Pre-Processing Data
MSiReader の Pre-processing では、以下の解析を行うことができます。
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質量測定精度ヒートマップやヒストグラムツールを使用してデータをプロットした結果が、装置の仕様範囲外である場合のシングルポイント質量補正 |
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セントロイド化によるファイルサイズの縮小 |
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ROI 選択ツールでの領域選択による、内部または外部データの削除 |
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組織イメージングにおける、組織関連イオンとバックグラウンドイオンの分類 |
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Visualization
MSiReader では、様々な形式のグラフプロットを作成でき、Publication-quality の図として出力が可能です。
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Abundance Rank |
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MSiSlicer |
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Total Ion Current(TIC) |
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Image Overlay |
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Number of analytes |
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8-Color Colocalization Plots |
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Summed m/z abundance |
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3D Plotting |
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Spectra above and below a threshold |
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QA/QC
MSiReader の QA/QC ツールでは、Mass Measurement Accuracy (MMA) や Spectral Accuracy
などの計算を行うことが可能で、計算結果はヒートマップやヒストグラムなどで可視化が可能です。また、画像データより、QC 用の様々な要約統計データを計算し、エクセルファイルを出力することなども可能です。 |
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Annotations
MSiReader では、Excel 形式の推定 m/z 値のリストやユーザー指定の分子式などを用いて、データのアノテーション付けを行うことが可能です。
また、選択した領域の平均スペクトルや個々の生のマススぺクトル、m/z 値の存在量などをエクスポート可能です。 |
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Quantification
MSiReader の Quantification ツールでは、ユーザー定義の選択領域と比較したサンプル中のイオンをピークピッキングする相対定量と、検量線を用いた回帰分析に基づいて組織反応を定量化する絶対定量を行うことができます。
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Statistical Analysis
MSiReader では、インタラクティブな多変量解析ツールが提供されており、PCA、t-SNE プロットなどを作成することが可能です。
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BioPharma モード
MSiReader BioPharma モードでは、マイクロプレート形式で取得された質量分析データを読み込み、ハイスループットスクリーニング（HTS）およびハイコンテントスクリーニング（HCS）解析を行うことができます。 |
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主な機能
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