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ターゲット・シングルセルDNA解析プラットフォーム
Tapestri
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Mission Bio社製品
ターゲット・シングルセルDNA解析プラットフォーム
Tapestri
TM
特長 / 見逃されてきたサブクローンの発見 / シングルセルマルチオミクス解析の流れ / テクノロジー / 優れた検出感度 / SNP+InDel解析機能 / SNV+CNV解析機能 / マルチオミクス解析(SNV+CNV+Protein解析機能) / 遺伝子パネル / ソフトウェア / アプリケーション / ユーザーの声 / 論文 / 価格 / カタログ・アプリケーションノートダウンロード / お見積り依頼・お問合せ

同一シングルセルからジェノタイプとフェノタイプを取得するプラットフォーム


Tapestri(タペストリー)は、数千シングルセルのスケールで、同一シングルセルからジェノタイプとフェノタイプの情報を同時に取得する能力を持つ、シングルセルマルチオミクス解析プラットフォームです。
Mission BioのTapestriは、様々な細胞集団からなる疾患のゲノム多様性を検出することによって、プレシジョンメディシン(精密医療)を支援するために開発されました。柔軟性のある独自のドロップレット型マイクロフルイディクスと2段階ワークフローを採用することにより、シングルセルレベルでのDNA解析と細胞表面タンパク質の同時解析を実現しました。


特長


同一シングルセルからDNA変異(SNV/InDel/CNV)と細胞表面タンパク質発現を検出
高いスループット:最大10,000シングルセル/アッセイ
優れた感度:0.1%程度の僅かなサブクローンの検出
共起している変異と接合性を同定
コンパクト


見逃されてきたサブクローンの発見


がんなどの様々な細胞集団からなる疾患は進化します。このため、その治療→寛解→再発のサイクルを断ち切るためには、1細胞レベルで共起している変異を検出し、遺伝学的多様性を理解することが重要です。



細胞集団をまるごと解析する従来のバルク解析は、平均化されたデータに基づくため、微小にしか存在しないが、再発の原因となるサブクローンを見逃すおそれがあります。Tapestriのシングルセル解析はこうした課題を解決し、クローン構造を正確に明らかにすることで、患者さんの層別化、治療選択及び疾患のモニタリングの改善に寄与します。




シングルセルマルチオミクス解析の流れ


Tapestriプラットフォームは、シングルセル化をする装置(Tapestri Instrument)、遺伝子パネル(Tapestri Single-Cell DNA Panel)などの消耗品、及びデータ解析用のソフトウェア(Tapestri Pipeline & Insights)から構成されています。これらをilluminaシークエンサーのワークフローに組み込むことで、シングルセルマルチオミクス解析環境を構築することができます。
調整したサンプルをTapestri Instrumentでシングルセル化、バーコーディングを行い、それをもとに得られたライブラリーをilluminaシークエンサーでシークエンスします。出力されたFASTQファイルを、Tapestri Pipeline及びTapestri Insightsによって解析・可視化します。


※タンパク質解析機能は、2020年の春からご利用いただける様になる予定です。


テクノロジー


Tapestriプラットフォームでは、液滴マイクロフルイディクスと独自の二段階ワークフローを採用することで、シングルセルDNA解析を実現しています。Tapestriプラットフォームを構成する装置「Tapestri Instrument」は、数千の細胞を個々に液滴に分割します。この液滴は、ミニチューブの様な役割を果たし、数千のシングルセルを同時に処理することを可能にしています。こうした処理によって、遺伝子特異的プライマー及びタンパク質特異的プライマーによるターゲットの増幅が可能になります。




優れた検出感度


従来のバルク解析では、バリアントアレル頻度からサブクローン内で共有されている変異を推測するのに対し、TapestriプラットフォームではシングルセルDNA解析によって、そうした共有されている変異を直接的に評価します。Tapestriプラットフォームのサブクローンの検出感度は、~0.1%であり、微小残存病変などの僅かなクローンも検出可能です。





SNP+InDel 解析機能


従来のバルク解析で得た平均化されたデータは、細胞集団内に存在する僅かな変異を見逃すおそれがあります。Tapestriは、同一シングルセル内のSNVとInDelを検出することが可能です。患者さんの層別化と治療選択、疾患のモニタリングを改善するには、微小なサブクローンを検出し、各細胞で共起している変異と変異の接合性を同定する必要があります。

