製品・サービス情報
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Abrinca Genomics社製品 微生物比較ゲノミクス解析ソフトウェア
Open Genome Browser |
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Open Genome Browser は、微生物全ゲノムデータへのアクセスを管理し、比較ゲノム解析を大幅に簡素化する、セルフホスト型のデータ解析プラットフォームです。一般的に使用されるバイオインフォマティクスワークフローを自動化し、特にバイオインフォマティクスの専門家でない研究者が、直感的な方法で便利かつ高速なデータ探索を行うことができる様に設計されています。アセンブリファイルやアノテーションファイルを体系的に保存し、それらのファイルに対し比較ゲノム解析に役立つ解析機能（パスウェイ、ゲノム比較、系統樹、アノテーション検索、ドットプロット、フラワープロット、遺伝子形質マッチング、BLASTなど）を使用することで、微生物ゲノム研究の効率とアクセシビリティを総合的に向上させます。また、ソフトウェアは、顧客のインフラストラクチャでホストできるため、独自の微生物データを最適に保護することができます。 |
 主な機能
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◆パスウェイ
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紐づけられたアノテーション情報に従って、パスウェイ図上の遺伝子に色を付けることができます。複数のゲノムグループを比較した場合、パスウェイ中の図形はグループ数と同じ数の色分けに分割されます。図形をクリックすると、含まれているアノテーションをどのゲノムがカバーしているかがわかります。 |
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◆ゲノム比較
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ヌクレオチドまたはタンパク質の配列アライメントを計算し、クエリした遺伝子やその隣接する遺伝子座を比較できます。結果のプロットでは、ズームやパンが可能であり、任意の遺伝子をクリックして詳細情報を取得することもできます。 |
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◆系統樹
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シングルコピーオルソログベース、ANI ベース、NCBI-TaxID ベースなど、様々なアルゴリズムを使用して系統樹を生成し、表示することができます。 |
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◆アノテーション検索
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どのゲノムがどのアノテーションをカバーしているかをすばやく検出します。ゲノム内でアノテーションを持つ遺伝子数を表したカバレッジマトリックスを作成することができ、数字をクリックすると、その遺伝子が表示されます。 |
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◆Blast
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NCBI の BLAST アルゴリズムを使用して、ゲノムアセンブリ内または特定された遺伝子とタンパク質内のヌクレオチドまたはタンパク質配列を探索します。 |
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◆ドットプロット
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2つのアセンブリを比較し、類似領域や反復領域、構造変化を見つけます。このツールでは、ズームインして遺伝子を表示できます。 |
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◆フラワープロット
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ゲノムセットに関して、特定のゲノムに固有、少なくとも2つのゲノムで共有されている、すべてのゲノムに存在するオーソログを探索します。 |
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◆遺伝子特性マッチング
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遺伝子特性マッチングは、観察された表現型の原因となる可能性のある遺伝子を特定するための効果的なアプローチです。
あるゲノムグループに他のグループにはない特定の特性がある場合、あるグループに存在し、他のグループには存在しない相同遺伝子（または機能アノテーション）を検索します。 |
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 対応データ・解析環境
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◆セルフホスト型
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顧客のインフラストラクチャでホストできるため、独自の微生物データを最適に保護できます。
サーバー側のPCのみ Linux x64、docker、docker-compose-plugin の環境が必要です。 |
◆アップロード時のファイルフォーマット
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Prokka や Bakta または NCBI's PGAP 由来の 3 ファイル
.fna： assembly (FASTA)
.gbk： GenBank file
.gff： General feature format file
eggNOG 由来のアノテーションファイル |
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 デモ版ライセンス
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弊社（ ）までお問合せください。 |
 価格
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| 商品名 |
ライセンスタイプ |
ユーザー数 |
税別価格 |
カタログ＃ |
| OpenGenomeBrowser Software |
アカデミック、新規1年間ライセンス |
1 |
お問合せ |
F-OGBNA-(サンプル数) |
| コマーシャル、新規1年間ライセンス |
1 |
お問合せ |
F-OGBNC-(サンプル数) |
| アカデミック、更新1年間ライセンス |
1 |
お問合せ |
F-OGBRA-(サンプル数) |
| コマーシャル、更新1年間ライセンス |
1 |
お問合せ |
F-OGBRC-(サンプル数) |
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本ソフトウェアは、年間ライセンスです。 |
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ソフトウェアにインポートするサンプル数をご指定頂く必要があります。 |
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初回購入時には、メーカーによるセットアップ費用が含まれています。 |
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ユーザー数を追加することも可能です。詳細はお問合せください。 |
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解析には、インターネット接続環境が必要です。 |
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テクニカルサポートは、電話、あるいは、電子メールでの対応のみです。 |
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弊社から販売するソフトウェアは、研究利用のみ使用可能です。 |
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