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ターゲット・シングルセルDNA解析プラットフォーム
Tapestri®
  
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Mission Bio社製品
ターゲット・シングルセルDNA/マルチオミックス解析プラットフォーム
Tapestri
® Platform
特長 / 解析原理 / 製品構成・ワークフロー / 遺伝子パネル&TotalSeqTM-D / バイオインフォマティクスツール / アプリケーション / ユーザーの声 / 論文 / 価格 / 製品資料 / お見積り依頼・お問合せ

精密医療の発展に貢献するプラットフォーム


Tapestri® Platformは、ハイスループットなシングルセルDNA/マルチオミックス解析を実現した画期的な製品であり、がん研究や細胞・遺伝子治療研究を支援します。

従来の次世代シークエンスの課題を克服したシングルセル解析によって、がんのクローン多様性を詳細に明らかにし、治療抵抗性やクローン進化を解明することができます。また、オンターゲット・オフターゲット編集の頻度、ゲノム編集や遺伝子導入を1細胞レベルで測定することで、それらの効率の評価や改善を行うことも可能です。

本製品のシングルセルDNAシークエンスでは、標的ゲノムDNA領域上のSNV/indelやCNVを同一細胞にて一度に解析することができます。シングルセルマルチオミックス解析では、前述の変異に加え
、細胞表面タンパク質発現情報も取得することができます。


特長

最大1万シングルセルの優れたスループット
数百の標的DNA領域上のSNV/Indel/CNVを1細胞レベルで一度に検出
同一細胞から変異と細胞表面タンパク質発現情報を一度に取得するシングルセルマルチオミックス解析
様々ながん遺伝子パネルと独自に設計できるカスタムパネル
がん研究や細胞・遺伝子治療研究に対応


解析原理

Tapestri® Platformは、マイクロフルイディクスと細胞バーコードによってハイスループットな解析を実現しています(図1)。液滴形成を2段階で行う独自の2段階ワークフローは、クロマチンからゲノムDNAを遊離させることで、標的DNA領域のPCR増幅を可能にしています。シングルセルマルチオミックス解析の場合、オリゴヌクレオチド標識抗体「TotalSeqTM-D」を用います。本抗体で細胞を事前に染色しておくことで、オリゴヌクレオチドを基にタンパク質を解析することができます。


図1. 独自の2段階ワークフロー


製品構成・ワークフロー

Tapestri® Platform の製品構成は以下の通りです。

・消耗品:遺伝子パネル(Core Kit + DNA Oligo Pool)、DNAカートリッジ
・装置:Tapestri Instrument
・バイオインフォマティクスツール:
 Tapestri Designer、Tapestri Pipeline、Tapestri Insights、Tapestri MOSAIC
・BioLegent社製品:TotalSeq(※)

※シングルセルマルチオミックス解析をする場合に必要です。

これらを使用した解析の流れは以下の通りです。

1. 使用する遺伝子パネルの選択(カスタムの場合は先にパネルデザインを実施)
2. 遺伝子パネルとTapestri Instruments でシングルセルシークエンス用のライブラリーを調整
3. illumina シークエンサーでシークエンス
4. シークエンスデータを Tapestri Pipeline にアップロードしてバリアントコール等の解析を実施
5. 得られたデータを基に Tapestri Insights/MOSAIC で更なる解析を実施

※シングルセルマルチオミックス解析の場合、あらかじめサンプルをTotalSeq
TM-Dで染色します。


図2. ワークフロー


遺伝子パネル&TotalSeqTM-D

Tapestri® Platform には、様々な遺伝子パネル、TotalSeq-Dが用意されています。あらかじめ用意されたパネルから選択する以外に、独自にデザインしたカスタムパネルを利用することも可能です。

