製品情報・受託サービス情報
What's New! 製品・サービス情報 ダウンロード e-mail_news登録    
会社情報
概要 ミッション アクセス リクルート 連絡先 ビジネスパートナー ライセンス 個人情報保護方針
Home製品・サービス情報科学機器>Mission Bio社製 ターゲット・シングルセルDNA解析プラットフォーム Tapestri

製品・サービス情報

  
受託サービス
サービス別ラインナップ
  
科学機器
製品別ラインナップ
メーカー別ラインナップ
+ Mission Bio
ターゲット・シングルセルDNA解析プラットフォーム
Tapestri®
  
試薬・材料・消耗品
製品別ラインナップ
メーカー別ラインナップ
  
ソフトウェア
製品別ラインナップ
メーカー別ラインナップ

Mission Bio社製品
ターゲット・シングルセルDNA解析プラットフォーム
Tapestri
®
特長 / 腫瘍内不均一性を明らかにするTapestri® Platform / がんの真の姿に近づくシングルセルマルチオミックス解析機能 / ハイスループットなシングルセルDNAシークエンス・シングルセルマルチオミックス解析の実現方法 / Tapestri® Platform の製品構成・対応サンプル・ワークフロー / 遺伝子パネル(Core Kit+Oligo Pool)・DNAカートリッジ・TotalSeqTM-D / Tapestri Instrument / バイオインフォマティクスツール / アプリケーション / ユーザーの声 / 論文 / 価格 / カタログ・アプリケーションノートダウンロード / お見積り依頼・お問合せ

精密医療の発展に貢献するプラットフォーム


Tapestri® Platformは、がんの腫瘍内不均一性を詳細に解明する革新的なプラットフォームです。最大1万細胞のシングルセルDNAシークエンスを実現することで、各細胞の持つ変異プロファイルを明らかにするとともに、レアなクローンを検出します。この優れた能力は、かつてないほど正確にがん不均一性を明らかにすることで、がんの再発・治療抵抗性メカニズムの解明、新たな治療法の開発など、精密医療につながる研究に貢献します。
Tapestri® PlatformをBioLegend社のTotalSeq
TM-Dと組み合わせることで、シングルセルマルチオミックス解析を行うことができます。一つの細胞から変異情報と細胞表面タンパク質発現情報を取得することで、さらに詳細にクローン多様性を明らかにするとともに、ジェノタイプの変化とフェノタイプの変化を関連付けることが可能です。


特長

優れたシングルセルDNA解析スループットと検出感度で腫瘍内不均一性を解明
数百の標的DNA領域上のSNV/Indelを1細胞レベルで検出
遺伝子・染色体レベルのCNV検出
同一細胞から変異情報と細胞表面タンパク質発現情報を一度に得るシングルセルマルチオミックス解析
様々ながん遺伝子パネルと独自に設計できるカスタムパネル


腫瘍内不均一性を明らかにする Tapestri® Platform

がんは遺伝学的に不均一な疾患
がんは正常な細胞に遺伝子変異が起きることで生じる疾患です。癌遺伝子や腫瘍抑制遺伝子に変異が生じることで、正常な細胞は無秩序な増殖をはじめ、さらなる変異を獲得していきます。その結果、様々な細胞集団(クローン)から構成される様になり、腫瘍内不均一性が生じます(図1)。

腫瘍内不均一性はがんの大きな特徴

腫瘍内不均一性は、がんの持つ大きな特徴であり、浸潤、転移、治療抵抗性などに関与していると考えられています。例えば、ある薬でいくつかのクローンを除くことができたとしても、それに抵抗性のあるクローンが残ると、それは再発や転移の原因となり得ます。がんで化学療法や分子標的療法が成果を挙げながらも再発に至ってしまう一因として、こうした腫瘍内不均一性による治療抵抗性が考えられています。このため、腫瘍内不均一性を理解することは、がんの生物学を深く理解すると共に、より優れた医療の提供に役立つことが期待されています。

