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Home製品・サービス情報バイオインフォマティクス・ソフトウェア>OnRamp BioInformatics社製 ROSALIND

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+ OnRamp BioInformatics


OnRamp BioInformatics 社製品
NGSデータクラウド解析サービス
ROSALIND
TM

ROSALINDは、バイオインフォマティクススキルを使用せずに、データセットを分析して解釈するために設計されたゲノム解析プラットフォームです。
RNA-Seq解析やChIP-Seqをはじめとしたサービスがあり、経路、疾患、インタラクティブなデータを視覚化でき、実験設計から解釈まで、データ解析の全プロセスを解析することができます。

ここがPoint!

◆解析コスト削減!プロジェクトや受託サービスと組み合わせて依頼できます。
◆Pathway解析で定評のあるAdvaita社のiPathway Guideを利用可能!
◆高スペックPCなしで解析できます。
◆チケット制のため、ライセンスは期限なく使用できます。
◆チケットはどのアプリケーションにも利用可能!


搭載アプリケーション


RNA-Seq

QC結果の表示
Fastqファイル、Bamファイルのダウンロード
正規化後の発現解析データの表による表示
ヒートマップ、MSDプロット、バイオリンプロットなどのデータの視覚化
差次的発現(Differential expression)
- 発現変動遺伝子の抽出
- ボルケーノプロット/MAプロット/箱ひげ図
- 階層クラスタリング
- パスウェイ解析
(WikiPathWay, KEGG(アカデミック), REACTOME, BIOCYC)
- Gene Ontology解析, プロテイン, 疾患データ解析など、様々なデータベースへのアクセス

(クリックして拡大)

ChIP-Seq

QC結果の表示
Fastqファイル、Bamファイル、BigWigsのダウンロード
ピーク検出後、詳細情報の表による表示
ヒートマップ、TSSプロットノート、ピーク分布図、FRiPスコアなどのデータの視覚化
サンプル間のピーク検出比較
ベン図、Binding Heatmap、モチーフ解析、Gene Ontology term enrichment検索
ChIP-Seq-Tracksによる柔軟なピークや染色体の表示

(クリックして拡大)

Small RNA-Seq

QC結果の表示
Fastqファイルのダウンロード
正規化後の発現解析データの表による表示
ヒートマップ、MDSプロット、ボルケーノプロット,構造図などのデータ視覚化
予測される影響を受ける遺伝子の特定
検証された影響を受ける遺伝子のレビュー
病気と薬物の関連性の探索

(クリックして拡大)

NanoString nCounter

NanoString社のnCounterのパネル解析より得られたシークエンスデータ解析
正規化後の発現解析データの表による表示
ヒートマップ、MSDプロット、バイオリンプロットなどのデータの視覚化
正規化後の発現解析データの表による表示
ヒートマップ、MDSプロット、ボルケーノプロット,構造図などのデータ視覚化
差次的発現(Differential expression)
発現変動遺伝子の抽出やボルケーノプロット、階層クラスタリング、パスウェイ解析、Gene Ontology解析、疾患データ解析など、多彩な解析に対応

(クリックして拡大)


特長


◆実験設計から解釈までをパイプライン化
ROSALINDは、サンプルの情報入力とシークエンスデータ(Fastq)のインポートを行うだけで、簡単にシークエンスデータの生物学的意義を調べることができます。
サンプル情報の入力は、実験タイトルと説明、生物種の選択、使用したライブラリーキット、シークエンサーの選択、サンプルグループの指定など、単純な生物学的な質問に答えることで、様々な解釈を得ることができます。
また、これらの操作は、コマンドラインに触れることなく、実験設計が可能です。
RNA-Seq機能では、これらの結果に加え、ADVAITAと連携し、遺伝子情報やGO解析、疾患・薬剤データの閲覧ができます。



RNA-Seq Data Analysis(動画)

ChIP-Seq Data Analysis(動画)