造血器腫瘍 固形腫瘍 カスタム
遺伝子パネル(Oligo DNA Pool)
Acute Myeloid Leukemia Tumor Hotspot Tapestri Designでデザイン*
Chronic Lymphocytic Leukemia - -
Myeloid - -
Acute Lymphoblastic Leukemia
(Jan Cools, VIB)
- -
Myeloid Clonal Evolution (Ross Levine, MSKCC) - -
Myeloproliferative Neoplasms
(Piers Blombery, Peter Mac)
- -
Acute Lymphoblastic Leukemia* - -
Classic Hodglin's Lymphoma* - -
Diffuse Large B-Cell Lymphoma* - -
Fullicular Lymphoma* - -
Mantle Cell Lymphoma* - -
Multiple Myeloma* - -
Myelodysplastic Syndromes* - -
Myeloproliferative Neoplasms* - -
T-Cell Lymphoma* - -
TotalSeqTM-D(※)
TotalSeqTM-D Human Hemo Oncology Cocktail - -
TotalSeqTM-D Catalog Antibodies - -
*受注生産品。ウェット実験による標的変異の検出は未検証です。
TotalSeqTM-D の詳細は、BioLegend社のウェブサイトをご参照ください。


バイオインフォマティクスツール

Tapestri Designer
カスタムパネルを設計sるうオンラインツールです。関心とする遺伝子名や座標、dbSNP ID などを指定すると、自動的にパネルがデザインされます。Mission Bio のウェブポータルのアカウントを作成すれば、どなたでもお使いいただけます。

Tapestri Pipeline
シークエンスデータのリファレンスゲノムへのアライメントやバリアントコールなどの二次解析を行います。場所を選ばないクラウドベースのツールで、ユーザーはシークエンスデータをアップロードするだけで解析が実行されます。ご利用には、本製品の消耗品である DNA Core Kit 又は DNA+Protein Core Kit の購入が必要です。

Tapestri Insights
変異の絞り込みやサブクローンの同定など、CNV解析以外のシングルセルDNA解析を行うためのツールです。フィッシュプロットやヒートマップなどの作図機能を搭載しています。Mission Bio のウェブポータルのアカウントを作成すれば、どなたでもお使いいただけます。

Tapestri Mosaic
CNV解析を含むシングルセルDNAやシングルセルマルチオミックス解析を行うためのPythonベースのツールです。本ツールは、GitHubにて公開されています。

※いずれのツールもご利用にはインターネット接続が必要です。


アプリケーション


【造血器腫瘍】
シングルセルDNA解析によって、変異の接合性を明らかにし、また共起する変異や相互排他的な変異を従来法よりも直接的に同定することができます。これらを基にがんのクローン構造を詳細に明らかにすることで、その選択や進化を示したり、MRDの検出を行ったりすることも可能です。

細胞表面タンパク質も同時に取得するシングルマルチオミックスでは、ジェノタイプの変化に伴ってどの様ンいフェノタイプが変化するかを知ることができる様になります。

アプリケーションノート・論文ピックアップ

クローン進化を追跡して系統樹を再構築
ハイスループットなシングルセルゲノミクス解析によって旧姓骨髄性白血病のクローン進化が解明されました。
(Dr. Koichi Takahashi, MD Anderson Cancer Center)
論文はコチラ

治療過程の抵抗性メカニズムを解明
Rasパスウェイの活性化によるクローン選択はAMLにおけるFLT3阻害薬への二次抵抗性に寄与することが明らかにされました。
(Dr. Cathy Smith, Dr. Alexander Perl, UCSF, Upenn)
論文はコチラ

寛解中の疾患をモニタリングしてMRDを追跡
シングルセルの変異プロファイルを基に、AMLにおけるMRDの臨床評価が行われ、治療戦略モデルが提示されました。
(Dr. Ravi Majeti, Stanford)
論文はコチラ

【固形腫瘍】
固形腫瘍の転移性癌は、体内の様々な部位でクローン進化します。シングルセルDNA解析では、各転移性癌の系統発生を知ることで、どの様に転移巣が生じたか明らかにできます。また、クローン内の変異の接合性に加え、共起する変異や相互排他的な変異も明らかにします。こうした能力によって、これまで以上にがんの性質を知ることができます。

アプリケーションノート・論文ピックアップ

各転移性癌のクローン進化の追跡
転移したメラノーマ組織から単離した核に対してシングルセルDNA解析が行われました。
(Dr. Charie Swanton, Francis Crick Institute)
アプリケーションノートはコチラ

※日本語版があります(本ページの「製品資料」をご参照ください。)

