 概要
主にスモールサイズゲノムにおける、高品質な完全長ゲノム配列を得ることを目的としたGenome Finishingを行うためのプラグインです。De Novoアセンブルによって作成されたコンティグ配列をもとに、コンティグ同士の結合、近縁種ゲノムへのマッピング、プライマー設計などを行うための各種ツールが搭載されています。また、このプラグインを導入することで、PacBio SMRTのロングリードを使用した、リード配列のエラー補正とアセンブル（ベータ版）が実行できる様になり、PacBioロングリードによるDe Novoアセンブル用の解析パイプライン（ベータ版）も標準搭載されています。
*CLC Genome Finishing Moduleを利用するためには、CLC Genomics Workbench、または、Biomedical
Genomics Workbenchが必要となります。 |
 主な特徴
| ● |
コンティグ配列における、リファレンス配列または、コンティグ配列自身へのアライメント |
| ● |
コンティグ配列同士の結合 |
| ● |
コンティグ配列におけるミスアセンブル、低カバレッジ領域、ペアリード配列のマッピング状況などの確認 |
| ● |
PCRプライマーの自動設計 |
| ● |
PacBioリングリード配列データのインポート |
| ● |
PacBioロングリード配列データのエラー補正およびアセンブル（ベータ版） |
| ● |
PacBio De Novoアセンブル用の解析パイプライン（ベータ版） |
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解析フローチャート（クリックして拡大） |
ベンチマーク
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E.coli(P5/C3) |
E.coli(P6/C4) |
S.cerevisae(P4/C2) |
C.elegans(P6/C4) |
| Input characteristics |
| Input data(SMRT cells) |
1 SMRT cell |
1 SMRT cell |
11 SMRT cell |
11 SMRT cell |
| Genome size |
4.64Mb, 1 chr |
4.64Mb, 1 chr |
12.15Mb, 16chr |
100.3Mb, 6 chr |
Performance benchmark
CLC was run on a laptop(1 quad core 2.3 GHz Intel(R) Core i7 and 16GB RAM), HGAP on a linux server(four 8 core Intel(R) Xeon(TM)@2.40 GHz CPU and 128GB RAM) |
| Total running time |
12m 56s
(1h 41m 59s) |
30m 2s
(1h 43m 26s) |
1h 59m 40s
(5h 56m 23s) |
5h 9m 22s
(did not complete) |
| Running time-error-correction |
8m 2s |
20m 40s |
1h 14m 53s |
2h 24m 32s |
| Running time-assembler |
3m 21s |
6m 55s |
43m 8s |
1h 33m 42s |
| Remaining workflow elements |
1m 33s |
2m 27s |
1m 39s |
1h 11m 8s |
| Peak memory usage |
<700MB(95.1GB) |
<3.8GB(95.6GB) |
<8.3GB(105.6GB) |
<10.1GB(>128GB) |
| Assembly benchmark |
| Number of contigs |
1(1) |
1(1) |
33(30) |
140(245) |
| Sum of contig lengths |
4.64Mb(4.65Mb) |
4.64Mb(4.67Mb) |
12.01(12.37Mb) |
103.6Mb |
| N50 |
4.64Mb(4.65Mb) |
4.64Mb(4.67Mb) |
679Kb(778Kb) |
2.00Mb |
| N50 count |
1(1) |
1(1) |
8(6) |
18(24) |
| Mismatches per 100Kb |
0.13(0.09) |
0.15(0.13) |
11.1(16.79) |
14.86(13.32) |
| Indels per 100Kb |
3.04(1.01) |
4.51(0.34) |
53(40.57) |
17.17(21.16) |
| Genome frantion |
99.86(99.88) |
99.99(100.00) |
95.52(96.13) |
99.1(99.58) |
| Duplication ratio |
1.001(1.004) |
1.001(1.008) |
1.041(1.065) |
1.039(1.027) |
| All number in brackets refer to results generated by HGAP |
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 操作画面例
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メーカー提供資料
・Tutorial
・Manual
Webセミナー資料（PDFファイル）
| CLC bio プラグインを用いた微生物ゲノム配列決定とアノテーション解析（2016年12月12日） |
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CLC Genomics Workbench ハンズオントレーニング名古屋（2016年7月22日）
・微生物ゲノム編 |
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| 「Finishing Module活用例とTips」（2015年7月23日） |
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| 「PacBioアセンブリとFinishing Moduleによるアセンブリ結果の精査方法」（2016年2月16日） |
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 価格
| 商品名 |
対応ソフトウェア |
数量 |
税別価格 |
型式 |
| CLC Genome Finishing Module |
CLC Genomics Workbench
Biomedical Genomics Workbench |
1固定永久ライセンス
（アカデミック）(*2)(*3) |
お問合せ |
Cat.#F-CLC-MGF-AS |
1固定永久ライセンス
（コマーシャル）(*2)(*3) |
お問合せ |
Cat.#F-CLC-MGF-CS |
1ネットワーク永久ライセンス
（アカデミック）(*2) |
お問合せ |
Cat.#F-CLC-MGF-AN |
1ネットワーク永久ライセンス
（コマーシャル）(*2) |
お問合せ |
Cat.#F-CLC-MGF-CN |
| *1 |
本プラグインは、CLC Genomics Workbench/Biomedical Genomics Workbenchに対応しています。プラグイン単体では動作しませんので、ご注意ください。 |
| *2 |
永久ライセンスには、購入後1年以内のソフトウェアの「バージョンアップ及びテクニカルサポート」が含まれています。2年目以降の「バージョンアップ及びテクニカルサポート」は、別途保守契約（有償、定価の20%）が必要となります。テクニカルサポートは、電話または電子メールでの対応のみとなります。2年目以降の「バージョンアップ及びテクニカルサポート」をご購入頂かなくてもソフトウェアは継続してご使用いただけますが、メーカーサポートを受けられなくなりますので、ご注意ください。「バージョンアップ及びテクニカルサポート」の有効期限が切れた後でも、保守契約を更新することは可能ですが、有効期限の切れたところから遡ってご加入頂く必要がありますので、予めご了承ください。 |
| *3 |
固定ライセンスは、CPUのコア数が64コア以上（ハイパースレッドも含む）のコンピュータやリモート操作のコンピュータ上ではご使用できません。これらのコンピュータでの利用をご希望の場合は、ネットワークライセンスをご購入ください。 |
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