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iVariantGuide


Advaita社製品 パスウェイ解析ソフトウェア
iPathwayGuide
最もシンプルなインターフェース
iPathwayGuideは、次世代シークエンサーやマイクロアレイで得られた遺伝子発現データを使用してパスウェイやGene Ontology情報を特定するソフトウェアです。
他のパスウェイ分析ソフトウェアとは異なり、遺伝子相互作用を加味した高度なアプローチを採用しています。ユーザーは、ターゲット遺伝子とパスウェイにすばやく優先順位を付け、誤検知の結果を回避できます。
【ここがPOINT!】
 ◆プログラミングの経験がなくても、すばやく解析できます。
 ◆パスウェイやGene Ontology結果を視覚的に理解することができます。
 ◆遺伝子相互作用を加味したパスウェイ結果から直感的に解析結果を理解できます。
 ◆世界中の13,000人を超えるユーザーにソフトウェアを提供しています。


主要な機能

 
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遺伝子解析

miRNA、各Gene Ontologyカテゴリー、パスウェイ、SNP、薬物、疾患などを含む最新の遺伝子アノテーションにアクセスします。遺伝子アノテーションは、多くの公開データソースや文献から取得されます。知識ベースには、NCBIからまだ入手できない最近の論文が多数含まれています。
パスウェイ分析
iPathwayGuideは、すべてのパスウェイ上の遺伝子間のタイプ、機能、および相互作用を分析に含める唯一のパスウェイ分析ツールです。
独自の「Impact Analysis」は、Over Representation Analysis と摂動分析の2つの形式に基づいて、重大な影響を受けたパスウェイをすばやく特定します。

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Gene Ontology(GO)解析

iPathwayGuide分析には、次の3つのドメインのGO分析が含まれます。
biological processes・molecular functions・cellular components
miRNA予測分析
遺伝子発現またはタンパク質発現データに基づいた、新しい予測マイクロRNA(miRNA)分析を提供します。
条件でアクティブになる可能性のあるmiRNAを特定し、新しい仮説を立てることができます。

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疾患解析

各疾患にアノテーションされたデータから有意に発現した遺伝子を見ることができます。アノテーションされた遺伝子、参考文献などを特定し、探索することができます。
メタ解析
複数の遺伝子発現データにわたるメタ分析が可能です。データ全体で共通または固有である可能性のある遺伝子、パスウェイ、マイクロRNA、GO分析、または疾患をすばやく特定します。

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他のソフトウェアとの違い


【Impact Analysis】

他社製ソフトウェアや公共のソフトウェアは、特定のパスウェイ上の遺伝子セットのみを考慮し、それらのパスウェイにおける各遺伝子の位置を無視します。これらは生物学的観点からは非常に不十分です。
Advaita社独自の「Impact Analysis」手法は、パスウェイ上の遺伝子の位置とそれらが果たす役割を考慮するため、ノイズを抑えて、重要なパスウェイを特定できます。
 
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iPathwayGuideは左図の様に、シグナルと様々な遺伝子間の依存性を考慮した上で、システム全体で測定されたすべての変化を説明する仮説的なメカニズムを表示できます。この様な結果は、どの様な遺伝子セット解析でも得ることはできません。

【視覚化するだけでなく、理解できるソフトウェア】

視覚化のために作図できるツールは多くありますが、iPathwayGuideは解釈のしやすさも考慮された作図が可能です。
例えば、ネットワーク図を作成した場合、下左図の様に複雑な絡み合い解釈を得ることが困難ですが、iPathwayGuide(下右図)は現象について視覚的に理解することができます。

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Gene Ontology解析結果の場合、下左図の様なカテゴリーの棒グラフで得られるデータも、iPathwayGuide(下右図)ではどの様なメカニズムに影響を及ぼすかが理解できます。

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【充実したレポートと共有】
iPathwayGuideは、印刷可能なレポートが自動生成されます。各種項目の結果だけでなく、検出された遺伝子に関する論文情報も附属するため、迅速に研究を進めることに役立ちます。
また、iPathwayGuideの結果は、ライセンスを持っていないユーザーにも共有することができます。


デモ版ダウンロード

弊社(biosupport@filgen.jp)までお問合せください。


解析条件


【生物種】
 ヒト、マウス、ラット

【解析ファイル】
 CuffDiff
 DESeq
 EdgeR
 SAS/JMP Genomics
 nSolver(NanoString Technologies)
 タブ区切りテキストファイル(gene symbol もしくは uniprot ID が必要, log2FC, p-value)
 SCIEX SWATH 2.0 proteomics data files
 Select Affymetrix CEL files

【解析環境】
 計算・データ保存はメーカーのクラウド上で行われます。
 下記のWebブラウザをサポートしています。
 Google Chrome
 Mozilla Firefox
 Apple Safari(iOSはサポート対象外)
 Microsoft Internet Explorer 11(一部の画像ダウンロードが機能しない場合があります。)


価格

商品名 ライセンスタイプ 税別価格 Cat.#
iPathwayGuide お問合せ お問合せ お問合せ
※本ソフトウェアは、年間回数制ライセンスとなります。
※解析にはインターネット接続が必要となります。
※テクニカルサポートは、電話、あるいは、電子メールでの対応となります。

お問い合わせ バイオインフォマティクス部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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