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次世代シークエンシング(次世代シーケンシング)サービス
tRF&tiRNA-Seq 受託解析サービス

フィルジェンでは、本サービスをArrayStar社(アメリカ)との業務提携により、サービスをご提供しております。

概要


tRF及びtiRNAは、tRNAから産生され、small non-coding RNAとして、様々な機能を有することから、多くの疾患と関連しています(図1)。また、tRFとtiRNAは、RNA干渉において、microRNAとして機能することが知られています。( タンパク質との結合によるmRNAの安定性の制御; シトクロームcとの相互作用によるアポトーシスの制御; 代謝性疾患の世代間遺伝における父性エピジェネティック因子である胚性転写カスケードの変更; ストレス環境に対するストレス顆粒の産生)
tRF&tiRNAの組成・量は、細胞の種類や疾患状態に高度に依存しているため、優れたバイオマーカーとなっています[1]。例えば、tRF&tiRNAの比率は、がんの無増悪生存期間の良き指標であり、また予後マーカーの候補となっています[2]。また、tRNA及びtRF&tiRNA集団は、microRNAよりも非常に多く生物液中に存在しています[3-4]。
ArrayStar社のtRF&tiRNAのシークエンシングサービスは、次世代シークエンスからデータ解析まで対応することにより、この新分野の研究を支援します。



【Reference】
1. Telonis A.G. et al. (2015) "Dissecting tRNA-derived fragment complexities using personalized transcriptomes reveals novel fragment classes and unexpected dependencies." Oncotarget 6(28):24797-822[PMID:26325506]
2. Olvedy M. et al. (2016) "A comprehensive repertoire of tRNA-derived fragments in prostate cancer." Oncotarget[PMID:27015120]
3. Schageman J. et al. (2013) "The complete exsome workflow solution: from isolation to characterization of RNA cargo." Biomed Res Int 2013:253957[PMID:24205503]
4. Dhahbi J.M. et al. (2013) "5' tRNA halves are present as abundant complexes in serum, concentrated in blood cells, and modulated by aging and calorie restriction." BMC Genomics 14:298[PMID:23638709]


特長


・最適化されたtRF&tiRNAシークエンス法
・正確なアノテーション及び分類システム
・様々なデータベースから収集したtRF&tiRNA情報
・tRF&tiRNAにフォーカスしたバイオインフォマティクス及び統計解析


サービス内容


ご送付頂いたRNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)、次世代シークエンス及びバイオインフォマティクス解析を実施いたします。バイオインフォマティクス解析では、tRF&tiRNAに加え、microRNAの発現解析も行います。これらの作業は、弊社海外提携先であるArrayStar社にて実施されます。

(ワークフロー)
1. RNAのQCチェック
2. ライブラリー作製及びQCチェック
3. illuminaプラットフォームによるシークエンス
4. データ出力及びバイオインフォマティクス解析
5. プロジェクトレポートの作成

(バイオインフォマティクス解析)
・ シークエンスデータのQCチェック
・ tRF/tiRNA及びmiRNAリファレンスデータベースへのアライメント
・ tRF/tiRNAの同定及びアノテーション
・ tRF/tiRNA発現のプロファイリング
・ tRF/tiRNAの発現変動解析
・ 変動tRF/tiRNAの解析・プロット作成: 階層的クラスターヒートマップ、スキャッタープロット、ヴォルケノプロット
・ 既知microRNAの発現解析及び発現変動microRNAの解析


図1. 発現解析及び発現差解析


図2. tRF&tiRNAの配列、ファミリーメンバー、二次構造、tRNAs中の切断部位のアノテーション


図3. サイズレンジにおける他のsmall RNAs間のtRF&tiRNAの相対量。多くの組織型でtRF&tiRNA量が高い又はほぼ優性であることが示されており、これらの組織におけるバイオマーカーへの応用において、tRF&tiRNAの生物学的優位性及び好ましい状態が強調されています。


納品物


・サンプルQCレポート
・FASTQ形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ
・プロジェクトレポート
・次世代シークエンスデータ解析用ソフトウェア「CLC Genomics Workbench」の2週間試用ライセンス
*USB等の記録メディアにて納品します。


サンプル条件
サンプルタイプ 濃度 RIN値 28S:18S rRNA
ピークスコア
O.D.260/280 O.D.260/230 ゲルイメージ
推奨量 最少量
Total RNA 5μg以上 2μg以上 20ng/μL以上 7以上 2:1 >1.8 >1.8 視認可能な28S及び
18S rRNAバンド;
28S:18S濃度比が〜2
1. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
*電気泳動は、次の条件で実施してください。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40 min.
2. DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
3. Total RNAは、RNase-free H2Oに溶解し、-80℃で保存してください。
4. DNase処理を行うことを強く推奨いたします。
5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、RNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。(UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多くのRNAを準備してください。)
6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。


価格・納期

【価格】
サービス内容 対応生物種 サンプル数 税別単価 Cat.#
tRF&tiRNA-Seq
受託解析サービス
Human/Mouse/Rat 2以上 お問合せ F-AS-tRF_tiRNAseq-(サンプル数)

【納期】 お問合せください。


サービスの流れ


受託解析サービスの流れ」をご参照ください。


ご注意事項


本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先(ArrayStar社)にて実施されます。
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。
サンプルの品質チェック(QCチェック)の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担頂きます。
ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。(サンプルは解析終了後に破棄されます。)
生データを含む解析結果は、発送から3ヶ月後に消去されます。
サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受け入れが不能又は拒否される場合があります。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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