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次世代シークエンシング(次世代シーケンシング)サービス
RNA-Seq 受託解析サービス
フィルジェンでは、RNA-Seq受託解析サービスをご提供しております。Novogene社との業務提携により、サービスをご提供いたしております。  


概要

RNA-Seqは、細胞内に含まれるmRNA分子を網羅的かつ定量的に解析します。転写産物のリード数から遺伝子発現量を定量化し、同時にその配列情報から、新規転写産物や、選択的スプライシングや融合遺伝子の検出を行う技術です。Novogene社のRNA-Seq受託解析サービスは、安価な価格と充実したバイオインフォマティクス解析が特徴です。解析対象となる生物種からご希望のデータ量を選択することができます。


特長


・次世代シークエンステクノロジーによる網羅的なmRNAのシークエンス
・真核生物用と原核生物用をご用意しています。
・様々なバイオインフォマティクス解析もご用意しています。(有償オプション)


サービス内容


ご送付頂いたRNAサンプルを用いて、品質チェック(QCチェック)から次世代シークエンスまで実施いたします。さらに、オプションでバイオインフォマティクス解析にも対応いたします。バイオインフォマティクス解析は、提携先であるNovogene社が用意する解析パッケージ、又は弊社の提供するデータマイニングサービスからお選び頂けます。

【シークエンスプラットフォーム】
 illumina NovaSeq6000, PE150

【保証データ量】
 ・真核生物: 3Gb, 6Gb, 9Gb, 12Gb raw data/sample
 ・原核生物: 1.2Gb, 2.4Gb, raw data/sample
 *データ量の保証は、QCチェックに合格したサンプルに限られます。
 *データ量は、1Gb単位で調整可能です。

illumina NovaSeq6000

【作業内容】
 1. サンプルQCチェック
 2. mRNA濃縮
 3. ライブラリー作製
 4. シークエンス作製
 5. バイオインフォマティクス解析(有償オプション)
 *真核生物用では、Oligo(dT) beads, 原核生物用では、rRNA除去によりmRNAを濃縮いたします。
 *真核生物用のライブラリータイプは、non-directional となりますが、starand-specific タイプにも対応いたします(別途有償)。

【バイオインフォマティクス解析】

<解析パッケージ>

真核生物では、定量化パッケージとトランスクリプトームパッケージの2種類をご用意しております。また、リファレンスデータが利用できない真核生物にも対応いたします(De Novo)。原核生物用のバイオインフォマティクス解析については、お問合せください。

真核生物(with Reference) 真核生物(De Novo)

定量化パッケージでは、図の青色の項目の解析が実施され、トランスクリプトームパッケージでは、さらに緑色の項目の解析も実施されます。真核生物(with Reference)について、生物種がヒト又はマウスの場合は、Fusion Gene Analysisが、それ以外の生物種の場合は、Novel Gene Predictionが実施されます。

 *解析によっては、2グループ以上や生物学的リプリケートが必要となります。
 *各パッケージの解析内容は、業務提携先のパイプラインの変更・更新等により、変更される場合があります。

<解析データ例>


 Gene Expression Levels


 Differentially Expressed Genes(DEGs) Analysis

Volcano plot for DEGs

Cluster analysis of DEGs

ご希望される方には、トランスクリプトームパッケージのデモレポートをお送りしておりますので、ご連絡をください(biosupport@filgen.jp)。

<データマイニングサービス(次世代シークエンシングデータ解析サービス)>

 「次世代シークエンシングデータ解析サービス」のページをご参照ください。


納品物


・サンプルQCレポート
・FASTQ形式のシークエンスデータ
・バイオインフォマティクス解析データ(バイオインフォマティクス解析をお申し込み頂いた場合)
・プロジェクトレポート
・次世代シークエンスデータ解析用ソフトウェア「CLC Genomics Workbench」の2週間試用ライセンス

