製品情報・受託サービス情報
What's New! 製品・サービス情報 ダウンロード e-mail_news登録    
会社情報
概要 ミッション アクセス リクルート 連絡先 ビジネスパートナー ライセンス 個人情報保護方針
Home製品・サービス情報試薬・材料・消耗品>Jumpcode Genomics社製 NGSライブラリー rRNA除去キット

製品・サービス情報
  
受託サービス
サービス別ラインナップ
  
科学機器
製品別ラインナップ
メーカー別ラインナップ
  
試薬・材料・消耗品
製品別ラインナップ
メーカー別ラインナップ
+ Jumpcode Genomics
CRISPRcleanテクノロジー
CRISPRclean rRNA Depletion Kit
アプリケーション
  
ソフトウェア
製品別ラインナップ
メーカー別ラインナップ


Jumpcode Genomics社製品
NGSライブラリー rRNA除去キット
CRISPRCleanテクノロジー / CRISPRclean rRNA Depletion Kit / アプリケーション

Jumpcode Genomics社(アメリカ)は、独自のCRISPRcleanテクノロジーを採用した、調整済みのNGSシークエンスライブラリーから不要な核酸分子(rRNA)を除去することが可能なキットを販売しています。

チラシダウンロード(PDF)
CRISPRcleanテクノロジー

CRISPRcleanは、CRISPR/CASシステムを利用してシークエンスライブラリーから不要な核酸分子(rRNA)を除去する独自のテクノロジーです。このプロセスは、標準のNGSワークフローにシームレスに適合し、市販されているほとんどのライブラリーの準備で機能します。NGSライブラリー調整後に不要な配列を除去するため、低濃度RNAサンプルにおいてもより高い感度、除去によるバイアスの無い解析が可能です。


<CRISPRcleanテクノロジーを用いたrRNA除去>

下記のターゲットのキットをラインナップ!
 ・ヒト
 ・バクテリア
 ・ハウスキーピング遺伝子


CRISPRcleanテクノロジー概要


CRISPRclean rRNA Depletion Kit

CRISPRclean rRNA Depletion Kit は、全細胞RNAから調整された次世代シークエンシング(NGS)ライブラリーのリボソームRNA転写産物に由来するDNAを除去する様に設計されています。この方法では、CRISPRテクノロジーを利用して、リボソームRNA配列を含むDNAフラグメントを選択的にターゲティングおよび切断します。ほとんどのrRNA除去キットは、NGSライブラリー調整前のサンプルで実行されますが、このCRISPRベースのrRNA除去はNGSライブラリー調整後に行われます。

<CRISPRclean rRNA Depletion Kit プロトコルの概要>
1. Cas9/guide RNA ribonucleoprotein 形成(室温で10分)
2. NGSライブラリーのCas9/guide RNA の消化(37℃で1時間)
3. AMPure XP beads サイズセレクションによる切断されたDNA断片の除去
4. PCRによる残存ライブラリーの増幅
5. AMPure XP beads を用いたクリーンアップ

<キット内容>
Box1(‐20℃保存)
・Cas9
・10X Cas9 Buffer
・Nuclease-free Water
・RNase Inhibitor

・2X PCR Mix
・P5 Primer
・P7 Primer
・Tris Buffer
Box2(-80℃保存)
・rRNA Guide RNA

<その他準備するもの>
・AMPure XP beads
・80% ehtanol
・Eppendorf LoBind tubes
・PCR tubes
・Magnetic stand

◆CRISPRclean Human rRNA Depletion Kit

本キットに含まれるCRISPR guide RNA プールは、ヒト5S、5.8S、18S、および28S 核rRNA遺伝子、45S rRNA 前駆体、12Sおよび16SミトコンドリアrRNA遺伝子を標的としています。CRISPR guide RNA は、最初のステップで Streptococcus pyogenes Cas9 タンパク質と複合体を形成し、ヒトリボソームRNA配列内の特定の部位を切断します。NGSライブラリー内のリボソームRNAに由来するDNAの99%以上を除去することができるため、低コストかつハイスループットな解析が可能です。
1反応で最大96サンプル処理可能 !!

<ヒト肺 Total RNA サンプルを用いた CRISPRclean Human rRNA Depletion Kit 使用有無の比較>
Samples Cas9、gDNAなし Cas9、gDNAあり
ゲノムアライメント率 99.3% 99.3%
複製率(2million reads) 52.5% 4.0%
18S rRNA アライメント率 11.4% 0.0%
28S rRNA アライメント率 22.7% 0.1%
12S rRNA アライメント率 1.2% 0.0%
16S rRNA アライメント率 1.4% 0.0%
Exon アライメント率 3.7% 48.5%
Intron アライメント率 3.2% 29.6%
Intergenic アライメント率 15.9% 13.6%
rRNA 除去率 - 99.0%

