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Home製品・サービス情報受託サービス質量分析>iTRAQ®リン酸化部位同定・相対定量解析サービス

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・質量分析
+ Biognosys AG社 次世代プロテオーム解析サービス
+ iTRAQ®タンパク質発現・相対定量解析
- iTRAQ®リン酸化部位同定・相対定量解析
概要・価格
実験の流れ
サンプルのご準備
QCシート
+ iTRAQ®/TMTプロテオーム解析
+ SILACタンパク質発現・相対定量解析
+ Label Free タンパク質発現・相対定量解析
+ 免疫沈降(IP)プロファイリング
+ SRM/MRM タンパク質定量解析
+ タンパク質翻訳後修飾プロファイリング
+ タンパク質リン酸化部位同定プロファイリング
+ タンパク質同定プロファイリング
+ タンパク質同定解析
+ タンパク質配列マッピング解析
+ タンパク質質量測定解析
+ PTM-Plus(翻訳後修飾)解析
+ Glyco-Screen 解析
Glyco-Screen Plus 解析
+ ペプチドミクス解析
+ メタボローム解析
+ MassARRAY®解析
(SNPジェノタイピング/変異解析/DNAメチレーション解析)
+ MSイメージング解析
+ データマイニング
  
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最大30%OFFキャンペーン実施中! 2018/12/28まで ⇒キャンペーンちらし(PDF)
質量分析サービス
iTRAQ®リン酸化部位同定・相対定量解析

新開発テクノロジーを凝集したハードウェアにより、卓越した分解能、質量精度、ダイナミックレンジ、さらには高速MS/MSスキャンなど、最高の結果を得るために必要な機能が大きく強化された、「SCIEX社製 TripleTOFTM 5600 System」と、「iTRAQ®試薬」、「ProteinPilot® Software」を用いて、iTRAQ®リン酸化部位同定・相対定量解析サービスをご提供致します。
iTRAQ®試薬を用いれば、最大8種類までの生体サンプル中のリン酸化ペプチドを相対定量できます。二次元電気泳動などの煩わしい操作は不要です。
本サービスは、社内受託解析センターにて、解析作業を実施いたしております。

【概要・価格】

SCIEX社製
TripleTOFTM 5600 System

質量分析受託解析サービス/網羅的タンパク質発現変動解析/iTRAQ試薬

iTRAQ®試薬

質量分析受託解析サービス/網羅的タンパク質発現変動解析/ProteinPilot
ProteinPilot® Software

概要と特長


(概要)
生体内で合成されたタンパク質は、翻訳後修飾を受け、その過程でリン酸基や糖鎖の付加などが起こります。多くのタンパク質は、これらの修飾基の付加により、その機能を獲得すると考えられており、タンパク質機能を解明する上での手がかりをつかむためには、翻訳後修飾の解析は不可欠です。本サービスでは、この翻訳後修飾の解析として、リン酸基で修飾されたタンパク質の修飾部位を決定する受託サービスです。また、iTRAQ®試薬を用いることで、リン酸化ペプチドの相対定量も行います。

(特長)
タンパク質のリン酸化部位同定において、以下の問題点を「TripleTOFTM 5600 System」を用いることにより解決し、サービス提供致します。
1. 問題点≫タンパク質1種類がリン酸化している割合も、その含量も非常に少ないため、解析が困難。
解決策≫ 前処理として、Titansphere Phos-Tio Kit (GLサイエンス)を用いて、リン酸化ペプチドの濃縮を行い、測定致します。
2. 問題点≫リン酸基が負に帯電していてイオン化しにくく、そのため、MSスペクトルピークが非常に小さくなり、検出が困難。
解決策≫ 高感度・高精度を誇る「TripleTOF(TM) 5600 System 」を用いることで、小さいMSスペクトルピークを逃さずに検出し、
素早くフラグメント化します。
3. 問題点≫同時に複数のサンプルのリン酸化部位を比較定量解析できない。
解決策≫ iTRAQ®試薬を用いることにより、マルチプレックスアッセイを行い、
複数サンプルの網羅的なリン酸化部位同定及び、比較定量解析を行います。
4. 問題点≫様々な修飾部位を同定したい。
解決策≫ リン酸基だけでなく、別の修飾基(アセチル基やメチル化など)の部位解析を行うことも可能です。