McMahon C.M., Cancer Research (2019)


SNV+CNV解析機能


Tapestriプラットフォームは、同一シングルセル内の一塩基変異(SNV)及びコピー数多型(CNV)の両方を検出する唯一のターゲット・シングルセルDNA解析プラットフォームです。このプラットフォーム一つで、包括的なシングルセルDNA解析を行い、SNVとCNVの両方を検出することで、ゲノム不均一性を特徴付けることが可能です。

最大10,000細胞でのSNV及びCNV検出
遺伝子レベルから染色体レベルでの増幅、欠失及びヘテロ接合性の消失(LOH)の解明
各遺伝子パネル及びカスタムパネルに対応


マルチオミクス解析(SNV+CNV+Protein解析機能)


がんの複雑性を解明するには、ジェノタイプとフェノタイプの両方の情報が必要です。Tapestriは、同一シングルセル内でSNV、CNV及びタンパク質発現変化を同時に検出するシングルセルマルチオミクスプラットフォームに進化します。ジェノタイプとフェノタイプの両方のデータから、真のマルチオミクス像を観察することができる様になります。

【アプリケーションノート(日本語版)】
Single-Cell Multi-Omics Reveals Novel Correlations Between Genomic Variants and Protein Expression in AML Patient Samples.
・  Single cell Multi omics Enables Granular Resolution Into AML For Powerful Insight Into the Correlation Between Genotype and Phenotype.


※本機能は、2020年の春からご利用頂ける様になる予定です。


遺伝子パネル


Tapestriプラットフォームで使用する遺伝子パネル「Tapestri Single-Cell DNA Panel」には、あらかじめ製品化されているカタログパネルと、ユーザーが独自にデザインするカスタムパネルがあります。カタログパネルには、血液腫瘍研究用と固形腫瘍研究用の2種が用意されています。こうした遺伝子パネルで標的としたゲノムDNA領域上から、SNV及びsmall indelを検出します。

【血液腫瘍研究用カタログパネル】

・Tapestri Single-Cell DNA CLL Panel
シングルセルシークエンシング用の32遺伝子を対象とした274アンプリコンによって、慢性リンパ性白血病(CLL)の遺伝的多様性に関する理解を深めます。癌遺伝子及び腫瘍抑制遺伝子を対象とすることで、複数のCLLと関連性の高い一般的な変異遺伝子に対応する様設計されています。


・Tapestri Single-Cell DNA AML Panel
シングルセルシークエンシング用の20遺伝子を対象とした127アンプリコンによって、急性骨髄性白血病(AML)の遺伝的多様性に関する理解を深めます。癌遺伝子及び腫瘍抑制遺伝子を対象とすることで、複数のAMLと関連性の高い一般的な変異遺伝子に対応する様設計されています。


・Tapestri Single-Cell DNA Myeloid Panel
急性骨髄性白血病(AML)、骨髄異形成症候群(MDS)、骨髄増殖性腫瘍(MPN)、慢性骨髄性白血病(CML)、慢性骨髄単球性白血病(CMML)、若年性骨髄単球性白血病(JMML)を含む骨髄性疾患に包括的に対応する様設計されています。これらの疾患に関連する45のドライバー遺伝子を対象とした312アンプリコンのSNV及びindelを標的としています。



【固形腫瘍研究用カタログパネル】

・Tapestri Single-Cell DNA Tumor Hotspot Panel
固形腫瘍がんにおける不均一性は、クローン進化及び患者の治療効果に影響します。様々な固形腫瘍に関連する59の癌遺伝子及び腫瘍抑制遺伝子のホットスポットを標的としたSNV及びindelを検出することによって、腫瘍におけるゲノム多様性を解明します。乳癌、肺癌、前立腺癌及び大腸癌の新鮮凍結組織から単離した核で検証されています。



【カスタムパネル】


・Tapestri Custom Single-Cell DNA Panel
ユーザーの目的に合わせて作成するカスタムパネルです。パネルのデザインには、オンラインツール「Tapestri Designer」を使用します。目的とする領域、変異を指定したり、カタログパネルやあらかじめデザインされたプリデザインパネルを編集することで、パネルをデザインできます。

