製品・サービス情報
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QIAGEN社/CLC bio製品のソフトウェア単体販売からインテグレーションまで、すべて取り扱える正規販売代理店です。
NGS Bioinformatics Solution
スモールゲノム解析のためのフィニッシングモジュール
CLC Genome Finishing Module |
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 概要
主にスモールサイズゲノムにおける、高品質な完全長ゲノム配列を得ることを目的としたGenome Finishingを行うためのプラグインです。De Novoアセンブルによって作成されたコンティグ配列をもとに、コンティグ同士の結合、近縁種ゲノムへのマッピング、プライマー設計などを行うための各種ツールが搭載されています。また、このプラグインを導入することで、PacBio SMRTのロングリードを使用した、リード配列のエラー補正とアセンブル（ベータ版）が実行できる様になり、PacBioロングリードによるDe Novoアセンブル用の解析パイプライン（ベータ版）も標準搭載されています。
*CLC Genome Finishing Moduleを利用するためには、CLC Genomics Workbench、または、Biomedical
Genomics Workbenchが必要となります。 |
 主な特長
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コンティグ配列における、リファレンス配列または、コンティグ配列自身へのアライメント |
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コンティグ配列同士の結合 |
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コンティグ配列におけるミスアセンブル、低カバレッジ領域、ペアリード配列のマッピング状況などの確認 |
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PCRプライマーの自動設計 |
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PacBioリングリード配列データのインポート |
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PacBioロングリード配列データのエラー補正およびアセンブル（ベータ版） |
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PacBio De Novoアセンブル用の解析パイプライン（ベータ版） |
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解析フローチャート（クリックして拡大） |
ベンチマーク
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E.coli(P5/C3) |
E.coli(P6/C4) |
S.cerevisae(P4/C2) |
C.elegans(P6/C4) |
| Input characteristics |
| Input data(SMRT cells) |
1 SMRT cell |
1 SMRT cell |
11 SMRT cell |
11 SMRT cell |
| Genome size |
4.64Mb, 1 chr |
4.64Mb, 1 chr |
12.15Mb, 16chr |
100.3Mb, 6 chr |
Performance benchmark
CLC was run on a laptop(1 quad core 2.3 GHz Intel(R) Core i7 and 16GB RAM), HGAP on a linux server(four 8 core Intel(R) Xeon(TM)@2.40 GHz CPU and 128GB RAM) |
| Total running time |
12m 56s
(1h 41m 59s) |
30m 2s
(1h 43m 26s) |
1h 59m 40s
(5h 56m 23s) |
5h 9m 22s
(did not complete) |
| Running time-error-correction |
8m 2s |
20m 40s |
1h 14m 53s |
2h 24m 32s |
| Running time-assembler |
3m 21s |
6m 55s |
43m 8s |
1h 33m 42s |
| Remaining workflow elements |
1m 33s |
2m 27s |
1m 39s |
1h 11m 8s |
| Peak memory usage |
<700MB(95.1GB) |
<3.8GB(95.6GB) |
<8.3GB(105.6GB) |
<10.1GB(>128GB) |
| Assembly benchmark |
| Number of contigs |
1(1) |
1(1) |
33(30) |
140(245) |
| Sum of contig lengths |
4.64Mb(4.65Mb) |
4.64Mb(4.67Mb) |
12.01(12.37Mb) |
103.6Mb |
| N50 |
4.64Mb(4.65Mb) |
4.64Mb(4.67Mb) |
679Kb(778Kb) |
2.00Mb |
| N50 count |
1(1) |
1(1) |
8(6) |
18(24) |
| Mismatches per 100Kb |
0.13(0.09) |
0.15(0.13) |
11.1(16.79) |
14.86(13.32) |
| Indels per 100Kb |
3.04(1.01) |
4.51(0.34) |
53(40.57) |
17.17(21.16) |
| Genome frantion |
99.86(99.88) |
99.99(100.00) |
95.52(96.13) |
99.1(99.58) |
| Duplication ratio |
1.001(1.004) |
1.001(1.008) |
1.041(1.065) |
1.039(1.027) |
| All number in brackets refer to results generated by HGAP |
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 操作画面例
メーカー提供資料
Webセミナー資料（PDFファイル）
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| CLC bio プラグインを用いた微生物ゲノム配列決定とアノテーション解析（2018年11月30日） |
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CLC Genomics Workbench ハンズオントレーニング名古屋（2016年7月22日）
・微生物ゲノム編 |
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| 「Finishing Module活用例とTips」（2015年7月23日） |
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| 「PacBioアセンブリとFinishing Moduleによるアセンブリ結果の精査方法」（2016年2月16日） |
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 価格
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| 商品名 |
ライセンスタイプ |
税別価格 |
カタログ＃ |
| CLC Genome Finishing Module |
固定年間ライセンス/アカデミック |
￥260,000 |
F-CLC-GFM1Y |
| 固定年間ライセンス/コマーシャル |
￥396,000 |
F-CLC-GFM1Y-C |
| ネットワーク年間ライセンス/アカデミック |
￥396,000 |
F-CLC-GFMN1Y |
| ネットワーク年間ライセンス/コマーシャル |
￥660,000 |
F-CLC-GFMN1Y-C |
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本商品は、CLC Genomics Workbenchの機能拡張用モジュールです。本商品単独では使用できませんので、ご注意ください。 |
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テクニカルサポートは、電話あるいは電子メールで対応いたします。 |
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固定ライセンスは、搭載CPUの論理コア数が64コアを超えるコンピュータへのインストールと、リモート操作による使用はできません。 |
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