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ArrayStar社 遺伝子発現制御機構解析
Non-coding RNA マイクロアレイ受託解析サービス
Arraystar社の各種アレイを用いた受託解析サービスをご提供いたします。ベストセラーであるLncRNAマイクロアレイをはじめ、CircRNAマイクロアレイ, T-UCRマイクロアレイ, piRNAマイクロアレイの受託サービスを提供しています。
*本サービスは、業務提携先であるArraystar社で実施します。

LncRNA Arrays / LncPath Pathway LncRNA Arrays / CircRNA Array / T-UCR Array / piRNA Array / 解析の流れと必要サンプル量


LncRNA Arrays 受託解析サービス


Long non-coding RNA(LncRNA)は、タンパク質をコードしない200塩基長のRNAであり、生物学的プロセスやヒトの疾患に関与しています。
Arraystar LncRNA Arraysは、LncRNAおよびタンパク質コードmRNAを体系的にプロファイリングする様デザインされています。このアレイは、包括的かつ厳密に収集された最高のLncRNAコンテンツ(Reliable LncRNA)を有し、十分にアノテーションされ、また、実験的に裏付けされたLncRNAのデータソースも利用されます(Gold Standard LncRNA)。パフォーマンスの高いワークフローにより、RNA-Seqよりも優れたLncRNAプロファイリングデータを提供します。専用のLncRNAデータ解析およびアノテーションは、複雑なLncRNA生物学の解明やタンパク質コード遺伝子との関連性を明らかにする際に、重要な役割を果たしています。

【特長】

●LncRNAおよびmRNAのプロファイリング
●Transcript-specificプローブの採用による正確な転写産物アイソフォームの検出
●RNA-Seqよりも優れたLncRNA発現のプロファイリング(詳細は、以下を参照)
●質の高いLncRNAデータベース(Reliable LncRNA, Gold Standard LncRNA)

(RNA-Seqよりも優れたLncRNA発現のプロファイリング)

マイクロアレイ技術は、これまで遺伝子発現の基本プラットフォームとして利用されてきました。近年において、次世代シークエンシング(Next Generation Sequencing: NGS)が遺伝子発現研究において頻用される様になっています。NGSでは、全トランスクリプトームにおける転写産物のシークエンスリードを定量することによって、遺伝子発現レベルを測定します(RNA-Seq)。しかしながら、LncRNA発現において、マイクロアレイ技術はRNA-Seqと比較して、重要かつ代替することのできない利点を有しています。

 ・LncRNAは、タンパク質コードRNAと比較して発現レベルが低い
 ・RNA-Seqでは、低含有転写産物の信頼性のある定量が困難
 ・リード深度の増強による低含量転写産物の正確性に対する効果は限定的
 ・マイクロアレイは、低含量LncRNAもプロファイリング
 ・マイクロアレイは、LncRNAを包括的に網羅
 ・マイクロアレイは、充分に確立され、かつ成熟した技術

詳細は、Arraystar社のウェブサイトをご覧下さい。
 Arraystar LncRNA Microarrays: Better than RNA-seq for LncRNA Expression Profiling

(質の高いLncRNAデータベース(Reliable LncRNA, Gold Standard LncRNA)

タンパク質コード遺伝子と異なり、公的に利用可能なLncRNAデータベースではアノテーションが不充分な場合があります。これに対し、Arrastarでは、高品質なトランスクリプトームおよび LncRNAデータベースであるGold Standard LncRNA および Reliable LncRNA を有しています。これらのデータベースは、47Tb以上のRNA-Seqデータや主要な公的データベース(Refseq, USCS known Genes, GENCODE, lncRNA catalogs, lncRNAdb, T-UCRs, RNAdb, NRED, および文献)に基づいています。Arraystar Human LncRNA Microarray V4.0は、こうしたデータベースに由来する40,173のLncRNAを内包しています(Gold Standard LncRNAsから、7,506、Reliable LncRNAsから32,667)。

詳細は、Arraystar社のウェブサイトをご覧下さい。
 Gold Standard LncRNAs and Reliable LncRNAs

【データベース情報】

(データソース)

・Human Database: Composition of the Arraystar Human LncRNA Expression Microarray V4.0
・Mouse Database: Composition of the Arraystar Mouse LncRNA Expression Microarray V3.0
・Rat Database: Composition of the Arraystar Rat LncRNA Expression Microarray V2.0

(仕様)

Human LncRNA Expression Microarray V4.0
Total Number of Distinct Probes 60,903
Probe Selection Region Specific exon or splice junction along the entire length of the transcript
Probe Specificity Transcript-specific
Labeling Method cRNAs are labeled along the entire length without 3' bias, even for degraded RNA at low amount.
Total LncRNAs 40,173
Gold Standard LncRNAs 7,506
Reliable LncRNAs 32,667
Transcribed Pseudogenes 699
Protein Coding mRNAs 20,730
LncRNA Sources Databases current in 2015:
Refseq, UCSC, GENCODE, LncRNAdb, RNAdb, NRED, lincRNA catalogs(Cabili et al 2011, Clark et al 2015, Iyer et al 2015), ENCODE CAGE Clusters, PolyA-seq, deep RNA-seq and capture seq data repositories. Arraystar LncRNA collection pipelines.