固形腫瘍における変異の接合性と共起変異の解明
大腸癌のMEK阻害剤に対する抵抗性はMEK1遺伝子のV211D変異によってもたらされることが示されました。
(Dr. Jorge S. Reis-Fiho)
論文はコチラ

※日本語版があります(本ページの「製品資料」をご参照ください。)

SNVとCNV(遺伝子・染色体レベル)の同時検出
SNVとCNVのシングルセルレベルでの同時検出が紹介されています。
(Dr. Charlie Swanton, Francis Crick Institute)
アプリケーションノートはコチラ

※日本語版があります(本ページの「製品資料」をご参照ください。)

【ゲノム編集】
ゲノム編集は疾患の理解を深め、治療法を発展させる強力なツールです。シングルセルデータを基に、オン・オフターゲット編集の共起性、接合性、転座を、推論に依存することなく知ることができます。このため、シングルセル解析では、CRISPR編集のバリデーションを行ったり、複数のデータを統合して遺伝子改変サンプルの全体像を得たりすることができます。

アプリケーションノート・論文ピックアップ

固形腫瘍研究のためのマウスモデルのゲノム編集
マウスのオルガノイドがんモデルのクローン不均一性をレンチウイルスバーコードのシングルセルDNA-seqで明らかにされました。
(Dr. John Lee, Fred Hutch)
アプリケーションノートはコチラ

複数座位のオン・オフターゲットゲノム編集の測定
CRISPRゲノム編集の効率を測定
(製薬企業様)
アプリケーションノートはコチラ

【細胞・遺伝子治療】
細胞・遺伝子治療の開発は、遺伝性疾患を治癒する大きな可能性を秘めています。しかしながら、これらの治療法は依然として複雑で難しいものです。これらの治療法を成功させる鍵は、治療薬のバラツキとその効果を開発初期に深く理解することです。本製品では、ex-vivo と in-vivo 両方の遺伝子治療において、その効率と安全性に関する価値ある情報を提供します。


ユーザーの声

UCSF

"No technology prior to Tapestri has been able to give us the resolution to decipher co-occurring mutations in the same clones. These insights are especially important in our study of resistance mechanisms and combinatorial therapies in key clinical trials."
- CATHERINE SMITH, MD

FRED HUTCH
"To accelerate the understanding of response, resistance, and relapse, it is important to move away from bulk sequencing and make single-cell analysis routine"
- JERRY RADICH, MD

MD Anderson Cancer Center
"In studying leukemias, we are excited about now having the ability to genotype multiple mutations at single-cell resolution in this level of high throughput. Otherwise, the average readout from bulk sequencing misses important insights in cellular heterogeneity. This new capability of single-cell analysis is critical to better understanding precision therapy selection at diagnosis as well as disease monitoring and subsequent treatment strategy."
- KOICHI TAKAHASHI, MD

Memorial Sloan Kettering Cancer Center
"Connecting the DNA mutational Profile with the protein profile of the same cell is transforming our understanding of cancer, as this gives us the capability to connect somatic mutations to specific differentiation states, and to really understand how leukemia initiates and evolves. This is a game-changer when it comes to developing precise, effective treatments."
- ROSS LEVINE, MD

Francis Crick Institute, United Kingdom
"Access to both SNVs and CNVs at the single-cell level, from the same cell, gives us higher resolution to explore tumor evolution and desease progression. We look forward to analyzing these novel data types to help us better resolve the genetic and cellular heterogeneity in cancer"
- SAMARA TURAJILIC, MD


論文

Tapestri Platformを用いた研究は、Nature や Nature Communications, Cancer Discovery, Blood など、様々なジャーナルで発表されています。
Mission Bio社ウェブサイトのPublicationsをご参照ください。


