製品・サービス情報
|
|
Combinatics 社製品
細胞種マーカーデータベース
CellKb |
|
|
 |
CellKb は、シングルセル RNA-seq 実験が行われた出版物から直接収集された、著者定義のマーカー遺伝子セットの知識ベースです。また、バルク
RNA-seq およびマイクロアレイ実験からの細胞種固有のマーカー遺伝子セットも含まれています。
CellKb は、以下の様なシーンで役立ちます。
| ・ |
シングルセル RNA-seq および空間トランスクリプトームデータにおける細胞種のアノテーション付け |
| ・ |
指定された条件に基づいて、興味のあるマーカー遺伝子セット、細胞種、または出版物を検索 |
| ・ |
細胞種、生物種、組織、疾患または正常状態にわたる遺伝子シグネチャの比較 |
*CellKb は、クラウドベースのソフトウェアです。
|
 概要
| |
CellKb は、他の細胞種マーカーデータベースと比較して、広範な検索機能、より多くのデータ、定期的な更新に加えて、次の様なメリットがあります。 |
|
| ・ |
全てのデータとアノテーションは、メーカーによる手動キュレーション |
| ・ |
全ての細胞種に対する複数のマーカー遺伝子セットに出版物、疾患、組織、実験条件、信頼性スコアに関する情報を含む |
| ・ |
シングルセルおよびバルク RNA-seq 実験からのマーカー遺伝子セット |
| ・ |
細胞種の Canonical marker |
| ・ |
様々な組織および疾患状態におけるすべての細胞種のコンセンサスシグネチャ |
| ・ |
細胞タイプ固有のタンパク質間相互作用ネットワーク |
|
|
2004年6月時点で 1,433 もの出版物
の情報が知識ベースに含まれています。 |
| |
CellKb の細胞種マーカー遺伝子セットは、厳格な基準を使用して選択されたシングルセルおよびバルク RNA-seq 実験が行われた出版物の表、図、または補足資料から抽出されています。 |
|
| ・ |
各細胞種の名称、解剖学的構造、canonical marker、状態、およびあらゆる特別な特徴を手作業で抽出 |
| ・ |
細胞種、解剖学的構造、病状には、標準化されたオントロジー用語を割り当て |
| ・ |
平均発現量、fold change、統計的有意差などの関連値が保存 |
| ・ |
信頼性スコアは、各細胞種マーカー遺伝子セットについて計算 |
| ・ |
様々な組織および疾患状態におけるすべての細胞種のコンセンサスシグネチャ |
| ・ |
コンセンサスシグネチャは、あらゆる組織、疾患、病態の細胞種ごとに計算 |
|
|
CellKb の細胞種マーカー遺伝子セット |
 特長
|
◆クラスター/遺伝子リストの細胞タイプの特定
|
遺伝子リストをCellKbに入力すると高速計算され、入力された遺伝子リストにアノテーションが付けられます。左図の結果のサマリーでは、クエリ内の各クラスターの上位
10 件の一致と予測された細胞種の詳細が表示されます。
詳細結果をテーブル形式で表示できる他、ヒートマップが表示に切り替え、一致するマーカー遺伝子セットを視覚化できます。
また、テーブルでは出版物のリストも表示され、ハイパーリンクからその文献へアクセスすることが可能です。 |
|
|
（クリックして拡大） |
|
◆多彩な生物種、組織に対応
|
現在（2024.06） 13 種が知識ベースに含まれています。
| SPECIES |
MARKER GENE SETS |
| Homo sapiens |
47831 |
| Mus musculus |
39020 |
| Danio rerio |
4085 |
| Drosophila melanogaster |
3477 |
| Macaca fascicularis |
1449 |
| Caenorhabditis elegans |
1021 |
| Macaca mulatta |
876 |
| Rattus norvegicus |
723 |
| Arabidopsis thaliana |
557 |
| Callithrix jacchus |
205 |
| Pan troglodytes |
164 |
| Oryza sativa |
35 |
| Gorilla gorilla |
24 |
