◆クライアント/サーバー構造
クライアント/サーバー構造では、ワークグループがイントラまたはインターネットを介して協力することを可能とします。複数のユーザーが、様々なコンピュータからデータにアクセスでき、またアクセス権なども設定を行うことが可能です。 |
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◆DNAリシークエンシングエディター
Ridom SeqSphere+に組み込まれた SKESA, Velvet, SPAdes, BWA のアルゴリズムを使用し、次世代シークエンサーのシークエンスデータ(FASTQファイル)のアセンブルを行います。解析結果データは、ACE,
BAM, FASTA フォーマットでファイル出力が可能です。Mash Screenによるコンタミネーションチェックやホモポリマーに関連したInDelエラーの自動補正、Illuminaアダプターのトリミングとペアエンドライブラリーサイズの評価にも対応しています。次世代シークエンサーとサンガーシークエンサーの両方で、データの編集や解析が実行可能です。
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◆パイプラインによるシークエンス解析の自動化
次世代シークエンスデータに対して、クオリティートリミングやダウンサンプリング、アセンブルなどの一連の解析を自動で実行するパイプラインを作成し、多数のサンプルデータの一括処理が可能です。
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◆細菌の特徴解析
ユーザー定義のQCパラメーターに従い、細菌のタイピングによる特徴解析を自動で実行します。全ゲノムシークエンスデータに基づいたコアゲノムとアクセサリーゲノムレベルからの、ゲノムワイドのアレルとSNP検出が実行され、その際に公共データベース、またはcgMLST
Target Definer で定義した遺伝型スキーマを用いることが可能です。NCBI AMRFinderを用いた薬剤耐性予測、Virulence
Factor Database(VFDB;医学的に重要な54菌種)による病原性プロファイリング解析に対応し、E.coliとL.monocytegenes、さらにSalmonella(SISTR)の血清型決定も可能です。また、MOB-suiteとMobileElementFinderによるプラスミドの再構築と同定にも対応します。
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◆データベース
統合されたデータベース内で、実験データや疫学データ、またはシークエンスデータの保存や検索、データやレポート出力を行うことができます。データフィールドは、EBI
European Nucleotide Archive(ENA)のメタデータ要求に準拠しており、新規のシークエンスデータと保存されているデータの比較、起こり得るアウトブレイクの自動クラスター警告、全データの管理やバックアップなどが可能です。NCBIの完全長/ドラフトゲノムやSequence
Read Archive(SRA)のシークエンスデータのダウンロードや、EBI ENAへのワンクリックでのシークエンスデータや疫学データの登録をも行うことも可能です。
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◆解析ツール
比較テーブル上より、統合された地理情報や epi-curve, Minimum Spanning Tree などの系統樹機能を用いて、地理、時間、人間といった様々な種類のデータのグラフ表示が可能です。各グラフは、それぞれがリンクしており、またSVGやEMFといったフォーマットでエクスポートが可能で、ツリーの色やトポロジー、比較テーブル上での選択サンプルなどのスナップショットを保存することもできます。流行株特異的PCRスクリーニングアッセイのデザインのために、グループ特異的SNPの検索なども可能です。 |
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◆新型コロナウイルスのゲノム解析
Ridom SeqSphere+では、細菌ゲノムに加え、新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)のゲノム解析にも対応しています。イルミナ Tiled
Amplicon のシークエンスデータを用いて、変異の検出や PANGO lineage に基づくウイルス型タイピング、GISAID登録用ファイルの作成などが可能です。
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◆コミュニティー
承認されたタイピングスキーマは、オンラインでダウンロードが可能で、迅速かつ容易にシェアが可能です。 |
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◆セキュリティー
すべてのデータは、送信時に暗号化(SSL)され、また cgMLST.org や ENA submission などでデータを公開する前に、地理や時間などのメタデータ情報は暗号化が可能です。 |
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