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Home製品・サービス情報受託サービス質量分析>タンパク質同定プロファイリングサービス

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+ Biognosys AG社 次世代プロテオーム解析サービス
+ iTRAQ®タンパク質発現・相対定量解析
- iTRAQ®リン酸化部位同定・相対定量解析
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+ SILACタンパク質発現・相対定量解析
+ Label Free タンパク質発現・相対定量解析
+ 免疫沈降(IP)プロファイリング
+ SRM/MRM タンパク質定量解析
+ タンパク質翻訳後修飾プロファイリング
+ タンパク質リン酸化部位同定プロファイリング
- タンパク質同定プロファイリング
+ タンパク質同定解析
+ タンパク質配列マッピング解析
+ タンパク質質量測定解析
+ PTM-Plus(翻訳後修飾)解析
+ Glyco-Screen 解析
Glyco-Screen Plus 解析
+ ペプチドミクス解析
+ メタボローム解析
+ MassARRAY®解析
(SNPジェノタイピング/変異解析/DNAメチレーション解析)
+ データマイニング
  
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質量分析サービス
タンパク質同定プロファイリングサービス

概要


TripleTOF
TM 5600 Systemを用いて、細胞や組織、血清や血漿などに由来するタンパク質の同定プロファイリングを行います。
トリプシン消化された解析タンパク質由来のペプチドを用いて、LC/MS/MS測定を行います。得られたスペクトルデータからProteinPilot® Softwareを用いてデータ解析を行い、同定されたペプチドからタンパク質を同定します。
複雑性の高いサンプル(細胞、組織、血清、血漿由来のタンパク質など)は、逆相クロマトグラフィーに加え、SCX(カチオン交換クロマトグラフィー)によるフラクション分離を組み合わせることにより、より多くのペプチドやタンパク質を同定することが可能となります。
さらに、血清・血漿由来のタンパク質では、高濃度タンパク質(アルブミン、IgGなど)を予め除去したものを調整し測定することにより、ダイナミックレンジが効果的に拡大し、低濃度タンパク質中に含まれるバイオマーカー同定が期待できます。

*本プロファイリングサービスでは、同定されたペプチドに関する翻訳語修飾情報は、解析に含まれておりません。翻訳後修飾情報が必要な場合、「タンパク質翻訳後修飾プロファイリングサービス」または「タンパク質リン酸化部位プロファイリングサービス」をご参照ください。


使用装置およびデータ解析ソフトウェア


・Nano-LC:
 DiNa system(KYC Tech)

・質量分析計:
 TripleTOFTM 5600 System(SCIEX)

・データ解析ソフトウェア:
 ProteinPilot® Software(SCIEX)
質量分析受託解析サービス/網羅的タンパク質発現変動解析/ProteinPilot
ProteinPilot® Software

AB SCIEX TripleTOFTM 5600 System


解析データベース


ProteinPilot®による標準解析(Human/Mouse/Rat:IPI、Other species:NCBInr)に加え、下記の様な、検索ソフトウェア及びデータベースを用いたタンパク質検索サービス(オプション)や、データマイニングサービス(オプション)も行っております。

 Human/Mouse/Ratサンプルの場合
検索ソフトウェア データベース
IPI Human Protein NCBInr Mammalian_KBMS5.0 UniProt
ProteinPilot® オプション オプション オプション オプション 標準解析

 Human/Mouse/Rat以外のサンプルの場合
検索ソフトウェア データベース
NCBInr Mammalian_KBMS5.0
ProteinPilot® 標準解析 オプション


納品物


・同定されたタンパク質の一覧表(.xlsx)
・FDR解析結果(.xlsx、英語表記のみ)
・ProteinPilot
(TM)解析結果ファイル(.group)
* 解析データ詳細の閲覧には、ProteinPilot(TM)が必要となります。
ご使用のパソコン(Windowsのみ対応)にて、「SCIEX社Web site(http://www.absciex.jp/)」より、ProteinPilot
(TM) softwareを検索してダウンロードしてください。
解析ファイル容量が最大で16GB以上となるため、これに応じたパソコンが必要となります。


解析に必要なタンパク質量・溶液量・溶媒組成


<タンパク質の場合>

 フラクション数8の場合:250ug/50uL
 フラクション数1の場合:30ug/10uL

 【溶媒組成について】
 下表のbufferに溶解して、-20℃以下、あるいは4℃以下に保存してください。
 下表以外のBufferに溶解されている場合、buffer置換工程が必須となります。
 タンパク質の状態または含有成分により、タンパク質量がbuffer置換前後で激減する場合もあります。
 なるべく多くのタンパク質量をご用意頂くことをお勧めします。
 また、含有成分によっては、buffer置換工程が行えない場合もあります。
 ご使用溶媒(含有成分)について、ご不明な点は、担当まで事前にお問い合わせください。
Suggested
buffer
<10mM TBAF(pH 8.0-8.5)
Alternative
buffer
<10mM BES, BICINE, Boric acid, CHES, DIPSO, EPPS, HEPBS, HEPES, HEPPSO, MOBS, MOPS, Phosphate buffer(excluding ammonium phosphate), PIPES, POPSO
detergent/
denatureant
<1% OG(Octyl glucopyranoside) CHAPS, NP®-40, Triton®X-40, Tween®20

