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DNAシークエンシング受託解析サービス

高品質な結果と迅速な納期で、最高水準のDNAシークエンシングサービス(DNAシーケンシングサービス)をお届けします。
中規模、大規模プロジェクトにも対応可能で、ゲノムプロジェクトをトータルにサポートします。


特長


品質の高い結果
シングルリードの正確さは99%以上です。

DNAシークエンス/DNAシーケンス受託解析

使用機器:
Applied Biosystems社製
DNA Sequencer ABI PRISM 3100(16キャピラリー)
迅速な解析時間
シングルリードの場合、3営業日以内にメールにてご報告します。
多彩なオプションサービス
テンプレート精製、プライマー合成、genomeDNA抽出なども別途対応致しますので、ご相談ください。


サービス内容


 ●Single-Read Sequencing
シングルチューブ(プライマーセパレート)、プレート(プライマーMIX)、プレート(プライマーセパレート)の3タイプのサービスをご用意しています。
PCR産物やプラスミドなどのサンプルの500~600baseを解析します。
プライマーは、お客様よりご送付頂いたプライマー、または以下のユニバーサルプライマーを使用します。その他のユニバーサルプライマーをご希望の方は、別途お問い合わせ下さい。
(ユニバーサルプライマー)
T7, T7 terminator, SP6, T3, M13-20, M13-47, M13-RV, BGH-RV, KS, SK, pTARGETseq, GL-2, RV-3, RV-4, pGEX-5, pGEX-3, pQE-TypeⅢ/Ⅳ, pQE-RV

 ●Investigation sequencing(Primer walking)
Primer Walking法によりDNAの片鎖(または両鎖)全長を解析します。
プライマー(Primer walking用)設計・合成、データアセンブルまでを行います。
プライマーは、お客様よりご送付頂いたプライマー、または以下のユニバーサルプライマーを使用します。その他のユニバーサルプライマーをご希望の方は、別途お問い合わせ下さい。
(ユニバーサルプライマー)
T7, T7 terminator, SP6, T3, M13-20, M13-47, M13-RV, BGH-RV, KS, SK, pTARGETseq, GL-2, RV-3, RV-4, pGEX-5, pGEX-3, pQE-TypeⅢ/Ⅳ, pQE-RV


価格


Single-Read Sequencing
チューブ対応
プライマーセパレート
プレート対応
プライマーMIX
プレート対応
プライマーセパレート
最大解析鎖長 150~600塩基 150~500塩基 150~500塩基
最小解析鎖長 150塩基 150塩基 150塩基
最小単位 1サンプル 1プレート
(48~94サンプル)(*2)
1プレート
(最大94サンプル)
価格(税別価格) 片鎖解析
 ¥3,000/解析
 Cat.#F-SEQ-SRS-T
両鎖解析
 ¥6,000/解析
 Cat.#F-SEQ-SRS-T2
¥48,000
 /プレート(48~94サンプル)
Cat.#F-SEQ-SRS-M
¥59,000
 /プレート(94サンプル)
Cat.#F-SEQ-SRS-S
納期 サンプル到着から3営業日(*1) サンプル到着から5営業日~ サンプル到着から5営業日~
*以下の「納期について」を参照
報告データ 波形データ(ab1形式)
配列テキストデータ
波形データ(ab1形式)
配列テキストデータ
波形データ(ab1形式)
配列テキストデータ
オプション

価格(税別価格)
サンプル精製(Exo-SAP)
 ¥1,100/サンプル
 Cat.#F-SEQ-PLF-T
- サンプル精製(Exo-SAP)
 ¥16,000/プレート
 Cat.#F-EXPD-96
データCDの送付 ¥2,000
 *1 木曜日の午後、あるいは、金曜日にサンプルが到着した場合は、納期が1営業日長くなります。
  *2 プレート対応で48サンプル未満の場合は、48well以上になる様にダミーサンプルを分注してください。


Investigation Sequencing(Primer Walking法)
最大解析鎖長 ~数十kb
最小解析鎖長 -
最小単位 1サンプル
価格(税別価格) <プライマー(Primer walking用)設計・合成、データアセンブル込>
片鎖解析 ¥10,000/500塩基
両鎖解析 ¥20,000/500塩基
Cat.#F-SEQ-PW
納期 サンプル到着から
片鎖解析:500塩基/4営業日~
両鎖解析:1000塩基/3営業日~
*以下の「納期について」を参照
報告データ 波形データ(ab1形式)
テキストデータ
アセンブルデータ
オプション

価格(税別価格)
サンプル精製(Exo-SAP) ¥1,100/サンプル
Cat.#F-SEQ-PLF-T
データCDの送付 ¥2,000

プレートタイプの場合、ウェルポジション「G12」「H12」は、弊社でコントロールとして使用しますので、測定には使用できません。
プレート対応プライマーMIXをご希望の場合、サンプルとプライマーを96穴プレートにプレミックスした状態でご送付ください。V底96穴マイクロタイタープレート、または、96穴PCRプレートに入れ、プレートシール等でシーリング(密閉)して送付してください。
解析鎖長は、サンプルの状態や配列により、多少前後します。
解析鎖長が、数十kbを越える場合は、次世代シークエンス法をお勧めします。別途お問い合わせ下さい。
Eメールによるデータは、機種によって判読できない場合がありますので、予めご了承ください。
その場合は、ご連絡を頂ければ、別途対応致します。
GCリッチやリピート配列などの解析困難な配列が予想される場合には、予めお知らせください。
シーケンス解析で使用したサンプルとプライマーの保管・返送は原則的に行いません。ご送付頂いたシーケンス用サンプルとプライマーは、解析終了後に破棄させて頂きますので、予めご了承ください。
装置及び反応系の都合上、解析サンプル種にも依りますが、30~50塩基程度が正確にシークエンスする事ができない可能性がありますので、プライマー設計位置にはご注意ください。
サンプルのご提出前に、サンプルは電気泳動でシングルバンドであり、規定濃度であることをご確認ください。また、複数バンドが確認されている場合には、切り出し精製をお客様の方で行って頂くか、またはそのまま解析を行う場合は、QCシートにそのご意向をご記入ください。


