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nCounter® Analysis System
核酸デジタルカウント
受託解析サービス
遺伝子発現、miRNA発現などのデジタルカウントを行います。
NanoString Technologies社のnCounter® Analysis System を使用した受託解析サービスです。
nCounter® Analysis System は、特殊な分子バーコードを配列特異的に付加し、デジタル検出およびカウントを行います。遺伝子発現解析を中心としたパネルをご用意しており、miRNA発現解析にも対応しています。

*本サービスは、Cold Spring Biotech社との業務提携により、サービス提供いたします。


 特徴



nCounter® Analysis System
(nCounter® Prep Station, nCounter® Digital Analyzer)
 
PCRによる増幅や逆転写の必要がなく、標的となる核酸を一分子単位をダイレクトにカウントします。
最大800の標的遺伝子を同時にカウントすることができます。
細胞、組織、FFPE、血液ライセートなどから抽出したTotal RNAにも対応しています。
優れた感度、再現性、広いダイナミックレンジでの測定が可能です。


 デジタルカウントシステムの概略


nCounter® Analysis System では、標的分子を一分子単位でダイレクトにカウントします。バーコード化されたプローブ対を標的分子に結合させ、デジタル検出することで、増幅や逆転写することなく、数百の遺伝子をマルチプレックスで、高感度、高精度に解析することが可能です。

右図:
(1) 使用するプローブ対は、5'末端に蛍光バーコード(6 positin×4 色)を有するレポータープローブと、3'末端にカートリッジへ固定化するためのビオチンを有するキャプチャープローブから校正されます。溶液中にて、これらプローブ対をターゲット遺伝子に配列特異的にハイブリダイズさせ、複合体を形成します。
(2) nCounter® Prep Stationにおいて、ハイブリダーゼーション後、過剰なプローブを除去します。精製されたターゲット遺伝子-プローブ複合体を、nCounter® Cartridge表面に固定し、電圧をかけることにより、一定方向に整列させます。
(3) nCounter® Digital Analyzerを用いて、nCounter® Cartridgeに固定化されたターゲット遺伝子-プローブ複合体の分子バーコードをデジタル画像処理し、特定の分子バーコードが検出された数をカウントすることにより、ターゲット遺伝子を定量します。
[ref. Geiss G, et al., Nature Biotechnology 26; 317-25(2008).]





 アプリケーション


■RNA Analysis
Gene Expression Analysis
最大800の標的遺伝子を同時カウント
PCRによる増幅や逆転写の必要なし
細胞、組織、FFPE、血液ライセーとから解析可能
miRNA Expression Analysis
単一の反応でmiRNAトランスクリプトームをマルチプレックスに解析
miRNAの探索とバリデーション
類似したmiRNAも特異的に識別可能
Leukemia Fusion Gene Analysis
異なる白血病のサブタイプにみられる融合遺伝子のセットを含む
11の野生型転座と12の白血病関連バイオマーカーのプローブを含むセット


 パフォーマンス


1. 高い再現性


ref. Northcott P.E., et al., Neuropathologica; Nov 16, 2011
https://link.springer.com/article/10.1007/s00401-011-0899-7

2. 優れた感度、再現性、広いダイナミックレンジ
テクニカルレプリケート
同じTotal RNAを用いた繰り返しテストの再現性は、高い相関性と広いダイナミックレンジ(10-50,000 counts)を示しています。75カウントは、細胞あたり約1コピーに相当します。このデータは、発現量の高いサンプルと低いサンプルを、同時にカウントした場合でも、正確で感度の高い結果が得られることを示しています。

3. NGSやマイクロアレイによるデータ検証に有効

本解析では、一度に最大800の遺伝子を測定できます。逆転写やPCRのステップは必要なく、正確な定量が可能です。NGSやマイクロアレイ解析によって得られた、数十または数百個の候補遺伝子について、従来の様にqPCRあるいはウェスタンブロットで1つずつ検証する必要はありません。


Ref: Sun Z., et al., Plos One; Feb 25, 2011
http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0017490

Ref: Khan M., et al., Cell; Nov 11, 2011
http://www.cell.com/cell/fullext/S0092-8674(11)01219-0

4. 癌研究に最適

癌研究に最適なPanCencer Panel(3種)は、それぞれ770のがん関連の重要遺伝子を搭載しており、経路調節解除、イムノプロファイリング、およびガン進行の基礎および橋渡し研究を可能にするマルチプレックスな遺伝子発現解析を提供します。これ以外にも多数の免疫・がん研究向けパネルがあり、また、カスタマイズにも対応しています。



 必要サンプル条件


 ・サンプルの種類: Total RNA
 ・濃度: 60ng/μL
 ・溶液量: 15μL
 ・フラグメントサイズ: 50%が300bp以上



 解析の流れ


フィルジェン(株) バイオサイエンス部 受託解析センター
 
1. 御見積り
ご希望とする内容をご連絡ください。(E-mail: biosupport@filgen.jp)
ご希望されるサービスやサンプル数などの情報を基に、価格・必要サンプル量などの情報をご連絡いたします。
2. 解析サンプルの送付
弊社宛に、解析サンプル、QCシート及び免責事項同意書をご送付ください。
ご送付頂いた内容物を弊社で確認し、弊社から提携先(Cold Spring Biotech社)にサンプルをお送りいたします。

