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AdvancedSeq社製品
サンガーシークエンス関連試薬
サンガーシークエンスワークフロー / ADSTM PCR and PCR Cleaning Beads / SuperDyeTM Cycle Sequencing Kits / ADSTM Sequencing Reaction Cleaning Beads / TruPureTM Formamide・PwrTM Polymers / ADSTM Capillary Regeneration Kit / フラグメント解析ワークフロー / ADSTM Fragment Size Standards

AdvancedSeq社(アメリカ)は、安価で高品質なサンガーシークエンス用の試薬を中心とした製品を販売しています。サンガーシークエンスは、DNAシークエンシングのゴールドスタンダードであり、高い精度を誇ります、変異の同定、de novo シークエンスやリシークエンスなどの複数のアプリケーションに広く使用されています。高い費用対効果により、他メーカーの代替品として、世界中の研究者に採用されています。


サンガーシークエンスワークフロー

<テンプレートの準備>
シークエンシング反応のための高品質のシークエンシングテンプレートとプライマーの準備が必要です。dNTPs、プライマー、およびDNAポリメラーゼを除去するには、PCRテンプレートを精製またはクリーンアップする必要があります。
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<サイクルシークエンシング反応>
シークエンシング反応では、サンガーのジデオキシ鎖終結法を使用して、変性、アニーリング、増幅のサイクルでDNAテンプレートを線形増幅します。この反応では、4種類の蛍光標識ジデオキシヌクレオチド(deATP、ddTTP、ddCTP、およびddGTP)がターミネーターとして追加され、DNAフラグメントの合成において対応するdNTPと競合します。DNA合成の伸長は、対応する通常のdNTPの代わりにddNTPが組み込まれると停止します。
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<反応後のクリーンアップ>
シークエンシング反応後のクリーンアップは、余剰のddNTP、dNTP、プライマー、および酵素を反応後の混合物から除去するために実行されます。これらの汚染物質が存在すると、シークエンスの読み取り品質が低下する可能性が高くなります。
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<サンプルローディングとキャピラリー電気泳動>
サンプルのクリーンアップが完了後、キャピラリー電気泳動(CE)にロードする準備が整います。シークエンシングフラグメントは、分離マトリックスとしてポリマーを使用してCEで分離されるため、使用するシークエンサーに対応するポリマーが必要となります。キャピラリーアレイを通過した後、蛍光シークエンシングシグナルが検出されます。
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<キャピラリーアレイ再生>
複数回シークエンスを実行した後、ポリマー沈着物とタンパク質汚染物質がキャピラリーアレイ表面に蓄積し、キャピラリーアレイのパフォーマンスを低下させ、シークエンス品質を危険にさらす可能性があるため、クリーニングする必要があります。汚染物質の付着を取り除くためのクリーニングを行わないと、アレイを早期に交換する必要が発生し、コストが大幅に増加します。
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※詳細なデータは、下記のアプリケーションデータをご覧ください。
 ・アプリケーションデータ


ADSTM PCR and PCR Cleaning Beads


ADSTM PCR Cleaning Beads は、余剰dNTP、プライマー、および酵素からのPCRテンプレートの精製またはクリーンアップに使用されます。高純度で高性能な Taq DNA Polymerase、dNTP、および 5xPCR Green Buffer は、DNAシークエンシング用の高収率PCR反応で実証されています。高い strand displacement 活性を持つ phi29 DNA polymerase を含む ADS Phi29 RCA DNA Amplification Kit も取り扱っております。このキットを使用することでローリングサークル増幅(RCA)によるDNAの増幅を簡単に行うことができます。

ADSTM PCR and Cleaning Kits

<キット内容>
・ADSTM PCR Cleaning Beads
・ADS
TM Taq DNA Polymerase
・ADS
TM dNTPs
・5xPCR Green Buffer
   
複数の精製法を使用した1.2kb PCR産物の相対回収率の比較

1.2 kb PCR フラグメントのサンガーシークエンシングからの電気泳動図

<マニュアル>

<価格>
製品名 容量 価格(税別) Cat.#
ADSTM PCR and Cleaning Kits 30rxns ¥74,000 102040
150rxns ¥129,000 102200
ADSTM PCR Cleaning Beads 1mL ¥44,000 170001
5mL ¥50,000 170005
50mL ¥115,000 170050
ADSTM Taq polymerase 300rxns ¥48,000 101004
1500rxns ¥73,000 101020
ADSTM phi29 RCA DNA amplification Kit 100rxns ¥52,000 220100
500rxns ¥76,000 220500