一般的な次世代シークエンスで腫瘍内不均一性を正確に知ることは困難
腫瘍内不均一性の解明は、がんの治療に役立つと考えられますが、そのためには、がんがどの様なクローンから構成されているかを正確に知る必要があります。しかし、一般的に用いられている次世代シークエンスによる解析法(バルクシークエンス)は、複数のクローンから構成されるがん組織をまるごと解析してしまいます。このため、がんを構成しているクローンの同定は、推測に大きく依存することになり、また規模の小さなクローンを見逃す恐れもあります。こうしたことから、従来の次世代シークエンスによる解析法で腫瘍不均一性を正確に明らかにすることには、限界があると考えられます。

腫瘍内不均一性を詳細に明らかにする Tapestri
® Platform のシングルセルDNAシークエンス
Tapestri® Platform のシングルセルDNAシークエンスは、従来法と比較して、より直接的にがんを構成するクローンを知ることができます。これは、1細胞レベルで各細胞が持つ変異を検出し、さらにその接合性も測定することによって実現されています。この1細胞レベルの解析法は、クローン内で共起している変異を明らかにするだけでなく、0.1%程度しかない様な僅かなクローンの検出も可能にしています。こうした Tapestri® Platform の能力によって、より正確に腫瘍内不均一性を明らかにすることができます。



図1. がんのクローン進化


がんの真の姿に近づくシングルセルマルチオミックス解析機能

様々なデータを各プラットフォームから得るマルチオミックス解析法では、十分なサンプル、時間、手間が必要

がんのゲノム解析では、変異データが取得されますが、より真の姿を捉えるために、エピゲノムやプロテオームなど、様々なデータも統合して解析されることがあります。こうしたマルチオミックス解析によって疾患に特異的な特徴が明らかとなり、より優れたバイオマーカーの発見につながる可能性があります。しかし、複数のデータを別々のプラットフォームから取得するアプローチには、いくつかの困難が伴います。

例えば、SNV/indelデータを得るために次世代シークエンス、タンパク質データを得るためにフローサイトメトリ―、CNVデータを得るためにCNVアレイ解析などを行う場合、それぞれのプラットフォームで実験をしなくてはなりません。このことは、解析に消費されるサンプル量や解析に費やされる時間が増加することを意味します。また、得られるデータはすべて異なるプラットフォームに由来するため、解析と解釈には労力を伴います。

Tapestri® Platform のシングルセルマルチオミックス解析は一度のアッセイで同じ細胞から変異とタンパク質のデータを取得
Tapestri® Platform では、BioLegend社のTotalSeqTM-Dを使用することで、同じ細胞からSNV/indel/CNVのデータと細胞表面タンパク質の発現データを一度に得ることができます。また、これらのデータを統合して解析するバイオインフォマティクスツールも用意されています。ジェノタイプとフェノタイプの情報を同じプラットフォーム、同じ細胞から得ることによって、解析に必要となるサンプルや時間、労力を節約します。

ジェノタイプ情報だけでは分からなかったサブクローンを知る
同じ細胞からSNVやCNV、タンパク質のデータを得ることは、がんを構成するクローン構造を詳細に解明する際に役立ちます。Tapestri® Platform で4種の培養細胞を混合したサンプルを解析した実験結果を示した図2において、SNVやCNV、タンパク質単独では各細胞株は非常によく分離されています。このことから、ジェノタイプ情報だけでは知ることのできなかったクローンを、フェノタイプ情報を合わせることによって見つけられる様になると考えられます。

ジェノタイプの変化に伴うフェノタイプの変化を知ることも可能
同じ細胞からジェノタイプとフェノタイプの情報を取得することには、ジェノタイプやフェノタイプだけでは知ることのできなかったサブクローンを見出す以外にもメリットがあります。それは、ジェノタイプが変化することによって、フェノタイプがどの様に変化するかを知ることができることです。


