製品・サービス情報
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Emweb社製品 細菌・ウイルスメタゲノム解析ツール
Genome Detective |
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Genome Detective は、NGSデータから微生物やウイルスのメタゲノム解析を行うためのWebベースのアプリケーションです。
サーバーにfastqファイルをアップロードして解析ボタンを押すだけで、NGSデータのQCチェックや、菌種・ウイルス種の組成解析を実行します。また、検出されたウイルスのサブタイピングを行うことも可能です。 |
 主なアプリケーション
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・ウイルスメタゲノム解析（全ゲノム・アンプリコン）
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対応データ： Illumina（ペアまたはシングル）、Nanopore、Ion Torrent、Pac Bio、fastq（コンセンサス配列またはコンティグ） |
・微生物メタゲノム解析（全ゲノム・16Sアンプリコン）
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対応データ： Illumina（ペアまたはシングル）、Nanopore、Ion Torrent、Pac Bio |
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 主なアプリケーション
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◆組成解析
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リファレンスへのリードのマッピングを行い、マッピングのカバー率や塩基の相同性に基づいて、サンプルに含まれる種を同定します。サンプルに含まれる可能性がある種をリスト形式で確認できる他、各ゲノムに関してマッピングされたリード数や、カバレッジ、カバー率、塩基の相同性、マッピング図を確認できます。
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◆変異解析
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組成解析で出力された各ゲノムに対して、ゲノムブラウザ形式で、サンプル配列の塩基置換やアミノ酸置換を表示することができる他、各CDSごとの変異をリストとして表示することも可能です。また、コンセンサス配列（fasta）やマッピングデータ（bam）、変異データ（vcf）などを出力することも可能です。
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◆サブタイピング
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組成解析後のサンプルに対して、サブタイピング用ツールを使用することで、検出されたウイルスのサブタイピングを実行することができます。コロナウイルス、インフルエンザウイルス、HIVなど計22種のサブタイピングが可能です。
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◆サンプル間比較解析
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組成解析後のサンプルを利用して、各種に割り当てられたリード数などを視覚化したバブルプロットの作成や、各サンプル内で検出された配列のアライメントや系統解析が可能です。
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 価格
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| 商品名 |
税別価格 |
型番 |
| Genome Detective ライセンス |
お問合せ |
F-GENDET |
| 追加クレジット |
お問合せ |
F-GENDET-C |
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本製品は年間ライセンスです。 |
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クレジット制です。解析内容に応じて消費されるクレジットが異なります。 |
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ご使用の際に、インターネット接続環境が必要です。 |
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テクニカルサポートは、電話、あるいは、電子メールでの対応のみです。 |
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