Literature:
Scientific publications up to 2015.
mRNA Sources Refseq, GENCODE in conjunction with Uniprot
Reference

Mouse LncRNA Expression Microarray V3.0
Total Number of Distinct Probes 60,804
Probe Length 60 nt
Probe Selection Region Specific exon or splice junction along the entire length of the transcript
Probe Specificity Transcript-specific
Labeling Method By using a smart labeling system, we generate antisense RNAs that are Cy3-labeled or Cy5-labeled along the entire length of the transcript without 3' bias, for both intact and degraded RNA samples in limited quantities.
Protein Coding Transcripts(mRNAs) 24,881
LncRNAs 35,923
Transcribed Pseudogenes 3,419
LncRNA with Open Reading Frames 1,428
LncRNA Sources LncRNA collections are based on:
Updated Database:
NCBI Refseq, UCSC Known Gene 6.0, Ensembl 38.71, Fantom3, RNAdb 2.0, and NRED;

Literature:
lincRNAs[1-4], T-UCRs[5], Evolutionary constrained LncRNAs[6]
Array Format 8×60K
Reference

Rat LncRNA Expression Microarray V3.0
Total Number of Distinct Probes 38,237
Probe Length 60 nt
Probe Selection Region Specific exon or splice junction along the entire length of the transcript
Probe Specificity Transcript-specific
Labeling Method By using a smart labeling system, we generate antisense RNAs that are Cy3-labeled or Cy5-labeled along the entire length of the transcript without 3' bias, for both intact and degraded RNA samples in limited quantities.
Protein Coding Transcripts(mRNAs) 24,626
LncRNAs 13,611
Transcribed Pseudogenes 2,140
LncRNA with Open Reading Frames 1,428
LncRNA Sources LncRNA collections are based on: Updated Database: NCBI Refseq[1], Ensembl 5.0.79[2], lncRNAdb[3]; Literature[4,8]: T-UCRs, Evolutionary constrained LncRNAs
Array Format 4×44K
Reference

【ワークフロー】

Arraystarの特別にデザインされたLncRNAマイクロアレイは、LncRNAサービスでのみご利用頂けます。本サービスでは、サンプル調整からデータ解析まで、LncRNAマイクロアレイのプロファイリングに関する全てのサービスを提供します。段階的な品質管理は、信頼できる結果の取得を確かなものとする様にデザインされています。お客様にはサンプルをご提供頂くだけです。サンプルの準備については、Sample Submission Guideline をご参照ください。

 ・RNA QC
 ・cDNA synthesis
 ・Target preparation by labeling with Cy3
 ・Array hybridization, washing, and scanning
 ・Data extraction, analysis and summarization


【バイオインフォマティクス】

LncRNAマイクロアレイ プラットフォームおよびLncRNAプロファイリングデータ解析・解釈に精通した、Arraystarのスタッフにより実施されます。


 表1. 発現変動し、LncRNAのスクリーニング。Group1 vs Group2 における発現変動LncRNA(Fold change>2, p-value<0.05)。
    「Regulation」列の「Up」はアップレギュレーションを、「Down」はダウンレギュレーションを表します。

【解析概要]

LncRNAs
 ・Rawデータの正規化および低シグナルデータのフィルタリング
 ・Gold Standard LncRNAおよびReliable LncRNAによるアノテーション
 ・発現変動LncRNAスクリーニング
 ・ヒートマップおよびクラスター分析

mRNAs
 ・Rawデータの正規化および低シグナルデータのフィルタリング
 ・発現変動mRNAのスクリーニング
 ・ヒートマップおよびクラスター分析
 ・パスウェイ解析
 ・Gene Ontology解析

LncRNA分類およびサブグループ解析、Gold Standard LncRNAとReliable LncRNAのアノテーション
 ・発現変動LncRNAおよびその隣接コード遺伝子
 ・発現変動antisense LncRNA およびその隣接コード遺伝子

【税別価格】


アレイ名 生物種 Format 内容 サンプル数 税別単価 Cat.#
Arraystar Human LncRNA Array V4.0 Human 8×60K 20,730 mRNA
40,173 LncRNAs
2-7サンプル ¥200,000 F-AS-LNCH-(サンプル数)
8サンプル以上 ¥180,000
Arraystar Mouse LncRNA Array V3.0 Mouse 8×60K 24,881 mRNA
35,923 LncRNAs
2-7サンプル ¥200,000 F-AS-LNCM-(サンプル数)
8サンプル以上 ¥180,000
Arraystar Rat LncRNA Array Rat 4×44K 24,626 mRNA
13,611 LncRNAs
2-7サンプル ¥163,000 F-AS-LNCR-(サンプル数)
8サンプル以上 ¥147,000