図2. Tapestri Platform によるシングルセルマルチオミックス解析


ハイスループットなシングルセルDNAシークエンス/シングルセルマルチオミックス解析の実現方法

マイクロフルイディクス+細胞バーコード=ハイスループット
Tapestri® Platform では、マイクロフルイディクスと細胞バーコード技術によって、数千から最大1万細胞というハイスループットなシングルセルDNAシークエンス/シングルセルマルチオミックス解析を実現しています(図3)。具体的には、マイクロ流路で細胞と細胞バーコードなどの試薬を混合し、液滴を形成します。細胞バーコードがあることによって、シークエンスで得られた各リードが、それぞれどの細胞に由来するかを知ることができます。

独自の2段階の液滴形成でシングルセルDNA解析を実現
シングルセルDNAシークエンスの難しさは、ゲノムDNAがクロマチンに格納されていることによってもたらされています。Tapestri® Platform では、2段階で液滴を形成する「2段階ワークフロー」によってこの問題を克服しています。

1段階:細胞と独自のプロテアーゼカクテルで液滴を形成(液滴内で細胞を溶解し、ゲノムDNAをクロマチンから遊離)。
2段階:1段階目で得たセルライセートを細胞バーコードなどの試薬と混合し、液滴を形成。


こうして得られた液滴内で標的DNA領域が増幅されると共に細胞バーコードが付加され、最終的にilluminaシークエンサー用のライブラリーが得られます。シークエンスデータによって、標的DNA領域上の変異を検出します。

シングルセルマルチオミックス解析はオリゴヌクレオチド標識抗体を利用することで実現
Tapestri® Platform のシングルセルマルチオミックス解析では、細胞表面タンパク質発現データを取得することができますが、これはBioLegend社のオリゴヌクレオチド標識抗体「TotalSeqTM-D」によって実現されています。あらかじめ細胞をこの抗体で処理しておくことで、シングルセルDNAシークエンスと同じワークフローでシングルセルマルチオミックス解析を行うことができます。2段階ワークフローの1段階目の細胞溶解で抗体は分解されてしまいますが、オリゴヌクレオチドは残ります。これをシークエンスして得たデータを基に、細胞表面タンパク質を定量します。


図3. Tapestri® Platform 独自の2段階ワークフロー



Tapestri® Platform の製品構成・対応サンプル・ワークフロー

製品構成
Tapestri® Platform の製品は大きく消耗品、装置及びバイオインフォマティクスツールから構成され、サンプル調整からデータ解析までをサポートしています。シングルセルマルチオミックス解析では、BioLegend社のTotalSeqTM-Dを組み合わせます。シークエンスには、illumina社の次世代シークエンサーを使用します。

Tapestri® Platform を構成する製品は、以下の通りです。

・消耗品: 各種遺伝子パネル(Core Kit+DNA Oligo Pool), DNAカートリッジ
・装置: Tapestri Instrument
・バイオインフォマティクスツール: Tapestri Designer, Tapestri Pipeline, Tapestri Insights
・BioLegend社製品: TotalSeq
TM-D(※)

※シングルセルマルチオミックス解析をする場合に必要です。

対応サンプル
Tapestri® Platform は、以下の様に様々なサンプルに対応しています。固形組織の場合は、凍結サンプルから抽出した核を解析に使用しますが、基本となる抽出プロトコルを用意しています。

・末梢血単核球
・骨髄液中の単核球
・培養細胞
・凍結組織から単離した核

ワークフロー
Tapestri® Platform のシングルセルDNAシークエンスワークフローは、以下の様にとてもシンプルです(図4)。

1.使用する遺伝子パネルの選択(カスタムの場合は先にパネルデザインを行います。)
2.遺伝子パネルとTapestri Instrumentでシングルセルシークエンス用のライブラリーを調整
3.illuminaシークエンサーでシークエンス
4.シークエンスデータをTapestri Pipelineにアップロードして、バリアントコール等の解析を実施
5.得られたデータをTapestri Insightsに読み込ませてさらなる解析やデータの視覚化を実施

シングルセルマルチオミックス解析の場合、あらかじめ細胞をBioLegend社のTotalSeq
TM-Dで処理しておきます。そのあとのワークフローはシングルセルDNAシークエンスと同様です。


