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次世代シークエンシング(NGS)サービス
Disease Panels 受託解析サービス
フィルジェンでは、次世代シークエンスサービス(次世代シーケンスサービス/NGS)/Disease Panels受託解析サービスをご提供しています。ワールドスタンダードとなった次世代シークエンスデータ解析用ソフトウェア”CLC Genomics Workbench(CLC bio社)”も販売いたしております。

ラインナップと価格


Disease Panels 受託解析サービスでは、癌、難聴、心筋症など特定の疾患遺伝子群パネルやミトコンドリアゲノムをターゲットにしたエンリッチメントキットを使用し、次世代シークエンスすることで、その領域における多型や変異を検出することができます。

パネル名 Genes&
Hot Spot SNPs
保証
Coverage
(平均)
目安データ量 最低
注文数
税別価格/
サンプル
Cat.#
Human Deafness Genes DA3 129 100× 0.5Gb 4サンプル以上 お問合せ F-Oto-DA3
Human Usher genes 10 100× <0.1Gb 4サンプル以上 お問合せ F-Oto-Ush
Human Comprehensive-Cancer Genes 578 50× 1.0Gb 6サンプル以上 お問合せ F-Oto-CCA-50
100× 2.0Gb 6サンプル以上 お問合せ F-Oto-CCA-100
Human Breast Cancer Genes 19 100× ~0.2Gb 4サンプル以上 お問合せ F-Oto-BrCa
Colorectal Cancer 11 100× ~0.1Gb 4サンプル以上 お問合せ F-Oto-CRC
Human CardioMyopathy Genes, Dilated and
Hypertrophic CardioMyopathy Genes(DCM & HCM)
56 100× ~0.2Gb 4サンプル以上 お問合せ F-Oto-HDCM2
Inherited Disease Panel  4500
+180SNP
50× ~2.0Gb 6サンプル以上 お問合せ F-Oto-ID1-50
100× ~4.0Gb 6サンプル以上 お問合せ F-Oto-ID1-100
Human Mitochondria(ultra deep) sequencing genome 2000× <0.1Gb 2サンプル以上 お問合せ F-Oto-hMt
Mouse Mitochondria(ultra deep) sequencing genome 2000× <0.1Gb 2サンプル以上 お問合せ F-Oto-mMt
オプションデータ解析サービス 最低
注文数
税別価格/
サンプル
Cat.#
変異データ解析サービス 1サンプル以上 お問合せ F-Oto-DPDA
変異データ解析(CNV解析を含む)サービス    1サンプル以上 お問合せ F-Oto-DPDAC
 *上記の目安データ量に記載されている記号の意味は、以下の通りです。
  <は未満、~はおよそ


データマイニングサービス(オプション)
サービス内容 数量 1解析当たりの税別価格 Cat.#
NGS Variantデータ解析サービス 1サンプル お問合せ F-NGS-OTO-SD-1
2-3サンプル お問合せ F-NGS-OTO-SD-(サンプル数)
4サンプル以上 お問合せ F-NGS-OTO-SD-(サンプル数)
NGS Variant比較データ作成サービス *1 1比較(2サンプル) お問合せ F-NGS-OTO-SD-DR
* NGS Variantデータ解析サービスでは、最新のデータベースの情報をリファレンスとして解析を行います。(Humanの場合のみ、GRCh37/hg19のデータを使用します。)
*1 2サンプルの変異データを比較して、共通に検出された変異、または、片方のサンプルのみで検出された変異リストを作成します。


サービスの仕様

使用機種 HiSeq2500 
ライブラリーの種類 PE100-125
作業内容 サンプルQCチェック, ターゲット領域の濃縮作業, ライブラリー作製, シークエンス作業
納品データ(標準) FastQ file(fastq.gz)
納期 約2ヶ月
* 本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受けできません。やむを得ない理由でキャンセルする場合は、それまでの工程に応じた料金をご請求させて頂きます。QC結果やライブラリー作製などの問題で、再度サンプルをお送りする場合は別途送料(海外)をご請求させて頂きます。


必要サンプル量
サンプル 【標準サービス(推奨)】
・ゲノムDNA: 5ug以上
・濃度 20-500ng/ulの範囲
・O.D.260/O.D.280: 1.8以上
・O.D.260/O.D.230: 1.9以上
・Buffer: TE buffer

【500ng以上5ug未満の場合】
Clinically Focused Panels解析(Mitochondria(ultra deep) sequencingは除く)は、500ng以上あれば、追加料金なしで解析可能です。この場合、ライブラリー品質やデータ量などが補償できない場合があります。

*Mitochondria (ultra deep) sequencingの場合は、
QIAamp DNA Blood Mini Kit(Cat.#51104)などを使用し、ミトコンドリアDNAを含む全ゲノムDNA(Whole DNA)の抽出を推奨しています。

illumina HiSeq 2000/2500


illumina MiSeq
1. 電気泳動写真を必ず添付してください。
2. 必ずRNase処理を行い、DNAが分解されていないことを確認してください。
3. DNase, RNaseフリーのスクリューキャップ式の1.5mLチューブをご使用ください。
4. ゲノムDNAは、凍結融解をできる限り避け、4℃でTE BufferまたはddH2Oにて保存してください。
長期保存の場合は、-20℃又は、-80℃で保存してください。
5. UVスペクトルベースの方法では、RNA, dsDNA, ssDNA, フリーの核酸なども同時に検出するため、ゲノムDNAの測定が不正確になる場合がありますので、蛍光ベースの定量法でも確認して頂くことを強く推奨します。
6. サンプル送付先及び注意事項につきましては、「受託解析サービスの流れ」をご参照ください。


NGS Variant 解析サービス(オプション) 解析例(使用ソフトウェア:CLC Genomics Workbench)

リファレンス配列にリード配列をマッピングし、SNPの存在する配列上の位置・変化した塩基の種類・変異領域をカバーするリード数、アミノ酸置換などをまとめたリストをエクセル形式で納品します。


【関連サービス】
クリニカルシークエンスデータ解析サービス
ヒトサンプルの遺伝子変異データに対して、各種データベースのアノテーションデータやサンプルの臨床情報を対応付けし、有意な変異の検出および遺伝医学者(MD)がサインしたクリニカルレポートの作成を行います。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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