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Home製品・サービス情報受託サービスマイクロアレイ>Arraystar社 (h)MeDIP-chipマイクロアレイ受託解析

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+ 遺伝子発現解析
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illumina Infinium® MethylationEPIC BeadChip
Arraystar
(h)MeDIP-chip Array
+ ChIP-chipアレイ
+ RNAメチル化アレイ
  
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Arraystar社 エピジェネティクス解析
MeDIP-chip/hMeDIP-chipマイクロアレイ受託解析サービス


概要


DNAメチル化を包括的にプロファイリング

本サービスでは、メチル化DNA免疫沈降法(methylated DNA immunoprecipitation: MeDIP)またはヒドロキシメチル化DNA免疫沈降法(hydroxymethylated DNA immunoprecipitation: hMeDIP)と、マイクロアレイ技術を組み合わせることにより、DNAのメチル化またはヒドロキシメチル化によるエピジェネティック制御を網羅的に検証します。
本サービスでは、タンパク質コード遺伝子やnon-coding RNA(ncRNA)のプロモーター領域、がんのメチル化可変領域(Differentially Methylated Region: DMR)、ゲノムブロックを解析するための、4種類のアレイ(RefSeqプロモーターアレイ、ncRNAプロモーターアレイ、Cancer DMRアレイ、Cancer Blockアレイ)を用意しています。
Arraystar社のスタッフは、(h)MeDIP-chip解析に精通しています。サンプルをご提供いただくだけで、サンプルの品質チェック(QC)からバイオインフォマティクス解析まで実施いたします。


カタログダウンロード
(PDF)

図1. hMeDIP-chipサービスフローチャート

マイクロアレイ情報


【Arraystar RefSeq Promoter Microarray】

本マイクロアレイは、全てのタンパク質コード遺伝子のプロモーター領域およびその周辺のCpGアイランドにおけるエピジェネティック修飾やクロマチン結合部位を研究するために、MeDIP-chipやhMeDIP-chip、クロマチン免疫沈降(Chromatin immunoprecipitation: ChIP-chip)実験用にデザインされています。

遺伝子プロモーターは、しばしば、転写因子(Transcription factors: TFs)と関連し、またエピジェネティックマーカー(DNAメチル化/ヒドロキシメチル化およびヒストン修飾など)によって制御されます。これらは、遺伝子発現の正確な制御において非常に重要です。

 ・RefSeq databaseに基づいてアノテーションされたmRNAsのプロモーターを網羅。
 ・ロング オリゴヌクレオチド プローブ(60mer)を使用し、類を見ない感度および特異性の解析を実現。

マイクロアレイ 生物種 アレイ
フォーマット
カバレッジ
Arraystar Human RefSeq Promoter Array ヒト 4×180K 23,148 RefSeq promoters
(-1,300bp~500bp of TSS)
Arraystar Mouse RefSeq Promoter Array マウス 4×180K 22,327 RefSeq promoters
(-1,300bp~500bp of TSS)
Arraystar Rat RefSeq Promoter Array ラット 4×180K 15,987 RefSeq promoters
(-1,300bp~500bp of TSS)

【Arraystar ncRNA Promoter Microarray】

本マイクロアレイは、non-codingなlncRNAおよびmicroRNA遺伝子のプロモーター領域におけるエピジェネティック修飾やクロマチン結合部位を研究するために、MeDIP-chipやhMeDIP-chip、ChIP-chip実験用にデザインされています。
Long non-coding RNAs(LncRNAs)は、タンパク質をコードしない200塩基長より長い転写産物です。哺乳類では、組織や発生段階別に特異的に転写される数千のLncRNAsがあります。発生におけるLncRNAsの組織特異的な発現様式およびLncRNAsの明確な細胞内局在は、それらの発現が正確な制御下にあることを強く示唆しています。しかしながら、転写レベルでのLncRNAsの制御について、多くのことが未だに知られていません。DNAのメチル化やヒストン修飾、クロマチン再構成を含むエピジェネティック修飾が、LncRNAsの細胞特異的な発現に寄与しているというエビデンスがあります。例えば、近年の研究において、LncRNAのプロモーターが純化選択の対象となっていることや、タンパク質コード遺伝子のプロモーターと比してより保存されていること、転写因子および調節クロマチンマーカーと相互作用していることが示唆されています。