図4. Tapestri® Platform による解析ワークフロー


遺伝子パネル(Core Kit+Oligo Pool)・DNAカートリッジ・TotalSeqTM-D

Tapestri® Platform の遺伝子パネルは、細胞バーコードやライブラリー調整に必要な試薬を含んだ Core Kit と標的特異的プライマーセットである Oligo Pool から構成されています。

2種類の Core Kit
・DNA Core Kit: シングルセルDNAシークエンス用
・DNA+Protein Core Kit: シングルセルマルチオミックス解析用

カタログ DNA Oligo Pool とカスタム DNA Oligo Pool
カタログ DNA Oligo Pool は、様々ながん研究用にデザインされていますが、いくつかは、in silico でデザインされた受注生産品です。こうした受注生産品の DNA Oligo Pool において、ウェット実験による標的変異の検出は未検証です。

【造血器腫瘍研究用】
Acute Myeloid Leukemia
Chronic Lymphocytic Leukemia
Myeloid
Acute Lymphoblastic Leukemia*
Chronic Myeloid Leukemia*
Classic Hodglin's Lymphoma*
Diffuse Large B-Cell Lymphoma*
Fullicular Lymphoma*
Mantle Cell Lymphoma*
Multiple Myeloma*
Myelodysplastic Syndromes*
Myeloproliferative Neoplasms*
T-Cell Lymphoma*

【固形腫瘍研究用】
Tumor Hotspot
Breast Invasive Carcinoma*
Colon Adenocarcinoma*
Glioblastoma Multiforme*
Kidney Renal Clear Cell Carcinoma*
Liver Hepatocellular Carcinoma*
Lung Adenocarcinoma*
Lung Squamous Cell Carcinoma*
Ovarian Cancer*
Pancreatic Adenocarcinoma*
Prostate Adenocarcinoma*
Skin Cutaneous Melanoma*

【カスタム】
カタログDNA Oligo Pool に研究対象となる領域が含まれていない場合、ユーザーが独自にデザインすることが可能です。こうしたカスタムDNA Oligo Pool*をデザインするために、バイオインフォマティクスツール「Tapestri Designer」を用意しています。

*受注生産品。ウェット実験による標的変異の検出は未検証です。

シングルセルの単離を行うDNAカートリッジ
試薬やサンプルを入れるパーツで、装置である Tapestri Instruments に取り付けて使用します。このカートリッジは使い捨て式です。

TotalSeq
TM-D
Tapestri Platform のシングルセルマルチオミックス解析は、BioLegend社の TotalSeqTM-D によって実現されています。詳細は、同社のウェブサイトをご参照ください。

【造血器腫瘍研究用】
TotalSeqTM-D Human Hemo Oncology Cocktail


Tapestri Instrument

シングルセル化と液滴形成の実行
Tapestri Platformでのシングルセル化や液滴形成に重要な装置で、DNAカートリッジを取り付けて使用します。

コンパクト
ベンチトップサイズの装置につき、実験スペースを大きくとることはありません。

簡単操作
装置のタッチパネルからプログラムを選択するだけで、シングルセル化や液滴形成が自動で実行されます。


バイオインフォマティクスツール

Tapestri Designer
Tapestri Platform で使用するカスタムDNA Oligo Pool をデザインするためのツールです。Mission Bio のウェブポータルのアカウントがあれば、どなたでもご利用いただけます。関心とする遺伝子名やDNA領域の座標、dbSNP ID などをアップロードすることで、自動的にアンプリコンが設計されます。ヒトゲノム及びマウスゲノムに対応し、20~500アンプリコン設計することが可能です。カスタムDNA Oligo Pool の設計以外にも、カタログDNA Oligo Pool の標的領域やカバレッジなどの情報も閲覧できます。Tapestri Designer は、オンラインベースのツールですので、ご利用にはインターネット接続が必要です。

Tapestri Pipeline
Tapestri Platform で得られるシークエンスデータを解析するためのツールです。クラウドベースのツールですので、アカウントとインターネット接続があればどこからでも解析を行うことができます。リファレンスゲノムへのアライメントや細胞への割り当て、バリアントコールを自動で実行するため、ユーザーはシークエンスデータをアップロードするだけです。このツールでは、Tapestri Insightsで解析・視覚化するためのデータが作成されます。Tapestri Platform の Core Kit を購入することで、このツールへのアクセス権を得ることができます。