TripleTOFTM 5600 System の特徴


TripleTOFTM 5600 System は、1台で網羅的な定性的探索から、迅速なプロファイリング、そして高分解能による定量までを可能にする、独自のワークフローを有した画期的なLC/MS/MS プラットフォームで、次世代の四重極飛行時間型システムです。クラス最高のTriple Quad 5500 Systemの定量性能をベースに、そのトリプル四重極の精度(CV's)、定量限界(LOQ)を実現するために必要なスピードと感度はそのままに、優れた分解能を可能とするために、Accelerator TOF Analyzerが開発されました。これまでよりも5倍以上のデータ取得スピードで高分解能、高感度データを取得でき、数日間~1ppmの安定性を維持できる質量精度のパフォーマンスを併せ持ちます。
比類なきスピードで高分解能: 10msecの累積時間で40,000FWHMの分解能
連続的なキャリブレーションを必要としないEasyMass Accuracy: 50時間以上の連続分析でも2ppm以下の質量精度
高速LCでも高分解能を実現するSmartSpeed 100Hz Acquisition: 1秒間に100スペクトル、さらにIDAモード(information dependent acquisition)でも1秒間に50スペクトルのデータ取得スピード
最も高感度な高分解能システム: 高分解能かつハイ・エンドのトリプル四重極と同等の定量下限値(LOQ)を実現
Feature Benefit
Qietイオンガイド及びAccelerator TOF アナライザによる最高感度 微量物質も簡単に発見、同定、定量
SmartSpeed 100Hz Acquisition 高速LCを使用した場合でも、すべてのサンプルから高品質な情報が得られる最も高速な高分解能システム
EasyMass Accuracy ルーチン的な精密質量分析に最適なシステムであり、連続的なキャリブレーションを必要とせず、高い質量精度を実現
One touch productivity ソフトウェア パワフルなワークフローでデータ解析処理が促進され、生産性が向上
100spectra/sec で高分解能 高速LCを使用した場合でも、高速で決定的な化合物同定
複雑なサンプルをより深くまで追求:
1秒間に50のプレカーサーイオンを選択でき、強力なIDA(information dependent acquisition)アルゴリズムと高分解能、高精度なMS、MS/MSスペクトル取得機能により、データを取得。


iTRAQ®試薬を用いて、全てのタンパク質を標識し、相対定量します。


iTRAQ®試薬キットは、最大8種類までの異なる生体サンプル中のすべてのペプチドの第一級アミンを同時にラベルし、MS/MSスペクトルから相対定量を可能にするアミン特異的な安定同位体試薬セットです。翻訳後修飾(PTMs)の有無に関わらず、すべてのペプチドをラベルするので、サンプルからより多くの詳細情報を収集し、タンパク質やプロテオーム解析の幅が広がります。また、同じタンパク質を、複数のペプチドで標識するので、シグナル強度が高まるので、スペクトルがより明瞭になり、MS/MSスペクトルによる同定と定量化の信頼性が向上します。さらに、ラベル化されたisobaricペプチドは、MSで同じ質量を示すことから、MSスペクトルの解釈が容易になります。なお、同時測定可能サンプルは、最大8Plexとなります。
iTRAQ®試薬マルチプレックスワークフローを以下に示します。

質量分析受託解析/プロテオーム解析/iTRAQ試薬のマルチプレックスワークフロー
図4 iTRAQ®試薬マルチプレックスワークフロー
8つのサンプルを同時に測定できます。コントロールを追加したり、同じサンプルを二重に測定するなど、結果への信頼性を高めることができます。
iTRAQ®試薬ワークフローは、従来のプロテオミクスワークフローの、手間のかかる二次元電気泳動のステップを省くことができ、iTRAQ®試薬標識のステップを追加するだけで実行可能です。
アイソバリック(等質量)の試薬を使用するため、8サンプルの和として、高いMS感度が得られます。
自動的にMS/MSを取得でき、ペプチドの同定、さらにレポーターイオン領域(オレンジ部分)から、4サンプルの定量が可能です。
同一タンパク質由来の異なった消化ペプチドから発生するレポーターイオンを正確に統合できるため、統計的に精度の高い結果が得られます。ProteinPilot® Software により、自動的にアイソフォーム特異的な結果が得られます。

質量分析受託解析/網羅的リン酸化部位同定・相対定量解析/リン酸化部位同定の概略
図5 リン酸化部位同定の概略
ESI-MSにより、リン酸化ペプチド候補の絞込みを行った後、ESI-MS/MSにより、リン酸化されたアミノ酸部位を同定します。