遺伝子、転写物もしくは染色体領域又は標的SNV及びsmall indelを標的とした変異の検出
一つのパネルで20-300アンプリコンの設計が可能
シンプルかつ直感的なオンラインデザインツール「Tapestri Designer」を用意
既存のカタログパネルのカスタマイズ
パネルデザインを支援する専門的なバイオインフォマティクス及びテクニカルサポート


ソフトウェア


Tapestriプラットフォームには、Tapestri PipelineとTapestri Insightsの2種のソフトウェアがあります。Tapestri Pipelineは、シークエンサーのFastqファイルを取り込み、細胞の同定及び変異のコールを行います。そして、Tapestri Insightsによって、変異のフィルタリング、サブクローンの可視化を行います。




アプリケーション


【血液腫瘍】
クローン進化は、血液悪性腫瘍の進展の基礎をなしており、治療反応、治療抵抗性及び残存病変に影響します。Tapestriプラットフォームの遺伝子パネルは、AML、MDS、MPN、CML、CMML及びJMMLに関与する最も重要なホットスポットSNV及びindelに対応しています。

【固形腫瘍】
固形腫瘍における不均一性は、クローン進化及び患者の治療効果に影響します。Tapestriプラットフォームの遺伝子パネルは、様々な腫瘍タイプのゲノム多様性を高解像度にプロファイリングします。

【ゲノム編集】
ゲノム編集における進歩は、特定の配列の編集による精密治療法に変化をもたらしました。こうしたゲノム編集は強力である一方、常に正確又は効率的とは限りません。このため、適切に編集されたかを評価する正確なツールが必要です。Tapestriプラットフォームのカスタム作成が可能な遺伝子パネルは、ゲノム編集のターゲット効率を評価する方法を提供します。


ユーザーの声


UCSF

"No technology prior to Tapestri has been able to give us the resolution to decipher co-occurring mutations in the same clones. These insights are especially important in our study of resistance mechanisms and combinatorial therapies in key clinical trials."
- CATHERINE SMITH, MD

FRED HUTCH
"To accelerate the understanding of response, resistance, and relapse, it is important to move away from bulk sequencing and make single-cell analysis routine"
- JERRY RADICH, MD

MD Anderson Cancer Center
"In studying leukemias, we are excited about now having the ability to genotype multiple mutations at single-cell resolution in this level of high throughput. Otherwise, the average readout from bulk sequencing misses important insights in cellular heterogeneity. This new capability of single-cell analysis is critical to better understanding precision therapy selection at diagnosis as well as disease monitoring and subsequent treatment strategy."
- KOICHI TAKAHASHI, MD

Memorial Sloan Kettering Cancer Center
"Connecting the DNA mutational Profile with the protein profile of the same cell is transforming our understanding of cancer, as this gives us the capability to connect somatic mutations to specific differentiation states, and to really understand how leukemia initiates and evolves. This is a game-changer when it comes to developing precise, effective treatments."
- ROSS LEVINE, MD

Francis Crick Institute, United Kingdom
"Access to both SNVs and CNVs at the single-cell level, from the same cell, gives us higher resolution to explore tumor evolution and desease progression. We look forward to analyzing these novel data types to help us better resolve the genetic and cellular heterogeneity in cancer"
- SAMARA TURAJILIC, MD


論文


Ediriwickrema, A. et. al., Single-cell mutational profiling enhances the clinical evaluation of AML MRD. Blood Adv. 2020. 4:943-952
Xu L. et. al., Clonal Evolution and Changes in Two AML Patients Detected with A Novel Single-Cell DNA Sequencing Platform. Sci Rep. 2019. 9: 11119
Wei AH. et. al., Polyclonal Heterogeneity: The New Norm for Secondary Clinical Resistance to Targeted Monotherapy in Relapsed Leukemia? Cancer Discov. 2019. 9: 998-1000
Gao Y. et. al., V211D Mutation in MEK1 Causes Resistance to MEK Inhibitors in Colon Cancer. Cancer Discov. 2019. 9: 1182-1191
McNahon CM. et. al., Clonal Selection with RAS Pathway Activation Mediates Secondary Clinical Resistance to Selective FLT3 Inhibition in Acute Myeloid Leukemia. Cancer Discov. 2019. 9: 1050-1063
Pellegrino, M. et. al., Genome Research Publication: High-throughput single-cell DNA sequencing of acute myeloid leukemia tumors with droplet microfluidics. Genome Res. 2018. 28: 1345-1352