(送付先)
フィルジェン株式会社 バイオサイエンス部 受託グループ
〒459-8011 愛知県名古屋市緑区定納山一丁目1409番地
Tel 052-624-4388 Fax 052-624-4389

(費用についての注意点)
品質チェックを行った結果、解析可能と判断された場合のみ、解析を行います。なお、QC結果やライブラリー作製などの問題で、再度サンプルをCold Spring Biotech社へ送付する場合は、別途送料(海外)及び、サンプル品質チェック費用をご請求させて頂きます。
本サービスは、海外の業務提携先において解析を行うため、キャンセルはお引き受けできません。やむを得ずキャンセルされる場合には、要した実費をご請求させて頂きます。
お客様から当社へのサンプルの送料はお客様負担となります。(着払いではお受け取りできませんので、ご注意ください。)

(その他の注意点)
サンプルの発送は、必ず、「サンプル送付方法およびご注意点(PDF)」をご参照の上、その内容に従って行ってください。
サンプル名は、半角英数10文字以内で表記してください。記号は、ハイフン(-)、アンダーバー(_)のみご使用頂けます。また、サンプル名は、個人情報等が特定されない様に、匿名化してください。サービス着手前に、サンプル名にて個人情報等が特定されると推測できる場合は、サンプル名の変更をお願いすることがありますので、予めご了承ください。
受託サービスQCシートは、必要事項をご記入の上、pdfファイルにて、弊社アドレス(biosupport@filgen.jp)まで送信してください。また、サンプル送付の際には、受託解析サービス免責事項同意書、受託解析サービスQCシート及びサンプルリストの印刷物を同封してお送りください。同シートがご送付されていない、または記入漏れがある場合、解析サービスの着手が遅れる場合がありますが、予めご了承ください。
ご発送時は、冷凍宅配便をご指定ください。輸送時のトラブルに関しては、弊社ではその責任を負いかねます。
ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供ください。
ご提供頂くサンプル及び本作業から生じる知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社では一切の責を負いかねます。
お送り頂いたサンプルは、返却いたしかねます。実験後のサンプルにつきましては、基本的には弊社側にて破棄させて頂きますので、ご了承ください。
弊社営業日・営業時間は、土日祝祭日や年末年始などを除く、平日9時から17時までとなっております。サンプルの弊社到着日にご注意ください。また、休日をはさまない様に発送してください。
本確認事項を満たさない事項で、別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。

Cold Spring Biotech社 
 
3. サンプルの品質チェック
サンプルの品質チェックを行います。
*QCチェックの結果などの問題で、サンプルを再送する場合は、別途送料(海外)をご請求させて頂きます。
4. サンプルの調整とハイブリダイゼーション
サンプルおよび2種類のプローブを用いて、ハイブリダイゼーションを行います。
5. サンプルの精製
nCounter® Prep Stationにより、サンプルの精製と固定化を行います。
6. カウント
nCounter® Degital Analyzerにより、ターゲット遺伝子特異的な分子バーコードをダイレクトにカウントします。
7. データ解析
得られたカウントデータを用いて、nSolver(TM) Analysis により、データ解析を行います。

フィルジェン(株) バイオサイエンス部 受託解析センター
 
6. 解析データのご報告
データ解析結果を、CD-ROMまたはDVD-ROMに収録して、ご報告いたします。


 価格・納期


【価格】
サービス内容(パネル解析) 搭載遺伝子数 数量 税別価格 Cat.#
mRNAパネル
PanCancer Pathway for Human 770 ≧12 お問合せ F-CSB-PPH-N
PanCancer Pathway for Mouse 770 ≧12 お問合せ F-CSB-PPM-N
PanCancer Immune Profiling for Human 770 ≧12 お問合せ F-CSB-PIPH-N
PanCancer Immune Profiling for Mouse 770 ≧12 お問合せ F-CSB-PIPM-N
PanCancer Progression for Human 770 ≧12 お問合せ F-CSB-PIGH-N
Human Immunology v2 594 ≧12 お問合せ F-CSB-HI-N
Mouse Immunology 561 ≧12 お問合せ F-CSB-MI-N
Human Kinase v2 536 ≧12 お問合せ F-CSB-HK-N
Human Inflammation v2 255 ≧12 お問合せ F-CSB-HIF-N
Mouse Inflammation v2 254 ≧12 お問合せ F-CSB-MIF-N
Vantage RNAパネル
Leukaemia Fusion Gene Expression 42 ≧12 お問合せ F-CSB-LKFG-N
Lung Fusion Gene Expression 63 ≧12 お問合せ F-CSB-LFG-N
miRNAパネル
Human miRNA v3 800 ≧12 お問合せ F-CSB-HMR-N
Mouse miRNA v1.5 600 ≧12 お問合せ F-CSB-MMR-N
Rat miRNA v1.5 400 ≧12 お問合せ F-CSB-RMR-N

【納期】
お問合せください。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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