Human
・Arraystar Human LncRNA microarray V4.0と同じLncRNAを収録。
・アノテーションされたLncRNAのプロモーター領域および622のmicroRNAのプロモーターを網羅。
・60-merのロングヌクレオチドプローブにより、類を見ない感受性および特異性を実現。

Mouse
・Arraystar Mouse LncRNA microarray V3.0と同じLncRNAを収録。
・アノテーションされたLncRNAのプロモーター領域および346のmicroRNAのプロモーターを網羅。
・60-merのロングヌクレオチドプローブにより、類を見ない感受性および特異性を実現。

マイクロアレイ 生物種 アレイ
フォーマット
カバレッジ
Arraystar Human ncRNA Promoter Array ヒト 4×180K 27,248 lncRNA promoters(-1,300bp~500bp of TSS)
622 miRNA promoter(-50kb~50kb)
Arraystar Mouse ncRNA Promoter Array マウス 4×180K 18,552 lncRNA promoters(-1,300bp~500bp of TSS)
346 miRNA promoter(-50kb~50kb)

【Arraystar Cancer DMR Microarray】

本マイクロアレイは、がんにおける小規模なメチル化可変領域(Differentially Methylated Region: DMR)を研究するためにデザインされています。このアレイは、がん、組織および細胞分化においてメチレーションが変動している12,113の小規模なDMR、その近傍の11,380のCpGアイランドとCpGアイランドショアを網羅しています。

・がんにおいて過メチル化または低メチル化を受ける12,000以上の小規模DMRを網羅。
・小規模DMRの近傍にある11,000以上のCpGアイランドおよびショア。
・MeDIPおよびinput DNAの二重色相チャネルにより、優れた感受性および特異性を実現。

マイクロアレイ 生物種 アレイ
フォーマット
カバレッジ
Arraystar Human Cancer DMR Array ヒト 4×180K 12,113 DMRs and nearby 11,380 CpG islands and shores

【Arraystar Cancer Block Microarray】

本マイクロアレイは、ヒトがんにおけるエピジェネティック変化の起きるゲノムブロックを研究するためにデザインされています。ブロックのサイズは、5kbから10Mb(median 28kb)であり、ヒトゲノムの半分以上を占めています。低メチル化ブロックは、がんにおけるメチレーション変化の最大95%に関与していると考えられており、固形腫瘍において、普遍的に認められているエピジェネティック変化として見出されています。本マイクロアレイは、ゲノムブロックにおける2,554のタンパク質コード遺伝子および8,481のlncRNA遺伝子のメチレーション変化の解析に利用できます。

・7,000以上のがんゲノムブロックに対応し、タンパク質コード遺伝子、lncRNA遺伝子およびmicroRNA遺伝子を網羅。


マイクロアレイ 生物種 アレイ
フォーマット
カバレッジ
Arraystar Human Cancer Block Array ヒト 4×180K 7,088 blocks containing 2,554 miRNA
8,481 lncRNA and 463 miRNA genes

【バイオインフォマティクス】

本サービスのバイオインフォマティクス解析では、以下のデータを提供します。

・Rawデータファイルは、NimbleScan softwareまたはAgilent GeneSpring softwareで作成
・DEP(Differentially Enriched Peak)解析
・サマリーレポート
・GFFフォーマットによるAnalysis Report File:
 -Genome annotation file
 -Scaled Log2-ratio Data
 -P-value Data
 -Peaks Data
 -Multi-sample comparison

【データ例】

表1.プロモーター上のCpGアイランドがメチル化している遺伝子を明らかにしたMeDIP-chip実験の結果。
各遺伝子は、左の列に示されています。プロモーターの種類(LCP, ICP, HCP)が緑色の枠で強調された列に示されています。



表2.プロモーター上のメチル化可変領域。
「dmr_attribution」項目にある列(表中赤枠)は、2つの異なる実験条件間(「Group A」および「Group B」として表されています)における特定の座位のメチル化状態の相違を示しています。本表において、長さやメチル化状態、関連する遺伝子アノテーションを含む、DMRの詳細な情報を得ることができます。


表3.CpGアイランドにおけるメチル化可変領域。
「dmr_attribution」項目にある列(表中赤枠)は、2つの異なる実験条件間(「Group A」および「Group B」として表されています)における特定の座位のメチル化状態の相違を示しています。本表において、長さやメチル化状態、関連するCpGアイランドアノテーションを含む、DMRsの詳細な情報を得ることが出来ます。


