Biognosys AG社製質量分析用解析ソフトウェア　：：フィルジェン株式会社：：

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Biognosys AG 社製品
質量分析用解析ソフトウェア

Spectronaut^TM / SpectroDive^TM / SpectroMine^TM

Spectronaut^TM （DIAデータ用プロテオミクス解析ソフトウェア）

Spectronaut^TM は、網羅的なプロテオミクス測定技術であるデータ独立取得（DIA）の解析ソフトウェアです。スペクトルライブラリーフリーのワークフロー（directDIA）と、スペクトルライブラリーを用いる一般的なワークフローの両方に対応し、Biognosys社独自の検索エンジンPulsarを搭載しているため、外部の検索エンジンを必要としません。データの視覚化や解析結果の統計解析を行うための機能も搭載されており、生データから生物学的解釈までを、単一のプラットフォームで解析を行うことができます。

カタログダウンロード（PDF）

■主な特長

	・	完全なワークフロー DIA実験データにおける、ライブラリー作成から生物学的解釈までをサポートした、統合ソリューションを提供します。
	・	パフォーマンスと拡張性 10,000サンプルもの大規模ライブラリーを使用する場合でも、高速に実行が可能です。
	・	簡単な操作性ソフトウェアの設計ウィザードと最適パラメータの自動検出により、簡単な操作で信頼性の高いDIA解析を行うことができます。
	・	多用途および柔軟性ラベリングおよびラベルフリー、さらにスパイクイン実験の定量に対応します。
	・	ベンダー非依存様々な質量分析装置ベンダーのDIAデータを解析可能です。

■DIAワークフロー

従来のデータ独立取得（DIA）解析では、データ依存性取得（DDA）より作成されたスペクトルライブラリーを必要としていたため、分析装置による追加実験が必要でした。
Spectronautでは、従来型のスペクトルライブラリーを用いるDIA解析に加え、ライブラリーフリーのDIA解析（directDIA）をサポートし、高速かつコストを節約したDIA解析が可能です。

■大規模データセットへの対応

Spectronautでは、独自の高度な並列処理機能により、時間と計算能力を最大限に活用できます。本ソフトウェアでは、数千サンプルからなる大規模データセットに対して、複数のワークステーションで同時に処理を行ったり、また計算リソースを無駄にしないために、すべてのサンプルデータを取得する前でも、データセット内の一部のサンプルデータのみ処理を開始し、後で解析結果データを統合することが可能です。統合した解析結果データより、統計解析用の最終レポートを作成することで、システム要件を最小限に抑えながらのデータ解析が可能となります。

■解析機能

Spectronaut^TM は、ライブラリの作成から結果の生物学的解釈まで実行可能な、DIA解析の最先端のオールインワンソリューションです。簡単なセットアップと直感的なユーザーインターフェイスを備えており、データファイルを追加するだけの簡単な操作で、すべての計算処理を実行できます。

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Build and Import Spectral Libraries:

DDA、DIAおよびハイブリッドライブラリーのために、Biognosysの独自のデータベース検索エンジンPulsarを備えています。さらに、MaxQuant, Mascot, Proteome Discoverer, ProteinPilot などの外部の検索エンジンやテキストファイル形式の検索結果の読み込みもサポートしています。

Run and Review Your Analyses:

Spectronautのウィザードでは、DIA解析の設定を簡単かつ迅速に行うことができます。生データは、抽出イオンクロマトグラム（XIC）やイオンモビリティープロット、クロスラン強度アライメント、タンパク質カバレッジなどの様々な視覚化オプションを使用して、解析中または解析後に精査することができます。

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Explore Your Results with Ease:

インタラクティブブラウザを利用して、タンパク質のカバレッジを素早く確認できます。また、様々なプロットオプションを使用して、目的のタンパク質のデータ品質と相対的な存在量を確認することもできます。

Generate Custom Reports:

解析結果レポートはカスタマイズ可能で、フラグメントイオンレベルまでの情報を取得することができ、詳細なPTMの位置レポートの作成も可能です。搭載済みのレポートスキーマは、他のソフトウェアとのデータの連結を容易にさせることができます。

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Draw Experiment-level Conclusions:

直感的なデータ視覚プロットで、実験結果の探索を行います。
Spectronautでは、すべてのサンプル条件間で統計学的な比較を行い、比較データはワンクリックで出力が可能です。また、他のソフトウェアを必要とせず、PTMプロファイルのプロットも表示できます。

■対応機種

・Thermo Fisher Scientific^TM Orbitrap Exploris^TM 480
・Thermo Fisher Scientific^TM Q Exactive^TM Series
・Thermo Fisher Scientific^TM Orbitrap Fusion^TM Series
・Thermo Fisher Scientific^TM Orbitrap Astral
・SCIEX ZenoTOF 7600 System
・SCIEX TripleTOF® Series
・Bruker Impact II
・Bruker timsTOF^TM Pro series and timsTOF HT
・Bruker timsTOF^TM SCP and timsTOF Ultra series
・Bruker timsTOF^TM Flex
・Waters Xevo® G2-XS

■対応している分析手法

	・	HRM^TM
	・	BoxCar DIA
	・	WiSIM-DIA
	・	SWATH^TM
	・	Zeno SWATH^TM
	・	SONAR^TM
	・	dia-PASEF®

上記手法のMS1とMS2スキャンデータ、またはMS2スキャンデータのみが必要となります。分析法のサイクルタイムは、平均ピーク幅に応じて1-3秒の範囲でなければなりません。気相分画にも対応しています。

■動作環境

・最小システム要件

Operating system	Windows10(64bit)/Ubuntu 22.04 LTS
CPU	Intel® Core^TM CPU, 2.7GHz（4 core） or similar
ハードドライブ	200 GB free space
メモリー	16GB
ソフトウェア	.NET 8.0

・推奨システム要件

Operating system	Windows11(64bit) or higher/Windows server 2016 ot higher/Ubuntu 22.04 LTS
CPU	Intel® Core^TM i9-13900KS, 3.2 GHz（24 cores） or similar or AMD Ryzen 9 7950X with 16 or more cores
ハードドライブ	2TB 以上の free space
メモリー	128GB or more
ソフトウェア	.NET 8.0 or higher / ,NET 8.0 for Linux

■Product Documents（メーカー）

Spectronaut Brochure 日本語版

■Spectronaut アップグレード情報

Spectronaut 21 アップグレード情報

■Webセミナー資料

フィルジェンWebセミナー（2019年2月8日）
・質量分析データ解析Webセミナー：DIA（データ独立取得）解析編

■Q&A

・directDIA^TM とHRM^TM ワークフローの違いは？

DirectDIA^TMとHRM^TM は、データ独立取得（DIA）ベースのワークフローであり、数千種類のタンパク質を一度に解析可能な網羅的プロテオーム測定結果を提供します。DirectDIA^TMは、スペクトルライブラリー作成のための追加測定の必要がない、シンプルなワークフローです。一方、HRM^TMでは、定量されるペプチドやタンパク質の同定数や精度を高くするために、スペクトルライブラリー作成のための追加DDAまたはDIA測定が必要となります。

・PULSARとは？

Pulsarは、Biognosys社の特許であるデータベース検索エンジンで、Spectronaut^TMに統合されています。この検索エンジンは、大規模データセットにおける同定数を最大化するためと、修飾されたペプチドの様なPSM（ペプチドスペクトルマッチ）サブセットのFDRをコントロールするために、ダイナミックなPSM層化法を搭載しています。

・Spectronaut^TM で外部の検索エンジンを使用することは可能ですか？

可能です。Spectronaut^TM は、HRM^TM法のPulsarに加えて、MaxQuant, Mascot, Proteome DiscovererとProteinPilot(ver.5.0以降)の外部検索エンジンに対応しています。しかし、directDIA^TMワークフローは、搭載されたPulsar検索エンジンのみ使用が可能です。