ProteinPilot®の特徴


ProteinPilot® Software4.0は、シンプルなユーザーインターフェースを採用し、簡単に操作することができ、さらに数百の修飾、切断の同時検索を可能としたParagon(TM)サーチエンジンにより、多くのタンパク質を同定、定量することができます。タンパク質アイソフォーム、サブセットを高い精度で識別することができ、偽陽性を最小限に抑えた信頼性の高い結果が得られます。
SCIEXの質量分析計システムと組み合わさり、タンパク質同定あるいは、マーカー探索のための発現解析などに、理想的なシステムとなります。

数百の修飾を同時に検索可能なParagon(TM)アルゴリズム
Paragon(TM)アルゴリズムでは、独自の”Feature Probability methodology”と、新規のシーケンスタグアルゴリズムを活用することで、偽陽性の増加を抑えながら数百という修飾、置換、切断を同時にデータベース検索することが可能です。
また、新開発のバックグラウンド補正が加わり、ProteinPilotソフトウェアの定量アルゴリズムは大きく進化しました。この新しいアルゴリズムは、複雑なサンプルでの発現解析実験で特に有効に機能し、従来通り発現タンパク質を確実に検出した上で、定量比の正確性を改善することができます。

Modification List(Excel, 40KB)

偽陽性、冗長性を最小限に抑えるProGroup(TM)アルゴリズム
ProGroup(TM)アルゴリズムの優れた統計処理機能により、同定されたペプチドの信頼性を解析し、各タンパク質同定に共有なペプチドを評価、データベース検索の冗長性を考慮することで、タンパク質アイソフォームとタンパク質サブセットを識別してグループ化し、偽陽性を最小限に抑制できます。

信頼性を担保する False Discovery Rate(FDR)
同定・定量解析をしている間に、独立してDecoyデータベースを使ったFDRの算出も行なわれます。解析結果の一部として、詳細なレポートが作成され、FDRを確認することで結果の品質を保つことができます。レポートには、従来のFDR解析と、SCIEX社が最近発表した先進の拡張FDRによる解析の二つが含まれます。

生物学的意義の検討を可能にするPANTHER(TM) Protein Database
PANTHER(TM) Protein Databaseの情報を含むデータベースを検索した場合、分子機能や生物学的課程といった機能性タンパク質の分類情報も結果として表示されます。さらに、PANTHER(TM) Protein Databaseへのリンクも表示され、さらに深い検討も可能となります。


iTRAQ®試薬は、世界的にも認められています。


主要ジャーナル150報以上の論文が公表されています。(2010年7月現在)
以下は、その一例です。


1. D'Ascenzo M, Choe L, Lee KH., iTRAQPak: an R Based analysis and visualization package for 8-plex isobaric protein expression data., Brief Funct Genomic Proteomic. 2008 Feb 13.
2. Yang Y, Zhang S, Howe K, Wilson DB, Moser F, Irwin D, Thannhauser TW., A comparison of nLC-ESI-MS/MS and nLC-MALDI-MS/MS for GeLC-based protein identification and iTRAQ-based shotgun quantitative proteomics., J Biomol Tech. 2007 Sep;18(4):226-37.
3. Zhang J, Sui J, Ching CB, Chen WN., Protein Profile in neuroblastoma cells inbubated with S- and R-enantiomers of ibuprofen by iTRAQ-coupled 2-D LC-MS/MS analysis: Possible action of induced proteins on Alzheimer's disease., Proteomics. 2008 Apr;8(8):1595-607.
4. Ralhan R, Desouza LV, Matta A, Chandra Tripathi S, Ghanny S, Datta Gupta S, Bahadur S, Siu KW., Discovery and verification of head-and-neck cancer biomarkers by differential protein expression analysis using iTRAQ-labeling and multidimensional liquid chromatography and tandem mass spectrometry., Mol Cell Proteomics. 2008 Jun;7(6):1162-73. Epub 2008 Mar 13.
5. LinksQian M, Sleat DE, Zheng H, Moore D, Lobel P., Proteomics analysis of serum from mutant mice reveals lysosomal proteins selectively transported by each of the two mannose 6-phosphate receptors., Mol Cell Proteomics. 2008 Jan;7(1):58-70. Epub 2007 Sep 11.
6. Y, Singleton PA, Rowshan A, Gucek M, Cole RN, Graham DR, Van Eyk JE, Garcia JG., Quantitative proteomics analysis of human endothelial cell membrane rafts: evidence of MARCKS and MRP regulation in the sphingosine 1-phosphate-induced barrier enhancement., Mol Cell Proteomics. 2007 Apr;6(4):689-96. Epub 2007 Jan 8.
⇒SCIEX社から提供されているiTRAQ解析の150報の論文リスト(601KB) 


