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+ biobam


BioBam社製品 シークエンスデータ機能アノテーション解析ソフトウェア
Blast2GO® PRO
Blast2GO® PROは、新規配列への機能アノテーション解析を行うソフトウェアです。
Bio Bam社は、2011年スペインのバレンシアに設立され、機能アノテーションとゲノムワイド解析のためのバイオインフォマティクスソリューションを科学コミュニティに提供しています。
主要製品であるBlast2GO® PROをはじめ、同社の製品は、3000を超える論文で引用され、世界中のトップ企業および公的研究機関で採用されています。


搭載アプリケーション


◆Gene Ontology Annotation
3ステップによる機能アノテーションの実行
(BLAST・Inter Pro→GO Term検索のためのマッピング
 →機能選択のためのアプリケーション)
専用クラウドによるBLAST・Inter Proの高速解析
GOグラフ、円グラフ、棒グラフなど、アノテーションデータをグラフィカル表示
機能エンリッチメント解析
GO Slim
KEGG mapsによる表示

◆Genome Characterization

真核生物の遺伝子予測
原核生物の遺伝子予測
Coding Potential Assessment
Rfam
GFF Viewer

◆RNA-Seq 発現解析
FastQ Quality Check
RNA-Seq DeNovo Assembly
ペアワイズの発現解析
経時変化の発現解析
新規Transcriptレベルの定量解析(Fasta+Fastq)

◆その他
ワークフローによる解析の実行
様々な形式でのファイルの出力



【Blast2GO PRO カタログ(PDF)】



Sytem Requirements


Blast2GO®は、Mac OS(10.9以降)、Windows7以降、Linux OS(Ubuntu 14.14以降で最適化)で使用することができます。Linuxの場合は、gtk-2.24以上を必要とします。コンピュータは、最低2GB以上のメモリーを搭載しているものを推奨しています。また、多くの機能がインターネット接続を必要とします。Blast2GOは、自動的にアップデートされます(書き込み許可が必要)。


搭載アプリケーションの詳細


◆3ステップによる機能アノテーションの実行
相同性配列検索のBLAST
GO Term検索のためのMapping
信頼性のある機能選択のためのアノテーション

マウス操作で簡単に解析できる直感的なインターフェース
ウェット実験の研究者向けに設計されたソフトウェアです。
初めてでも簡単に使用することができます。
また、BLAST解析と同時にタンパク質のドメイン構造やモチーフなどの特徴を推定する InterProScan の解析も可能です。


◆様々なデータマイニング

Blast2GO® PROは、機能アノテーションが付加できるだけではありません。
様々なグラフィカル機能や統計解析機能を使って、データの生物学的意義を調べることができます。

【アノテーションデータをグラフィカル表示】
GOグラフの作成
アノテーション結果の円グラフ、棒グラフによる表示
各解析における統計データのチャート
ツリーマップ・ワードクラウドの作成

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【機能エンリッチメント解析】
2つのグループ間で異なる機能を統計的に特定します。
割合の大小が表、グラフとして示されます。
Fisher's Exact Test の他データセットを用いた Gene Set Enrichment Analysis(GSEA)の解析も可能です。

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【GO Slim】
GO-Slimは、選択された数の関連ノードを含む Gene Ontology を大まかに分類することが可能です。
特定の生物に適合した異なる GO-Slim が利用できます。
Blast2GO は、一般、植物、酵母、GOA(GO-Association)および TAIR の GO-Slim Mapping をサポートしています。


【KEGG maps による表示】
アノテーション後、Enzyme Codes より、遺伝子が代謝マップ上でどの位置にあるのかを調べることができます。

(クリックして拡大)

◆遺伝子予測

Blast2GO® PROでは、真核生物の遺伝子予測に使用されるソフトウェア「Augustus」と原核生物の遺伝子予測に使用されるソフトウェア「Gimmer」を組み込むことにより、遺伝子予測解析が可能となりました。
真核生物の遺伝子予測では、DNA配列のみ、およびRNA-Seq(BAMファイル)のデータと組み合わせた遺伝子予測がサポートされています。