・上記Buffer条件かつ濃度に満たないサンプルの場合
 必要サンプル量: 300ug~1mg程度
 上記のbuffer条件かつ濃度に満たないサンプルの場合は、buffer置換工程が必須となります。
 タンパク質の状態または含有成分により、タンパク質量がbuffer置換前後で激減する場合もあります。
 なるべく多くのタンパク質量をご用意いただく事をお勧めします。
 また、含有成分によっては、buffer置換工程が行えない場合もあります。
 ご使用溶媒(含有成分)について、ご不明な点は、担当まで事前にお問い合わせください。


<細胞培養上清の場合>

 必要量: 5~10mL程度(タンパク質300ug~1mg程度が含まれる量)


 無血清培地で培養を行い、細胞培養液を回収し、遠心により固形物を除去し、-20℃以下で保存してください。
 凍結融解の繰り返しは避けてください。
 血清培地を使用した場合、血清成分タンパク質が主に同定されます。
 測定サンプル中における含有量の少ないタンパク質の同定が非常に困難になりますので、ご注意ください。

 (注意点)
* タンパク質抽出の際、通常のチューブなどを用いると、PP又はPEなど、チューブ材質由来のピークが検出され、ペプチドのイオン化を阻害し、データ解析に重大な影響を及ぼす可能性がありますので、ご注意ください。また、過剰にボルテックスをかけることも避けてください。
* サンプル中に、Thiol(DTT, mercaptoethanolなど), Active Protease, 高含有のdetergent, 一級または二級アミン(NH4HCO3, Trisなど)を含んでいますと、iTRAQ®ラベル反応を阻害しますので、ご注意下さい。
* タンパク質が分解していた場合、buffer置換工程後、測定可能なタンパク質量が得られない可能性が非常に高くなります。電気泳動などにより、タンパク質の状態を事前にチェックされることをお勧めします。
* 受託解析において、トリプシンによるタンパク質消化工程が含まれています。プロテアーゼ阻害剤には、トリプシン活性を阻害する試薬類も含まれている場合があります。サンプルご準備の際には、ご注意ください。
* 主成分となるタンパク質(BSA、アルブミンなど)が含まれている場合、含有率の低いタンパク質の同定が非常に困難になりますので、ご注意ください。

<血清・血漿の場合>
Human14, Human7, Human6, Mouse3 より、ご希望のカラムをご選択頂き、特定のタンパク質の除去を行い、解析いたします。
血清・血漿送付量 内容
(生物種・除去項目数)
総タンパク質量に対する除去率 除去されるタンパク質項目
>320uL Human 14 約94% アルブミン, IgG, アンチトリプシン, IgA, トランスフェリン, ハプトグロビン, フィブリノーゲン, α2‐マクログロブリン, α1‐酸性糖タンパク質, IgM, アポリポプロテインAⅠ, アポリポプロテインAⅡ, 補体タンパクC3, トランスサイレチン
>170uL Human 7 約85~90% アルブミン, IgG, IgA, トランスフェリン, ハプトグロピン, アンチトリプシン, フィブリノーゲン
>140uL Human 6 約85~90% アルブミン, IgG, IgA, トランスフェリン, ハプトグロピン, アンチトリプシン
>200uL Mouse 3 約80% アルブミン, IgG, トランスフェリン


タンパク質抽出・精製サービスをご用意しております。


組織・細胞からのタンパク質抽出や、血清・血漿からのタンパク質精製のサービスもご提供致しております。
オプションサービスをお申し込み頂ければ、お客様は、組織・細胞や血清・血漿をご用意頂くだけで結構です。