様々なデータベースを用いたタンパク質同定及びデータマイニングサービスも充実しています。


ProteinPilot®による標準解析(Human/Mouse/Rat:IPI、Other species:NCBInr)に加え、下記の様な、検索ソフトウェア及びデータベースを用いたタンパク質検索サービス(オプション)や、データマイニングサービス(オプション)も行っております。

 Human/Mouse/Ratサンプルの場合
検索ソフトウェア データベース
IPI Human Protein NCBInr Mammalian_KBMS5.0 UniProt
ProteinPilot® オプション オプション オプション オプション 標準解析

 Human/Mouse/Rat以外のサンプルの場合
検索ソフトウェア データベース
NCBInr Mammalian_KBMS5.0
ProteinPilot® 標準解析 オプション


タンパク質抽出・精製サービスをご用意しております。


組織・細胞からのタンパク質抽出や、血清・血漿からのタンパク質精製のサービスもご提供致しております。
オプションサービスをお申し込み頂ければ、お客様は、組織・細胞や血清・血漿をご用意頂くだけで結構です。


■組織・細胞からのタンパク質抽出サービス(オプション)
抽出サンプル 必要サンプル量 詳細
組織タンパク質 組織;5~20mg
ペレット/冷凍(-80℃)
T-PER Tissue Protein Extraction Reagent(PIERCE)を使用し、組織からタンパク質を抽出します。心臓、肝臓、腎臓、脳などの組織に適応。
培養細胞タンパク質 細胞;3×10e6個
ペレット/冷凍(-80℃)
M-PER Mammalian Protein Extraction Reagents(PIERCE)を使用し、培養細胞からタンパク質を抽出します。細胞ライン実績(COS7, NIH3T3, Hepa 1-6, 293, CHO, MDA, MB231, FM2)検体によっては、Applied Biosystems社の推奨プロトコールによって、タンパク質を抽出して解析する場合もございます。
核タンパク質 組織;40mg
細胞;2×10e7個
ペレット/冷凍(-80℃)
NE-PER Nuclear and Cytoplasmic Extraction Reagents(PIERCE)を使用し、形質転換系細胞や組織などの試料から、核タンパク質を分離抽出します。
細胞質タンパク質 組織;15mg
細胞;2.5×10e6個
ペレット/冷凍(-80℃)
NE-PER Nuclear and Cytoplasmic Extraction Reagents(PIERCE)を使用し、形質転換系細胞や組織などの試料から、細胞質タンパク質を分離抽出します。
核タンパク質
細胞質タンパク質
同時抽出
組織;10mg
細胞;2×10e6個
ペレット/冷凍(-80℃)
NE-PER Nuclear and Cytoplasmic Extraction Reagents(PIERCE)を使用し、形質転換系細胞や組織などの試料から、核タンパク質と、細胞質タンパク質を同時に分離抽出します。
膜タンパク質 細胞;2×10e8個
大腸菌ペレット;2×10e8個
ペレット/冷凍(-80℃)
MPEX PTS Reagents for MS(GL Science Inc.)を使用し、培養細胞から膜タンパク質を抽出します。
植物タンパク質 組織;20mg
ペレット/冷凍(-80℃)
P-PER Plant Protein Extraction Reagent(PIERCE)を使用し、液体窒素を使用せずに、植物細胞(葉、茎、根、種、花)を溶解し、植物タンパク質を抽出します。
酵母タンパク質 細胞;1,000mg
ペレット/冷凍(-80℃)
Y-PER Yeast Protein Extraction Reagents(PIERCE)を使用し、細胞壁と細胞膜に部分的に「ヒビ」を入れることで、細胞を可溶化して水溶性タンパク質を抽出します。

■血清・血漿からのタンパク質精製(標準サービス)
血清・血漿送付量 内容
(生物種・除去項目数)
総タンパク質量に対する除去率 除去されるタンパク質項目
>160uL Human 14 約94% アルブミン, IgG, アンチトリプシン, IgA, トランスフェリン, ハプトグロビン, フィブリノーゲン, α2‐マクログロブリン, α1‐酸性糖タンパク質, IgM, アポリポプロテインAⅠ, アポリポプロテインAⅡ, 補体タンパクC3, トランスサイレチン
>85uL Human 7 約85~90% アルブミン, IgG, IgA, トランスフェリン, ハプトグロピン, アンチトリプシン, フィブリノーゲン
>70uL Human 6 約85~90% アルブミン, IgG, IgA, トランスフェリン, ハプトグロピン, アンチトリプシン
>100uL Mouse 3 約80% アルブミン, IgG, トランスフェリン
 *解析に必要なタンパク質量(>250ug)が得られる量をご送付ください。


