製品・サービス情報
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次世代シークエンシング(NGS)受託解析サービス
全ゲノムバイサルファイトシークエンス受託解析サービス |
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フィルジェンでは、Novogene社との業務提携により、次世代シークエンシング（NGS)法による、全ゲノムバイサルファイトシークエンス（全ゲノムメチル化受託解析サービス）をご提供しております。
 概要
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DNAのメチル化は、細胞の増殖および分化において、遺伝子発現の制御に重要な役割を果たし、癌、神経変性疾患および神経疾患など、多くの疾患の発症に関与しています。
ヒト全ゲノムメチル化受託解析サービスでは、バイサルファイト処理したゲノムDNA全体を次世代シークエンシング（次世代シーケンシング）することで、網羅的かつ詳細にメチル化を把握することができます。 |
 サービス内容
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ご送付頂いたgDNAサンプルを用いて、品質チェック（QCチェック）からシークエンシングまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析（提携先であるNovogene社が用意する解析パッケージ）もご用意しています。
【シークエンスプラットフォーム】
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illumina NovaSeq6000/Hiseq X ten, PE150 |
【シークエンス量】
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・ヒト： 90Gb raw data/sample
*シークエンス量は、1Gb単位で調整可能です。
・ヒト以外の動植物： 1サンプルあたり1Gb単位でご指定頂けます。
*QCチェックに合格したサンプルは、シークエンス量の保証対象となります。
*保証量は、お申込み頂いたシークエンス量の98％となります。 |
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illumina HiSeq X Ten |
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【作業内容】
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1. サンプルQCチェック
2. mRNA濃縮
3. ライブラリー作製
4. バイサルファイト処理
5. シークエンス作製
6. バイオインフォマティクス解析（有償オプション） |
【バイオインフォマティクス解析】
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＜解析パッケージ＞
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下記内容一式が含まれています。
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Data quality control |
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mCs detection, methylation level calculation |
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Methylation level and frequency distribution |
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Differentially Methylated Site (DMS) detection |
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Differentially methylated regions (DMRs), Differentially Methylated Promoter (DMPs) detection and annotation |
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Function enrichment of DMR-associated genes and DMP-associated genes |
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Visualization of BS seq data |
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Comparative analysis (among samples) |
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＜データ解析例＞
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標準データ解析レポート（HTML形式のレポート）には、実験手順、シークエンスデータのクオリティー情報、アライメント結果、メチル化シトシンの同定、メチル化レベル、DMR解析などの結果がまとめられています。
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ライブラリー作製
 データ解析パイプライン
納品物
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・サンプルQCレポート
・FASTQ形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ（バイオインフォマティクス解析をお申込み頂いた場合）
・プロジェクトレポート
*USB等の記録メディアにて納品いたします。
*プロジェクトによって、納品物が変更される場合もあります。 |
 サンプル条件
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| サンプルタイプ |
Amount（Qubit） |
液量 |
濃度 |
純度
（NanoDropTM/Agarose Gel） |
| ゲノムDNA |
≧3μg |
≧20μL |
≧20ng/μL |
0＜O.D.260/230＜3, no degradation, no contamination |
| 1. |
電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
*電気泳動は、次の条件で実施してください。 1.0% agarose gel; 1.0% TAE solution; 100V for 40
min. |
| 2. |
RNase処理を行い、DNAが分解されていないことを確認してください。 |
| 3. |
DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。（スクリューキャップ式を推奨します。） |
| 4. |
ゲノムDNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE bufferまたはddH2Oにて保存してください。
*長期保存の場合は、-20℃または-80℃で保存してください。 |
| 5. |
UVスペクトルベースの濃度測定法では、DNA濃度が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
*UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いゲノムDNAを準備してください。 |
| 6. |
サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。 |
| 7. |
サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、予めご了承ください。 |
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価格・納期
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| サービス内容 |
数量 |
税別単価 1) |
Cat.# |
ヒト全ゲノムバイサルファイトシークエンス
受託解析サービス（90Gb) |
1サンプル以上 |
お問合せ |
F-Novo-WGBsh90-(サンプル数) |
ヒト全ゲノムバイサルファイトシークエンス
受託解析サービス（90Gb)
バイオインフォマティクス解析付 |
1サンプル以上 |
お問合せ |
F-Novo-WGBsh90D-(サンプル数) |
動植物全ゲノムバイサルファイトシークエンス
受託解析サービス |
1サンプル以上 |
お問合せ |
F-Novo-WGBSap(データ量)-(サンプル数) |
動植物全ゲノムバイサルファイトシークエンス
受託解析サービス
バイオインフォマティクス解析付 |
1サンプル以上 |
お問合せ |
F-Novo-WGBSap(データ量)D-(サンプル数) |
1)海外へのサンプル輸送費用およびハードディスク費用が別途必要です。
【納期】
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約1.5ヶ月（バイオインフォマティクス解析付： 約2～2.5ヶ月）
※納期は、QCチェック合格後となります。
※年末年始、夏季休業、祝日、解析状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。 |
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サービスの流れ
注意事項
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本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先（Novogene社）にて実施されます。 |
| ・ |
本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。 |
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やむを得ない理由でキャンセルされる場合、それまでの工程に応じた料金を請求させて頂きます。 |
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サンプルの品質チェック（QCチェック）の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。 |
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ご提供頂いたサンプルの返却は、致しておりません（サンプルは解析終了後に破棄されます）。 |
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生データを含む解析結果は、発送から90日後に消去いたします。 |
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サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受け入れが不能、又は拒否されたりする場合があります。 |
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