■組織・細胞からのタンパク質抽出サービス(オプション)
抽出サンプル 必要サンプル量 詳細
組織タンパク質 組織;5~20mg
ペレット/冷凍(-80℃)
T-PER Tissue Protein Extraction Reagent(PIERCE)を使用し、組織からタンパク質を抽出します。心臓、肝臓、腎臓、脳などの組織に適応。
培養細胞タンパク質 細胞;3×10e6個
ペレット/冷凍(-80℃)
M-PER Mammalian Protein Extraction Reagents(PIERCE)を使用し、培養細胞からタンパク質を抽出します。細胞ライン実績(COS7, NIH3T3, Hepa 1-6, 293, CHO, MDA, MB231, FM2)検体によっては、Applied Biosystems社の推奨プロトコールによって、タンパク質を抽出して解析する場合もございます。
核タンパク質 組織;40mg
細胞;2×10e7個
ペレット/冷凍(-80℃)
NE-PER Nuclear and Cytoplasmic Extraction Reagents(PIERCE)を使用し、形質転換系細胞や組織などの試料から、核タンパク質を分離抽出します。
細胞質タンパク質 組織;15mg
細胞;2.5×10e6個
ペレット/冷凍(-80℃)
NE-PER Nuclear and Cytoplasmic Extraction Reagents(PIERCE)を使用し、形質転換系細胞や組織などの試料から、細胞質タンパク質を分離抽出します。
核タンパク質
細胞質タンパク質
同時抽出
組織;10mg
細胞;2×10e6個
ペレット/冷凍(-80℃)
NE-PER Nuclear and Cytoplasmic Extraction Reagents(PIERCE)を使用し、形質転換系細胞や組織などの試料から、核タンパク質と、細胞質タンパク質を同時に分離抽出します。
膜タンパク質 細胞;2×10e8個
大腸菌ペレット;2×10e8個
ペレット/冷凍(-80℃)
培養細胞から、膜タンパク質を抽出します。
植物タンパク質 組織;20mg
ペレット/冷凍(-80℃)
P-PER Plant Protein Extraction Reagent(PIERCE)を使用し、液体窒素を使用せずに、植物細胞(葉、茎、根、種、花)を溶解し、植物タンパク質を抽出します。
酵母タンパク質 細胞;1,000mg
ペレット/冷凍(-80℃)
Y-PER Yeast Protein Extraction Reagents(PIERCE)を使用し、細胞壁と細胞膜に部分的に「ヒビ」を入れることで、細胞を可溶化して水溶性タンパク質を抽出します。


サンプル送付方法と注意点


【梱包と発送】
サンプルの発送は、必ず、「サンプル送付方法およびご注意点(PDF)」をご参照の上、その内容に従って行ってください。
送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れがおきない様にしてください。
サンプルの入ったチューブに油性マジックでサンプル名を明記し、ビニールバックなどにいれ、砕いたドライアイスと共に梱包してください。
弊社営業日は、土日祝日や年末年始などを除く平日9時から17時までとなっておりますので、サンプルの弊社到着日にご注意ください。また、休日をはさまない様にご発送ください。
QCシートをサンプルと同送願います。
弊社では、受託解析サービスQCシートに基づき、作業を行います。
同シートが弊社にご送付されていない場合、またはご記入漏れがある場合、解析サービスの着手が遅れる場合がございますので、ご了承ください。
組織・細胞をご送付の際には、ペレット状態にして、十分量のドライアイスを同梱の上、冷凍宅急便にて、凍結状態にてご送付ください。
タンパク質をご送付の際には、凍結状態にして、十分量のドライアイスを同梱の上、冷凍宅急便にて、凍結状態にてご送付ください。
お送りいただいたサンプルは、ご返却いたしません。実験後のサンプルについては、弊社側にて処分させて頂きますので、ご了承ください。

【注意点】
お預かりできるサンプルは、BSL2(バイオセーフティレベル2)までのものに限らせていただきます。感染性が著しく高いサンプル(HIV, HCV, HBVウイルスに感染していることが確認されている患者由来の検体など)は、お受けできませんので、ご了承ください。
ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得たサンプルをご提供ください。
ご提供頂くサンプルおよび本作業から生じる知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセント等の問題については、弊社では一切の責を負いかねます。
データベースサーチにてヒットしなかった場合、分析したMS/MSデータを解析結果とさせて頂きます。
サンプル由来のペプチドが検出できなかった場合は、「\200,000(税別)/サンプル」をご請求させて頂きます。
タンパク質抽出サービスをお申し込み頂く際は、ご送付頂く組織・細胞は、できるだけ新鮮なものをご用意ください。本抽出サービスは、解析に必要な量の確保を保証するものではありません。解析に必要な量が確保できない場合、サンプルの再送をお願いする場合がございます。再調整が困難な貴重なサンプルの場合などは、ご注意ください。
また、抽出結果の如何に関わらず、3回目以降は、追加抽出料金「¥15,000~¥20,000(税別)/サンプル」をご請求させて頂きます。
お送り頂いたサンプルは、ご返却いたしかねます。実験後のサンプルにつきましては、基本的には、弊社側にて破棄させて頂きますので、ご了承ください。
本確認事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。

サンプル及びQCシートのご送付先
 フィルジェン株式会社 バイオサイエンス部 受託解析センター宛
 〒459-8011 名古屋市緑区定納山1丁目1409番地
 Tel 052-624-4388  Fax 052-624-4389  E-mail biosupport@filgen.jp