【Publications】 *2016年分を抜粋 2016/5/13現在
Long Non-coding RNA DILC Represses Self-renewal of Liver Cancer Stem Cells via Inhibiting Autocrine IL-6/STAT3 Axis. X Wang, et al. Journal of Hepatology, 2016
Circulating “lncRNA OTTHUMT00000387022” from Monocytes as a Novel Biomarker for Coronary Artery Disease. Yue Cai, et al. Cardiovascular Research, 2016
Identification of Differentially Expressed Long Non-coding RNAs in Polarized Macrophages. Z Huang, et al.Scientific Reports, 2016
Differentially expressed lncRNAs and mRNAs identified by microarray analysis in GBS patients vs healthy controls. Jing Xu, et al. Scientific Reports, 2016
Expression profiles of long-noncoding RNAs in cutaneous squamous cell carcinoma. Sand M, et al.Epigenomics, 2016
P-178 YI Expression of Long Non-Coding RNAs in Inflammatory Bowel Disease. C Pothoulakis, et al.Inflammatory Bowel Diseases, 2016
P-177 Altered SHIP1-Protein Degradation in a Subset of IBD Patients. S Fernandes, et al. Inflammatory Bowel Diseases, 2016
A novel long non-coding RNA CYP4B1-PS1-001 regulates proliferation and fibrosis in diabetic nephropathy. Min Wang, et al. Molecular and Cellular Endocrinology, 2016
Integrated long non-coding RNA analyses identify novel regulators of epithelial-mesenchymal transition in the mouse model of pulmonary fibrosis. Hao Sun, et al. Journal of Cellular and Molecular Medicine, 2016
Long-noncoding RNAs in basal cell carcinoma. Michael Sand, et al. Tumor Biology, 2016
Long non-coding RNAs expression profiles in hepatocytes of mice after hematopoietic stem cell transplantation. J Qiao,et al. IUBMB Life, 2016
Plasma long noncoding RNA expression profile of Crohn’s disease identified by microarray. Chen D, et al.World Journal of Gastroenterology, 2016
Unraveling the Expression Profiles of Long Noncoding RNAs in Rat Cardiac Hypertrophy and Functions of lncRNA BC088254 in Cardiac Hypertrophy Induced by Transverse Aortic Constriction. Li X, et al. Cardiology, 2016
Microarray Analysis of lncRNAs and mRNAs Co-Expression Network and lncRNA Function as ceRNA in Papillary Thyroid Carcinoma. Xie Jing, et al. Journal of Biomaterials and Tissue Engineering, 2016
LncRNA expression profiles reveal the co-expression network in human colorectal carcinoma J Liu, et al.Int J Clin Exp Pathol, 2016
LncRNA uc.48 siRNA improved diabetic sympathetic neuropathy in type 2 diabetic rats mediated by P2X7receptor in SCG. Bing Wu, et al. Autonomic Neuroscience, 2016
Long Noncoding RNA Expression Profiling Using Arraystar LncRNA Microarrays. Yanggu Shi, et al. Methods in Molecular Biology, 2016


LncPath(TM) Pathway LncRNA Arrays 受託解析サービス


ArrayStar LncPath
(TM) マイクロアレイは、LncRNAの機能に関する研究を促進するためにデザインされています。このアレイにより、LncRNAの潜在的な調節機構の解明や特定の生物学的パスウェイまたは疾患に対する知見を取得することができます。
ゲノム的・調節的関連性やmicroRNAとの競合性によって生物学的パスウェイや疾患におけるコード遺伝子を標的とするLncRNAは、パスウェイ上の標的遺伝子と共にプロファイリングされます。LncPath
(TM) ポートフォリオには、最も重要な疾患および主たる生物学的パスウェイを対象としたサービスが用意されています。

【特長】

●重要な疾患やパスウェイを対象とした多数のマイクロアレイを用意(詳細は、以下を参照)
●パスウェイ/疾患にフォーカスを当てた信頼できる包括的なLncRNAsを収録
●パスウェイ/疾患におけるLncRNAsおよびそれらの標的となるタンパク質コード遺伝子を一度に解析
●LncRNA-標的パスウェイ遺伝子間の発現制御および調節機構の探索および確立
●LncRNAおよびその潜在的な標的タンパク質コード遺伝子に関する詳細な情報(詳細は、以下を参照)

(重要な疾患やパスウェイを対象とした多数のマイクロアレイを用意)

 LncPath(TM) ポートフォリオでは、ヒトおよびマウスを対象とした以下のアレイを用意しています。
 ・血管新生パスウェイ研究: LncPath
(TM) Angiogenesis Pathway Microarray
 ・アポトーシスパスウェイ研究: LncPath(TM) Apoptosis Pathway Microarray
 ・がん研究: LncPath(TM) Cancer Microarray
 ・循環器疾患研究: LncPath(TM) Cardiovascular Disease Microarray
 ・上皮間葉転換パスウェイ研究: LncPath
(TM) EMT Pathway Microarray
 ・エピジェネティック パスウェイ研究: LncPath
(TM) Epigenetic Pathway Microarray
 ・Hedgehogパスウェイ研究: LncPath
(TM) Hedgehog Pathway Microarray
 ・Hippoパスウェイ研究: LncPath(TM) Hippo Pathway Microarray
 ・代謝経路研究: LncPath(TM) Metabolism Pathway Microarray
 ・ネクローシス パスウェイ: LncPath(TM) Necroptosis Pathway Microarray
 ・神経変性疾患研究: LncPath(TM) Neurodegenerative Disease Microarray
 ・Wntパスウェイ研究: LncPath(TM) Wnt Pathway Microarray

(LncRNAおよびその潜在的な標的タンパク質コード遺伝子に関する詳細な情報)

LncPath(TM) Pathway LncRNA Microarrayサービスでは、例として、以下の様な情報が提供されます。

 
 図1. LncRNA ENST00000412972およびその潜在的標的遺伝子であるBCL2L1のGenomic map view。
 上から順に、以下の情報が示されています。
Genome view: LncRNA ENST00000412972およびその潜在的標的遺伝子BCL2L1の位置を示す染色体イディオグラム
Lnc map view: BCL2L1遺伝子またはその近傍に座位するLncRNA遺伝子は、Noncodingパネル(緑色)に表示されます。LncRNAは、transcript ID, エクソン(ブロックで表示), イントロン(線で表示), その方向(矢印で表示)によって表されます。LncRNA ENST00000412972のエクソンは、赤色でラベル化され、他のLncRNAは青色でラベルされます。
Coding gene map view: コード遺伝子であるBCL2L1は、Codingパネル(青色)に表示されます。コード遺伝子は、標準的な transcript ID, エクソン(ブロックで表示), イントロン(線で表示), その方向(矢印で表示)によって表されます。


 図2. LncRNA ENST00000412972およびその潜在的な標的コード遺伝子であるBCL2L1の関連性。
 BCL2L1発現を制御する可能性のある他の隣接LncRNAも表示されています。


 図3. LncRNA ENST00000566270は、タンパク質コード遺伝子BCL2L1の
    ceRNA(competing endogenous RNA)として機能する可能性があります。
 *MuTaMe Score, Mutually Targeted MRE Enrichment Score[1].