SuperDyeTM Cycle Sequencing Kits


SuperDye
TM Cycle Sequencing Kits は、テンプレートとプライマーを除くすべてのサイクルシークエンスに必要な試薬をすべて含んでいます。PCRおよびプラスミドからの一本鎖または二本鎖DNA、および長鎖とGリッチ(GTおよびGC)のテンプレートをシークエンスして、高品質の結果を得ることが可能です。SuperDyeTM dGTP Cycle Sequencing Kit は、Gリッチのテンプレートのシークエンスをより高精度に行うことができるキットです。どちらのキットも多くの販売実績があり、低コストで難しいサンプル(Gリッチ、二次構造)の高品質なシークエンス結果を得ることができます。

<特長>
高品質な結果を多くもたらした実績
難しいテンプレートにおける解析の堅牢性の向上
・高いピークと長い読み取り長

<キット内容>
・SuperDyeTM Cycle Sequencing mixture
・5x sequencing buffer
・pGem control
・M13(-21) primer
  v1.1キットとv3.1キットの違い




SuperDye Cycle Sequencing Kit をベンダーTと比較した結果、ピークの強度と均一性の点でより優れていました。


二次構造を持つテンプレートのシークエンスを行い、SuperDye Cycle Sequencing Kit を
ベンダーTと比較した結果、はるかに優れていました。


GCリッチテンプレートのシークエンスを行い、SuperDye dGTP Cycle Sequencing Kit を
BD3 Cycle Sequencing Kit と比較した結果、はるかに優れていました。
<マニュアル>

<価格>
製品名 容量 価格(税別) Cat.#
SuperDyeTM v1.1 Cycle Suquencing Kit 24rxns※ ¥36,000 063001
100rxns ¥106,000 063002
1000rxns ¥782,000 063008
2500rxns ¥1,824,000 063020
SuperDyeTM v3.1 Cycle Suquencing Kit 24rxns※ ¥36,000 060001
100rxns ¥106,000 060002
1000rxns ¥782,000 060008
2500rxns ¥1,824,000 060020
Super dGTP v1.1 Cycle Sequencing Kit 24rxns ¥58,000 061001
100rxns ¥146,000 061002
1000rxns ¥994,000 061008
Super dGTP v3.1 Cycle Sequencing Kit 24rxns※ ¥40,000 065001
100rxns ¥146,000 065002
1000rxns ¥994,000 065008
ADSTM 5x Sequencing Buffer 1mL※ ¥22,000 070001
28mL ¥106,000 070028
233mL ¥411,000 070233
ADSTM SuperDye Enhancer 1mL ¥55,000 021001
※AdvancedSeq社製品と組合せ自由で2個以上で購入する場合の価格です。


ADSTM Sequencing Reaction Cleaning Beads


ADS
TM Sequencing Reaction Cleaning Beads は磁気ビーズベースであり、SuperDyeTM Cycle Sequencing Kits の使用後のサンプル精製に最も適しています。他のビーズベースの精製と比較して、洗浄ステップが少ないにも関わらず、dye blob の頻度が低くなり、はるかにクリーンなエレクトロフェログラムをもたらします。このため、他のビーズベースの製品と比較して高スループットで費用対効果があります。





ADSTM Beads、ベンダーGの dye removal spin column kit、およびベンダーNとZの他の
2つの DNA spin column purification kit によって精製された同じシークエンスのデータの比較

<マニュアル>

<価格>
製品名 容量 価格(税別) Cat.#
ADSTM Sequencing Reaction Cleaning Beads 8mL ¥62,000 080008
50mL ¥145,000 080050
250mL ¥318,000 080250
4x250mL ¥965,000 081000


TruPureTM Formamide / PwrTM Polymers


TruPure
TM Formamide は、サンプルの再懸濁、特にエタノール沈殿によって調整されたサンプルのシークエンス、およびフラグメント分析用の標準の希釈液に特別に開発された高度に脱イオン化されたホルムアミドです。CE前に、本製品を用いてサンプルを再懸濁すると、DNAフラグメントが安定し、長いフラグメントと短いフラグメントの両方で一貫した蛍光シグナルが検出されます。

PwrPOP
TM Polymers は、ABIシークエンサーシリーズおよびバッファーと互換性のある高品質のCEポリマーです。PwrPOPTM P4、P6、およびP7 Polymer は、それぞれ他メーカーのPolymersの代替品であり、DNAシークエンシングおよびフラグメント分析用の分離マトリックスとして機能します。ADSTM Conformational Analysis Polymer(CAP)は、non-denaturing polynucleotide fragment analysis のDNAコンフォメーション変化を検出するために使用されます。ADSTM 10x Sequencing Running Buffer は、様々なABIシークエンサーを用いたCE用に最適化されています。