納期について

Eメールによるテキストデータ送信は、上記の納期となります。(再解析が必要な場合を除く)
ただし、下記の場合は対象外となります。
 ・50ラン以上のご発注の場合
 ・テンプレート精製やプライマー合成などのオプションサービスを含む場合
 ・解析不良などの理由により、再解析が必要となった場合
 ・サンプルや依頼書に不備があった場合
PCR産物の精製をご依頼頂いた場合は、納期は別途1営業日追加となります。
ただし、納期は、受託解析センターの混雑状況により変わりますので、ご希望の方は事前にお問い合わせください。


サンプルご送付及び弊社受入について

弊社営業日・営業時間は、土日祝日や年末年始などを除く、平日9時~17時までとなっております。
弊社営業日に到着する様にサンプルをご発送下さい。
また、その際、土日祝祭日をはさまない様にご発送願います。
木曜日の午後、あるいは、金曜日にサンプルが到着した場合は、納期が1営業日長くなりますが、ご容赦ください。
その際、必ず「DNAシークエンシング解析サービス QCシート」を同送してください。


(送付先)

フィルジェン株式会社 受託解析部 2グループ
〒459-8011 名古屋市緑区定納山1丁目1409番地
Tel 052-624-4388


必要サンプル量と調整方法、作業内容


必要サンプル量と調整方法 A.必要サンプル量

A-1.チューブタイプ
サンプルは、必ず電気泳動にて濃度をご確認ください。濃度が低い場合には、結果不良となる可能性があります。
RNase/DNase-free H2OまたはTEに溶解した状態でお送り下さい。
プライマー濃度、サンプル精製の有無、精製方法を必ず、QCシートにご記入願います。
必要サンプル量(1反応あたり)は、以下の表をご参照ください。
サンプル量が少ない場合は、再解析を行えない場合があります。
PCR産物 濃度:10~50ng/uL, 10uL以上
*1uLを電気泳動し、目的増幅産物がシングルバンドであることを事前に確認してください。
*PCRプライマーやdNTP除去のため、精製が必要です。
*増幅鎖長が150bpに満たないものは、解析できません。
プラスミド(Double Stranded) 濃度:100ng/uL, 10uL以上
*miniprep RNase 処理以上の精製度が必要です。
プライマー 濃度:20pmol/uL, 2uL以上

A-2.プレートタイプ
1反応あたりの必要サンプル量は、以下の表をご参照ください。
サンプルは、必ず電気泳動でシングルバンドであることを確認してください。また、
弊社では、濃度調整は行いませんので、予めご了承ください。PCR産物は、PCRプライマーやdNTP除去のため、必ず精製してから調整してください。
容量の調整には、RNase/DNase-free H2Oを使用してください。
48サンプル未満の場合は、48well以上になる様にダミーサンプルを分注してください。
【プライマーMIX】
テンプレートDNAとプライマー9.6pmolを混合し、計21ul/反応になる様に調整して、送付してください。96穴PCRプレートに入れ、プレート用シール等でシーリング(密閉)して、送付してください。
【プライマーセパレート】
テンプレートDNAは、15uL(PCR産物精製から行う場合には12uL)に調整、プライマーは1.6pmol/uLの濃度で1反応あたり5uL以上を別チューブにご用意ください。プライマーが2種類以上になる場合は、テンプレートのウェルポジションに対応したプライマープレートをご用意ください。ユニバーサルプライマー1種類の場合には、送付不要です。

PCR産物
150-200bp 3-9ng
200-500bp 9-30ng
500-1,000bp 15-60ng
1,000-2,000bp 30-120ng
>2,000bp 60-150ng
プラスミド(Double Stranded) 450-900ng
プライマー 9.6pmol

作業内容 サンプルの確認 : 電気泳動によるチェック
シークエンシング反応 : BigDye Terminator法
反応後の精製 : スピンカラム法
シークエンシング : DNA Sequencer ABI PRISM 3100xlジェネティックアナライザー
              データ解析及びご報告(メール添付ファイル)


QCシートのダウンロード


 ≫シングルチューブタイプの場合 QCシート
 ≫プレートタイプ(プライマーMIX)の場合 QCシート(EXCEL)
 ≫プレートタイプ(プライマーセパレート)の場合 QCシート(EXCEL)


波形データ閲覧用ソフトウェアについて


 弊社では、CLC bio社のバイオインフォマティクスソフトウェアを販売しております。

 ・統合配列解析ソフトウェア CLC Main Workbench
  デモ版ダウンロード: http://www.clcbio.com/products/clc-main-workbench/#download
  *サンガー法データのDNA配列解析、系統樹解析やBLAST解析、RNA・タンパク質の構造解析の他に、
   マイクロアレイデータの遺伝子発現解析を行うことができます。

 ・次世代シークエンスにも対応した統合配列解析ソフトウェア CLC Genomics Workbench
  デモ版:1ヶ月のデモ版ライセンスを発行することが可能です。 biosupport@filgen.jp までご依頼ください。
  *CLC Main Workbenchに、次世代シークエンス解析機能を搭載したソフトウェアです。


お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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