Tapestri Insights
Tapestri Pipeline から得たデータを基に、変異のフィルタリングを行ったり、サブクローンを同定したりするためのツールです。ヒートマップやフィッシュプロット、UMAPなど、様々なプロットによってデータを視覚化することも可能です。Tapestri Insights は、Mission Bio のウェブポータルのアカウントがあれば、どなたにでもご利用頂けます。本ツールは、コンピューターにインストールして使用するタイプの製品ですが、ご利用時にはインターネット接続が必要です。

Tapestri Mosaic
Tapestri Insights よりもさらに高度な解析や視覚化を行うための Python ベースのツールです。CNV解析には本ツールを使用しますが、他にもTapestri Insights には無い様々な機能があります。


アプリケーション


がん研究
・腫瘍内不均一性の解明
・クローン進化の追跡・解明
・進化系統樹の構築
・治療抵抗性メカニズムの解明
・微小残存病変(MRD)の評価

ゲノム編集
・オルガノイドモデルにおける不均一性の評価
・CRISPRゲノム編集効率の評価


ユーザーの声

UCSF

"No technology prior to Tapestri has been able to give us the resolution to decipher co-occurring mutations in the same clones. These insights are especially important in our study of resistance mechanisms and combinatorial therapies in key clinical trials."
- CATHERINE SMITH, MD

FRED HUTCH
"To accelerate the understanding of response, resistance, and relapse, it is important to move away from bulk sequencing and make single-cell analysis routine"
- JERRY RADICH, MD

MD Anderson Cancer Center
"In studying leukemias, we are excited about now having the ability to genotype multiple mutations at single-cell resolution in this level of high throughput. Otherwise, the average readout from bulk sequencing misses important insights in cellular heterogeneity. This new capability of single-cell analysis is critical to better understanding precision therapy selection at diagnosis as well as disease monitoring and subsequent treatment strategy."
- KOICHI TAKAHASHI, MD

Memorial Sloan Kettering Cancer Center
"Connecting the DNA mutational Profile with the protein profile of the same cell is transforming our understanding of cancer, as this gives us the capability to connect somatic mutations to specific differentiation states, and to really understand how leukemia initiates and evolves. This is a game-changer when it comes to developing precise, effective treatments."
- ROSS LEVINE, MD

Francis Crick Institute, United Kingdom
"Access to both SNVs and CNVs at the single-cell level, from the same cell, gives us higher resolution to explore tumor evolution and desease progression. We look forward to analyzing these novel data types to help us better resolve the genetic and cellular heterogeneity in cancer"
- SAMARA TURAJILIC, MD


論文

Tapestri Platformを用いた研究は、Nature や Nature Communications, Cancer Discovery, Blood など、様々なジャーナルで発表されています。
Mission Bio社ウェブサイトのPublicationsをご参照ください。