・References
 1. Tay, Y., et al. (2011) Cell 147(2): 344-57.

【データベース情報】

各データベースをクリックすることで、それぞれのアレイに収録されているLncRNAおよび遺伝子のリストを閲覧できます。

LncPath(TM) Angiogenesis Pathway Array Human Database Mouse Database
LncPath(TM) Apoptosis Pathway Array Human Database Mouse Database
LncPath(TM) Cancer Array Human Database Mouse Database
LncPath(TM) Cardiovascular Disease Array Human Database Mouse Database
LncPath(TM) Epithelial to Mesenchymal Transition(EMT) Pathway Array Human Database Mouse Database
LncPath(TM) Epigenetic Pathway Array Human Database Mouse Database
LncPath(TM) Hedgehog Pathway Array Human Database Mouse Database
LncPath(TM) Hippo Pathway Array Human Database Mouse Database
LncPath(TM) Metabolism Pathway Array Human Database Mouse Database
LncPath(TM) Necroptosis Pathway Array Human Database Mouse Database
LncPath(TM) Neurodegenerative Disease Array Human Database Mouse Database
LncPath(TM) WNT Pathway Array Human Database Mouse Database

【バイオインフォマティクス】

データ解析は、LncRNAマイクロアレイ プラットフォーム、パスウェイおよび疾患に精通したArrayStarのスタッフにより実施されます。プロファイリングデータの解析および解釈に最新の技術を採用することで、パスウェイや疾患におけるゲノム情報やnon-coding/cogin関連性、機能分類の詳細なアノテーションとグラフを提供します。


 図1. LncRNAおよびそのパスウェイ遺伝子とのゲノム上の関連性


 図2. ceRNAとしてのLncRNAの標的パスウェイ遺伝子


 図3. 発現変動LncRNAおよび対応するタンパク質コード遺伝子の関連性

【税別価格】

アレイ名
(メーカーサイトへのリンク)
生物種 Format Description サンプル数 税別単価 Cat.#
血管新生パスウェイ研究用マイクロアレイ
LncPath(TM) Human Angiogenesis
Pathway Micorarrays
Human 8×15 828 lncRNAs and
251 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-AGH
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
LncPath(TM) Mouse Angiogenesis
Pathway Micorarrays
Mouse 8×15 339 lncRNAs and
448 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-AGM
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
アポトーシス パスウェイ研究用マイクロアレイ
LncPath(TM) Human Apoptosis
Pathway Micorarrays
Human 8×15 1,451 lncRNAs and
514 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-ATH
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
LncPath(TM) Mouse Apoptosis
Pathway Micorarrays
Mouse 8×15 817 lncRNAs and
856 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-ATM
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
がん研究用マイクロアレイ
LncPath(TM) Human Cancer
Micorarrays
Human 8×15 2,829 lncRNAs and
1,906 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-CH
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
LncPath(TM) Mouse Cancer
Micorarrays
Mouse 8×15 3,104 lncRNAs and
3,206 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-CM
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
循環器疾患研究用マイクロアレイ
LncPath(TM) Human
Cardiovascular Disease
Pathway Micorarrays
Human 8×15 2,704 lncRNAs and
1,277 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-CDH
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
LncPath(TM) Mouse
Cardiovascular Disease
Pathway Micorarrays
Mouse 8×15 1,783 lncRNAs and
2,159 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-CDM
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
上皮間葉転換(Epithelial-Mesenchymal Transition:EMT)パスウェイ研究用マイクロアレイ
LncPath(TM) Human EMT
Pathway Micorarrays
Human 8×15 773 lncRNAs and
219 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-EH
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
LncPath(TM) Mouse EMT
Pathway Micorarrays
Mouse 8×15 386 lncRNAs and
357 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-EM
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
エピジェネティック パスウェイ研究用マイクロアレイ
LncPath(TM) Human Epigenetic
Pathway Micorarrays
Human 8×15 1,321 lncRNAs and
477 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-EPH
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
LncPath(TM) Mouse Epigenetic
Pathway Micorarrays
Mouse 8×15 884 lncRNAs and
835 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-EPM
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
Hedgehog パスウェイ研究用マイクロアレイ
LncPath(TM) Human Hedgehog
Pathway Micorarrays
Human 8×15 512 lncRNAs and
372 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-HHH
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
LncPath(TM) Mouse Hedgehog
Pathway Micorarrays
Mouse 8×15 802 lncRNAs and
226 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-HHM
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
Hippo パスウェイ研究用マイクロアレイ
LncPath(TM) Human Hippo
Pathway Micorarrays
Human 8×15 662 lncRNAs and
157 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-HPH
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
LncPath(TM) Mouse Hippo
Pathway Micorarrays
Mouse 8×15 379 lncRNAs and
267 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-HPM
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
代謝経路研究用マイクロアレイ
LncPath(TM) Human Metabolism
Pathway Micorarrays
Human 8×15 965 lncRNAs and
458 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-MH
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
LncPath(TM) Mouse Metabolism
Pathway Micorarrays
Mouse 8×15 501 lncRNAs and
766 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-MM
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
ネクローシス パスウェイ研究用マイクロアレイ
LncPath(TM) Human Necroptosis
Pathway Micorarrays
Human 8×15 428 lncRNAs and
106 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-NH
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
LncPath(TM) Mouse Necroptosis
Pathway Micorarrays
Mouse 8×15 122 lncRNAs and
180 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-NM
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
神経変性疾患研究用マイクロアレイ
LncPath(TM) Human
Neurodegenerative Disease
Pathway Micorarrays
Human 8×15 1,168 lncRNAs and
510 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-NDH
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
LncPath(TM) Mouse
Neurodegenerative Disease
Pathway Micorarrays
Mouse 8×15 749 lncRNAs and
888 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-NDM
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
Wnt パスウェイ研究用マイクロアレイ
LncPath(TM) Human Wnt
Pathway Micorarrays
Human 8×15 1317 lncRNAs and
476 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-WH
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000
LncPath(TM) Mouse Wnt
Pathway Micorarrays
Mouse 8×15 1033 lncRNAs and
808 their potential coding targets
2-7 ¥123,000 F-AS-LP-WM
-(サンプル数)
8以上 ¥111,000

