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Home製品・サービス情報バイオインフォマティクス・ソフトウェア>OnRamp BioInformatics社製 ROSALIND

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+ OnRamp BioInformatics

OnRamp BioInformatics 社製品 NGSデータクラウド解析サービス
ROSALIND
TM

ROSALINDは、バイオインフォマティクススキルを使用せずに、データセットを分析して解釈するために設計されたゲノム解析プラットフォームです。
RNA-Seq解析やChIP-Seq、Small RNA-Seq、ATAC-Seq をはじめとしたサービスがあり、経路、インタラクティブなデータを視覚化でき、実験設計から解釈まで、データ解析の全プロセスを解析することができます。
ここがPoint!

Fastqファイルのアップロードだけで簡単に解析ができます。
マイクロアレイデータにも対応!
高スペックPCなしで解析できます。
附属するユニットは、どのアプリケーションにも利用可能!


搭載アプリケーション


RNA-Seq

QC結果の表示
Fastqファイル、Bamファイルのダウンロード
正規化後の発現解析データの表による表示
ヒートマップ、MSDプロット、バイオリンプロットなどのデータの視覚化
差次的発現(Differential expression)
- 発現変動遺伝子の抽出
- ボルケーノプロット/MAプロット/箱ひげ図
- 階層クラスタリング
- パスウェイ解析
(WikiPathWay, REACTOME, BIOCYC)
- Gene Ontology解析, プロテインなど、様々なデータベースへのアクセス
- マイクロアレイデータ解析(Countsファイル)

(クリックして拡大)

ChIP-Seq

QC結果の表示
Fastqファイル、Bamファイル、BigWigsのダウンロード
ピーク検出後、詳細情報の表による表示
ヒートマップ、TSSプロットノート、ピーク分布図、FRiPスコアなどのデータの視覚化
サンプル間のピーク検出比較
ベン図、Binding Heatmap、モチーフ解析、Gene Ontology term enrichment検索
ChIP-Seq-Tracksによる柔軟なピークや染色体の表示

(クリックして拡大)

Small RNA-Seq

QC結果の表示
Fastqファイルのダウンロード
正規化後の発現解析データの表による表示
ヒートマップ、MDSプロット、ボルケーノプロット,構造図などのデータ視覚化
予測される影響を受ける遺伝子の特定
検証された影響を受ける遺伝子のレビュー
病気と薬物の関連性の探索
マイクロアレイデータ解析(Countsファイル)

(クリックして拡大)

NanoString nCounter

NanoString社のnCounterのパネル解析より得られたシークエンスデータ解析
正規化後の発現解析データの表による表示
ヒートマップ、MSDプロット、バイオリンプロットなどのデータの視覚化
正規化後の発現解析データの表による表示
ヒートマップ、MDSプロット、ボルケーノプロット,構造図などのデータ視覚化
差次的発現(Differential expression)
発現変動遺伝子の抽出やボルケーノプロット、階層クラスタリング、パスウェイ解析、Gene Ontology解析など、多彩な解析に対応

(クリックして拡大)


特長


◆実験設計から解釈までをパイプライン化
ROSALINDは、サンプルの情報入力とシークエンスデータ(Fastq)のインポートを行うだけで、簡単にシークエンスデータの生物学的意義を調べることができます。
サンプル情報の入力は、実験タイトルと説明、生物種の選択、使用したライブラリーキット、シークエンサーの選択、サンプルグループの指定など、単純な生物学的な質問に答えることで、様々な解釈を得ることができます。
また、これらの操作は、コマンドラインに触れることなく、実験設計が可能です。



RNA-Seq Data Analysis(動画)

ChIP-Seq Data Analysis(動画)

◆実験データのフィルタリング
RNA-SeqやChIP-Seqで得られた解析結果は、ユーザー定義のフィルタリングを行うことができます。
RNA-SeqのDifferential expressionでは、フィルターのセットを作成し、高・低発現の閾値やp-valueの指定が可能です。
また、図表の各項目の数値の並べ替えや任意の遺伝子の検索、そのデータの詳細情報の表示ができます。
ChIP-Seqでは、サンプル間の比較結果より、染色体、検出ピーク図、遺伝子を並べて表示するTrack機能があり、さらに、検出した重要なピークを選択することでその結果を表示したり、任意のサンプルの選択除去による表示の変更をしたりすることができます。



RNA-Seqのフィルタリング(動画)

ChIP-SeqのTrack表示(動画)

◆Meta-Analysis機能
ROSALINDは、1つのRNA-Seq実験内または多くの実験にわたって複数のDifferential expressionの結果をさらに比較することができるMeta-Analysis機能を搭載しています。
最大50件の比較を使用でき、同種の遺伝子発現解析をサポートしています。


