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SNPジェノタイピングアレイ受託解析
illumina Human Omni BeadChip 受託解析サービス

illumina社のSNPアレイ「Human Omni2.5-8」及び「Human Omni5-Quad」を用いた受託解析サービスです。イルミナ社の画期的なInfiniumアッセイと実績のあるiScanを使用した高スループットかつゲノムワイドなSNPタイピングにより、CNV/LOH解析、連鎖解析などを行うことが可能です。
*本サービスは、業務提携先であるAKESOgen社で実施します。


Omni BeadChipの特徴


Omni BeadChipは、優れた検出力を誇り、形質および疾患に関連した多型の解析とヒトゲノムにおける比類ないカバレッジを提供します。革新的なアレイデザインをもたらすこれらのマイクロアレイは、サンプルあたり最大500万のマーカーを同時に解析する能力を有しており、高いスループットを可能にするフォーマットを採用しています。ジェノタイピング解析、あるいは、染色体の構造解析においても、Omni BeadChipは、最も有益なマーカーを搭載し、様々な遺伝研究において、力強いソリューションです。


【Human Omni5-Quad BeadChipの特徴】

Human Omni5-Quad(Omni5) BeadChipは、もっとも包括的なゲノムカバレッジをもち、国際HapMapからのtagSNPと、1%までのアリル頻度をターゲットとした1000人ゲノムプロジェクトからのマーカーを搭載しています。4サンプル同時解析が可能であり、全ゲノムジェノタイピング及びコピー数多型解析に最適です。


illumina社製品資料(PDF)


【Human Omni2.5-8 BeadChipの特徴】

Human Omni2.5-8(Omni2.5) BeadChipは、1000人ゲノムプロジェクトからの高頻度及び低頻度(MAF2.5%以上)のSNPを組み合わせ、多様な人種集団をカバーする包括的な製品です。8サンプル同時解析が可能であり、1000人ゲノムプロジェクトのパイロットデータから得られた最適化されたtagSNPを活用しています。

illumina社製品資料(PDF)


Human Omni5-Quad
BeadChip

Human Omni2.5-8
BeadChip
BeadChip アレイ
フォーマット
サンプルあたり
のマーカー数
コンテンツ内容
Human Omni5-Quad 4 430万マーカー 最も高い価値のあるコンテンツへのアクセス、及び50万のカスタムコンテンツが搭載可能
Human Omni2.5-8 8 250万マーカー 業界随一のゲノムカバレッジと1000人ゲノムプロジェクトから新規に発見された高頻度及び低頻度の多型を搭載


Infiniumアッセイについて



世界でも実績の高いイルミナのInfiniumアッセイと強固なBeadChipアレイを組み合わせることで、高精度のデータ品質、優れたコールレート、そして一定した高い再現性をもたらします。

Infiniumアッセイは、PCRやライゲーションステップを含まず、1本のチューブ内で反応が終了する特徴を有しています。これにより、実験作業やサンプルのハンドリングエラーを低減することができます。
SNP検出には、2つの識別ステップを採用しています。まず、注意深く設計された50merのオリゴプローブにサンプルDNAをハイブリダイゼーションさせます。次に酵素による1塩基伸長反応を行い、蛍光標識されたヌクレオチドを取り込みます。

BeadChipのスキャンは、iScanで行います。ここでは、各色のシグナル強度を測定します。SNPジェノタイピングの場合、緑と赤の色が各アリルに使われ、ホモザイガスSNPの場合は、赤/赤あるいは、緑/緑で、ヘテロザイガスSNPの場合は、赤/緑、緑/赤から得られる黄色のシグナルが測定されます。




         illumina iScan


解析の流れ


フィルジェン株式会社 バイオサイエンス部 受託解析センター

1. 解析内容の打ち合わせ
 ご希望のアレイやサンプル数などの内容をお聞きします。お見積もり、必要サンプル量などの情報をご連絡いたします。。
 ↓

2. サンプル送付
 弊社宛てに、解析サンプルとQCシートを合わせてご送付ください。
 送付された内容物を弊社で確認し、弊社からAKESOgen社にサンプルを送付します。
 *本サービスは、海外での解析という性質上、サンプルを受け取った以降のキャンセルはお引き受けできません。

 【ご送付サンプルについて】
 解析サンプルを、QCシートと同封の上、弊社までお送り下さい。
 送付された内容物を弊社で確認し、弊社からAKESOgen社にサンプルを送付します。
  *本サービスは、海外での解析という性質上、サンプルを受け取った以降のキャンセルはお引き受けできません。
 ご発送は、代理店へご依頼いただくか、直送願います。
 発送の際の送料は、お客様負担となります。(着払いは受け取りできませんので、ご注意ください。)

サンプル 輸送温度 ご送付サンプル量
ゲノムDNA 冷凍状態で保存されている場合:
 -80℃(ドライアイス詰めで冷凍便)

4℃で保存されている場合: 冷蔵便
1ug以上(濃度:50ng/uL以上)
A260/280: 1.8〜2.2
A260/230>1
TE bufferをご使用ください。
*各サンプルのDNA量や濃度は、ばらつきが少ない様に調整してください。