ラインナップ・価格


アレイ名 生物種 Format サンプル種 サンプル数 税別価格
/サンプル
Cat.#
DNAメチル化アレイ(MeDIP-chip)受託解析サービス
Arraystar RefSeq
Promoter Microarray
ヒト 4×180k IP DNA 1サンプルから
受注受付
¥128,000 F-AS-MRHI-[サンプル数]
gDNA ¥168,000 F-AS-MRHG-[サンプル数]
マウス IP DNA ¥128,000 F-AS-MRMI-[サンプル数]
gDNA ¥168,000 F-AS-MRMG-[サンプル数]
ラット IP DNA ¥128,000 F-AS-MRRI-[サンプル数]
gDNA ¥168,000 F-AS-MRRG-[サンプル数]
Arraystar ncRNA
Promoter Microarray
ヒト 4×180k IP DNA 1サンプルから
受注受付
¥128,000 F-AS-MNHI-[サンプル数]
gDNA ¥168,000 F-AS-MNHG-[サンプル数]
マウス IP DNA ¥128,000 F-AS-MNMI-[サンプル数]
gDNA ¥168,000 F-AS-MNMG-[サンプル数]
Arraystar Cancer
DMR Microarray
ヒト 4×180k IP DNA 1サンプルから
受注受付
¥128,000 F-AS-MDHI-[サンプル数]
gDNA ¥168,000 F-AS-MDHG-[サンプル数]
Arraystar Cancer
Block Microarray
ヒト 4×180k IP DNA 1サンプルから
受注受付
¥128,000 F-AS-MBHI-[サンプル数]
gDNA ¥168,000 F-AS-MBHG-[サンプル数]
DNAヒドロキシメチル化アレイ(hMeDIP-chip)受託解析サービス
Arraystar RefSeq
Promoter Microarray
ヒト 4×180k IP DNA 1サンプルから
受注受付
¥128,000 F-AS-HRHI-[サンプル数]
gDNA ¥168,000 F-AS-HRHG-[サンプル数]
マウス IP DNA ¥128,000 F-AS-HRMI-[サンプル数]
gDNA ¥168,000 F-AS-HRMG-[サンプル数]
ラット IP DNA ¥128,000 F-AS-HRRI-[サンプル数]
gDNA ¥168,000 F-AS-HRRG-[サンプル数]
Arraystar ncRNA
Promoter Microarray
ヒト 4×180k IP DNA 1サンプルから
受注受付
¥128,000 F-AS-HNHI-[サンプル数]
gDNA ¥168,000 F-AS-HNHG-[サンプル数]
マウス IP DNA ¥128,000 F-AS-HNMI-[サンプル数]
gDNA ¥168,000 F-AS-HNMG-[サンプル数]
Arraystar Cancer
DMR Microarray
ヒト 4×180k IP DNA 1サンプルから
受注受付
¥128,000 F-AS-HDHI-[サンプル数]
gDNA ¥168,000 F-AS-HDHG-[サンプル数]
Arraystar Cancer
Block Microarray
ヒト 4×180k IP DNA 1サンプルから
受注受付
¥128,000 F-AS-HBHI-[サンプル数]
gDNA ¥168,000 F-AS-HBHG-[サンプル数]
※上記とは別に、Arraystar社(米国)へのサンプル輸送費が必要となります。予めご了承ください。


解析の流れ


【必要サンプル量】
ご準備頂くサンプル ご送付量 BioAnalyzer O.D.260/280 O.D.260/230 ゲル電気泳動
RIN値 28S:18S rRNA
peak score
IP DNA 40-100ng
(>0.1μg/μL)
- - - - -
gDNA >2μg
(>0.1μg/μL)
- - >1.8 >1.8 分解(スメアバンド)
が見られないこと。

◆サンプルの品質チェック
アガロースゲル、分光光度計などにより、品質(QC:Quality Control)チェック及び濃度測定を行います。
QCチェック結果は、サンプル受領日から10営業日以内を目安にご報告いたします。
サンプル受領後、QCチェック結果が芳しくない場合は、以下のいずれかを選択してください。
 a. 追加の精製を行う(追加精製で問題が解決される場合)。
   この場合、サンプルの精製料金が別途必要となります。
 b. 再度新しいサンプルをご用意ください。この場合、別途送料(海外)が必要となります。
 c. お客様の同意の上、同じサンプルで実験を進めます。ただし、この場合、データの保証はされません。
   結果如何によらず、通常料金をご請求させて頂きます。
*本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受け出来ません。
 やむを得ない理由で、キャンセルする場合は、それまでの工程に応じた料金をご請求させて頂きます。