【Publications】
・Aberrantly expressed long noncoding RNAs are involved in sevoflurane-induced developing hippocampal neuronal apoptosis: a microarray related study. X Chen et al. Metabolic Brain Disease, 2016


CircRNA Arrays 受託解析サービス


Arraystar Circular RNA Microarray は、調節的機能を有すると考えられている新規 long non-coding RNA - circular RNA の発現を体系的にプロファイルします。Linear RNAに対する相補性、ヌクレアーゼに対する安定性、miRNAによる分解への抵抗性、そして多数のmiRNA結合部位により、いくつかのcircRNAは遺伝子発現において極めて効果的な天然のmiRNAスポンジとして認識されており、また、豊富に発現していることが見出されてきています。その細胞特異的発現および長い半減期は、新規バイオマーカーとしての優れた利点を示しています。Arraystar CircRNA Arrayは、この新らたに注目されている分野のnon-coding RNAを最も効果的にプロファイルおよび解析、探索するためのサービスです。

【特長】

高感度かつ特異的にcircular RNAをプロファイリングする実用的なプラットフォーム
CircRNA発現を確実にプロファイリング: Circular junction-specificプローブの採用、linear RNAの除去
CircRNAに関する詳細なアノテーション: miRNA結合部位やmiRSVRスコア、保存状態など
RNA-Seqよりも優れたプロファイリング
保証されたパフォーマンス: 広いダイナミックレンジ、高い再現性

(確実なcircRNA発現のプロファイリング)

Circular junction-specific プローブの採用により、相対するlinear RNAの存在下でも、個々のcircRNAを確実かつ正確に同定します(図1)。また、RNase R処理によりlinear RNAを分解することでcircular RNAを回収します。
図1. Arraystar circRNA Microarray V2.0は、相対するlinear RNA存在下でも各circRNAを正確かつ確実に検出できる様、circular junction specific probeを使用しています。

下部に示されているlinear RNAは、上部の環状バリアントを産生するために選択的プロセッシングがなされます。プローブは、エクソンAの5'末端とエクソンBの3'末端が結合するcircRNA特異的ジャンクション部位を標的とする様に設計されています。

(CircRNAに関する詳細なアノテーション)

Circular RNA上にあるmiRNAの潜在的な標的部位に関するアノテーションは、circRNAの有するmiRNAスポンジ機能の解明に貢献します(図2)。


 図2. Circular RNAとmiRNA間の関連性は、詳細にアノテーションされます。

(RNA-Seqよりも優れたプロファイリング)

Circular RNAの以下の特徴から、現在のRNA-Seqよりも好ましい選択肢であると考えられています。

 ・Circular RNAは、linear RNAと比して発現レベルが低い
 ・RNA-Seqにおけるcircular junctionのリードは少量
 ・RNA-Seqによる再現性ある発現変動解析には、数百リードが必要

ArraystarのcircRNAマイクロアレイでは、circular junction-specific probeとRNase処理によるlinear RNAの除去により、細胞当たりの1転写産物レベルの感度で、circular RNAを特異的に回収します(図4)。これらは現在、実用的かつ成熟したcircular RNAプロファイリングの技術となっています。

図3.RNA-Seqによる定量の信頼性 vs リード深度
典型的なRNA-SeqのmRNAに対する深度は<300万リードですが(青丸)、この場合のcircular junctionリードは<50万です(赤丸)。確実に定量されるcircular junctionは5%以下です。


*Adopted from Labaj et al, (2011) Bioinformatics[PMID 21685096].

図4.circular junction specific probeとRNase R 前処理による、circular RNA の回収
詳細は、Arrastar社のウェブサイトをご覧下さい。
 Why use microarray over RNA-seq for circular RNA expression profiling?

