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Home製品・サービス情報受託サービスマイクロアレイSNPアレイ受託解析>Affymetrix® Genome-wide Human SNP Array

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SNPジェノタイピングアレイ受託解析
Affymetrix® Genome-wide Human SNP Array 受託解析サービス
Affymetrix® Genome-wide Human SNP Array 6.0 を用いた受託解析サービスをご提供致しております。
本サービスの解析作業は、業務提携先である DNA Link社(Affymetrix認定サービスプロバイダー)で実施します。

Genome-wide Human SNP Arrayの特徴

腫瘍サンプルの体細胞変化についての研究、あるいは、先天性疾患をもつ子供の生殖細胞系変化についての研究において、GeneChip® SNP Arrayでは、サンプル中の染色体異常のレベルを問わず、識別するのに十分なカバー範囲と感度が得られます。
Affymetrix® Genome-wide Human SNP Array 6.0は、一塩基多型(SNP)906,600以上とコピー数多型を検出するためのプローブ946,000以上を含む、180万以上の遺伝子マーカーを調べることができます。SNP Array 6.0 は、コピー数解析と関連解析を結びつけることができる唯一のプラットフォームで、高解像度のリファレンスマップや、Broad Instituteで開発されたCopy number polymorphism(CNP)コールアルゴリズムとともに提供されます。中央値696bpマーカー距離により、非常に小さな過剰や欠失でも、数多くのデータポイントによって予測することができます。これはつまり、コピー数変化の存在とそのブレークポイントの微細なマッピングがより確実にわかるということを意味します。業界最先端の性能を備え、1枚のアレイで解析できる遺伝的変異が他製品よりも多いことにより、最高レベルのパネル解析能力を実現しており、ゲノムの物理的カバー率も最大です。
【906,600以上のSNP】
482,000のSNPを偏りなく選択、SNP Array 5.0から受け継がれたSNP
424,000追加SNPの選択
 -タグSNP
 -X, Y染色体からのSNP
 -ミトコンドリアSNP
 -dbSNPデータベースに追加された新しいSNP
 -組換え多発部位のSNP

【946,000以上のコピー数プローブ】
Tronto Database of Genomic VariantsからのCNV領域5,677ヶ所をターゲットとする202,000プローブ
ゲノム全体に均等に配置された744,000のプローブ
一般的なSNP/コピー数解析プラットフォームに比べ、約10倍のコピー数変化を検出可能
Non-polymorphicプローブを搭載した唯一のプラットフォーム
- CNPのカバーは約3倍
GTC3.0では、新たに、高解像度のリファレンスマップや、Broad Instituteで開発されたCopy number polymorphism(CNP)コールアルゴリズムを提供




検出原理


ゲノムDNAをNspl、及び、Stylを用いてそれぞれ制限酵素処理します。全てのgDNA断片の3', 5'末端にアダプターライゲーションします。アダプターを認識するジェネリックプライマーを加え、DNA断片を増幅させます。
PCR増幅させた各産物を合わせ、ポリスチレンビーズを用いて精製します。増幅したgDNAは、ハイブリダイズのため、さらに断片化され、標識化し、ハイブリダイズされます。


解析の流れ


フィルジェン株式会社 バイオサイエンス部 受託解析センター

1. 解析内容の打ち合わせ
 ご希望のアレイやサンプル数などの内容をお聞きします。お見積もり、必要サンプル量などの情報をご連絡いたします。。
 ↓

2. サンプル送付
 解析サンプルを、QCシートと同封の上、弊社までお送り下さい。
 送付された内容物を弊社で確認し、弊社からDNA Link社にサンプルを送付します。
  *本サービスは、海外での解析という性質上、サンプルを受け取った以降のキャンセルはお引き受けできません。
 ご発送は、代理店へご依頼いただくか、直送願います。
 発送の際の送料は、お客様負担となります。(着払いは受け取りできませんので、ご注意ください。)

サンプル 輸送温度 ご送付サンプル量
ゲノムDNA 冷凍状態で保存されている場合:
  -80℃(ドライアイス詰めで冷凍便)

4℃で保存されている場合: 冷蔵便
1ug以上(min.500ng)
濃度: 50ng/uL程度
(O.D.260/O.D.280:1.8~2.0、O.D.260/230:1.5以上)
TE bufferをご使用ください。