・ハイブリッドライブラリーのコンセプトは何ですか？

ハイブリッドライブラリーは、DIAライブラリーとDDAライブラリーを組み合わせることで、コアプロテオーム以上のプロテオームカバレッジを最大限引き出すことを目的としています。質量分析にかかる作業時間を最小限に抑えるために、DDAライブラリーはリソースデータから取得することができます。

・複数のライブラリーを組み合わせることは十分に確立されていますが、ハイブリッドライブラリーとは何が違うのですか？

Spectronaut^TM は、precursor FDR、タンパク質FDR、およびタンパク質予測を組み合わせてデータの品質を制御する唯一のソフトウェアです。さらに、Spectronaut^TM は、特定の iRTキャリブレーションを用いて、同定と定量化の品質を最大限に高めました。

・Spike-in workflow とは何ですか？

このワークフローでは、安定同位体標識ペプチドをサンプルに添加し、DIAで解析します。Spectronaut^TM は、複数のデータを処理して、ターゲットペプチド(light)とリファレンスペプチド(heavy)の強度比率、およびラベルフリーの定量値を同じ実験で表示することができます。このワークフローのために、Biognosysはヒト血漿および他の体液について、定量可能なPQ500キットをリリースしました。また、他のパネルも使用することが可能です。

・宿主細胞タンパク質（HCP）のキャリブレーションキャリーオーバーとは何ですか？

このワークフローでは、最良のラン保持時間キャリブレーションが、他のすべてのランに適用されます。

■デモ版

Spectronaut^TM には、30日間使用できるデモ版があります。ご希望の方は、

までお問合せください。

■税別価格

製品名	ライセンスタイプ	税別価格	カタログ＃
Spectronaut^TM	アカデミック Single system（年間ライセンス）	お問合せ	お問合せ
Spectronaut^TM	コマーシャル Single system（年間ライセンス）	お問合せ	お問合せ

※	テクニカルサポートは、電子メールあるいは電話での対応となります。

SpectroDive^TM　（ターゲットプロテオミクス用解析ソフトウェア）

MRM（Multiple Reaction Monitoring）法やPRM（Parallel Reaction Monitoring）法によるターゲットプロテオミクスは、選択されたタンパク質セットの定量解析を高い選択性と感度、再現性を保ったまま実行することができる、最も有効な解析手法です。
SpectroDive^TMは、様々なMSプラットフォームによるMRM/PRMおよびSureQuant解析に対応し、さらにDDAデータからのライブラリー作成と、データ取得のためのアッセイパネルの構築にも対応します。
本ソフトウェアに搭載されている高性能なピーク・ピッキングアルゴリズムにより、大規模なデータセットでも比較的高速に解析を実行でき、また、Biognosys社より販売を行っている「iRT Kit」と併用することで、より高精度な解析を行うことができます。

カタログダウンロード（PDF）

■主な機能

	・	様々なプラットフォームのサポート MRM、PRM、SureQuant、さらにMaxQuant.Liveといった、メジャーなプラットフォームのターゲットペプチド取得法をサポートしています。
	・	完全なワークフローパネルの作成からデータ解析まで、ターゲットプロテオミクスのデータ解析におけるワークフローを完全にサポートしています。
	・	自動ピークピッキング強力なピークピッキングアルゴリズムと、正確なFDR解析により、手動によるピークの検証の手間を軽減します。
	・	メソッドのセットアップ高精度なiRTキャリブレーションにより、ターゲットペプチド取得のためのスケジューリングの最適化を行いながら、直感的な操作でメソッドのセットアップが可能です。

■ハイスループット解析

SpectoDive^TMは、最先端のピークピッキングアルゴリズムと結果のFDRコントロールにより、ターゲットタンパク質の自動識別と定量化など、大規模な研究に最適化されたソリューションを提供します。

