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Irys® ゲノムマッピング受託解析サービス
-Mbサイズの長鎖DNAを、一分子単位でゲノムマッピングします。

BioNano Genomics社のIrys® genome mapping system を使用した受託解析サービスです。このシステムは、メガベース(Mb)サイズの長鎖DNAを、一分子単位で画像解析を行うことにより、シークエンシングすることなく、ゲノムマッピング解析を行います。
*本サービスは、RTLGenomics(アメリカ)との業務提携により、サービス提供いたします。
 
RTLGenomicsは、Research and Testing Laboratories社のゲノミクス・メタゲノミクス解析部門です。


 特徴


Mbサイズの長鎖DNAを均一に直線化し、正確に一分子単位で可視化できます。
IrysChip®

Irys® instruments
DNAの断片化やPCR増幅を必要としません。
動物、植物、微生物など、様々な生物に対応しています。
ゲノムマッピング解析だけでなく、ゲノム構造多型解析(挿入、欠失、転座、逆位、リピートなど)にも対応しています。


 Irys® System 及び解析例の概略


従来のハイスループットゲノムテクノロジーは、DNAの断片化やPCR増幅されたサンプルを用いてシークエンスを行い、assemble, conting, scaffoldなどを経て、配列全体を再構築します。このため、正確なGapサイズや構造変異など、ゲノム全体像が不明確になる場合が考えられます。
Irys® genome mapping system は、DNAの断片化やPCRバイアスのない、Mbサイズの長鎖DNAにおける正確なゲノムマップを構築することができます。さらに、次世代シークエンスの結果と組み合わせて解析することにより、正確なGapサイズを同定し、今まで見られなかった構造変異など、ゲノム全体像を明らかにすることができます。

Irys® genome mapping system は、システム本体である、Irys® Instrumentと、解析ソフトウェア IrysView® software により構成されています。この技術は、配列特異的に蛍光標識されたMbサイズのDNAを、均一に直線化し、一分子単位で画像解析します。
1. 細胞、組織、血液、微生物など、様々な種類のMbサイズのDNA抽出は、指定のガイドラインに沿って行います。
2. MbサイズのDNAは、ニッキングエンドヌクレアーゼにより、二本鎖DNAの1本のDNA鎖にニックが作成されます。DNAポリメラーゼにより、蛍光標識ヌクレオチドを取り込まれることで、配列特異的部位に蛍光標識されます。
3. 蛍光標識されたDNAは、IrysChip®内にピペットされます。
4. Irys® instrumentsにより、均一に直線化したDNAは、一分子単位で繰り返し読み取られ、一分子単位で画像として記録されます。
5. IrysView® softwareを使用し、読み取った蛍光シグナル画像からゲノムマップを作成します。作成されたゲノムマップは、目的の解析内容(Automated SV Detection, Scaffolding, Gap Sizingなど)に合わせて使用できます。


 Irys® テクノロジー

   
IrysChip®の特徴
目安データ量:50-100GB/chip
2フローセル/chip
13,000本のNanoChannel Arrays/フローセル
高度な再現性、ウエハスケールの半導体製造技術を応用
  NanoChannel Arraysの特徴
均一なDNAサイジング
数百kbpのインタクトなDNA分子
直線化されたDNA1分子の高解像度イメージング
  IrysView® software
de novo アセンブルと構造変化検出
任意のステップでの簡単データエクスポート
マップ及びシークエンスデータの統合
ゲノムブラウザーと結果の可視化


 アプリケーション例


NGS Scaffolding

Irys® genome mapping system は、ヒトMHC領域における、より正確なScaffoldを構築します。NGS Contigsの方向や順番により、正確なGapサイズを同定します。
  Structural Vatiation Detection

Irys® genome mapping system は、様々な構造変化を検出するのに十分な長いリード長を有しています。これにより、機能的な重要性を持つ逆位などの構造変化の解析が可能です。

Genome Wide CNVs


Irys® genome mapping system は、広い範囲のCNVを、コンセンサスマップから自動的に検出します。逆位および複雑な転位は、異なるラベルのパターンに基づいて識別されます。
 
Balanced Translocation


Irys® genome mapping system は、DNAの断片化やPCR増幅していない、そのままの長鎖DNAを可視化できます。これにより、転座および重複挿入などの位置情報を明らかにすることができます。


 解析の流れ


フィルジェン(株) バイオサイエンス部 受託解析センター
 
1. 解析内容の打ち合わせ
ご希望とする内容をご連絡ください。(E-mail: biosupport@filgen.jp)
内容を確認後、お見積もり、必要サンプル量、抽出方法に関するガイドライン等の情報をご連絡いたします。
2. 解析サンプルの送付
弊社宛に、指定ガイドラインに従って、解析サンプルとQCシート及び免責事項同意書を併せてご送付ください。
ご送付頂いた内容物を弊社で確認し、弊社からRTLGenomics(アメリカ)にサンプルをお送りいたします。
*本サービスは、海外の業務提携先での解析という性質上、サンプルを受け取った以降のキャンセルはお引き受けできません。やむを得ずキャンセルされる場合には、要した実費をご請求させて頂きます。

