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+ BigOmics Analytics


BigOmics Analytics 社製品 オミックスデータ解析用プラットフォーム
Omics Playground

  Omics Playground は、クラウドベースのソフトウェアで、コマンドの知識なしに各種オミックスデータの解析が可能です。本ソフトウェアは、マイクロアレイ、RNA-Seq、シングルセル RNA-Seq などの各種トランスクリプトミクスデータおよびプロテオミクスデータに対応しています。簡単な操作で、洗練されたアルゴリズムに基づく100以上の高品質なプロットを生成し、重要な遺伝子や遺伝子セットを浮き彫りにすることが可能です。

※本ソフトウェアは、ヒトおよびマウス由来のデータ解析用です。
※本ソフトウェアでの解析には、発現量に関する CSVファイル(行:遺伝子名、列:サンプル名)をご用意いただく必要があります。







主な特長


◆遺伝子 UMAP および遺伝子セット UMAP の描画

遺伝子 UMAP では、各遺伝子ごとに、サンプル間の発現状況に基づいてプロットを行います。各データ間の距離関数として共分散を使用しており、比較したいサンプル間で変動のある遺伝子は辺縁部にまとめてプロットされるため、一目で重要な遺伝子を抽出することができます。遺伝子の他、遺伝子セットに対しても、同様の UMAP の描画をすることができ、一目で重要な遺伝子やパスウェアを特定することができます。
プロット上から、遺伝子リストを作成することも可能です。



◆一度の複数の統計解析手法で評価が可能

発現変動解析では、t-検定(Student, Welch)、limma(no trend, trend, voom)、edgeR(QLF, LRT)、DEseq2(Wald, LRT)といった複数の統計解析手法に基づいて複合的に評価し、信頼性の高い結果を得ることが可能です。出力される変動遺伝子リストには、有意と判定された手法の数だけ★マークが表示されるので、一目で結果の確実性を確認できます。また、複数の統計解析手法で計算された q 値の最大値をメタ q 値とし、この値に基づく様々なプロットを生成することで、視覚的にも結果を確認することができます。



◆ドラッグ CMap(Connectivity Map)解析

35,000以上の化合物を様々な濃度で、様々な細胞種に作用させた100万以上の実験における遺伝子発現パターンをリファレンスとするドラッグ CMap 解析に対応しています。ご自身のサンプルの遺伝子発現パターンと類似、もしくは反対の発現パターンをもたらす薬剤を探したり、新しい化合物の作業機序を予測したり、ターゲットとなるパスウェイを予測することが可能です。



機能


◆発現解析および遺伝子セットエンリッチメント解析

遺伝子発現解析では、最大8種類の統計検定手法に基づいている他、遺伝子セットエンリッチメント解析では、最大7種類の統計検定手法、および頻繁に使用される50,000以上の遺伝子セットやパスウェイ(GO term や Hallmark collection)を用いて解析を行うことが可能です。また、フェノタイプに焦点をあてたオリジナルの遺伝子セット(加齢関連遺伝子や疾患関連遺伝子等)の他、ユーザーご自身で用意した遺伝子セットを利用した解析を行うことも可能です。


◆バイオマーカー分析

最先端の機械学習アルゴリズムにより、手持ちの結果において大きな影響を及ぼしている遺伝子や遺伝子セットを明らかにすることが出来ます。また、分類に用いるモデルをトレーニングすることにより、ご自身の着目するフェノタイプに沿ったモデルを構築することが出来ます。


◆自身の実験データとデータベースに登録されている実験データの比較

Find similar experiment ツールにより、ご自身の実験における遺伝子発現プロファイルを6,000以上の公共実験データ(GSE)における遺伝子発現プロファイルと比較することが可能です。本ツールにより、両者で共通して発現上昇/発現下降している遺伝子をピックアップすることができます。


◆異なるオミックスデータ間の比較

Compare datasets ツールにより、2つのデータセットを様々なプロットで視覚的に比較することができます。また、同じサンプルに関するトランスクリプトミクスデータとプロテオミクスデータの比較など、異なるオミックスデータの比較にも対応しています。


◆バッチエフェクト分析

オミックスデータ解析では、常にバッチエフェクトの懸念が伴いますが、Omics Playground では、独自のPCAクラスター解析に基づいて、バッチエフェクトの定量化、および様々なバッチ補正方法をグラフで評価することができます。


◆その他の機能

これらの機能の他、ベン図による遺伝子発現変動比較、遺伝子相関解析、シングルセルRNA-seq 解析にも対応しております。


トライアル


弊社(biosupport@filgen.jp)までお問合せください。


価格

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