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次世代シークエンシング(次世代シーケンシング)サービス
(h)MeDIP-Seq with LncRNA Promoter 受託解析サービス

フィルジェンでは、本サービスをArrayStar社(アメリカ)との業務提携により、サービスをご提供しております。

概要


かつては「ジャンクDNA]と考えられていたlncRNAの機能が発見されたことにより、それらの生物学的意義、特に遺伝子制御に関する研究が盛んになっています[1]。LncRNAの転写それ自身は、タンパク質コード遺伝子の転写よりも、高度に細胞、組織又は疾患特異的な様式で厳密に制御されています。lncRNA発現の崩壊及び上流の調節メカニズムの背景を理解することは、lncRNA研究の鍵となります。このため、lncRNAにおける転写制御のエピジェネティック解析は重要な方法です。
転写に重要なプロモーター領域のDNAメチル化又はヒドロキシメチル化は、遺伝子発現制御に影響します。例えば、LncRNA-MEG2プロモーター領域のメチル基修飾は、肝がん及び統合失調症患者において異常に変化しています[2]。また、lncRNAプロモーターのメチル化様式は、食堂がんにおいて、mRNAプロモーターよりも腫瘍及び非腫瘍間を分類するバイオマーカーとしての能力が示されています[3]。さらに、lncRNAプロモーターのメチル化の崩壊が、乳癌サンプルの最大57%に認められています[4]。lncRNAプロモーターのメチル化レベルとlncRNA遺伝子発現は、著明に相関しています。
ArrayStar社の(h)MeDIP-Seq with LncRNA Promoter解析は、mRNA及びlncRNAプロモーターにおける5mC又は5hmC修飾の解析を行います。

【Reference】
1. Necsulea A. et al. (2014) Nature 505(7485):635-40 [PMID:24463510]
2. Thomson, J.P. et al. (2013) Nucleic Acids Res 41(11):5639-54 [PMID:23598998]
3. Wu, W. et al. (2013) Gastroenterology 144(5):956-966.e4 [PMID:23333711]
4. Li, Y. et al. (2015) Scientific Reports 5;5:8790 [25739977]


特長


・MeDIP-Seq及びlncRNAプロモーターの解析
・タンパク質コードmRNA遺伝子プロモーター解析
・最適化された(h)MeDIP法


サービス内容


ご送付頂いたゲノムDNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)、(h)MeDIP、次世代シークエンス及びバイオインフォマティクス解析を実施いたします。これらの作業は、弊社海外提携先であるArrayStar社にて実施されます。

【Me-DIP】

(ワークフロー)
1.ゲノムDNAのQCチェック
2.DNAの断片化
3.MeDIPによるメチル化DNAの濃縮
4.ライブラリー作製及びQCチェック
5.illuminaプラットフォームによるシークエンス
6.データ出力及びバイオインフォマティクス解析
7.プロジェクトレポートの作成

(バイオインフォマティクス解析)
・ゲノムへのアライメント
・メチレーションピークの同定
・ピークに対する近傍mRNA及びLncRNA遺伝子のアノテーション
・mRNA及びLncRNA遺伝子プロモーター上のメチル化可変領域(Differentially Methylated Region:DMR)の同定
・プロモーター上でメチル化変動のあったmRNA遺伝子に対するGO解析及びパスウェイ解析

【hMeDIP】

(ワークフロー)
1.ゲノムDNAのQCチェック
2.DNAの断片化
3.hMeDIPによるヒドロキシメチル化DNAの濃縮
4.ライブラリー作製及びQCチェック
5.illuminaプラットフォームによるシークエンス
6.データ出力及びバイオインフォマティクス解析
7.プロジェクトレポート作成

(バイオインフォマティクス解析)
・ゲノムへのアライメント
・ヒドロキシメチレーションピークの同定
・ピークに対する近傍mRNA及びLncRNA遺伝子のアノテーション
・mRNA及びLncRNA遺伝子プロモーター上のヒドロキシメチル化可変領域(Differentially Hydroxymethylated Region:DhMR)の同定
・プロモーター上でヒドロキシメチル化変動のあったmRNA遺伝子に対するGO解析及びパスウェイ解析


図1. lncRNAプロモーター領域におけるメチル化変動領域は、変動、統計的有意差を示すp-及びq-値、
そしてゲノムアノテーションとともにテーブルにまとめられます。



納品物


・サンプルQCレポート
・FASTQ形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ
・プロジェクトレポート
・次世代シークエンスデータ解析用ソフトウェア「CLC Genomics Workbench」の2週間試用ライセンス
*USB等の記録メディアにて納品します。


サンプル条件
サンプルタイプ 濃度 O.D.260/280 O.D.260/230 ゲルイメージ
推奨量 最少量
ゲノムDNA 5μg以上 2μg以上 100ng/μL以上 >1.8 >1.8 分解のないこと
(スメアが認められないこと)
1. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
*電気泳動は、次の条件で実施してください。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min.
2. RNase処理を行い、DNAが分解されていないことを確認してください。
3. DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
4. ゲノムDNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE bufferまたはddH2Oにて保存してください。
*長期保存の場合は、-20℃または-80℃で保存してください。
5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、RNA, dsDNA, ssDNA, フリーの核酸等も同時に検出するため、ゲノムDNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。


価格・納期

【価格】
サービス内容 対応生物種 サンプル数 税別単価 Cat.#
MeDIP-Seq with LncRNA Promoter
受託解析サービス
Human/Mouse/Rat 2以上 お問合せ F-AS-MeDIP-(サンプル数)
hMeDIP-Seq with LncRNA Promoter
受託解析サービス
Human/Mouse/Rat 2以上 お問合せ  F-AS-hMeDIP-(サンプル数)

【納期】 お問合せください。


サービスの流れ


受託解析サービスの流れ」をご参照ください。


ご注意事項


本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先(ArrayStar社)にて実施されます。
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。
サンプルの品質チェック(QCチェック)の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担頂きます。
ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。(サンプルは解析終了後に破棄されます。)
生データを含む解析結果は、発送から3ヶ月後に消去されます。
サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受け入れが不能又は拒否される場合があります。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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