【データベース情報】

Human
Circular RNA Sources 13,617
Probe Length 60nt
Probe Selection Region Probes targeting circRNA-specific junctions
Probe Specificity Transcript-specific
Labeling Method Random primer coupled with RNase R sample pretreatment to ensure specific and efficient labeling of circular RNA.
Circular RNA Sources Salzman's circRNAs[4]: 8,529
Memczak's circRNAs[3]: 1,601
Zhang's circRNAs[6]: 93
Zhang's circRNAs[5]: 4,980
Jeck's circRNAs[2]: 3,769
Guo's circRNAs[1]: 5,536
Array Format 8x15K

Mouse
Circular RNA Sources 14,236
Probe Length 60nt
Probe Selection Region Probes targeting circRNA-specific junctions
Probe Specificity Transcript-specific
Labeling Method Random primer coupled with RNase R sample pretreatment to ensure specific and efficient labeling of circular RNA.
Circular RNA Sources Memczak's circRNAs: 1,750
Guo's circRNAs[1]: 570
You's circRNAs[7]: 13,300
Array Format 8x15K

【References】

1. Guo, J. U., V. Agarwal, et al. (2014). "Expand identification and characterization of mammalian circular RNAs." Genome Biol 15(7): 409.
2. Jeck, W. R., J. A. Sorrentino, et al. (2013). "Circular RNAs are abundant, conserved, and associated with ALU repeats." RNA 19(2): 141-157.
3. Memczak, S., M. Jens, et al. (2013). "Circular RNAs are a large class of animal RNAs with regulatory potency." Nature 495(7441): 333-338.
4. Salzman, J., R. E. Chen, et al. (2013). "Cell-type specific features of circular RNA expression." PloS Genet 9(9): e1003777.
5. Zhang, X.O., H. B. Wang, et al. (2014). "Complementary sequence-mediated exon circularization." Cell 159(1): 134-147.
6. Zhang, Y., X. O. Zhang, et al. (2013). "Circular intronic long noncoding RNAs." Mol Cell 51(6): 792-806.
7. You X., I. Vlatkovic, et al. (2015). "Neural circular RNAs are derived from synaptic genes and regulated by development and plasticity." Nat Neurosci 18(4): 603-610.

【ワークフロー】

Arraystarは、サンプル調整からデータ解析まで、circular RNA Microarrayプロファイリングのフルサービスを提供します。段階的な品質管理は、信頼できる結果の取得を確かなものとする様にデザインされています。お客様にはサンプルをご提供いただくだけです。サンプルのご準備については、Sample Submission Guideline をご参照ください。

 ・RNA QC
 ・Determine the purity and concentration of total RNA
 ・Assess the integrity of total RNA
 ・RNase R treatment
 ・cDNA synthesis
 ・Labeling
 ・Array hybridization, washing, and scanning
 ・Data extraction, analysis and summarization
 ・Streamlined and optimized labeling pipeline

【バイオインフォマティクス解析】

Arraystarのcircular RNA解析には、以下の特徴があります。

●CircRNA-miRNA関連性の詳細なアノテーション

CircRNAには、miRNAの潜在的な標的部位情報がアノテーションされるため、そのmiRNAスポンジとしての機能の解明に有益です。


 図1. Circular RNAおよびそれと関連するmiRNAの詳細なアノテーション

●発現変動circRNA

発現変動circRNAは、変化の規模および統計的有意差(p-value)によって選択されます(これは、ボルケノプトットで可視化できます)。発現様式は、階層型クラスター分析ヒートマップによって表示されます。


 図2. 発現変動circRNAにおける、複数のmicroRNAとの結合性およびMRE(microRNA Response Element)の詳細

【税別価格】

アレイ名
(メーカーサイトへのリンク)
生物種 Format 内容 サンプル数 税別単価 Cat.#
Human Circular RNA Microarray
受託解析サービス
Human 8×15 Detected 13,617
circular RNAs
2-7 ¥135,000 F-AS-CIRH-(サンプル数)
8以上 ¥122,000
Mouse Circular RNA Microarray
受託解析サービス
Mouse 8×15 Detected 14,236
circular RNAs
2-7 ¥135,000 F-AS-CIRM-(サンプル数)
8以上 ¥122,000

【Publications】
Comprehensive Circular RNA Profiling Reveals That hsa_circ_0005075, a New Circular RNA Biomarker, Is Involved in Hepatocellular Crcinoma Development. Shang, Xingchen et al. Medicine, 2016
Changing expression profiles of lncRNAs, mRNAs, circRNAs and miRNAs during osteoclastogenesis. Dou C, et al. Scientific Reports, 2016
Circular RNA Related to the Chondrocyte ECM Regulates MMP13 Expression by Functioning as a MiR-136 'Sponge' in Human Cartilage Degradation. Liu Q, et al. Scientific Reports, 2016
Comprehensive analysis of differentially expressed profiles of lncRNAs and circRNAs with associated co-expression and ceRNA networks in bladder carcinoma. Mengge Huang, et al. Oncotarget, 2016
Circular RNA expression in basal cell carcinoma. Sand M et al. Epigenomics, 2016
Circular RNA expression in cutaneous squamous cell carcinoma. Sand M et al. Journal of Dermatological science, 2016
Circular RNA in blood corpuscles combined with plasma protein factor for early prediction of pre-eclampsia. Zhang YG, et al. BJOG, 2016
Profiling and bioinformatics analyses reveal differential circular RNA expression in radioresistant esophageal cancer cells. Su H, et al. Journal of Translational Medicine, 2016
Circular RNA expression alterations are involved in OGD/R-induced neuron injury. Lin SP, et al. Biochemical and Biophysical Research Communications, 2016
Comprehensive circular RNA profiling reveals that circular RNA100783 is involved in chronic CD28-associated CD8(+)T cell ageing. Wang YH, et al. Immunity & Ageing, 2015
Noncoding RNAs in human intervertebral disc degeneration: An integrated microarray study. Liu X, et al.Genomics Data, 2015
Microarray expression profile of circular RNAs in human pancreatic ductal adenocarcinoma. Qu S, et al.Genomics Data, 2015
*2016年11月現在


