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ターゲット・シングルセルDNA解析プラットフォーム
Tapestri
TM
  
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Mission Bio社製品
ターゲット・シングルセルDNA解析プラットフォーム
Tapestri
TM

従来のバルクシークエンシングでは、細胞集団のデータが平均化されてしまうため、細胞集団内、あるいは細胞集団間の低頻度な遺伝子変異や潜在的な遺伝的多様性を見逃してしまう恐れがありました。がん研究において、この様な遺伝的多様性や変異は患者ごとに異なるため、これらを正確に把握することが重要です。
Tapestri
TM は、共起的に変異している細胞集団や、各シングルセルにおける遺伝的接合性、遺伝的不均一性を解明し、患者の階層化、治療法の選択、病態のモニタリングの改善に活用できる革新的なプラットフォームです。
特長


・細胞スループット:最大10,000
・最小0.1%のサブクローンを検出
・ターゲット領域の高精度な SNV と small indel 検出
・サブクローン内の共起性遺伝子変異を同定
・クローン進化の解明
・直感的かつ機能的なソフトウェア
・シンプルなワークフロー
・カスタマイズ可能な遺伝子パネル






原理




Tapestri
TM プラットフォームでは、マイクロフルイディクス技術により、数千もの細胞を1細胞づつドロップレット内にカプセル化し、2段階で処理します。まず、カプセル化した細胞のプロテアーゼ消化を行い、DNAを露出させます。その後、各ドロップレット内に固有のバーコードが付加されたビーズと特異的領域を増幅するための試薬を注入し、標的遺伝子領域を増幅します。

【全体のワークフロー】


1. 細胞調整
2. 細胞のカプセル化、DNA抽出、バーコード配列付加、DNA増幅(上記参照)
3. NGSライブラリー調整、NGS解析
4. データ解析


シングルセルDNAパネル


TapestriTM プラットフォームでは、シングルセル・レベルでの標的遺伝子のSNV、indelの正確かつ効率的な検出を可能とする、専用カタログパネルまたは、カスタムパネルを用いて解析を行います。 TapestriTM プラットフォームの2ステップ・ワークフローを活用し、ユーザーは前例のないスピードとスケールで複雑なサンプルの遺伝的不均一性を解明できます。通常のバルクシークエンシングでは見逃されていた希少サブクローンの同定や、サブクローン内の共起性突然変異パターンの同定のみならず、血液悪性腫瘍、固形がんプロファイリング、ゲノム編集プログラムを含む数多くの研究やトランスレーショナル・アプリケーションに利用することができます。

【サンプル調整手順の概要】




CN5:custom N5 annealing site, BC:barcode, GSP-Fwd:gene-specific forward primer, GSP-Rev=gene-specific reverse primer, CN7:custom N7 annealing site, P5:P5 Illumina adapter, P7:P7 Illumina adapter.

【血液悪性腫瘍研究用カタログパネル】

◆Tapestri Single Cell DNA AML Panel

急性骨髄性白血病に広く関わる19の遺伝子に渡る重要なホットスポット領域におけるSNVとindelを検出可能
急性骨髄性白血病研究サンプルのクローン構造を特徴づける様に設計
ターゲット領域のカスタマイズも可能
19 GENES AML PANEL
ASXL1 GATA2 KIT PTPN11 TP53
DNMT3A IDH1 KRAS RUNX1 U2AF1
EZH2 IDH2 NPM1 SF381 WT1
FLT3 JAK2 NRAS SRSF2

◆Tapestri Single Cell DNA Myeloid Panel

関連する47ドライバー遺伝子における遺伝子変異(SNVとindel)を検出
急性骨髄性白血病(AML)、骨髄性形成異常症候群(MDS)、骨髄増殖性悪性新生物(MPN)、慢性骨髄性白血病(CML)、慢性骨髄単球性白血病(CMML)、若年性骨髄単球性白血病(JMML)を含む骨髄疾患の網羅的遺伝子セットをカバーする様に設計
ターゲット領域のカスタマイズも可能
47 GENES MYELOID PANEL
ASXL1 DNMT3A IDH1 MYC PTPN11 STAG2
ATM ERG IDH2 MYD88 RAD21 STAT3
BCOR ETV6 JAK2 NF1 RUNX1 TET2
BRAF EZH2 KDM6A NPM1 SETBP1 TP53
CALR FLT3 KIT NRAS SF3B1 U2AF1
CBL GATA2 KMT2A PHF6 SMC1A WT1
CHEK2 GNAS KRAS PPM1D SMC3 ZRSR2
CSF3R HRAS MPL PTEN SRSF2 -

