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Home製品・サービス情報試薬・材料・消耗品>PixelBiotech社製 multiplex single molecule FISH probe カスタム作成

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PixelBiotech社製
smFISH 解析用プローブ合成サービス

PixelBiotech社(ドイツ)は、独自の技術を採用した smFISHプローブのカスタム作成を行っています。また、AIを利用した画像解析プラットフォームを開発したことにより、正確かつ手頃な価格で、簡単に標的遺伝子のイメージングが可能です。


 
smFISH解析用プローブ合成サービス(PDF)

 独自の技術を採用したHuluFISHテクノロジー

◆複数の蛍光標識された蛍光オリゴ(Hulu)
smFISH (Single molecule Fluorescence In Situ Hybridization) は、サンプル中の標的RNAを蛍光標識されたプローブにより可視化する手法です。本プローブは、蛍光オリゴ(Hulu)と標的遺伝子特異的オリゴ(GSO)をT4DNAリガーゼによって結合することで合成されます。
◆標的遺伝子に対して複数箇所に特異的に結合
一つの標的遺伝子に対して複数箇所に特異的に結合する様に、配列の異なるプローブが設計されているため、より強力なイメージングが可能です。
◆1回のハイブリダイゼーション反応で最大7遺伝子の発現を検出
蛍光標識の組み合わせを調節することにより、1回のハイブリダイゼーション反応で最大7遺伝子の発現を視覚的に区別することが可能です。3つの蛍光を区別することができるレーザーを搭載した共焦点顕微鏡を使用することで、最大7遺伝子の発現を同時に検出可能です(右写真)。


 キット内容


【キット内容物】
・カスタム合成されたHuluFISHプローブ(各プローブ長:17-21bp) ※1
・HuluHyb solution(2xSSC, 2M Urea, 10% dextran sulfate, 5xDenhardt's solution)
・HuluWash solution(2xSSC, 2M Urea)

※1プローブの種類について
「HuluFISHプローブ」と「HuluFISH plus プローブ」の2種類のプローブからご選択いただけます。
「HuluFISH plus プローブ」は、通常のサンプルよりバックグラウンドが高く、低いクオリティーのRNAが含まれると予想されるFFPEサンプルでも機能する様に蛍光シグナルがおよそ9倍に増強されています。

【合成依頼方法】
下記の合成依頼シートに必要事項をご記入の上、最寄りの代理店またはフィルジェン試薬部までお送りください。
smFISHプローブの合成依頼シート(Word)

品名 容量
HuluFISH kit 20反応/80反応
HuluFISH plus probe kit 20反応/80反応

【購入の際のご注意】
※1 1つのHuluFISHキットにつき、標的遺伝子1つのプローブを作成します。複数の標的遺伝子を検出する場合は、複数個のキットをご注文頂く形になります。
※2 検出する各蛍光に類似カラー(緑、赤、青)を設定することで、最大7遺伝子を同時にイメージングできます。プローブに結合する蛍光を検出可能な蛍光顕微鏡フィルターをお持ちであるか、下記表からご確認ください。
擬似カラー 蛍光色素 励起波長 蛍光波長
Atto488 500nm 520nm
Atto565 564nm 590nm
Atto647N 646nm 664nm


 使用手順

サンプルごとに推奨プロトコルがございます。
また、HuluFISHは、免疫蛍光染色(IF)と組み合わせて解析して頂くことが可能です。
免疫蛍光染色と組み合わせて使用する場合のプロトコル(外部リンク)

サンプルの種類 推奨プロトコル
組織(HuluFISHプローブ使用時)
組織(HuluFISHplusプローブ使用時)
細胞
ON-CHIP
ホールマウント

【使用時の推奨事項】
※1 HuluFISH は、主に共焦点顕微鏡でサンプルをイメージングすることを推奨しています。比較的薄いサンプル(<5μm)または、細胞培養サンプルを扱う場合は、落射蛍光顕微鏡を用いることが可能です。それ以外の場合は、高感度の共焦点顕微鏡またはスピニングディスク顕微鏡をお勧めします。
※2 smFISH RNA 蛍光ドットは非常に小さく、生体サンプルに密集している可能性があります。各HuluFISH 蛍光ドットは、65nm以下の直径のドットとして表示されます。従来の顕微鏡(落射蛍光および共焦点)では、良好な解像度を得るために、NA>1.3の60倍以上の倍率のオイル対物レンズの使用が推奨されます。様々な顕微鏡での検証結果と対物レンズ倍率・開口数試験結果を下記PDFよりご確認頂けます。
顕微鏡検証結果、対物レンズ倍率・開口数試験結果一覧 


 使用例

【マウス脳における7遺伝子検出】
Autonomous combinatorial color barcoding for multiplexing single molecule RNA visualization.
Yong-Sheng Cheng. et al. bioRxiv 127373; doi: https://doi.org/10.1101/127373


a) 7つの HuluFISH プローブの設計情報
b) E12.5 マウス胎児脳室帯(VZ)および脳室下帯(SVZ)における7遺伝子同時イメージングの結果(スケールバー5μm)
c) 7遺伝子のmRNA転写数のLog2変換に基づく、b)のすべての単一細胞の階層的クラスタリング
d) c)により推定されるマウス神経前駆細胞の分子サブグループの空間図(クラスターの配色はc)と同じ)

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 参考文献

1. Sunbul, M. et al. Super-resolution RNA imaging using a rhodamine-binding aptamer with fast exchange kinetics. Nat Biotechnol 39, 686–690 (2021). https://doi.org/10.1038/s41587-020-00794-3
2. R. Gianotti, et al. COVID‐19‐related dermatosis in November 2019: could this case be Italy’s patient zero?, British Journal of Dermatology, Volume 184, Issue 5, 1 May 2021, Pages 970–971, https://doi.org/10.1111/bjd.19804
3. Bury, L. et al. Alpha-satellite RNA transcripts are repressed by centromere-nucleolus associations. eLife 2020;9:e59770
4. Marchiò, C. et al. Evolving concepts in HER2 evaluation in breast cancer: Heterogeneity, HER2-low carcinomas and beyond. Seminars in Cancer Biology, 2020
5. Bright, fluorogenic and photostable avidity probes for RNA imaging Bastian Bühler, et al. bioRxiv 2021.11.02.466936; doi: https://doi.org/10.1101/2021.11.02.466936
お問い合わせ 試薬部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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