【作業の流れ】

1. お見積り

ご希望されるアプリケーションやサンプル数をお知らせください。ご連絡いただいた内容を基に、対応する解析内容をご案内します。
専用のフォームにご記入いただいた内容を基に、お見積りをご案内します。
 ↓
2. サンプル送付

弊社宛てに、サンプル、QCシートおよび免責同意書をご送付ください。
ご送付頂いた内容物を弊社で確認し、弊社からArrayStar社にサンプルを送付します。
※サンプル送付の際は、発送前に必ず以下の【ご注意事項】をご確認ください。

◆サンプル送付先 ※土日祝祭日のサンプル受け取りは不可
フィルジェン株式会社 受託解析部 宛
〒459-8011 名古屋市緑区定納山1丁目1409番地
 Tel 052-624-4388 Fax 052-624-4389 E-mail biosupport@filgen.jp
 ↓
3. 解析作業の実施(海外提携先:Arraystar社)
・サンプル調整、およびサンプルQC
・メチル化DNA/ヒドロキシメチル化DNA免疫沈降
・Cy3標識(Input DNA)、およびCy5標識(IP DNA)
・アレイハイブリダイゼーション、洗浄、スキャニング
・データ抽出、解析、要約
 ↓
4. 納品

データ解析結果を、CD/DVD等に収めて、ご報告します。

【ご注意事項】
ご発送は、代理店へご依頼頂くか、直送願います。発送の際の送料は、お客様負担となります。(着払いは受け取りできませんので、ご注意ください。)
サンプルの発送は、必ず、「サンプル送付方法およびご注意点(PDF)」をご参照の上、その内容に従って行ってください。
DNase、RNaseフリーのスクリューキャップ式の1.5mLエッペンチューブをご使用ください。送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れが起きない様にしてください。
DNAサンプルは、電気泳動にて明瞭なバンドが検出され、分解がないことをご確認ください。サンプル送付時に、電気泳動写真を添付してください。サンプル到着後、OD測定及び電気泳動による濃度・純度などの確認を行います。その結果によっては、DNAサンプルの再送をお願いする場合があります。予めご了承ください。
再度サンプルをお送り頂く場合、別途送料をご請求させて頂きます。
DNAは、凍結融解をできるだけ避け、4℃でTE Bufferにて保存してください。長期保存の場合は、-20℃、又は、-80℃で保存してください。
サンプルの入ったチューブに油性マジックでサンプル名を明記し、遠心チューブやチューブボックス等に入れ、砕いたドライアイスとともに、梱包してください。ゲノムDNAの場合は、アイスバックなどとともに梱包し、クール便でお送り下さい。ただし、DNAが冷凍状態で保存されている場合は、砕いたドライアイスとともに梱包して、冷凍便でお送り下さい。
組織・細胞をご送付の際には、ペレット状態にして、十分量のドライアイスを同梱の上、冷凍宅急便にて凍結状態にてご送付ください。
お預かりできるサンプルは、BSL2(バイオセーフティレベル2)までのものに限らせていただきます。BSL2でも、感染性が著しく高いサンプル(HIV, HCV, HBVウイルスに感染していることが確認されている患者由来の検体など)は、お受けできませんので、ご了承ください。
ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供願います。ご提供頂くサンプル及び本作業から生じる知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセントなどの問題については、弊社では、一切の責を負いかねます。
本サービスは、海外での解析という性質上、サンプル受領以降のキャンセルはお引き受けできません。また、お送り頂いたサンプルは、ご返却いたしかねます。実験後のサンプルにつきましては、基本的には、弊社側にて破棄させて頂きますので、ご了承ください。
本事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。

◆Arraystar社の資料(PDF)
解析の流れと解析結果について(MeDIP-chip Array サービス)
解析の流れと解析結果について(hMeDIP-chip Array サービス)


参考文献


MeDIP(hMeDIP)-chip publications(PDF)


*本サイトの情報は、Arraystar社のウェブサイトを一部引用しております。
お問い合わせ 受託解析部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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