T-UCR Array 受託解析サービス


超保存領域(Ultraconserved regions:UCR)は、遠縁種のゲノム間で良く保存され、かつ特異的な200bp以上の配列から構成されています。これらの多くは、生物学的に不可欠と考えられている特定のlong non-coding RNA(T-UCR)を転写します[1-4]。ヒトのTranscribed Ultraconserved Region(T-UCR)は、ヒトゲノムの481のUCRから転写されるlong non-coding RNA(LncRNA)です。近年のゲノムワイド発現プロファイリング研究は、いくつかのT-UCRが白血病および固形腫瘍(神経芽細胞種)において異常に発現していることを示しています[1-3, 5]。これらの結果から、T-UCRの発現様式による特定のがんの診断および予後の予測が期待されています[1-7]。しかしながら、T-UCR研究にはいくつかの課題があります。

(T-UCR研究の課題)
 ・新規T-UCRを体系的に発見するプラットフォームの不在
 ・潜在的T-UCRに特異的なプローブの設計が困難(検出の不正確性)
 ・T-UCRおよびその近傍タンパク質コード遺伝子との機能的関連性を解明する有用なツールの不在
 ・既存データベースのUCR情報が古い

Arraystar Human T-UCR Microarray は、UCRsおよびその周辺領域の配列、lncRNAおよびmRNA転写産物またはUCRsと重複する転写産物ユニット、UCR近傍遺伝子を網羅し、T-UCR発現およびその境界、転写産物、潜在的な標的遺伝子に関する情報を最大限引き出す様に設計されています。

(References)
1. Braconi C. et al. (2011) "Expression and functional role of a transcribed noncoding RNA with an ultraconserved element in hepatocellular carcinoma." PNAS 108(2):786-91[PMID: 21187392]
2. Calin G.A. et al. (2007) "Ultraconserved regions encoding ncRNAs are altered in human leukemias and carcinomas." Cancer Cell 12(3):215-29[PMID: 17785203]
3. Esteller M. (2011) "Non-coding RNAs in human disease." Nat. Rev. Genet. 12(12):861-74[PMID:22094949]
4. Lujambio A. et al. (2010) "CpG island hypermethylation-associated silencing of non-coding RNAs transcribed from ultraconserved regions in human cancer." Oncogene 29(48):6390-401[PMID:20802525]
5. Mestdaph P. et al. (2010) "An integrative genomics screen uncovers ncRNA T-UCR functions in neuroblastoma tumours." Oncogene 29(24):3583-92[PMID:20383195]
6, Scaruffi P. et al. (2014) "Transcribed-Ultra Conserved Region expression is associated with outcome in high-risk neuroblastoma." BMC Cancer 9:441[PMID: 20003513]
7. Fassan M. et al. (2014) "Transcribed ultraconserved noncoding RNAs(T-UCR) are involved in Barrett's esophagus carcinogenesis." Oncotarget 5(16):7162-71[PMID:25216530]

【特長】

 ・ヒトT-UCRおよびその周辺領域、UCRと重複するlncRNA/mRNAの発現を網羅的にプロファイリング
 ・T-UCRの正確な検出および新規T-UCRの発見
 ・診断や予後の予測に重要となるバイオマーカー候補の同定の支援

【マイクロアレイ情報】

(プローブ情報)
Total number of probes 60,887
Probe length 60mer
Labeling method Random priming. Generates Cy3- or Cy5-labeled antisense RNAs along the entire length of the transcript without 3' bias.

(プローブ内容)
Probe targets Probe number Description
UCRs and their extended regions 51,321 481 UCRs with additional 1kb of sequence flanking each end. Strand-specific probes tiled at 40bp resolution.
Potential T-UCRs(long non-coding RNAs, collected from authoritative databases, which overlap UCRs in sense or antisense direction) 475 153 potential T-UCRs collected from reliable databases(Refseq, UCSC knowgene, Ensembl, etc.) Probes target specific exons or splice junctions, to accurately and reliably identify T-UCR transcripts.
RNA transcripts(LncRNAs and mRNAs) whose transcription units(Tus) overlap UCRs 6,438 1,809 protein-coding genes located within 500kb of UCRs
UCR-proximal genes 1,853 1,809 protein-coding genes located within 500kb of UCRs
Housekeeping genes 200 20 housekeeping genes(such as ACTB, GAPDH, UBC, and RRPS18) serving as internal positive controls.
Non-human sequences 600 60 DNA segments, the sequences of which are not found in the human genome, serving as internal negative controls.

【ワークフロー】

ArraystarのHuman T-UCR Microarrayは、同社のT-UCR Microarray 受託解析サービスのみでご利用頂けます。本サービスでは、サンプル調整からデータ解析まで、LncRNAマイクロアレイのプロファイリングに関するフルサービスを提供します。段階的な品質管理は、信頼できる結果の取得を確かなものにする様にデザインされています。お客様にはサンプルをご提供いただくだけです。
サンプルのご準備については、同社の Sample Submission Guide をご参照ください。

 ・RNA QC
 ・cDNA synthesis
 ・Target preparation by labeling with Cy3
 ・Array hybridization, washing, and scanning
 ・Data extraction, analysis and summarization

【バイオインフォマティクス】

Arraystarの熟練スタッフは、マイクロアレイプラットフォームに精通し、T-UCRの高度な知識を有しています。データの解析および解釈には、最新の技術を採用しています。このアレイは、UCRおよびT-UCRの配列に加え、それらの周辺領域および関連遺伝子もプロファイルして解析します。潜在的にT-UCRの制御下にある発現変動タンパク質コード遺伝子は、生物学的機能を推定するために、Gene Ontology解析およびパスウェイ解析の対象となります。

