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Home＞製品・サービス情報＞バイオインフォマティクス・ソフトウェア＞BioBam社製 OmicsBox

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BioBam社製品　機能ゲノミクス解析ソフトウェア
OmicsBox

OmicsBoxは、ゲノム（DNA）、トランスクリプトミクス（RNA)、メタゲノムのNGSデータ分析が可能なバイオインフォマティクスソフトウェアです。
非モデル生物であっても、洞察まですばやく簡単にアクセスできます。

この様な事はありませんか？
解析ツールの位置や手順がわからず使いこなせない・・・
リファレンスゲノムのない生物のデータも解析したい・・・
農学系研究に適したゲノム解析ツールを探している・・・
高価なPCの購入無しで様々な解析をしたい・・・

OmicsBoxは、これらの悩みを解決します！
次世代シークエンサーなどから出力される遺伝子配列データに対して、様々な解析が可能なソフトウェアです。

カタログダウンロード（PDF）

【OmicsBox紹介動画（YouTube）】


他のソフトウェアとここが違います！

≫バイオインフォマティクスの知識は不要
ウェット実験の研究者向けに設計されたソフトウェアです。
初めてでも簡単に使用することができます。
ほとんどの作業は、アイコンを選択しパラメーターを決めるだけで、簡単に配列データを生物学的解釈を持つデータにすることが可能です。
 

≫非モデル生物に対応
OmicsBoxは、リファレンスゲノムがないデータでも解析が実行可能です。
植物・水産など農学系研究に応用できるツールが多数搭載されています。
様々なアノテーションデータベースにより機能情報をより深めることも可能です。
 

≫多くの科学研究引用実績
実績は高いがコマンドライン型であったりOSに制限があるオープンソフトウェアを多数組み込み、マウス操作で簡単に解析できる様にしたのがOmicsBoxの特長の1つです。
特にアノテーションは、BioBam独自のアルゴリズムで7000件以上の研究引用実績があります。

≫高価な解析PCを必要としないので初期費用を抑えることができます。
OmicsBoxの解析や計算は、統合させたウェブサイトやBioBam社のクラウドを通して行われるため、安定したインターネット接続があれば解析可能です。
 

OmicsBoxは多彩なデータマイニングが可能です。
【Functional Analysis Module】
機能アノテーションツール

OmicsBoxの基本となるモジュールで、Blastでヒットした遺伝子名や機能情報、配列などを付与します。アノテーションは、Biobam独自のアルゴリズムで7000以上の研究引用実績があります。

具体的な機能詳細・使用例は、こちら(PDF)
（クリックして拡大）
【Genome Analysis Module】
新規ゲノム配列決定

リファレンスゲノムなしで1から配列を組み立てるDe-Novo Assembly機能やORF遺伝子位置情報の予測機能を搭載。
ロングリードデータにも対応しています。

具体的な機能詳細・使用例は、こちら(PDF)
（クリックして拡大）
【Genetic Variation Module】
遺伝子の変異解析

BAMファイルを使用した変異検出、フィルタリング、およびアノテーションを実行できるだけでなく、ゲノムワイド関連解析（GWAS)を介して遺伝的変異を特定の形質または疾患に関連付けることができます（ショートリードデータのみ対応）。特定のメソッド（例：GBS、WGS）や要件（倍数性レベル、ゲノムカバレッジ、反復領域の有無など）に合わせて解析を調整するための多くのオプションが利用できます。
リファレンスゲノムへのマッピングは、別途 Genome Analysis Module が必要です。

具体的な機能詳細・使用例は、こちら(PDF)
（クリックして拡大）
【Transcriptomics Module】
RNA-seqデータ解析

リファレンスゲノムなしで1から配列を組み立てるDe-Novo Assembly機能やコーディング領域の検出およびその結果を用いたRNA-Seqの発現量解析・変動遺伝子抽出ができます。リファレンスゲノムを使用しての発現解析にも対応しています。

具体的な機能詳細・使用例は、こちら(PDF)
（クリックして拡大）
【Metagenomics Module】
メタゲノム解析（16S・WGS）

完全なマイクロバイオームデータ分析に必要なすべての手順を組み合わせて統合し、柔軟で直感的な方法で統合できます。
OTUのグループ間比較にも対応しています。

具体的な機能詳細・使用例は、こちら(PDF)

  

（クリックして拡大）

OmicsBox解析機能一覧


　解析機能一覧
　NGSデータマイニングに必要な様々なツールが搭載されています。

≫ワークフロー
各解析をワークフローにて1度に解析を実行することができます。
もちろん設定の変更なども柔軟に行うことができます。
すでに出来上がった既存のワークフローからも解析を行うことが可能です。

（クリックして拡大）

ライセンスタイプ

OmicsBoxは、ライセンス年数、同時使用可能なPCの台数、モジュール数を自在に組み合わせることが可能です。
ライセンス年数 1-3年
シート数 1-5シート
※シート数とは同時にOmicsBoxを利用できる人数です。
※1シートでPC2台までインストールできます。（同時解析は1台となります。）