◆実験データのフィルタリング
RNA-SeqやChIP-Seqで得られた解析結果は、ユーザー定義のフィルタリングを行うことができます。
RNA-SeqのDifferential expressionでは、フィルターのセットを作成し、高・低発現の閾値やp-valueの指定が可能です。
また、図表の各項目の数値の並べ替えや任意の遺伝子の検索、そのデータの詳細情報の表示ができます。
ChIP-Seqでは、サンプル間の比較結果より、染色体、検出ピーク図、遺伝子を並べて表示するTrack機能があり、さらに、検出した重要なピークを選択することでその結果を表示したり、任意のサンプルの選択除去による表示の変更をしたりすることができます。



RNA-Seqのフィルタリング(動画)

ChIP-SeqのTrack表示(動画)

◆Meta-Analysis機能
ROSALINDは、1つのRNA-Seq実験内または多くの実験にわたって複数のDifferential expressionの結果をさらに比較することができるMeta-Analysis機能を搭載しています。
最大50件の比較を使用でき、同種の遺伝子発現解析をサポートしています。
バイオマーカーの発見、薬剤の有効性と応答、病気の機能、臨床試験のモニタリング、バッチ効果の確認などが可能です。



Meta-Analysis作成
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Meta-Analysis結果
(クリックして拡大)

◆実験データの高速解析・共有
ROSALINDは、専用クラウドで高速解析され、短時間で結果にアクセスすることができます。
また、Webベースのソフトウェアであるので、安定したネットワーク環境があれば解析が可能で、アップグレードなどのメンテナンスも自動で行われます。
得られたデータは、他のユーザーと簡単に共有することができます。

データの共有(動画)


解析可能な生物種


 RNA-Seq
 Homo sapiens
 Mus musculus
 Rattus norvegicus

Cricetulus griseus

Macaca fascicularis
Macaca mulatta
Gallus gallus
 Taeniopygia guttata
 Danio rerio
Astyanax mexicanus
 Drosophila melanogaster
 Caenorhabditis elegans
 Saccharomyces cerevisiae
 Canis familiaris
 Arabidopsis thaliana
 Schistosoma mansoni
   
 ChIP-Seq
 Homo sapiens
 Mus musculus
 Rattus norvegicus
 Taeniopygia guttata
 Danio rerio
 Drosophila melanogaster
 Caenorhabditis elegans
 Saccharomyces cerevisiae
 Arabidopsis thaliana
   
 Small RNA-Seq
 Homo sapiens
 Mus musculus
 Rattus norvegicus


ライセンスユニット


ROSALINDは、サンプル回数制で解析が可能です。
解析したいサンプル数に応じて、ユニットを購入することで、ROSALINDで解析が実行できます。


System Requirements


ROSALINDは、ブラウザで動作します。Google Chromeまたはsafar推奨。
画面解像度 1920x1080(HD)に最適化。
8GB RAM と Intel Core i5 以上を推奨。


デモデータの閲覧・ROSALINDスタートアップ


(デモデータの閲覧)
 以下のリンクより、ROSALINDのデモデータの閲覧が可能です。
  
https://filgen.onramp.bio/explore
 また、ROSALINDのID登録を行うことで、QC結果の表示まで無料で解析できます。

(ROSALINDスタートアップ資料)
 ROSALINDスタートアップ資料

 ユーザー解析専用ログインページ: https://filgen.onramp.bio/login


技術資料・セミナー資料


フィルジェンWebセミナー(2019年5月23日)
・初めてのRNA-Seq


価格


商品名 数量 税別価格 Cat.#
ROSALINDTM 1サンプル分 ¥15,000 F-RSL-(サンプル数)
*1 サンプル回数制のため、1ライセンスからご購入いただけます。また、ボリュームディスカウントもございます。
*2 テクニカルサポートは、電話、あるいは、電子メールでの対応のみとなります。
*3 ご使用の際に、インターネット接続環境が必要となります。

お問い合わせ バイオインフォマティクス部:biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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