(送付先)
フィルジェン株式会社 バイオサイエンス部 受託グループ
〒459-8011 愛知県名古屋市緑区定納山一丁目1409番地
Tel 052-624-4388 Fax 052-624-4389

(その他の注意点)
サンプル名は、半角英数10文字以内で表記してください。記号は、ハイフン(-)、アンダーバー(_)のみご使用頂けます。また、サンプル名は、個人情報等が特定されない様に、匿名化してください。サービス着手前に、サンプル名にて個人情報等が特定されると推測できる場合は、サンプル名の変更をお願いすることがありますので、予めご了承ください。
サンプルの入ったチューブに油性マジックでサンプル名を明記し、砕いたドライアイスとともに梱包してクール便でお送りください。その際、サンプルが凍結しないことを確認してください。
受託サービスQCシートは、必要事項をご記入の上、pdfファイルにて、弊社アドレス(biosupport@filgen.jp)まで送信してください。また、サンプル送付の際には、受託解析サービスQCシート及びサンプルリストの印刷物を同封してお送りください。同シートがご送付されていない、または記入漏れがある場合、解析サービスの着手が遅れる場合がありますが、予めご了承ください。
輸送時のトラブルに関しては、弊社ではその責任を負いかねます。
お預かりできるサンプルは、BSL2(バイオセーフティレベル2)までのものに限らせていただきます。感染性が著しく高いサンプル(HIV, HCV, HBVウイルスに感染していることが確認されている患者由来の検体など)は、お受けできませんので、ご了承ください。
ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供ください。
ご提供頂くサンプル及び本作業から生じる知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社では一切の責を負いかねます。
お送り頂いたサンプルは、返却いたしかねます。実験後のサンプルにつきましては、基本的には弊社側にて破棄させて頂きますので、ご了承ください。
弊社営業日・営業時間は、土日祝祭日や年末年始などを除く、平日9時から17時までとなっております。サンプルの弊社到着日にご注意ください。また、休日をはさまない様に発送してください。
本確認事項を満たさない事項で、別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。

RTLGenomics
 
3. サンプルの抽出
サンプルから、メガベース(Mb)サイズの長鎖DNAを抽出します。
4. サンプルの調整
品質チェックを通過したサンプルを用いて、配列特異的蛍光標識を行います。
5. スキャン
Irys® instrumentsを用いて、蛍光シグナルを画像として繰り返し読み取ります。
IrysChip®の取得データ量の目安50-100GB/chipです。サンプルタイプによってデータ量に差が生じます。ゲノムサイズに対して、少なくとも50×以上のカバレッジ、推奨は100×以上のカバレッジのデータ取得を推奨しています。
*本サービスには、データ解析作業は含まれておりません。専用ソフトウェア「Irys® View software」をお客様ご自身でダウンロードして頂き、データの閲覧及びデータ解析を行うことができます。

フィルジェン(株) バイオサイエンス部 受託解析センター
 
6. 解析データのご報告  【実験データ解析結果例
ゲノムマッピング
簡易報告書(A4-1枚)とともに、解析データをUSBメモリーに収録して、納品させて頂きます。
納期は、サンプルの種類やアプリケーションによって、変動いたします。詳しくは、ご発注前に担当までお問合せください。
6. バイオインフォマティクス解析(オプション)


お客様
8. 専用ソフトウェアのダウンロード
専用ソフトウェア「Irys® View software」をお客様ご自身でダウンロードして頂き、データの閲覧及びデータ解析を行うことができます。本ソフトウェアは、BioNano Genomics社のホームページ(http://www.bionanogenomics.com/support/software-updates/)より、ご使用のパソコン(Windows OS 64-bitのみ対応)にダウンロードしてください。


 価格


サービス名 数量 税別価格 Cat.#
Irys® マッピング解析用 DNA抽出サービス 1サンプル お問合わせ F-GB-IRYSDA-(サンプル数)
Irys® マッピング 1サンプル お問合わせ F-GB-IRYS-(サンプル数)
* 本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。やむを得ずキャンセルされる場合には、要した実費を請求いたします。
* QCシートは、弊社Web site「ダウンロード−受託解析のQCシート(http://www.filgen.jp/catarogue/index-qc.html)」からダウンロードして頂き、必要事項をご記入の上、サンプルと同送してください。


 メーカー提供資料

 ・IrysView(TM) v2.0 Software Installation and Training Guide(BioNano社)



 Selected References


1. English. A, et al., BioMed Central Genomics 16: 286(2015).
2. Usher, C. L., Handsaker, R., et al., Nature Genetics; e3340(2015).
3. Appels, R., et al., Functional & Integrative Genomics 15(2): 121-129(2015).
4. O'Bleness, M., et al., BioMed Central Genomics 15(July 2014): 387(2014).
5. Hastie, A. R., et al., PLoS ONE 8(2): e55864(2013).
6. Lam, E.T., al., Nature Biotechnology 30(8): 771(2012).
7. Das, S. K., et al., Nucleic Acids Research 38(18): 8(2010).
8. Reisner, W., et al., PNAS 107(30) 13294-13299(2010).
9. Xiao, M et al., Nucleic Acids Research 35(3): e16(2007).
10. Reisner, W., et al., Physical Review Letters. 94, No.19: 4(2005)

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