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+ AbnomX


AbnomX社製品 抗体配列解析ソフトウェア
Antibody-Extractor©


概要

 
Antibody-Extractor©は、Webベースで動作する、in-silicoの抗体配列解析用のプラットフォームです。DNAシークエンサーより得られた塩基配列データ、あるいはアミノ酸配列データを使用し、抗体配列のスクリーニングなどの各種データ解析、また免疫プロファイル解析にも対応します。次世代シークエンサーを用いた大量のデータ処理にも対応し、創薬研究や免疫学研究を強力に促進します。


特長


Antibody-Extractor©には、抗体とT細胞受容体の配列データを、高速かつ効率的に解析を行うための専用モジュールが搭載されており、免疫インフォマティクス解析や、抗体ベースのR&Dプロセスのサポートを行います。
Antibody-Extractor
©では、以下の図にあるすべてのモジュールが使用でき、解析に用いるデータの種類、あるいは解析目的に合わせて、これらの各モジュールを使い分けて解析を行います。


各モジュールの説明


◆Annotator
Annotatorでは、大量または少量のDNA/タンパク質配列データを用いて、配列アノテーショングループのアノテーション付け、冗長性の除去とクラスター化を行い、機能的抗体の関連配列を直ちに同定します。また、Annotatorは、入力配列データのクオリティーチェックを行い、配列上のフレームワークとCDR座標の同定を行います。アノテーション付けされた配列データは、FASTAやGenBankフォーマットでファイル出力でき、一般的なバイオインフォマティクスソフトウェア上で、フレームワークやCDRをハイライト表示させることなどが可能です。

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◆Abcluster
次世代シークエンサーを用いた免疫レパトア解析では、1ランごとに、1,000,000リード以上の配列データが出力されます。Abclusterでは、これらのデータセットより、高発現の配列を見つけ出し、コードする生殖細胞系列の遺伝子から、どの様に分化したのかを決定します。また、Abclusterでは、NGSデータセットからV領域を抽出し、クラスタリングを実行します。解析結果は、データの解釈と意思決定に利用しやすい形式であり、またパラメータ設定変更によって、解析結果の調整も可能です。

◆Abaligner
Abalignerは、抗体配列のマルチプルアライメント用ツールです。本ツールのアルゴリズムは、免疫グロブリンのフレームワークとCDRの3次元構造に基づいたアライメントを実行する様にデザインされており、アライメント結果やコンセンサス配列などを出力します。解析結果は、HTMLやText、Excelファイル出力も可能で、アライメント結果からのWu-Kabatチャート作成や、アミノ酸とコドンポジション頻度テーブル作成もサポートします。

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◆Germaligner
Germalignerでは、コードされたVまたはV-J遺伝子の配列をクラスター化し、さらにAbalighnerを用いて、マルチプルアライメントを実行します。また、Antibody-Extractorでは、キュレーションされた生殖細胞系列遺伝子のデータベースと、ヒト抗体配列データベースが使用可能です。解析結果には、生殖細胞系列遺伝子の使用頻度が計算され、他のデータセットのものと比較を行い、統計データはExcelファイル出力が可能です。

◆Abquery
Abqueryは、in-vitroマチュレーションの合理化のためにデザインされたツールで、NGSレパトアの3次元スクリーニングに基づいた、抗体配列データのレパトアマイニングを実行します。従来のファージディスプレイ法では検出できなかったクローンも、レパトアマイニングでは高い親和性で検出でき、Abqueryを使用することで、シンプルで容易かつ迅速な実行が可能となります。選択されたクローンは、抗体のin-vitroマチュレーションプロセスのテンプレートなどとして、利用することが可能です。

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◆Pan4Seq
Pan4Seqは、2つのデータセットを比較した配列グループのエンリッチメント解析を行うツールです。バイオパニングプロセスの前後の異なる時系列、または2種類のライブラリーの免疫レパトアに対して、比較や進化の追跡が可能で、エンリッチメント配列の探索や抽出を行います。また、Pan4Seqアルゴリズムでは、エンリッチメントグループのスコア化を行い、有意に濃縮された配列を迅速に探索することが可能です。

◆MotifFinder
MotifFinderは、フレームワークとCDRのモチーフ探索を行います。すべてのモチーフにおいて、アミノ酸ポジション、特徴(FW or CDR)、溶媒露出度が表示され、選択した鎖は、エクスポートまたはAntibody-Extractorの他のツールで使用できます。

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◆Hotspot
Hotspotは、免疫レパトアマイニングのための、V領域の変異ホットスポット解析を実行するためにデザインされています。Hotspotでは、Wu-Kabat変動式を拡張し、インタラクティブなWu-Kaba変動アミノ酸とコドンプロットを作成します。アミノ酸とコドンを選択するごとに、そのポジションの頻度チャートがプロットされ、また特定のアミノ酸やコドンポジションの免疫レパトア配列のフィルターやマイニングも実行可能です。

◆Abcloner
Abclonerは、ベクターV領域のin-silicoクローニング用ツールです。
1種類または2種類の制限酵素と、Genbankフォーマットのベクター配列を用いて、V領域インサートの制限酵素サイトなどをレポート出力します。

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◆Abparam & Protparam
AbparamとProtparamは、それぞれ抗体とタンパク質配列における分子量や等電点、吸光係数、吸光度、正味荷電などの計算を行います。入力配列データは、タンパク質の各種パラメータによってフィルターをかけることができ、また計算結果はテーブルデータとしてダウンロード可能です。

◆gExtractor
gExtractorは、DNA配列データより、生殖細胞系列遺伝子の抽出を行うための、機械学習アルゴリズムを搭載したツールで、生物種と鎖の種類に依存せず使用可能です。ラクダ科動物のNGSデータにも使用でき、アセンブルされたラマ生殖細胞系列遺伝子の全BACクローンからも、1回のランで抽出が可能です。

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対応鎖


・Heavy
・Kappa
・Lambda
・Light(Kappa and Lambda mix)
・VHH(Nanobody)
・TCR-alpha
・TCR-beta
・TCR-gamma and TCR-delta implementation in progress


入力データ


・DNA or Protein in fasta or fastq file
・Single Abi, multiple Abi files in compressed zip file


生物種


・Homo sapiens
・Mus musculus
・Orytolagus cuniculus
・Rattus norvegicus
・Camelid
・Any other organism refrence sequences are available.


製品紹介動画



Introduction


Pharge Display Sequences Processing


Antibody In-vitro Maturation


価格

商品名 ライセンスタイプ 税別価格 カタログ#
Antibody-Extractor© アカデミック年間ライセンス お問合せ お問合せ
コマーシャル年間ライセンス お問合せ お問合せ
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