 *サンプルのご準備および送付方法に関する注意事項
サンプルの発送は、必ず、「サンプル送付方法およびご注意点(PDF)」をご参照の上、その内容に従って行ってください。
DNase、RNaseフリーのスクリューキャップ式の1.5mLエッペンチューブをご使用ください。
DNAサンプルは、電気泳動にて明瞭なバンドが検出され、分解がないことをご確認ください。サンプル送付時に、電気泳動写真を添付してください。
サンプル到着後、OD測定及び電気泳動による濃度・純度などの確認を行います。その結果によっては、DNAサンプルの再送をお願いする場合があります。予めご了承ください。
再度サンプルをお送り頂く場合、別途送料をご請求させて頂きます。
ゲノムDNAは、凍結融解をできるだけ避け、4℃でTE Bufferにて保存してください。長期保存の場合は、-20℃、又は、-80℃で保存してください。
送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れが起きない様にしてください。
サンプルの入ったチューブに油性マジックでサンプル名を明記し、遠心チューブやチューブボックス等に入れ、砕いたドライアイスとともに、梱包してください。DNAの場合は、アイスバックなどとともに梱包し、クール便でお送り下さい。ただし、DNAが冷凍状態で保存されている場合は、砕いたドライアイスとともに梱包して、クール便でお送り下さい。
組織・細胞をご送付の際には、ペレット状態にして、十分量のドライアイスを同梱の上、冷凍宅急便にて凍結状態にてご送付ください。
お預かりできるサンプルは、BSL2(バイオセーフティレベル2)までのものに限らせていただきます。感染性が著しく高いサンプル(HIV, HCV, HBVウイルスに感染していることが確認されている患者由来の検体など)は、お受けできませんので、ご了承ください。
ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供願います。
ご提供頂くサンプル及び本作業から生じる知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセントなどの問題については、弊社では、一切の責を負いかねます。
お送り頂いたサンプルは、ご返却いたしかねます。実験後のサンプルにつきましては、基本的には、弊社側にて破棄させて頂きますので、ご了承ください。
本事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。
(サンプル送付先)
 フィルジェン株式会社 バイオサイエンス部 受託解析センター宛
 〒459-8011 名古屋市緑区定納山1丁目1409番地
 Tel 052-624-4388 Fax 052-624-4389 E-mail biosupport@filgen.jp

DNA Link社

3. サンプルの品質チェック
 アガロースゲル、分光光度計などにより、品質(QC:Quality Control)チェック及び濃度測定を行います。
 QCチェック結果は、サンプル受領日から10営業日以内を目安にご報告いたします。

 サンプル受領後、QCチェック結果が芳しくない場合は、以下のいずれかを選択してください。
 a. 追加の精製を行う(追加精製で問題が解決される場合)。
   この場合、サンプルの精製料金が別途必要となります。
 b. 再度新しいサンプルをご用意ください。この場合、別途送料(海外)が必要となります。
 c. お客様の同意の上、同じサンプルで実験を進めます。ただし、この場合、データの保証はされません。
   結果如何によらず、通常料金をご請求させて頂きます。
 *本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受け出来ません。
  やむを得ない理由で、キャンセルする場合は、それまでの工程に応じた料金をご請求させて頂きます。
 ↓

4. マイクロアレイ解析
  SNP Array 6.0 は、Affymetrix社の推奨する以下の手順でターゲットサンプルの調整及び、全自動化装置によるハイブリダイゼーション、スキャンニング等の作業を行います。解析には、Affymetrix社が推奨する試薬・ソフトウェアを使用します。
  a. DNA増幅
  b. 断片化処理
  c. SNP Array 6.0 とのハイブリダイゼーション
  d. ポリメラーゼによる伸張反応
  e. 蛍光標識
  f. スキャンニング
 ↓

5. 解析データのご報告

スキャンニングシグナルを数値化した後、データ作成を行い、解析結果を、CD-ROMに収めて、ご報告します。

 (納品データ)
 ・Sample QC report(Excel)
 ・Raw data(.cel format) *右図参照
 ・Cell rate, gender check,
  familial check summary(Excel)
 ・Genotype call(Excel)


価格/納期


【価格】
サービス名 数量 税別単価 Cat.#
Genome-wide Human SNP Array 6.0 受託解析 5サンプル以上 お問合せ F-DLINK-SNP6-(サンプル数)
* 本サービスは、5サンプル以上での受注となります。
本サービスには、基本的なバイオインフォマティクスサービスを含みます。

【納期】
DNA Link社に、アレイ在庫がある場合は、サンプル到着後、約1ヶ月程度です。
DNA Link社に、アレイ在庫がない場合は、アレイの入荷に別途3週間~1ヶ月程度かかる場合があります。


本ページは、DNA Link社のホームページに掲載されている情報を引用させて頂いております。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 filgen.jp
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