<マルチプレックスライブラリーの処理>
1回のCRISPRclean反応で複数のライブラリーを処理することが可能です。ガイドラインを下記に示します。マルチプレックスCRISPRclean反応を設定する場合、ユーザーはCRISPRclean反応での総DNA量が100ng以下、各ライブラリーの約1ngで作業することをお勧めします。

DNAのおおよその総量 推奨マルチプレックスライブラリー数 処理後の推奨PCRサイクル数*
1ng マルチプレックスは推奨されない 13
10ng 8 10
25ng 8-24 9
50ng 8-48 7
100ng 8-96 6
*最終収量が200ng~400ngの場合

<8つのマルチプレックスライブラリーのrRNA除去率のデータ>
- Genome
alignment
rate
12S rRNA
(ミトコンドリア)
alignment
16S rRNA
(ミトコンドリア)
alignment
18S rRNA
(核)
alignment
28S rRNA
(核)
alignment
CDS
alignment
UTR
alignment
Intron
alignment
Brain(1) 99.63% 0.00% 0.01% 0.04% 0.13% 24.07% 21.96% 30.93%
Brain(2) 99.66% 0.00% 0.01% 0.04% 0.13% 25.90% 22.15% 29.66%
Kidney(1) 99.60% 0.00% 0.00% 0.03% 0.10% 27.75% 18.55% 29.42%
Kidney(2) 99.63% 0.00% 0.00% 0.03% 0.09% 28.20% 18.61% 28.90%
Liver(1) 99.68% 0.00% 0.00% 0.04% 0.11% 46.72% 17.25% 15.88%
Liver(2) 99.71% 0.00% 0.00% 0.04% 0.15% 46.26% 17.28% 16.03%
Heart(1) 99.59% 0.00% 0.01% 0.03% 0.10% 34.05% 16.81% 11.25%
Heart(2) 99.66% 0.01% 0.01% 0.05% 0.15% 34.15% 17.41% 11.45%

<全トランスクリプトーム解析に適用したアプリケーションデータ>
こちら

◆CRISPRclean Pan Bacterial rRNA Depletion Kit

本キットに含まれるCRISPR guide RNA プールは、細菌の5S、16S、および23SリボソームRNA遺伝子を標的としています。CRISPR guide RNA の設計には、ほとんどの細菌門の212の細菌種のリボソームRNA遺伝子を参照しました。212の細菌ゲノムのrRNA遺伝子以外の領域にアニーリングするCRISPR guide RNA は、最終的な設計から削除されています。


<マルチプレックスライブラリーの処理>

1回のCRISPRclean反応で複数のライブラリーを処理することが可能です。ガイドラインを下記に示します。マルチプレックスCRISPRclean反応を設定する場合、ユーザーはCRISPRclean反応での総DNA量が20ng以下、各ライブラリーの約1ngで作業することをお勧めします。
DNAのおおよその総量 推奨マルチプレックスライブラリー数 処理後の推奨PCRサイクル数*
1ng マルチプレックスは推奨されない 15
10ng 上限8 11
20ng 上限16 10
*最終収量が100ng~200ng、平均ゲノムGC含量は約50%(E.coliなどの細菌)

<8つのマルチプレックスライブラリーのCRISPRclean Pan Bacterial rRNA Depletion Kit 使用有無の比較>

sample 16S rRNA 23S rRNA 5S rRNA CDS Intergenics tRNA tmRNA Total rRNA
Non-
Depletion
E.coli 37.78% 60.00% 0.00% 1.89% 0.32% 0.00% 0.01% 97.78%
E.coli 38.03% 59.69% 0.00% 1.95% 0.32% 0.00% 0.01% 97.72%
E.coli 37.53% 60.24% 0.00% 1.89% 0.33% 0.00% 0.01% 97.77%
E.coli 37.41% 60.24% 0.00% 2.00% 0.33% 0.00% 0.01% 97.65%
E.coli 37.67% 60.09% 0.00% 1.91% 0.31% 0.00% 0.01% 97.76%
E.coli 37.52% 60.33% 0.00% 1.84% 0.31% 0.00% 0.01% 97.85%
E.coli 37.89% 59.90% 0.00% 1.88% 0.32% 0.00% 0.01% 97.79%
E.coli 38.13% 59.61% 0.00% 1.92% 0.33% 0.00% 0.01% 97.74%
rRNA
Depletion
E.coli 4.28% 5.96% 0.02% 82.74% 6.51% 0.03% 0.47% 10.25%
E.coli 4.37% 6.07% 0.02% 82.70% 6.38% 0.03% 0.44% 10.45%
E.coli 4.44% 6.45% 0.01% 81.95% 6.53% 0.03% 0.59% 10.91%
E.coli 4.18% 5.66% 0.02% 83.24% 6.48% 0.03% 0.40% 9.85%
E.coli 4.46% 6.40% 0.03% 82.19% 6.37% 0.03% 0.53% 10.89%
E.coli 4.38% 5.97% 0.01% 82.73% 6.56% 0.03% 0.32% 10.36%
E.coli 4.52% 6.52% 0.02% 81.94% 6.55% 0.03% 0.42% 11.06%
E.coli 4.30% 5.95% 0.02% 82.72% 6.64% 0.03% 0.34% 10.28%