(クリックして拡大)
【Coding Potential Assessment】

RNA-Seq解析は、コーディングRNAや多様なノンコーディングRNAを同定します。また、RNA-Seqは、既知の転写産物と新規の転写産物を同定し、さらに遺伝子や転写産物の発現量も精度よく測定できます。
コーディング領域がエフェクタータンパク質を誘導する際に、通常ノンコーディング領域も遺伝子発現、転写や翻訳機構に関連しています。
この機能では、Coding Potential Assessment Tools を使って、RNA-Seq実験データの転写産物についてコーディング領域の予測を行います。

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【Rfam】
RNAファミリーは、非コードRNA遺伝子、シス制御エレメント、自己スプライシングRNAの3つに分類され、保存された二次構造を持つことが知られています。
この機能では、これらの機能分けやグラフ化などが可能です。

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【RNA-Seq発現解析】
Blast2GO® PROでは、RNA-Seqデータセットでの発現解析が行えます。RNA-SeqのAlignmentデータ(SAM/BAMファイル)と遺伝子機能アノテーションの入ったGFF/GTFファイルを読み込み、解析を行います。
edge R をベースにした解析により、テストサンプルとコントロールサンプルの比較解析を行うことが可能です。
解析結果から、Volcano Plotやヒートマップを描画することもできます。
ペアワイズの発現解析
その他、RNA-Seqデータのリードカウントデータの時系列の発現比較解析を実行できます。
Bioconductor プロジェクトに帰属する「maSigPro」ソフトウェアパッケージに基づいて、2段階の回帰解析を適用することで、実験グループ間の有意な経時的変化や有意な発現差を調べることが可能です。
経時変化の発現解析



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【RNA-Seq DeNovo Assembly】
生物学およびバイオインフォマティクスにおける最もメジャーなタイプの分析の1つであり、RNAシークエンシングデータからトランスクリプトームを再構成し、参照ゲノムを使用せずに短いヌクレオチド配列をより長いものに組み立てます。
この機能は、Broad Institute と Hebrew Unicersity of Jerusalem で開発された、よく知られたデノボシークエンスアセンブラソフトウェアであるTrinityに基づいています。
また、ここでの結果を用い、ペアワイズの発現解析を行うことも可能です。

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【FastQ Quality Check】
データが良好に見えるかどうか、およびその後の分析に影響する可能性のある問題または偏りがないかどうかを簡単に概観できます。
FastQ Quality Checkは、FastQCソフトウェアに基づいて計算されます。

(クリックして拡大)


ライセンスタイプ


Blast2GO® PRO スタンドアロン版では、2種類のライセンスタイプがあります。

シングルコンピューターライセンス: 2台の別のコンピューターで使用できますが、同時に使えるのは1ユーザーとなります。
マルチユーザーライセンス: 5台の別のコンピューターで使用でき、同時に5ユーザーが利用可能です。


CloudBlast解析


CloudBlastは、Biobam専用のコンピューティング・クラウド上で、Blast+シークエンス・アライメントを安全かつ高速に実行することができます。
また、スタンドアロン版 Blast2GO® PRO には、最初にComputation Unitsが付属しています。
このComputation Unitsは、CloudBlast解析を行うごとに消費されます。(InterProScanのCloud解析でも消費)
すべてのUnitsを使いきってしまった場合は、追加で 6 million Computation Units を購入することができます。
購入時に付属する Computation Units は、以下の表の通りです。

ライセンス年数 シングル マルチ
1年 6,000,000 15,000,000
2年 12,000,000 30,000,000
3年 18,000,000 45,000,000


【Computation Units の消費について】

クラウドプラットフォームで実行される各アルゴリズム(例えば、配列アライメント)は、入力データ、アルゴリズムおよびそのパラメーターによって消費ユニットが決まります。
これらの計算単位は、クラスタの使用量(使用されたCPU秒とネットワークトラフィック)に直接対応しています。

Computation Units消費一例
1000配列をCloud Blast にて解析した際の Computation Units 消費量
 *あくまでも一例であり、使用するアルゴリズムや生物種で異なることもあります。
データベース 消費ユニット数
NR 42,144
Swissprot 242
Ref-seq 35,867
Viridiplantae 2,661