PwrPOPTM P7 Polymers は、ベンダーTのPolymersと同等の分離性能を有しています。

<マニュアル>

<価格>
製品名 容量 価格(税別) Cat.#
PwrPOPTM P4 polymer for 310/3100 series 5mL※ ¥37,000 034005
10mL ¥76,000 034010
PwrPOPTM P4 polymer for 3130 series 3.5mL※ ¥34,000 034003
7mL ¥72,000 034007
PwrPOPTM P4 polymer for AB 3500 Genetic Analyzers 384rxns※ ¥34,000 340384
960rxns ¥72,000 340960
PwrPOPTM P6 polymer for 310/3100 series 5mL※ ¥37,000 036005
10mL ¥66,000 036010
PwrPOPTM P6 polymer for 3130 series 3.5mL※ ¥34,000 036003
7mL ¥63,000 036007
PwrPOPTM P6 polymer for AB 3500 Genetic Analyzers 384rxns※ ¥34,000 360384
960rxns ¥72,000 360960
PwrPOPTM P7 polymer for 3130 series 3.5mL※ ¥34,000 037003
7mL※ ¥46,000 037007
PwrPOPTM P7 polymer for 3730 series 28mL ¥90,000 037028
5x28mL ¥293,000 037140
10x28mL ¥492,000 037280
PwrPOPTM P7 polymer for AB 3500 Genetic Analyzers 384rxns※ ¥34,000 370384
960rxns ¥72,000 370960
ADSTM Confirmational Analysis polymer 25mL ¥152,000 032025
Running Buffer for AB 3500 Genetic Analyzers 140mL※ ¥23,000 300001
ADSTM 10xCE Running Buffer 500mL ¥70,000 010500
TruPure Formamide 25mL ¥47,000 090025
※AdvancedSeq社製品と組合せ自由で2個以上で購入する場合の価格です。


ADSTM Capillary Regeneration Kit


ADS
TM Capillary Regeneration は、ABIシークエンサー3130/3730シリーズのキャピラリーアレイを再生および洗浄して、アレイの寿命を延ばす様に設計されています。迅速かつ簡単なプロトコルによる、大幅なコストの削減が可能です。この製品には、アレイ再生用のバッファーが4つ含まれています。

<特長>
・簡単なプロトコル
・キャピラリーの組み立てや分解の必要なし
・短い実施時間
・高い費用対効果

ADSTM Capillary Regeneration Kit 使用前のデータ(上図)と比較して、
使用後のデータ(下図)は信号強度と読み取り長が改善されました。

<マニュアル>

<価格>
製品名 容量 価格(税別) Cat.#
ADSTM Cappillary Regeneration Kit for 3130 series 4x7mL ¥78,000 150007
ADSTM Cappillary Regeneration Kit for 3730 series 4x28mL ¥143,000 150028


フラグメント解析ワークフロー


フラグメント解析は、個々のサンプル間のサイズによるPCRフラグメントパターンの違いを特定する遺伝子解析を指します。特別に設計および標識されたPCRプライマーを使用して、サンプルDNAからPCR産物を生成します。次に、蛍光標準物質と混合された特異的に標識されたPCR産物を変性させ、キャピラリー電気泳動を実行して、DNAフラグメントをサイズで分離します。

<アプリケーション>
・一塩基多型(SNP)ジェノタイピング
・DNAフィンガープリント
・マイクロサテライト解析
・微生物の識別


ADSTM Fragment Size Standards


ADS Fragment Size Standards は、35bpから500bpのオレンジおよびレッドフラグメント標準物質が含まれています。

<特長>
・変異検出、ジェノタイピング、DNAプロファイリングなどの様々なフラグメント解析で、DNAサイズと存在量を正確に決定するための高品質の標準物質です。
・両方の標準物質は、35bpから500bpの範囲の16の個別のバンドを含んでいます。
 35、50、75、100、139、150、160、200、250、300、340、350、400、450、490、500bp
ABIシークエンサー3100を用いて分離された、ADS500-Orange Fragment Size Standard(左図)
とADS500-Red Fragment Size Standard(右図)

<マニュアル>

<価格>
製品名 容量 価格(税別) Cat.#
ADSTM 500-Orange Fragment Size Standard 100μL ¥58,000 250100
400μL ¥92,000 250400
ADSTM 500-Red Fragment Size Standard 100μL ¥58,000 260100
400μL ¥92,000 260400

お問い合わせ 試薬部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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