価格


製品名 容量 参考価格(税別)*8 Cat.#
装置
Tapestri Instrument for Academic*1,*2 - ¥21,600,000 F-MB01-0001AI
Tapestri Instrument*2 - ¥26,900,000 F-MB01-0001I
消耗品(パネル・DNAカートリッジ)
Tapestri Single-Cell DNA Cartridge Kit 8 runs ¥210,000 F-MB02-0001
Tapestri Single-Cell DNA AML Kit*3 8 runs ¥2,120,000 F-MB03-0016
Tapestri Single-Cell DNA Myeloid Kit*3 8 runs ¥2,120,000 F-MB03-0017
Tapestri Single-Cell DNA CLL Kit *3 8 runs ¥2,120,000 F-MB03-0019
Tapestri Single-Cell DNA Tumor HotSpot Kit*3 8 runs ¥2,120,000 F-MB03-0018
Tapestri Single-Cell Custom Panel Kit(up to 500 amplicons)*3,*4,*5 8 runs ¥3,120,000 F-MB03-0010
Tapestri Single-Cell Custom Panel Kit(>500 amplicons)*3,*4,*5 8 runs お問合せ F-MB03-XXXX*6
延長保証*7,*8
Tapestri Instrument延長保証(1年間) - ¥1,400,000 F-MB04-0007
Tapestri Instrument延長保証(2年間) - ¥2,600,000 F-MB04-0008
Tapestri Instrument延長保証(3年間) - ¥3,500,000 F-MB04-0009
Tapestri Instrument延長保証(4年間) - ¥4,200,000 F-MB04-0010
*1. アカデミックユーザー様向けの製品です。
*2. 納品日より1年間の製品保証*8、現地据付調整およびトレーニング(1回)が含まれます。
*3. DNA cartridge Kit(#F-MB-046459)は含まれていません。別途ご購入ください。
*4. 2キットからの注文受付となります。
*5 カスタム内容によって、追加料金を頂く可能性があります。
*6. Cat.#は、プロジェクトごとにご案内します。
*7 Tapestri Instrument(#F-MB01-0020A-I/#F-MB01-0020-I)の製品保証を延長します。
*8. 製品保証では、故障時のサポート及び新型機リリース時の有償アップグレードが受けられます。
*9. 参考価格はすべて税別であり、予告なく変更される場合があります。


カタログ・アプリケーションノートダウンロード


Tapestriプラットフォームのカタログ・アプリケーションノート(日本語版)は、以下のリンク先よりダウンロードできます。
原文(英語版)につきましては、Mission Bio社ウェブサイトのResourcesよりご取得頂けます。


【カタログ(日本語版)】

  (2019年11月改定)

【掲載内容】

●ターゲット・シングルセルDNA解析プラットフォーム Tapestri

カタログダウンロード

(2019年11月改定)

【掲載内容】

●シングルセルDNA解析パネル

カタログダウンロード

(2019年11月発行)

【掲載内容】

●シングルセルDNA解析カスタムパネル

カタログダウンロード

(2019年11月発行)

【掲載内容】

●ターゲット・シングルセルDNA解析プラットフォーム Tapestri(フライヤー版)

カタログダウンロード

【アプリケーションノート(日本語版)】

  (2019年12月発行)

【掲載内容】

●Single-Cell Multi-Omics Reveals Novel Correlations Between Genomic Variants and Protein Expression in AML Patient Samples.

ダウンロード

  (2020年4月発行)

【掲載内容】

●Single cell Multi omics Enables Granular Resolution Into AML For Powerful Insight Into the Correlation Between Genotype and Phenotype.

ダウンロード


お見積り依頼・お問合せ


Tapestriプラットフォームに関するお見積り依頼・お問合せについては、以下までご連絡ください。
Phone 052-624-4388(平日9:00~18:00)
E-mail: si-support@filgen.jp


注意事項


・本製品は研究用です。診断用途ではご利用頂けません。
・本ウェブページは、製造元であるMission Bio社のウェブサイト情報を利用して作成されています。
・翻訳には細心の注意を払っていますが、本ウェブページに誤訳等があっても、弊社は責任を負いかねます。
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