コマンドライン版


Blast2GO® PRO では、上記のスタンドアロン版以外にコマンドライン版がございます。
コマンドライン版は、柔軟で高性能、機能アノテーション作業を自動化するプロフェッショナル版となっています。
このアノテーションパイプラインは、柔軟にユーザーの機能アノテーション作業と統合・自動化することができます。
ユーザーのデータ解析ワークフローに直接統合し、再現性の高い高精度な結果を生み出すことが可能です。
コマンドライン版は、3つの主要なOS(Windows, Mac, Linux)に対応しています。
すべてのシステムは、Java cer.1.6以降を搭載している必要があります。メモリは1GB以上必要です。
ローカルBlast2GOデータベースには、MySQLデータベース(GPLライセンス)のインストールが必須です。
スタンドアロン版に搭載されている遺伝子予測、発現か使役、リードカウント、Cloudによる InterProScan機能は、コマンドライン版にはありませんのでご注意ください。
また、コマンドライン版には、CloudBlastのComputation Unitsが含まれておりません。
CloudBlast解析を行うには、別途有償で、6million CloudBlast Computation Unitsを購入する必要があります。


デモ版ダウンロード(7日間)


 http://www.blast2go.com/free-b2g-trial


技術資料・セミナー資料


フィルジェン Webセミナー(2018年9月28日)
・NGSデータ解析入門Webセミナー:De Novo シークエンス解析編
フィルジェンWebセミナー(2018年8月23日)
・RNA-Seq遺伝子発現機能解析/De Novo Assemblyから機能アノテーション解析まで
フィルジェンWebセミナー(2018年4月23日)
・Blast2GO PRO Webセミナー


価格


商品名 数量 税別価格 Cat.#
Blast2GO® PRO アカデミック、1年間シングルコンピューターライセンス (*1) ¥220,000 F-B2G-AC-S-1Y
アカデミック、2年間シングルコンピューターライセンス (*1) ¥366,000 F-B2G-AC-S-2Y
アカデミック、3年間シングルコンピューターライセンス (*1) ¥473,000 F-B2G-AC-S-3Y
アカデミック、1年間マルチユーザーライセンス (*2) ¥531,000 F-B2G-AC-M-1Y
アカデミック、2年間マルチユーザーライセンス (*2) ¥862,000 F-B2G-AC-M-2Y
アカデミック、3年間マルチユーザーライセンス (*2) ¥1,153,000 F-B2G-AC-M-3Y
コマーシャル、1年間シングルコンピューターライセンス (*1) ¥550,000 F-B2G-CO-S-1Y
コマーシャル、2年間シングルコンピューターライセンス (*1) ¥823,000 F-B2G-CO-S-2Y
コマーシャル、3年間シングルコンピューターライセンス (*1) ¥1,075,000 F-B2G-CO-S-3Y
コマーシャル、1年間マルチユーザーライセンス (*2) ¥1,319,000 F-B2G-CO-M-1Y
コマーシャル、2年間マルチユーザーライセンス (*2) ¥2,145,000 F-B2G-CO-M-2Y
コマーシャル、3年間マルチユーザーライセンス (*2) ¥2,728,000 F-B2G-CO-M-3Y
Blast2GO® PRO
Command Line (*4)
アカデミック、永久ライセンス ¥395,000 F-B2G-CL-AC-S
アカデミック、年間アップデート&サポート ¥103,000 F-B2G-CL-AC-MUS
コマーシャル、永久ライセンス ¥978,000 F-B2G-CL-CO-S
コマーシャル、年間アップデート&サポート ¥249,000 F-B2G-CL-CO-MUS
6 Million CloudBlast Computation Units アカデミック、コマーシャル共通 ¥59,000 F-CL-6M-CU
*1 シングルコンピューターライセンスは、2台の別のコンピューターで使用できますが、同時に使えるのは1ユーザーとなります。
*2 マルチユーザーライセンスは、5台の別のコンピューターで使用でき、同時に5ユーザーが利用可能です。
*3 こちらは単独で使用するソフトウェアです。CLC bio社製ソフトウェア上でご利用になりたい場合は、こちらのプラグイン版をご利用ください。
*4 コマンドラインライセンスには、CloudBlastのComputation Unitsが含まれておりません。コマンドラインライセンスにて、CloudBlast解析を行うには、別途有償で、6 million CloudBlast Computation Units を購入する必要があります。
*5 Blast2GO® PROは、1週間無料のトライアル版がございます。詳細は、www.blast2go.comをご覧下さい。

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