Meta-Analysis作成
(クリックして拡大)

Meta-Analysis結果
(クリックして拡大)

◆公共データの解析

NCBI BioProject に登録されている実験データを読み込み ROSALIND にて解析を行うことが可能です。
実験のサンプル数やサンプル数に関係なく、分析ユニットを使用する必要はありません。
クリック操作で作業公開データなどの貴重なデータセットを様々な視点から解釈することが可能です。

公共データ解析(動画)
(クリックして動画にリンク)

◆実験データの高速解析・共有
ROSALINDは、専用クラウドで高速解析され、短時間で結果にアクセスすることができます。
また、Webベースのソフトウェアであるので、安定したネットワーク環境があれば解析が可能で、アップグレードなどのメンテナンスも自動で行われます。
得られたデータは、他のユーザーと簡単に共有することができます。

データの共有(動画)


解析可能な生物種


 RNA-Seq
 Homo sapiens
 Mus musculus
 Rattus norvegicus

Cricetulus griseus

Macaca fascicularis
Macaca mulatta
Gallus gallus
 Taeniopygia guttata
 Danio rerio
Astyanax mexicanus
 Drosophila melanogaster
 Caenorhabditis elegans
 Saccharomyces cerevisiae
 Canis familiaris
 Arabidopsis thaliana
 Schistosoma mansoni
   
 ChIP-Seq
 Homo sapiens
 Mus musculus
 Rattus norvegicus
 Taeniopygia guttata
 Danio rerio
 Drosophila melanogaster
 Caenorhabditis elegans
 Saccharomyces cerevisiae
 Arabidopsis thaliana
   
 Small RNA-Seq
 Homo sapiens
 Mus musculus
 Rattus norvegicus


System Requirements


ROSALINDは、ブラウザで動作します。Google Chromeまたはsafar推奨。
画面解像度 1920x1080(HD)に最適化。
8GB RAM と Intel Core i5 以上を推奨。


ライセンス形態


ROSALINDはサイトへのアクセス用サブスクリプションを購入することが可能です。
サブスクリプションは、EXPLORERとSCIENTISTとDIRECTORの3タイプがございます。
附属するユニットを使用することで各種解析を行うことができます。1サンプル当たり1ユニットを消費します。
サブスクリプションは、年間ライセンスであるため、解析はご購入から1年以内に行う必要があります。

◆EXPLORER

ROSALIND Explorerは、数回の実験を実行したいユーザー向けのスタンダードなプランです。
ユニットを使用して各種解析
データの共有
公共データの解析(ユニット不要)
QC解析(ユニット不要)
50GBのデータストレージ
12ユニットを附属

◆SCIENTIST
Explorerよりサンプル数やデータストレージを強化したプランです。

EXPLORERの機能と比較して
サンプルの再利用
サンプル情報を再アップロードまたは再入力しなくても、アカウントで以前に処理した1つ以上のサンプルを使用して新しい実験を作成できます。
1TBのデータストレージ
65ユニットを附属

◆DIRECTOR

Directorは、グループおよびプロジェクトの管理、無制限のチームコラボレーション、そしてチームの全メンバーに対する一貫したデータ探索を提供します。

SCIENTISTの機能と比較して
チームメンバーにユニットを割り当てる
プロジェクト所有権の譲渡
チームの利用状況と運用分析およびレポート
3TBのデータストレージ
150のユニットを附属


技術資料・セミナー資料


フィルジェンWebセミナー(2019年7月25日)
・Small RNA-Seq 解析
 ~発現変動遺伝子の抽出から病気と薬物の関連性の探索まで~
フィルジェンWebセミナー(2019年5月23日)
・初めてのRNA-Seq


価格


商品名 税別価格 Cat.#
ROSALINDTM EXPLORER お問合せください F-RSL-EP
ROSALINDTM SCIENTIST お問合せください F-RSL-ST
ROSALINDTM DIRECTOR お問合せください F-RSL-DT
*1 EXPLORERサブスクリプションには、12サンプル解析ユニットと50GBのデータストレージが付属します。
解析は、ご購入から1年以内に行う必要があります。
*2 SCIENTISTサブスクリプションには、65サンプル解析ユニットと1TBのデータストレージが付属します。
解析は、ご購入から1年以内に行う必要があります。
*3 DIRECTORサブスクリプションには、150サンプル解析ユニットと3TBのデータストレージが付属します。
解析は、ご購入から1年以内に行う必要があります。
*4 サブスクリプションが有効期間内で、ユニットの追加をご希望の場合は、弊社までお問合せください。
*5 テクニカルサポートは、電話、あるいは、電子メールでの対応のみとなります。
*6 ご使用の際に、インターネット接続環境が必要となります。

お問い合わせ バイオインフォマティクス部:biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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