価格


最大30%OFFキャンペーン実施中! 2018/12/28まで ⇒キャンペーンちらし(PDF)

【iTRAQ®リン酸化部位同定・相対定量解析サービス】
※キャンペーン期間中、以下の価格の最大30%OFFにて、サービスをご提供させていただきます。
サンプル数 細胞・組織由来タンパク質
細胞培養上清
血清・血漿由来タンパク質
税別価格 Cat.# 税別価格 Cat.#
2 ¥1,080,000 F-MS56-PHOS-2 ¥1,470,000 F-MS56-SP-PHOS-2
3 ¥1,560,000 F-MS56-PHOS-3 ¥2,110,000 F-MS56-SP-PHOS-3
4 ¥1,990,000 F-MS56-PHOS-4 ¥2,700,000 F-MS56-SP-PHOS-4
5 ¥2,380,000 F-MS56-PHOS-5 ¥3,230,000 F-MS56-SP-PHOS-5
6 ¥2,720,000 F-MS56-PHOS-6 ¥3,690,000 F-MS56-SP-PHOS-6
7 ¥3,030,000 F-MS56-PHOS-7 ¥4,110,000 F-MS56-SP-PHOS-7
8 ¥3,460,000 F-MS56-PHOS-8 ¥4,690,000 F-MS56-SP-PHOS-8
*細胞培養上清の場合、オプションの「細胞培養上清用Buffer置換作業」を別途お申し込み頂く必要があります。

 オプション
サービス内容 タンパク質の種類 サンプル数 税別価格 Cat.#
タンパク質抽出
(*1)
組織タンパク質 1サンプル ¥15,000 F-EXPRO-T
培養細胞タンパク質 ¥20,000 F-EXPRO-C
核タンパク質 ¥30,000
*4サンプル以上で受付
F-EXPRO-N
細胞質タンパク質 ¥30,000
*4サンプル以上で受付
F-EXPRO-E
核タンパク質及び
細胞質タンパク質
¥50,000 F-EX-PRO-NE
膜タンパク質 ¥30,000
*2サンプル以上で受付
F-EX-PRO-M
植物タンパク質 ¥15,000
*4サンプル以上で受付
F-EXPRO-P
酵母タンパク質 ¥15,000
*4サンプル以上で受付
F-EXPRO-Y
サービス内容 サンプル数 税別価格 Cat.#
追加データベースサーチ
*データベースを変更して検索を行います。
1解析 ¥50,000 F-MS-DS-1
MGFファイル変換サービス 1run分 ¥50,000 F-MS-MGF
データマイニングサービス 該当ページ参照
細胞培養上清用Buffer置換作業 (*2) 1サンプル ¥30,000 F-MS-CB
追加Buffer置換作業 (*3) 1サンプル ¥30,000 F-MS-B
*1 血清・血漿のタンパク質精製の除去項目は、上記の表「血清・血漿からのタンパク質抽出精製」をご参照ください。
*2 細胞培養上清の場合、「細胞培養上清用Buffer置換作業」を必ずお申し込み頂く必要があります。
*3 ご送付頂いたサンプルでBuffer置換を行ったが解析に必要な収量が得られず、再送付サンプルで再度Buffer置換を行う場合、「追加Buffer置換作業」のお申し込みが必要です。

【ご発注頂く際の注意点】

以下の点をご了解ください。
* 簡易MS測定による品質チェックの段階で、作業を中止する場合は、「¥200,000(税別)/サンプル」をご請求させて頂きます。
* データベースサーチにてヒットしなかった場合は、分析したMS/MSデータを解析結果とさせて頂きます。
* タンパク質抽出の際、通常のチューブなどを用いると、PP又はPEなど、チューブ材質由来のピークが検出され、ペプチドのイオン化を阻害し、データ解析に重大な影響を及ぼす可能性がありますので、ご注意ください。
* タンパク質に、界面活性剤など(ポリマー)が多量に残留していると、ポリマーがサンプル由来のペプチドのイオン化を阻害し、データ解析に重大な影響を及ぼす可能性がありますので、ご注意ください。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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