登録されている病名、解剖学的構造、細胞種の詳細は、以下のメーカーサイトよりご確認頂けます。
https://www.cellkb.com/contents#tab1 |
|
 ライセンスタイプと高度な検索・解析機能
|
ライセンスは、年間ライセンスです。
アカデミックライセンスのみ最小限の検索機能のみ搭載した CellKb Pro ライセンスを販売しています。
CellKb Enterprise ライセンスでは、CellKb Pro ライセンスの機能の他、さらに以下の様な高度な検索や比較を行うことが可能です。
◆CellKb Enterprise ライセンスでのみ利用可能な機能
|
| ・ |
コンセンサスと比較
細胞種のコンセンサスシグネチャと比較することで、クエリ遺伝子リストに最もマッチするものを特定することができます。 |
| ・ |
複数の生物種にわたる検索 |
| ・ |
コンセンサスシグネチャに対する遺伝子リストの検索 |
| ・ |
キーワードによる検索
複数の指定された条件に基づいて、興味のあるマーカー遺伝子セット、細胞種、または出版物を検索できます。 |
| ・ |
各細胞種について研究されたデータセットのリスト
細胞種別の検索時、関心のある細胞種のデータセットの実験の詳細を表示します。
さらにランク付けされた遺伝子リストと、ソース出版物の関連付けられた値を表示することも可能です。 |
| ・ |
出版物別に探す
CellKb で各出版物からマーカー遺伝子セット数、種、簡単な説明を表示します。 |
| ・ |
条件間でマーカー遺伝子を比較する
生物種、出版物、疾患、細胞種、解剖学的構造間にわたって高度に発現した遺伝子を比較するドットプロットが作成されます。これは各条件に共通または固有のバイオマーカーを特定するために使用できます。 |
また、CellKb Enterprise ライセンス独自の機能に加え、CellKb Pro ライセンスと CellKb Enterprise
ライセンスには、以下の性能差があります。
| CellKb Pro |
CellKb Enterprise |
| 検索ごとに一致する上位 25 個の細胞種を表示 |
検索ごとに一致する上位 100 個の細胞種を表示 |
| 入力遺伝子リストと一致する細胞種に共通する上位 10 個の遺伝子リストのみを表示 |
一致する細胞種のすべての遺伝子を表示 |
さらに、Enterprise ライセンスに専用アドオンを含めることで、Scanpy ファイルを入力し、シングル RNA-seq データ内の各細胞にアノテーションを付けることや
Visium データのセグメントに対し、細胞種デコンボリューションを実行できます。
また API 版の販売も行っております。 |
|
デモ版ライセンス
|
弊社（biosupport@filgen.jp）までお問合せください。 |
価格
|
| 商品名 |
ライセンスタイプ |
ユーザー数 |
税別価格 |
カタログ＃ |
| CellKb Pro |
アカデミック、1 年間ライセンス |
1 |
お問合せ |
F-CKP |
| CellKb Enterprise |
アカデミック、1 年間ライセンス |
4 |
お問合せ |
F-CKE-A |
| CellKb Enterprise + 空間・シングルセルアドオン |
アカデミック、1 年間ライセンス |
4 |
お問合せ |
F-CKEA-A |
| CellKb REST API |
アカデミック、1 年間ライセンス |
1 |
お問合せ |
F-CKAPI-A |
| CellKb Enterprise |
コマーシャル、1 年間ライセンス |
4 |
お問合せ |
F-CKE-C |
| CellKb Enterprise + 空間・シングルセルアドオン |
コマーシャル、1 年間ライセンス |
4 |
お問合せ |
F-CKEA-C |
| CellKb REST API |
コマーシャル、1 年間ライセンス |
1 |
お問合せ |
F-CKAPI-C |
| * |
|
本ソフトウェアは、年間ライセンスです。 |
| * |
|
解析にはインターネット接続が必要です。 |
| * |
|
テクニカルサポートは、電話、あるいは、電子メールでの対応のみです。 |
| * |
|
弊社から販売するソフトウェアは、研究利用のみ使用可能です。 |
|
|