*USB等の記録メディアにて納品いたします。
*プロジェクトによって、納品物が変更される場合もあります。


サンプル条件

RNA-Seqタイプ サンプルタイプ Amount(Qubit®) 液量 濃度 RIN(Agilent2100) 純度
(NanoDrop
TM
推奨量 最小量
真核生物用 TotalRNA
(Animal)
≧2μg ≧1μg ≧20μL ≧50ng/μL ≧6.8
smooth base line
O.D.260/280:≧1.7
O.D.260/230:≧1.8
no degradation
no contamination
TotalRNA
(Plant and Fungus)
≧2μg ≧1μg ≧20μL ≧50ng/μL ≧6.3
smooth base line
原核生物用 TotalRNA ≧6μg ≧3μg ≧20μL ≧50ng/μL ≧6.0
smooth base line

1. 電気泳動を実施し、泳動写真を添付してください。
*泳動条件は、次を推奨します 1.0% agarose gel; 0.5%xTBE solution; 180V 16 min.
2. DNase, RNaseフリーの1.5mLまたは2mLのチューブを使用してください。(スクリューキャップ式を推奨します。)
3. TotalRNAは、RNase-free H2Oに溶解し、-80℃で保存してください。
4. DNase処理を行うことを強く推奨します。
5. UVスペクトルベースの濃度測定法では、RNAの濃度測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
*UVスペクトルベースで測定した場合、上記よりも多いRNAを準備してください。
6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。
7. サンプルの最終的な品質は、業務提携先でのQCチェックの結果に従いますこと、あらかじめご了承ください。


価格・納期

【価格】
サービス名 サンプル数 税別単価 1) Cat.#
真核生物
RNA-Seq 受託解析サービス 3Gb raw data/sample
(20 million raw reads)
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE3-(サンプル数) 
RNA-Seq 受託解析サービス 6Gb raw data/sample
(40 million raw reads)
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE6-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 9Gb raw data/sample
(60 million raw reads)
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE9-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 12Gb raw data/sample
(80 million raw reads)
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE12-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 3Gb raw data/sample
(20 million raw reads)
バイオインフォマティクス解析付
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE3D-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 6Gb raw data/sample
(40 million raw reads)
バイオインフォマティクス解析付
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE6D-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 9Gb raw data/sample
(60 million raw reads)
バイオインフォマティクス解析付
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE9D-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 12Gb raw data/sample
(80 million raw reads)
バイオインフォマティクス解析付
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqE12D-(サンプル数)
原核生物
RNA-Seq 受託解析サービス 1.2Gb raw data/sample
(8 million raw reads)
 
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqP1-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 2.4Gb raw data/sample
(16 million raw reads)
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqP2-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 1.2Gb raw data/sample
(8 million raw reads)
バイオインフォマティクス解析付
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqP1D-(サンプル数)
RNA-Seq 受託解析サービス 2.4Gb raw data/sample
(16 million raw reads)
バイオインフォマティクス解析付
  
1サンプル以上 お問合せ F-Novo-RseqP2D-(サンプル数)
1)海外へのサンプル輸送費用およびハードディスク費用が別途必要です。
*上記の真核生物用RNA-Seqの価格は、ライブラリータイプがnon-directionalの場合となります。


【納期】
 約2ヶ月(バイオインフォマティクス解析付:約2.5〜3ヶ月)
 *納期は、QCチェック合格後となります。
 *年末年始、夏季休業、祝日、受注の集中状況等により、上記より日数を頂く場合がございますこと、予めご了承ください。


サービスの流れ


 「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。



ご注意事項


* 本サービスの解析作業は、弊社の海外提携先(Novogene社)にて実施されます。
* 本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。
* やむを得ない理由でキャンセルする場合は、それまでの工程に応じた料金をご請求させて頂きます。
* サンプルの品質チェック(QCチェック)の結果やライブラリー作製などの問題から、再度サンプルをお送り頂く場合、弊社提携先への送料をご負担いただきます。
* ご提供いただいたサンプルの返却は、致しておりません(サンプルは、解析終了後に破棄されます)。
* 生データを含む解析結果は、発送から3ヶ月後に消去されます。
* サンプルの生物種又は状態によっては、動物検疫、法規制、国際条約などにより、輸出規制の対象となる場合があり、サンプル輸送に必要な手続きに日数を要したり、弊社提携先にて受け入れが不能又は拒否されたりする場合があります。

 
お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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