価格

製品名 容量 参考価格(税別)*9 Cat.#
装置
Tapestri® Instrument for Academic*1,*2 - ¥21,600,000 F-MB01-0020-AI
Tapestri® Instrument*2 - ¥26,900,000 F-MB01-0020-I
DNAカートリッジ
Tapestri® Single-Cell DNA Cartridge Kit 8 runs ¥210,000 F-MB02-0001
遺伝子パネル(コアキット・オリゴプール)*3
Tapestri® Single-Cell DNA Core Kit 8 runs ¥2,470,000 F-MB03-0033
Tapestri® Single-Cell DNA+Protein Core Kit 8 runs お問合せ F-MB03-0034
Tapestri® Single-Cell DNA AML Oligo Pool*4 8 runs ¥160,000 F-MB03-0035
Tapestri® Single-Cell DNA Myeloid Oligo Pool*4 8 runs ¥160,000 F-MB03-0036
Tapestri® Single-Cell DNA CLL Oligo Pool *4 8 runs ¥160,000 F-MB03-0038
Tapestri® Single-Cell DNA THP Oligo Pool*3 8 runs ¥160,000 F-MB03-0037
Tapestri® Single-Cell DNA Custom Oligo Pool*4,*5,*6 8 runs お問合せ お問合せ
延長保証*7,*8
Tapestri® Instrument延長保証(1年間) - ¥2,200,000 F-MB04-0007
Tapestri® Instrument延長保証(2年間) - ¥4,000,000 F-MB04-0008
Tapestri® Instrument延長保証(3年間) - ¥5,400,000 F-MB04-0009
Tapestri® Instrument延長保証(4年間) - ¥6,400,000 F-MB04-0010
*1. アカデミックユーザー様向けの製品です。
*2. 納品日より1年間の製品保証(*8)及びトレーニングが含まれます。
*3. 遺伝子パネルの使用には、DNA Cartridge Kit、DNA Core Kit 及びいずれかの Oligo Pool が必要です。
*4. DNA cartridge Kit 及び DNA Core Kit は、含まれていません。別途ご購入ください。
*5 4キットからの注文を受け付けしています。
*6. 設計アンプリコン数により価格が異なりますので、お問合せください。
*7 装置である Tapestri® Instrument の製品保証を延長します。
*8. 製品保証では、故障時のサポート及び新型機リリース時の有償アップグレードが受けられます。
*9. 参考価格はすべて税別であり、予告なく変更される場合があります。


カタログ・アプリケーションノートダウンロード

Tapestri®プラットフォームのカタログ・アプリケーションノート(日本語版)は、以下のリンク先よりダウンロードできます。
原文(英語版)につきましては、Mission Bio社ウェブサイトのResourcesよりご取得頂けます。


【カタログ(日本語版)】

  (2020年12月改定) 

【掲載内容】

●Tapestri® Platform for Single-cell Multi-omics
●Mission Bio Tapestri Single-cell DNA Panels &Protein

カタログダウンロード

(2019年11月発行)

【掲載内容】

●シングルセルDNA解析カスタムパネル

カタログダウンロード

(2019年11月発行)

【掲載内容】

●ターゲット・シングルセルDNA解析プラットフォーム Tapestri®(フライヤー版)

カタログダウンロード

【アプリケーションノート(日本語版)】

(SNV+Indel)
(2020年7月改定)

【掲載内容】

●Single-cell DNA Analysis with the Tapestri® Platform and nuclei from metastatic melanoma tissue

ダウンロード

(2020年7月改定)

【掲載内容】

●Single-cell DNA Analysis of Myelodysplastic Syndrome Using the Tapestri® Single-Cell DNA AML Panel

ダウンロード


(SNV+CNV)
(2020年7月改定)

【掲載内容】

●Copy Number Variants and Single Nucleotide Variants Simultaneously Detected in Single Cells

ダウンロード


(SNV+CNV+Protein)
  (2020年7月改定)

【掲載内容】

●Single-Cell Multi-Omics Reveals Novel Correlations Between Genomic Variants and Protein Expression in AML Patient Samples.

ダウンロード
  (2020年7月改定)

【掲載内容】

●Single cell Multi omics Enables Granular Resolution Into AML For Powerful Insight Into the Correlation Between Genotype and Phenotype.

ダウンロード


お見積り依頼・お問合せ

Tapestri®プラットフォームに関するお見積り依頼・お問合せについては、以下までご連絡ください。
Phone 052-624-4388(平日9:00~18:00)
E-mail: si-support@filgen.jp


注意事項

・本製品は研究用です。診断用途ではご利用頂けません。
・本ウェブページは、製造元であるMission Bio社のウェブサイト情報を利用して作成されています。
・翻訳には細心の注意を払っていますが、本ウェブページに誤訳等があっても、弊社は責任を負いかねます。
・本ウェブページに掲載されている内容は、将来予告なく変更されることがあります。


お問い合わせ 科学機器部 2グループ: si-support@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
Copyright (C) 2004-2021 Filgen, Inc. All Rights Reserved.