヒドで架橋して、物理的に近いDNA配列を固定します。架橋したクロマチンを断片化し、クロマチン構造情報を有するか胸部を抽出します。得られたフラグメントの末端をライゲーションし、イルミナのペアエンドシークエンスすることにより、連結された断片の両端を読み取り、もともと in vivoで近接していた配列を同定します。

【ProxiMetaTM Hi-C】

ProxiMetaTM Hi-Cメタゲノムデコンボリューション法は、培養又は高分子量のDNA抽出を必要とせず、混合状態のサンプルから全ゲノムを組み立て、どの細胞が同じ細胞に由来するかを明らかにします。ProximoTM Hi-Cと同様に、ProxiMetaTM Hi-Cは、in vivoでのDNAの物理的な近接性情報に基づいています。この強力な新しい情報源は、同じ種及び系統の配列をグループ化し、希少で培養できない未知の微生物においても、数十又は数百のゲノム配列を容易かつ低コストで得ることができます。
ProxiMetaTM Hi-Cは、同一のインタクトな細胞内に存在するDNA配列を固定するためにin vivoで架橋します。クロスリンクは、同じ細胞内のすべてのDNA配列間の連鎖情報を生成するので、同じ細胞内にどの染色体が存在するか(例:真核生物のメタゲノミクス)や、どのプラスミドがどの宿主ゲノムに関連するか(例:菌株中の抗菌抵抗性プラスミドの同定)などのデータが得られます。
架橋されたクロマチンを断片化し、近接した末端をライゲーションすることで、同じ細胞由来の配列間のキメラ接合を生成します。これらの接合をイルミナペアエンドシークエンスし、どのリード対が、in vivoで物理的に近接しているかを測定し、これを用いて配列を細胞由来ごとにグループ化します。


アプリケーション


■HUMAN HI-C KIT
・100-500μLの軟組織又は硬組織(細胞数:100万個以上)
・がん、血液、脳、筋肉、肝臓など
・培養細胞又は選別細胞
・新鮮又は凍結サンプル
・エタノール保存サンプル又はRNA安定化サンプル
・ゲノム構造変異
・エピジェネティクスとゲノムアーキテクチャモデリング
■PLANT HI-C KIT
・葉、苗、又はその他草本組織0.2g以上
・倍数体やリピートリッチゲノム
・野外サンプル:暗室やその他特別な栽培条件
・病原体又は共生生物に感染したサンプル
・頑丈な細胞壁
・新鮮又は凍結サンプル
・エタノール保存サンプル又はRNA安定化サンプル
■ANIMAL HI-C KIT
・100-500μLの軟組織又は硬組織(細胞数:100万個以上)
・血液、脳、筋肉、肝臓など
・動物全身(例:昆虫、節足動物)
・性染色体およびマイクロ染色体
・寄生虫又は共生生物に感染したサンプル
・新鮮又は凍結サンプル
・エタノール保存サンプル又はRNA安定化サンプル
■MICROBE/MICROBIOME HI-C KIT
・50μLの細胞ペレット又は同等の環境サンプル
・土壌、糞便、痰、水、ろ液、プレートスクレーピング、スライム、スラッジ、その他微生物に喜んだサンプル種
・環境サンプル - 培養は不要
・プラスミド - 宿主にプラスミドを割り当てることができる。
・バイオフィルム及び粘性サンプル
・0.05%(1/2000 cells)の低さの細胞アバンダンス
・高、中、低レベルの多様性コミュニティ




価格

製品名 容量 Cat.# 税別価格
ProxiMeta Hi-C Kit 2reactions/kit KIT101 お問合せ
ProxiMeta Hi-C Kit バイオインフォマティクス解析付 2reactions+2解析/kit KIT101A お問合せ
Proximo Hi-C Animal Kit 2reactions/kit KIT102 お問合せ
Proximo Hi-C Animal Kit バイオインフォマティクス解析付 2reactions+1解析/kit KIT102A お問合せ
Proximo Hi-C Plant Kit 2reactions/kit KIT103 お問合せ
Proximo Hi-C Plant Kit バイオインフォマティクス解析付 2reactions+1解析/kit KIT103A お問合せ
Proximo Hi-C Human Kit 4reactions/kit KIT104 お問合せ
Proximo Hi-C Human Kit バイオインフォマティクス解析付 4reactions+1解析/kit KIT104A お問合せ
※バイオインフォマティクス解析のみを追加でご依頼いただくことが可能です。ご希望の場合は、別途お問合せください。


ご注意事項

※本製品は、研究用途でのみ販売しております。


(関連ページ)
「ProximoTM Hi-C/ProxiMetaTM Hi-Cシークエンス受託解析サービス」のご購入を希望されている方は、下記ページをご参照ください。
 http://www.filgen.jp/Product/Bioscience5-seq/index50.html
 http://www.filgen.jp/Product/Bioscience5-seq/index51.html

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