価格/納期


細胞・組織由来タンパク質、細胞培養上清
サービス内容 フラクション数 サンプル数 細胞・組織由来タンパク質
細胞培養上清
標準納期(*4) 必要タンパク質量
/溶液量
税別価格 Cat.#
タンパク質同定
プロファイリングサービス
8 1サンプル ¥500,000 F-MS56-ID8
-サンプル数
15~20
営業日
250ug/50uL
2サンプル目以降 ¥400,000
1 1サンプル ¥360,000 F-MS56-ID1
-サンプル数
10~15
営業日
30ug/10uL
2サンプル目以降 ¥300,000

血清・血漿由来タンパク質
サービス内容 フラクション数 サンプル数 血清・血漿由来タンパク質 標準納期(*5) 必要量
(血清・血漿)
税別価格 Cat.#
タンパク質同定
プロファイリングサービス
12 1サンプル
*2サンプル以上
で受注受付
¥700,000 F-MS56-SP-ID
-サンプル数
血清・血漿用カラム
、サンプルを入荷後、

20~25営業日
下記*1を参照
*1 血清または血漿に含まれる高濃度のタンパク質を除去したタンパク質(250ug/50uL)を解析に用います。除去タンパク質項目・対応生物種・サンプルご送付量目安などに関しては、上記「解析に必要なタンパク質量・溶液量・溶媒組成-<血清・血漿の場合>」をご参照ください。
*4 標準納期は、1サンプルの場合を目安としています。2サンプル以上の場合や追加オプション作業などを伴う場合の納期は、担当までお問い合わせください。また、本受託解析サービスは、混み合っている場合、納期が大幅に変更となる場合があります。詳しくは、ご発注前に弊社担当者までお問い合わせください。
*5 タンパク質抽出キット類やタンパク質精製カラムは、プロファイリングサービスをご注文頂いてから発注(取り寄せ)させて頂く場合があります。試薬キット類の入荷納期は、通常10~20営業日程度となり、お時間を頂戴いたします。詳しくは、弊社担当者までお問い合わせ下さい。


 オプション
サービス内容 タンパク質の種類 サンプル数 税別価格 Cat.# 標準納期(*5)
タンパク質抽出
(*1)
組織タンパク質 1サンプル ¥15,000 F-EXPRO-T 5~10
営業日
培養細胞タンパク質 ¥20,000 F-EXPRO-C
核タンパク質 ¥30,000
*4サンプル以上で受付
F-EXPRO-N
細胞質タンパク質 ¥30,000
*4サンプル以上で受付
F-EXPRO-E
核タンパク質及び
細胞質タンパク質
¥50,000 F-EX-PRO-NE
膜タンパク質 ¥30,000
*2サンプル以上で受付
F-EX-PRO-M
植物タンパク質 ¥15,000
*4サンプル以上で受付
F-EXPRO-P
酵母タンパク質 ¥15,000
*4サンプル以上で受付
F-EXPRO-Y
サービス内容 サンプル数 税別価格 Cat.# 標準納期(*4)
追加データベースサーチ
*データベースを変更して検索を行います。
1解析 ¥50,000 F-MS-DS-1 お問い合わせ
MGFファイル変換サービス 1run分 ¥50,000 F-MS-MGF お問い合わせ
データマイニングサービス 該当ページ参照 お問い合わせ
細胞培養上清用Buffer置換作業 (*2) 1サンプル ¥30,000 F-MS-CB 4~8
営業日
追加Buffer置換作業 (*3) 1サンプル ¥30,000 F-MS-B 4~8
営業日
*1 血清・血漿のタンパク質精製の除去項目は、上記の表「血清・血漿からのタンパク質精製」をご参照ください。
*2 細胞培養上清の場合、「細胞培養上清用Buffer置換作業」を必ずお申し込み頂く必要があります。
*3 ご送付頂いたサンプルでBuffer置換を行ったが解析に必要な収量が得られず、再送付サンプルで再度Buffer置換を行う場合、「追加Buffer置換作業」のお申し込みが必要です。
*4 標準納期は、1サンプルの場合を目安としています。2サンプル以上の場合や追加オプション作業などを伴う場合の納期は、担当までお問い合わせください。また、本受託解析サービスは、混み合っている場合、納期が大幅に変更となる場合があります。詳しくは、ご発注前に弊社担当者までお問い合わせください。
*5 タンパク質抽出キット類やタンパク質精製カラムは、プロファイリングサービスをご注文頂いてから発注(取り寄せ)させて頂く場合があります。試薬キット類の入荷納期は、通常10~20営業日程度となり、お時間を頂戴いたします。詳しくは、弊社担当者までお問い合わせ下さい。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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