(T-UCR発現解析)
発現値および発現変動は、スキャッタープロットやヴォルケノプロット、階層型クラスタリング ヒートマップ、変動強度、統計検定によって解析されます。標準的な解析は、以下のアノテーションされたアレイの特色も含んでいます。

(UCRおよびその周辺領域における新規転写領域)
殆どのT-UCRは、その転写産物ユニットのために、まだ十分に特徴づけられていません。481のUCRおよびその両端から1kbがストランド特異的プローブ(解像度40bp)によってタイリングされているため、それらの転写物を発見および定義します。

(UCRと転写が重複するLncRNAおよびmRNA転写産物)
本アレイは、センス鎖またはアンチセンス鎖の方向でUCRと転写ユニット(Transcription Unit: TU)が重複する数千のlncRNAおよびmRNAを解析します。これらは、選択的スプライシングやmRNAプロセッシング等によるT-UCRの転写後調節がされたり、がん・正常間で発現が変動したりする可能性があります。

(UCR近傍遺伝子)
T-UCR発現を伴う遺伝子間UCRは、cisに遠方の遺伝子転写を制御する組織特異的エンハンサーとして機能する可能性があります。UCRの500kb内に座位する数千の近傍遺伝子は、そうした機能的関連性を明らかにするためにプロファイルされ、かつアノテーションされています。

【税別価格】

アレイ名 生物種 フォーマット 内容 サンプル数 税別単価 Cat.#
Arraystar Human T-UCR Microarray
受託解析サービス
Human 8x60K マイクロアレイ
情報を参照
2-7サンプル ¥200,000 F-AS-TUCR-(サンプル数)
8サンプル以上 ¥180,000


piRNA Arrays 受託解析サービス


Piwi-interacting RNA(piRNA)は、約23-36塩基長の1本鎖small non-coding RNAです。piRNAは、アルゴノートタンパク質のPiwi(P-element Induced Wimpy Testis)サブファミリーと相互作用します。piRNAは非常に多彩であり、近縁種間であっても配列保存度が低いものとなっています。数百存在するmicroRNAとは対照的に、数万ものpiRNA配列がヒトやマウス、ラットにおいて知られています。piRNAは、長さおよび発現様式、ゲノム構成において、microRNAと非常に異なっています。piRNAの機能としては、生殖細胞におけるトランスポゾンのサイレンシングによるゲノム安定性の維持などが知られていますが、他にも機能を有する可能性があります。Arraystar piRNA microarrayは、ヒトおよびマウス、ラットに対応し、ロング オリゴヌクレオチド プローブの採用およびデュプレックスデザインにより、数万のpiRNAを高い特異性および感度でプロファイルし、piRNAの生物学や分子機能、生殖細胞やがん、その他の細胞型におけるバイオマーカー的機能に関する研究を支援します。

【特長】
piRNAを包括的にプロファイリング
ロング オリゴヌクレオチド プローブの採用による高い特性を実現

【マイクロアレイ情報】
Microarray Arraystar Human
piRNA Array
Arraystar Mouse
piRNA Array
Arraystar Rat
piRNA Array
Species human mouse rat
Reference genome hg19 mm9 rn4
Number of piRNAs 23,677 43,537 39,727
Probe length 60nt 60nt 60nt
Labeling method Ligation of Cy3 label with dephosphorylated RNA by T4 RNA ligase
Array format 4x44K 4x44K 4x44K

【ワークフロー】

ArraystarのpiRNA Arrayは、同社のpiRNA Array受託解析サービスでのみご利用頂けます。本サービスでは、サンプル調整からデータ解析までのフルサービスを提供します。段階的な品質管理は、信頼できる結果の取得を確かなものとする様にデザインされています。お客様にはサンプルをご提供頂くだけです。サンプルの用意については、同社のSample Submission Guideをご参照ください。

 ・RNA QC
 ・Target reparation by labeling with Cy3
 ・Array hybridization, washing, and scanning
 ・Data extraction, analysis and summarization

【バイオインフォマティクス】


データ解析は、piRNAマイクロアレイに習熟しているArraystarのスタッフによって実施されます。piRNAマイクロアレイのデータから、遺伝子発現値およびアノテーションがまとめられます。発現変動piRNAは、変動および統計的有意差によって同定されます。

 図1. piRNAマイクロアレイのデータ解析およびグラフ化は、標準の解析パッケージに含まれています。

【税別価格】

アレイ名 生物種 フォーマット 内容 サンプル数 税別単価 Cat.#
Arraystar Human piRNA Array
受託解析サービス
Human 4×44K 23,677 piRNAs 2-7 ¥163,000 F-AS-PIH-(サンプル数)
8以上 ¥147,000
Arraystar Mouse piRNA Array
受託解析サービス
Mouse 4×44K 43,537 piRNAs 2-7 ¥163,000 F-AS-PIM-(サンプル数)
8以上 ¥147,000
Arraystar Rat piRNA Array
受託解析サービス
Rat 4×44K 39,727 piRNAs 2-7 ¥163,000 F-AS-PIR-(サンプル数)
8以上 ¥147,000

【Publications】
RASSF1C modulation of Piwi-interacting RNAs(piRNAs) in lung cancer. YG Amaar, et al. Cancer Research, 2016
Piwi-interacting RNAs as novel prognostic markers in clear cell renal cell carcinomas. J Busch, et al. J Exp Clin Cancer Res., 2015
Altered Expression of PIWI RNA in the Rat Brain After Transient Focal Ischemia. Ashutosh Dharap, Venkata Prasuja Nakka and Raghu Vemuganti. STROKEAHA, 2010. 


解析の流れと必要サンプル量


 ⇒解析の流れと必要サンプル量をご参照ください。


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