価格

製品名 容量 税別参考価格 Cat.#
装置
Tapestri® Instrument - ¥29,800,000 F-MB01-0020-I
DNAカートリッジ
Tapestri® Single-Cell DNA Cartridge Kit 8 runs ¥270,000 F-MB02-0001
遺伝子パネル(コアキット・オリゴプール)
Tapestri® Single-Cell DNA Core Kit 8 runs ¥3,500,000 F-MB03-0033
Tapestri® Single-Cell DNA+Protein Core Kit 8 runs ¥3,900,000 F-MB03-0034
Tapestri® Single-Cell DNA AML Oligo Pool 8 runs ¥230,000 F-MB03-0035
Tapestri® Single-Cell DNA Myeloid Oligo Pool 8 runs ¥230,000 F-MB03-0036
Tapestri® Single-Cell DNA CLL Oligo Pool 8 runs ¥230,000 F-MB03-0038
Tapestri® Single-Cell DNA ALL Oligo Pool 8 runs ¥230,000 F-MB03-0056
Tapestri® Single-Cell DNA MDS Oligo Pool 8 runs ¥230,000 F-MB03-0057
Tapestri® Single-Cell DNA Myeloid Clonal Evolution Oligo Pool 8 runs ¥230,000 F-MB03-0058
Tapestri® Single-Cell DNA THP Oligo Pool 8 runs ¥230,000 F-MB03-0037
Tapestri® Single-Cell DNA Custom Oligo Pool ~1000 amplicons 32 runs お問合せ お問合せ
延長保証
Tapestri® Instrument延長保証(1年間) - ¥2,900,000 F-MB04-0007
Tapestri® Instrument延長保証(2年間) - ¥5,600,000 F-MB04-0008
Tapestri® Instrument延長保証(3年間) - ¥8,000,000 F-MB04-0009
Tapestri® Instrument延長保証(4年間) - ¥9,700,000 F-MB04-0010
装置には1年間の製品保証及びトレーニングが含まれています。
解析には、DNAカートリッジと遺伝子パネルが必要です。
遺伝子パネルは、DNA Core Kit 又は DNA+Protein Core Kit のいずれかのOligo Pool が必要です。
Custom Oligo Pool の費用は、アンプリコン数に依存しますので、お問合せください。
製品保証では、故障時のサポート及び新型機リリース時の有償アップグレードが受けられます。
参考価格はすべて税別であり、予告なく変更される場合があります。


製品資料

本製品の日本語版カタログ・アプリケーションノートは、以下よりダウンロードできます。
Mission Bio社ウェブサイトのResourcesでは他にも様々なアプリケーションノートが公開されています。


【カタログ(日本語版)】

  (2022年9月改定)

【掲載内容】

●Tapestri® Platform for Single-cell Multi-omics
●Mission Bio Tapestri Single-cell DNA Panels &Protein

カタログダウンロード

(2019年11月発行)

【掲載内容】

●シングルセルDNA解析カスタムパネル

カタログダウンロード

(2019年11月発行)

【掲載内容】

●ターゲット・シングルセルDNA解析プラットフォーム Tapestri®(フライヤー版)

カタログダウンロード

【アプリケーションノート(日本語版)】

(SNV+Indel)
(2020年7月改定)

【掲載内容】

●Single-cell DNA Analysis with the Tapestri® Platform and nuclei from metastatic melanoma tissue

ダウンロード

(2020年7月改定)

【掲載内容】

●Single-cell DNA Analysis of Myelodysplastic Syndrome Using the Tapestri® Single-Cell DNA AML Panel

ダウンロード


(SNV+CNV)
(2020年7月改定)

【掲載内容】

●Copy Number Variants and Single Nucleotide Variants Simultaneously Detected in Single Cells

ダウンロード


(SNV+CNV+Protein)
  (2020年7月改定)

【掲載内容】

●Single-Cell Multi-Omics Reveals Novel Correlations Between Genomic Variants and Protein Expression in AML Patient Samples.

ダウンロード
  (2020年7月改定)

【掲載内容】

●Single cell Multi omics Enables Granular Resolution Into AML For Powerful Insight Into the Correlation Between Genotype and Phenotype.

ダウンロード


お見積り依頼・お問合せ

Tapestri®プラットフォームに関するお見積り依頼・お問合せについては、以下までご連絡ください。
Phone 052-624-4388(平日9:00~18:00)
E-mail: si-support@filgen.jp


注意事項

・本製品は研究用です。診断用途ではご利用頂けません。
・本ウェブページは、製造元であるMission Bio社のウェブサイト情報を利用して作成されています。
・翻訳には細心の注意を払っていますが、本ウェブページに誤訳等があっても、弊社は責任を負いかねます。
・本ウェブページに掲載されている内容は、将来予告なく変更されることがあります。


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