さらに・・・
組み合わせにより割引が適応されます。（年数、ボリュームディスカウント）
まずは、ご希望のライセンスを弊社までお問合せください。


BlastとInterProScanのクラウド解析はユニットを消費します。

CloudBlast は、Biobam 専用のコンピューティング・クラウド上で、Blast＋シークエンス・アライメントを安全かつ高速に実行することができます。
この Computation Unitsは、Diamond Blast 解析、CloudBlast 解析・InterProScan の Cloud 解析、ローカルデータベースの Cloud 解析、Combined Pathway Analysis(Reactome）を行うごとに消費されます。また、Cloud Files に 5GB を超えてデータを保存すると、Computation Units が消費されます。

すべてのUnitsを使い切ってしまった場合は、追加で 6million Computation Units を購入することができます。

購入時に付属するComputation Units は、以下の表の通りです。
ライセンス年数 1Seat 2Seat
1Year 6,000,000 9,000,000
2Year 9,000,000 12.000,000
3Year 12,000,000 15,000,000
※ 購入時に付属する Computation Units は、ライセンス年数・シート数によって決定されます。
※ モジュール数が1つの場合は、購入時に Computation Units は付属されません。

【Computation Unitsの消費について】
クラウドプラットフォームで実行される各アルゴリズム（例えば、配列アライメント）は、入力データ、アルゴリズムおよびそのパラメータによって消費ユニットが決まります。
これらの計算単位は、クラスタの使用量（使用されたCPU秒とネットワークトラフィック）に直接対応しています。
また、OmicsBoxでは、Computation Unitsを消費しないローカルブラストや公共データベース上で、Blast解析やInterProScan解析を実行することもできます。


まずはデモ版をお試しください！！

以下の資料「デモ版のインストール」の手順に沿って、7日間無料のライセンスを取得できます。

　　デモ版のインストール

インストーラーのダウンロード：　https://www.biobam.com/download/
アクティベーションキーのダウンロード：　https://www.biobam.com/trial/


技術資料・セミナー資料


【技術資料】
OmicsBoxを使用したGWAS
転写産物内のコーディング領域を予測する方法
ロングリードデータの品質管理
DNA-SEQ de novo assembly の品質を評価する方法

【Webセミナー】
フィルジェン Webセミナー（2023年6月15日）
・非モデル生物の遺伝子変異解析
フィルジェン Webセミナー（2022年5月19日）
・ゲノムアノテーション解析
フィルジェン Webセミナー（2021年8月6日）
・非モデル生物のパスウェイ解析
フィルジェン Webセミナー（2021年3月25日）
・非モデル生物のRNA-Seqデータ解析 Transcriptomics・FAモジュール
フィルジェン Webセミナー（2020年6月18日）
・NGSデータ解析： ロングリードアセンブリ/Genome Analysis モジュール
フィルジェン Webセミナー（2020年4月20日）
・2つの湖の微生物叢を比較する Metagenomicsモジュール
フィルジェン Webセミナー（2019年10月10日）
・DNA配列を組み立て、遺伝子の位置と構造を予測する Genome Analysisモジュール
フィルジェン Webセミナー（2019年8月8日）
・タイムコースデータのRNA-Seq解析 Transcriptomics・FAモジュール
フィルジェン Webセミナー（2019年6月12日）
・非モデル生物のRNA-Seq解析 Transcriptomics・FAモジュール
フィルジェン Webセミナー（2018年9月28日）
・NGSデータ解析入門Webセミナー：De Novo シークエンス解析編


システム要件


高価な解析PCを必要としないので、初期費用を抑えることができます。

【OS】
　Mac OS（10.9以降）
　Windows（7以降）
　Linux OS（Ubuntu14.14、Debian8、RedHat Enterprise Linux7以降）
　Linuxの場合、gtk-2.24以上を必要とします。
【メモリ】
　最低4GB以上（8GB以上推奨）

インターネット接続を必要とします。
OmicsBoxは、自動的にアップデートされます（書き込み許可が必要）。


価格


商品名 数量 税別価格 Cat.#
OmicsBox お問合せ お問合せ お問合せ
6 Million CloudBlast Computation Units アカデミック、コマーシャル共通 お問合せ お問合せ
※ ライセンスタイプには、様々な組み合わせがございます。まずは、弊社（biosupport@filgen.jp）までお問合せください。
※ モジュール数の組み合わせの変更も可能です。モジュールの1つに、Functional Analysis を含めることを推奨しています。
※ シート数とは同時に OmicsBox を利用できる人数です。
※ コマーシャルユーザーの KEGG 利用は、別途 KEGG Add-On のご購入が必要です。
※ 解析には、安定したインターネット接続が必要となります。
※ Diamond Blast、CloudBlast、Cloud Inter Pro解析、ローカルデータベースCloud解析、Combined Pathway Analysis（Reactome、Plant Reactome）、Cloud Files へのデータ保存を行うと、Computation Units が消費されます。
すべての Units を使い切ってしまった場合は、追加で 6million Computation Units を購入することができます。
※ OmicsBoxには、1週間無料のトライアル版がございます。上記デモ版のインストールをご参照ください。
※ 本ソフトウェアは、年間ライセンスです。
※ テクニカルサポートは、電話、あるいは、電子メールでの対応のみです。

お問い合わせ　バイオインフォマティクス部： biosupport@filgen.jp　P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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