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Proximo Hi-C Genome Scaffolding / ProxiMeta Hi-C Metagenome Deconvolution

ProximoTM Hi-C Genome Scaffolding 受託解析サービス
Phase Genomics社のProximoTM Genome Scaffoldingサービスは、多様な動植物ゲノムにおいて、染色体スケールのスキャフォールディングを行います。Hi-C法の応用により、ホルムアルデヒド固定をした細胞・組織を用いて、クロスリンクしたクロマチンからDNAライブラリーを作製・シークエンスすることで、各染色体の連続性の情報を取得し、断片化しているコンティグから、染色体スケールのスキャホールドを導きます。


特長


●動植物の新規ゲノムを染色体スケールでアセンブリ
●高分子DNAの抽出が不要:ホルムアルデヒド固定した細胞/組織を用いて解析
●コンタミしたDNAのデータの除去
●あらゆるシークエンスプラットフォームのアセンブリに対応: illumina, PacBioなど


解析の流れ

核DNAの物理的プロキシミティは、ゲノム上の距離と反比例します。クロマチンのプロキシミティは、クロスリンクによって染色体全体に渡る近接情報を維持しながら、in vivoに取得されます。
 
クロスリンクされたクロマチンは断片化され、抽出されます。これらの末端はライゲーションされ、ペアエンドシークエンスされます。得られたシークエンスデータは、染色体のプロキシミティー情報を有しています。

プロキシミティ情報により、ライゲーション部位間でコンティグを関連付けます。
コンティグは、プロキシミティ情報に基づいて、染色体グループに分類されます。
そして、コンティグは、プロキシミティ情報によって、染色体スケールのスキャフォールドに並び替え及び方向づけられます。


解析例


コンプリートゲノム
Goat PacBio(PB) +Optical Mapping(OM) +Proximo
Contigs/Scaffolds 3110 1575 31
Scaffold Length 2.6Gb 2.7Gb 2.7Gb
Scaffold N50 4.7Mb 22.3Mb 91.7Mb
Proximoは、de novoゲノムをリファレンス品質の31の染色体スケールのスキャフォールドにアセンブルしました。更なる解析で、53.9%のギャップをクロージングし、アセンブリ全体で663ギャップしか残しませんでした。

高分子DNA不要、デコンタミネーションアセンブル
Contaminated Plant illumina +Proximo
Contigs/Scaffolds 12.787 11
Scaffold Length 471Mb 295Mb
Scaffold N50 3.8kb 26.3Mb
Assembly % Expected Size 158.6% 99.3%
Fungal contigs in assembly 1471 4
Bacterial contigs in assembly 1582 0
Proximoは、インタクトな細胞を使用するため、高分子DNAの抽出を必要としません。このことは、アセンブリからDNAコンタミネーションを除外することを可能にします。上の例では、174Mbのコンタミナントシークエンスが除外されています。

様々なテクノロジーとの組み合わせ
Sugar Beet PB PB+OM PB+Proximo PB+OM+Proximo
Contigs/Scaffolds 938 86 10 10
Scaffold Length 563Mb
(contigs)
533Mb 558Mb 512Mb
Scaffold N50 1.4Mb
(contig)
12.5Mb 64.8Mb 64.9Mb

Goat illumina(IL) IL+Dovetail(DT) IL+DT+Proximo
Contigs/Scaffolds 1,935,503 10,485 10
Scaffold Length 640Mb
(contigs)
506Mb 492Mb
Scaffold N50 <10kb
(contig)
4.0Mb 57.1Mb
Proximoは、illuminaやPacBio、その他のコアシークエンシングテクノロジーと良く機能します。また、より良好な結果や既に比較的良い状態のゲノムの改善のために、他のスキャフォールディングテクノロジーと組み合わせることが可能です。


ご提供いただくサンプルおよび情報


●Draft assembly(FASTA形式)
●固定済みサンプル
 例)植物の葉:0.5g、動物組織:〜100μL、培養細胞/血液細胞:50μL
 *組織サンプルを送付いただく場合、生物種によっては輸出・輸入制限のある場合がありますこと、予めご了承ください。



Proximo(TM) Hi-Cの資料


Phase Genomics Proximo フライヤー
・Nature Genetics paper:
 
Single-molecule sequencing and chromatin conformation capture enable de novo reference assembly of the domestic goat genome.


受託サービスの流れ


フィルジェン(株) バイオサイエンス部 受託解析センター

【解析内容の打ち合わせ】
ご希望とする内容をご連絡ください。(E-mail: biosupport@filgen.jp)
内容を確認後、お見積り、必要サンプル量、固定方法に関するガイドライン等の情報をご連絡いたします。

【解析サンプルの送付】
弊社宛に、固定済みサンプルとQCシートを併せてご送付ください。
送付された内容物とQCシートの内容が一致するかを弊社で確認し、弊社からPhase Genomics社(アメリカ)にサンプルを送付します。

(送付先)フィルジェン株式会社 バイオサイエンス部 受託2グループ
      〒459-8011 愛知県名古屋市緑区定納山一丁目1409番地
      Phone 052-624-4388

(費用についての注意点)
本サービスは、海外の業務提携先において解析を行うため、キャンセルはお引き受けできません。
やむを得ずキャンセルされる場合には、要した実費をご請求させて頂きます。

(注意点)

サンプル発送は、必ず「サンプル送付方法およびご注意点(PDF)」をご参照の上、その内容に従って行ってください。
送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れがおきない様にしてください。
サンプルの入ったチューブに油性マジックでサンプル名を明記し、ビニールバック等に入れてください。
*弊社営業日・営業時間は、土日祝祭日や年末年始などを除く、平日9時〜18時までとなっておりますので、サンプルの弊社到着日にご注意ください。また、休日をはさまない様にご発送ください。
サンプル送付の際には、受託解析サービスQCシートを同封してお送りください。同シートが同封されていない、または、ご記入漏れがある場合、解析サービスの着手が遅れる場合がございますので、ご了承ください。
*お預かりできるサンプルは、文部科学省が「遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物多様性の確保に関する法律」にて定めるP1レベルのものに限らせて頂きます。
ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供ください。
ご提供頂くサンプル及び本作業から生じる知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社では、一切の責を負いかねます。
お送り頂いたサンプルは、ご返却いたしかねます。実験後のサンプルにつきましては、基本的には弊社側にて破棄させて頂きますので、ご了承ください。
本確認事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。

Phase Genomics社

【サンプル調整および次世代シークエンシング解析】
ご送付頂いたサンプルからライブラリー調整を行い、シークエンスデータ(Hi-Cデータ)を取得します。

【バイオインフォマティクス解析】
ご提供頂いたドラフトアセンブリと、Phase Genomics社にて取得したHi-Cデータから、スキャホールディングを行います。

【解析データのご報告】
アセンブル結果をHDD/USBに収録し、ご報告いたします。


価格

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