【固形腫瘍研究用カタログパネル】

◆Tapestri Single Cell DNA Tumor Hotspot Panel

様々な固形がん腫瘍に関連する59の腫瘍遺伝子と腫瘍抑制遺伝子に渡るホットスポット領域におけるSNVとindelを検出可能
様々な組織に対応した汎用的な核精製プロトコール
ターゲット領域のカスタマイズも可能
59 GENES TUMOR HOTSPOT PANEL
ABL1 CSF1R FGFR1 IDH2 MLH1 RB1
AKT1 CTNNB1 FGFR2 JAK1 MPL RET
ALK DDR2 FGFR3 JAK2 MTOR SMAD4
APC EGFR FLT3 JAK3 NOTCH1 SMARCB1
AR ERBB2 GNA11 KDR NRAS SMO
ATM ERBB3 GNAQ KIT PDGFRA SRC
BRAF ERBB4 GNAS KRAS PIK3CA STK11
CDH1 ESR1 HNF1A MAP2K1 PTEN TP53
CDK4 EZH2 HRAS MAP2K2 PTPN11 VHL
CDKN2A FBXW7 IDH1 MET RAF1 -
【カスタムパネル】

Tapestri カスタムパネルは、特定のSNVやindel検出のための最大限の柔軟性を提供し、ユーザーの時間と予算を標的遺伝子や特定のゲノム領域に集中させることができます。カスタムパネルの設計と製造は、Mission Bio社のプライマー設計の専門家と独自のパイプラインにより行われます。アプリケーションには、CRISPRやゲノム編集の品質管理、複合疾患における希少な遺伝子変異やサブクローンの検出が含まれます。

細胞スループット:最大10,000
バリアントタイプ:SNV と small indel
マルチプレックスレベル:20-300アンプリコン
汎用的な核精製プロトコール
対応シークエンサー:MiSeq, HiSeq2500, HiSeq4000, NovaSeq
対応可能なサンプルタイプ:cell line、PBMC(末梢血単核球細胞)、骨髄、新鮮凍結固形組織の核


解析ソフトウェア


Tapestri Pipeline と Tapestri Insights によるシングルセルDNA解析の完全なソフトウェア・ソリューションを提供します。シークエンスデータのインポートからデータ解析、ビジュアライゼーション機能まで、すべてが揃ったソフトウェアを使って、研究をより進展させる重要な考察を得ることができます。

【解析手順の概要】
1. シークエンサーから得られたデータをクラウドベースのTapestri Pipeline にアップロードし、Variantのコールを行い、Tapestri Insights 用のファイルを作成します。
2. Tapestri Insightsを使って、サブクローンにおいて共起している遺伝子変異や希少な遺伝子変異を同定します。

【システム要件】
・OS: Windows 7 (64bit)以降 / Mac OS X 10.9 (Mavericks)以降
・メモリ: 8GB(最小;複数サンプル解析の場合)
・インターネット接続環境(Tapestri Pipeline 使用時のみ)





価格


製品名 容量 税別定価 Cat.#
Tapestri Instrument *1 - お問合せ F-MB-191335
DNAパネル・消耗品
Tapestri Single-Cell DNA Cartridge Kit 8run お問合せ F-MB-046459
Tapestri Single-Cell DNA AML Kit *2*3 8run お問合せ F-MB-132203
Tapestri Single-Cell DNA Myeloid Kit *2*3 8run お問合せ F-MB-156528
Tapestri Single-Cell DNA Tumor Hotspot Kit *2*3 8run お問合せ F-MB-165919
Tapestri Single-Cell DNA Custom Kit 2*3 24run(3kit) お問合せ F-MB-145936
*1. 納品日より1年間の製品保証、現地据付調整および取扱い説明(1回)が含まれます。
*2. カタログパネルキットおよびカスタムパネルキットには、DNA cartridge kit(#F-MB-046459)は含まれていません。
別途ご購入頂く必要があります。
*3. キットにより、対応するシークエンサーが異なります。詳しくは当社までお問合せください。
*4. アンプリコン数により、対応するシークエンサー、価格、納期が異なります。詳しくは当社までお問合せください。
* 本製品は研究用です。診断用とではご利用になれません。


製品カタログ


(2018年12月発行)
  【掲載内容】

●ターゲット・シングルセルDNA解析プラットフォーム Tapestri

カタログダウンロード
(2018年12月発行)
【掲載内容】

●シングルセルDNA解析パネル

カタログダウンロード

お問い合わせ 科学機器2部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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