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次世代シークエンシング(次世代シーケンシング)サービス
tRNA-Seq 受託解析サービス

フィルジェンでは、本サービスをArrayStar社(アメリカ)との業務提携により、サービスをご提供しております。

概要


転移RNA(Transfer RNA: tRNA)は、small non-coding RNAの中で最も豊富であり、至る所に存在しています。細胞増殖[1]、分化[1, 2]、アポトーシス[3]などの過程では、tRNAレベルの変動を伴います。tRNAレパトアの変化は、細胞の発生における細胞運命の選択に影響します(図1)。tRNAレパトアの調節不全は、腫瘍形成及びがんの進展を促進する可能性があります[2, 4-11]。さらに、2型糖尿病[12]、ハンチントン病[13]、HIV感染[14]などの様々な疾患において、tRNA分布の崩壊が示されています。こうしたことから、tRNAレパトアの研究は、ヒト疾患の研究にとって重要となっています。
tRNAは、非常に多くの、また様々な翻訳後修飾を受けますが、これらはtRNAの安定性やフォールディングなどに必須です。ペプチド合成におけるアミノ酸の担体であることから、tRNAはアミノ酸を有している必要があります。tRNAのアミノアシル化末端および内部修飾は、tRNA-Seqライブラリー調整時のアダプターライゲーション及び逆転写を阻害します。ArrayStar社は、tRNA用に最適化した修飾除去及びsmall RNAシークエンシングを統合させた最先端のtRNA-Seq法を開発し、tRNA研究を支援します。

図1. 細胞運命決定におけるtRNAレパトアの影響

【Reference】
1. Gingold H, et al. (2014). A dual program for translation regulation in cellular proliferation and differentiation. Cell 158, 1281-92. PMID:25215487.
2. Pavon-Eternod M, et al. (2013). Overexpression of initiator methionine tRNA leads to global reprogramming of tRNA expression and increased proliferation in human epithelial cells. RNA 19, 461-6. PMID:23431330.
3. Mei Y, et al. (2010). Apoptotic regulation and tRNA. Protein Cell 1, 795-801. PMID:21113408.
4. Berns A (2008). A tRNA with oncogenic capacity. Cell 133, 29-30. PMID:18394985.
5. Waldman YY, et al. (2009). TP53 cancerous mutations exhibit selection for translation efficiency. Cancer Res 69, 8807-13. PMID:19887606.
6. Kushner JP, et al. (1976). Elevated methionine-tRNA synthetase activity in human colon cancer. Proc Soc Exp Biol Med 153, 273-6. PMID:995958.
7. Marshall L, et al. (2008). Elevated tRNA(iMet) synthesis can drive cell proliferation and oncogenic transformation. Cell 133, 78-89. PMID:18394991.
8. Pavon-Eternod M, et al. (2009). tRNA over-expression in breast cancer and functional consequences. Nucleic Acids Res 37, 7268-80. PMID:19783824.
9. Zhou Y, et al. (2009). High levels of tRNA abundance and alteration of tRNA charging by bortezomib in multiple myeloma. Biochem Biophys Res Commun 385, 160-4. PMID:19450555.
10. Begley U, et al. (2013). A human tRNA methyltransferase 9-like protein prevents tumour growth by regulating LIN9 and H1F1-alpha. EMBO Mol Med 5, 366-83. PMID:23381944.
11. Goodarzi H, et al. (2016). Modulated Expression of Specific tRNAs Drives Gene Expression and Cancer Progression. Cell 165, 1416-27. PMID:27259150.
12. Krokowski D, et al. (2013). A self-defeating anabolic program leads to beta-cell apoptosis in endoplasmic reticulum stress-induced diabetes via regulation of amino acid flux. J biol Chem 288, 17202-13. PMID:23645676.
13. Girstmair H, et al. (2013). Depletion of cognate charged transfer RNA causes translational frameshifting within the expanded CAG stretch in huntingtin. Cell Rep 3, 148-59. PIMD:23352662.
14. van Weringh A, et al. (2011). HIV-1 modulates the tRNA pool to improve translation efficiency. Mol Biol Evol 28, 1827-34. PMID:21216840.


特長


・tRNAの末端及び内部修飾の効率的な除去によるtRNA-Seq精度の向上
・最適化されたtRNAシークエンス法
・信頼性の高いデータベースに基づく包括的なtRNAトランスクリプトームリファレンス
・tRNAアノテーション及びバイオインフォマティクス解析


サービス内容


ご送付頂いたRNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)、次世代シークエンス及びバイオインフォマティクス解析を実施いたします。バイオインフォマティクス解析では、tRNAの発現プロファイリングや発現変動tRNA解析などを行います。これらの作業は、弊社海外提携先であるArrayStar社にて実施されます。

(ワークフロー)
1.RNAのQCチェック
2.tRNAの前処理
3.ライブラリー作製及びQCチェック
4.illuminaプラットフォームによるシークエンス
5.データ出力及びバイオインフォマティクス解析
6.プロジェクトレポートの作成

(バイオインフォマティクス解析)
・シークエンスデータのQCチェック
・tRNAリファレンスデータベースへのアライメント
・tRNAの同定及びアノテーション
・tRNAの発現プロファイリング
・tRNAの発現変動解析
・発現変動tRNAの解析・プロット作成: 階層的クラスターヒートマップ、スキャッタープロット、ヴォルケノプロット


図1. tRNAの発現プロファイリング



図2. tRNA発現変動解析(クラスタリングヒートマップ、スキャッタープロット、ヴォルケノプロット)


納品物


・サンプルQCレポート
・FASTQ形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ
・プロジェクトレポート
・次世代シークエンスデータ解析用ソフトウェア「CLC Genomics Workbench」の2週間試用ライセンス
*USB等の記録メディアにて納品します。


サンプル条件
サンプルタイプ 濃度 RIN値 28S:18S rRNA
ピークスコア
O.D.260/280 O.D.260/230 ゲルイメージ
推奨量 最少量
Total RNA 5μg以上 2μg以上 20ng/μL以上 2:1 >1.8 >1.8 視認可能な28Sおよび
18S rRNAバンド;
28S:18S濃度比が〜2
1. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
2. DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
3. Total RNAは、RNase-free H2Oに溶解し、-80℃で保存してください。
4. DNase処理を行うことを強く推奨いたします。
5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、RNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。(UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多くのRNAを準備してください。)
6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。


価格・納期

【価格】
サービス内容 対応生物種 サンプル数 税別単価 Cat.#
tRNA-Seq
受託解析サービス
Human/Mouse/Rat 2以上 お問合せ F-AS-tRNAseq-(サンプル数)

【納期】 お問合せください。


サービスの流れ


受託解析サービスの流れ」をご参照ください。


ご注意事項


本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先(ArrayStar社)にて実施されます。
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルをお引き受けできません。
やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求いたします。
サンプルの品質チェック(QCチェック)の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担頂きます。
ご提供頂いたサンプルの返却は致しておりません。(サンプルは解析終了後に破棄されます。)
生データを含む解析結果は、発送から3ヶ月後に消去されます。
サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受け入れが不能又は拒否される場合があります。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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