<ショットガンメタゲノミクス解析に適用したアプリケーションデータ>
こちら

◆CRISPRclean Metatranscriptomics rRNA Depletion Kit

本キットに含まれるCRISPR guide RNA プールは、ヒト5S、5.8S、18S、および28S核rRNA遺伝子、45S rRNA前駆体、12Sおよび16SミトコンドリアrRNA遺伝子と200種類以上の細菌の5S、16S、および23SリボソームRNA遺伝子を標的としています。最近とヒト細胞が混在している場合において、細菌とヒトの両方のrRNAを除去することによって、発現量が低い重要な遺伝子を検出することが可能です。高い感度と低いバイアスによりヒトマイクロバイオーム研究の精度の向上に役立ちます。

<マルチプレックスライブラリーの処理>
1回のCRISPRclean 反応で複数のライブラリーを処理することが可能です。ガイドラインを下記に示します。マルチプレックスCRISPRclean 反応を設定する場合、ユーザーはCRISPRclean 反応での総DNA量が16ng以下、各ライブラリーの約1ng以上で作業することをお勧めします。
DNAのおおよその総量 推奨マルチプレックスライブラリー数 処理後の推奨PCRサイクル数*
8ng 上限8 13
16ng 上限16 12
*最終収量が100ng~200ng

◆CRISPRclean Housekeeping Genes 100 Depletion Kit

本キットに含まれるCRISPR guide RNA プールは、10x Genomics ライブラリーに最適化されており、リボソーマル、ミトコンドリアmRNA遺伝子を標的としています。細胞生存率の評価のためにミトコンドリアmRNA遺伝子に依存している場合は、90のリボソーマルmRNAのみ除去をする Human Ribo mRNA GuideRNA を選択します。ミトコンドリア転写産物に依存していない場合は、90のリボソーマルmRNAと10のミトコンドリアmRNAの両方を除去する Human Ribo & Mito mRNA GuideRNA を使用できます。それぞれの標的の遺伝子は下記の通りです。

Mitochondrial Ribosomal
MT-ATP6 RPL10 RPL18A RPL27 RPL35A RPL5 RPS11 RPS19BP1 RPS27L RPS6KA3
MT-ATP6 RPL10A RPL19 RPL27A RPL36 RPL6 RPS12 RPS2 RPS28 RPS6KA4
MT-CO2 RPL11 RPL21 RPL28 RPL36A RPL7 RPS13 RPS20 RPS29 RPS6KA5
MT-CO3 RPL12 RPL22 RPL29 RPL36AL RPL7A RPS14 RPS21 RPS3 RPS6KB1
MT-CYB RPL13 RPL22L1 RPL3 RPL37 RPL7L1 RPS15 RPS23 RPS3A RPS6KB2
MT-ND1 RPL13A RPL23 RPL30 RPL37A RPL8 RPS15A RPS24 RPS4X RPS6KC1
MT-ND2 RPL14 RPL23A RPL31 RPL38 RPL9 RPS16 RPS25 RPS4Y1 RPS7
MT-ND3 RPL15 RPL24 RPL32 RPL39 RPLP1 RPS17 RPS26 RPS5 RPS8
MT-ND4 RPL17 RPL26 RPL34 RPL4 RPLP2 RPS18 RPS27 RPS6 RPS9
MT-ND5 RPL18 RPL26L1 RPL35 RPL41 RPL41 RPS19 RPS27A RPS6KA1 RPSA

<マルチプレックスライブラリーの処理>
1回のCRISPRclean 反応で複数のライブラリーを処理することが可能です。ガイドラインを下記に示します。
DNAのおおよその総量 推奨マルチプレックスライブラリー数 処理後の推奨PCRサイクル数
10ng 8-12 8

<シングルセルシークエンシングに適用したアプリケーションデータ>
こちら

◆製品ラインナップ

製品名 容量 税別価格 マニュアル 品番
CRISPRclean Human rRNA Depletion Kit 3反応分
(96サンプル/1反応)
¥660,000 KIT1000
CRISPR Pan Bacterial rRNA Depletion Kit 3反応分
(16サンプル/1反応)
¥660,000 KIT1001
CRISPR Metatranscriptomics rRNA Depletion Kit 3反応分
(16サンプル/1反応)
¥811,000 KIT1005
CRISPR Housekeeping Genes 100 Depletion Kit 3反応分
(12サンプル/1反応)
¥811,000 KIT1006

お問い合わせ 試薬部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
Copyright (C) 2004-2021 Filgen, Inc. All Rights Reserved.