 *サンプルのご準備および送付方法に関する注意事項
サンプルの発送は、必ず、「サンプル送付方法およびご注意点(PDF)」をご参照の上、その内容に従って行ってください。
DNase、RNaseフリーのスクリューキャップ式の1.5mLエッペンチューブをご使用ください。
DNAサンプルは、電気泳動にて明瞭なバンドが検出され、分解がないことをご確認ください。サンプル送付時に、電気泳動写真を添付してください。
サンプル到着後、OD測定及び電気泳動による濃度・純度などの確認を行います。その結果によっては、DNAサンプルの再送をお願いする場合があります。予めご了承ください。
再度サンプルをお送り頂く場合、別途送料をご請求させて頂きます。
ゲノムDNAは、凍結融解をできるだけ避け、4℃でTE Bufferにて保存してください。長期保存の場合は、-20℃、又は、-80℃で保存してください。
送付の際は、チューブをパラフィルムで覆い、キャップの緩みや中身の漏れが起きない様にしてください。
サンプルの入ったチューブに油性マジックでサンプル名を明記し、遠心チューブやチューブボックス等に入れ、砕いたドライアイスとともに、梱包してください。DNAの場合は、アイスバックなどとともに梱包し、クール便でお送り下さい。ただし、DNAが冷凍状態で保存されている場合は、砕いたドライアイスとともに梱包して、クール便でお送り下さい。
組織・細胞をご送付の際には、ペレット状態にして、十分量のドライアイスを同梱の上、冷凍宅急便にて凍結状態にてご送付ください。
お預かりできるサンプルは、BSL2(バイオセーフティレベル2)までのものに限らせていただきます。感染性が著しく高いサンプル(HIV, HCV, HBVウイルスに感染していることが確認されている患者由来の検体など)は、お受けできませんので、ご了承ください。
ヒト臨床サンプルの場合、インフォームドコンセントを得てからご提供願います。
ご提供頂くサンプル及び本作業から生じる知的財産権・工業所有権・安全性・インフォームドコンセントなどの問題については、弊社では、一切の責を負いかねます。
お送り頂いたサンプルは、ご返却いたしかねます。実験後のサンプルにつきましては、基本的には、弊社側にて破棄させて頂きますので、ご了承ください。
本事項を満たさない事で別途費用が発生した場合、お客様に費用のご負担をお願いすることがあります。
(サンプル送付先)
 フィルジェン株式会社 バイオサイエンス部 受託解析センター宛
 〒459-8011 名古屋市緑区定納山1丁目1409番地
 Tel 052-624-4388 Fax 052-624-4389 E-mail biosupport@filgen.jp

AKESOgen社

3. サンプルの品質チェック
 アガロースゲル、分光光度計などにより、品質(QC:Quality Control)チェック及び濃度測定を行います。
 QCチェック結果は、サンプル受領日から10営業日以内を目安にご報告いたします。

 サンプル受領後、QCチェック結果が芳しくない場合は、以下のいずれかを選択してください。
 a. 追加の精製を行う(追加精製で問題が解決される場合)。
   この場合、サンプルの精製料金が別途必要となります。
 b. 再度新しいサンプルをご用意ください。この場合、別途送料(海外)が必要となります。
 c. お客様の同意の上、同じサンプルで実験を進めます。ただし、この場合、データの保証はされません。
   結果如何によらず、通常料金をご請求させて頂きます。
 *本サービスは、海外での解析という性質上、キャンセルはお引き受け出来ません。
  やむを得ない理由で、キャンセルする場合は、それまでの工程に応じた料金をご請求させて頂きます。
 ↓

4. マイクロアレイ解析
 以下は、Infiniumアッセイ及び、ハイブリダイゼーション、スキャンニング作業の手順です。
  a. 全ゲノム増幅
  b. 断片化処理
  c. ビーズアレイとのハイブリダイゼーション
  d. ポリメラーゼによる伸張反応
  e. 蛍光標識
  f. スキャンニング
 ↓

5. 解析データのご報告
 データ解析結果を、CD-ROMに収めて、ご報告します。
 
 (納品データ)
 ・レポート内容には、以下の結果(グラフ、各種データなど)が含まれます。
 
 
 


価格/納期


【価格】
サービス名 数量 税別単価 Cat.#
Human Omni5-Quad BeadChip 受託解析 16サンプル以上 お問い合わせ F-HGT-HO5-(サンプル数)
Human Omni2.5-8 BeadChip 受託解析 16サンプル以上 お問い合わせ F-HGT-HO2.5-(サンプル数)
* 本サービスは、16サンプル以上での受注となります。
16サンプル以上のご注文の場合、Human Omni5-Quad BeadChipは4サンプル単位、Human Omni2.5-8 beadChipは8サンプル単位での追加となります。

【納期】
サンプル及びアレイ・試薬が揃ってから、5-6週間程度です。
AKESOgen社に、アレイ在庫がない場合は、アレイの入荷に別途3週間〜1ヶ月程度かかる場合があります。



本ページは、illumina社のホームページに掲載されている情報を引用させて頂いております。

お問い合わせ biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 www.filgen.jp
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