SpectoDive^TMは、機械学習ベースのピークピッキング機能を使用して、データ内の正しいピークを確実に検出します。これにより、ピーク境界を手動で調整する必要がなくなります。正しいピークが検出されると、ターゲットデコイ法を使用した偽発見率（FDR）解析に基づいて、ターゲットペプチドが自動的に識別されます。SpectoDive^TMは、解析中にオンザフライでデコイを作成するため、メソッドで明示的に測定する必要はありません。

これにより、アクイジション時間を犠牲にすることなく、誤検出率を柔軟にコントロールできます。また、実験内のすべてのターゲットを手動で検証する必要がなくなったことも意味します。これらの重要なステップは、SpectoDive^TMをターゲットプロテオミクスデータのハイスループット解析に最適なツールにするために非常に有効です。

1)	L.Reiter et al. 2011, Nat. Methods

■解析機能

SpectoDive^TMは、カスタムパネルの統合パネル最適化、既製パネルのサポート、高精度iRTキャリブレーションアシストスケジューリング、およびマニュアルの修正の必要がなく、すぐに公開できる結果を提供し、ターゲットプロテオミクスから面倒な作業を取り除きます。

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Seamless Panel Generation

組み込みのPulsar検索エンジンを使用して、DDA、DIA、またはPRM（MS1情報を含む）データからライブラリを構築します。これらのライブラリを使用することで、精密なプリカーサーおよびフラグメントイオン選択を備えたターゲットタンパク質のカスタムパネルを生成することができます。

Method Development and Refinement

スケジュール化された、あるいはされていないメソッドを作成し、質量分析装置でデータ取得を行う際に、直接使用できる形式でエクスポートが可能です。
SpectoDive^TMの高精度なiRTキャリブレーションにより、スケジューリングメソッドの改良が可能になり、ターゲットの多重化も向上しました。

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Results Visualization

発現量に差があるタンパク質の候補を表示し、直感的なプロットで解析結果を調べることができます。例えば、ヒートマップを表示して、タンパク質の発現量プロファイルに基づき、サンプルがレプリケートおよび実験条件によってクラスター化されているかどうかを確認します。

■対応機種

　MRM（triple quadrupole -QQQ- and hybrid quadrupole-linear ion trap -QTrap- MS）

	・	Thermo Fisher Scientific^TM TSQ Series　I and II
	・	SCIEX API Series^TM
	・	SCIEX Triple Quad^TM
	・	SCIEX QTRAP Series
	・	Waters Xevo TQ-S

　PRM（hybrid quadrupole-Orbitrap Q-OT- and quadrupole time-of-flight -Q-TOF-MS）

	・	Thermo Fisher Scientific^TM Q Exactive^TM Series
	・	Thermo Fisher Scientific^TM Orbitrap Fusion^TM Series
	・	Thermo Fisher Scientific^TM Orbitrap Exploris^TM Series
	・	Thermo Fisher Scientific^TM Astral Series
	・	SCIEX TripleTOF® Series
	・	Bruker timsTOF^TM Pro series and timsTOF^TM HT
	・	Bruker timsTOF^TM SCP and timesTOF^TM Ultra series
	・	Bruker timsTOF^TM Flex operated in the LC-ESI mode

　SureQuant and HybridDIA

	・	Thermo Fisher Scientific^TM Orbitrap Fusion^TM Series
	・	Thermo Fisher Scientific^TM Orbitrap Exploris^TM 480
	・	Thermo Fisher Scientific^TM Astral Series

■動作環境

・最小システム要件：
　Operating System： Windows11（64bit）
　CPU： Intel® or AMD CPU with 16 cores
　ハードドライブ： 500GB free space
　メモリー： 16GB
　ソフトウェア： .NET Framework 8

・推奨システム要件：
　Operating System： Windows11(64bit)/Windows server 2016 or later/Ubuntu 22.04 LTS
　CPU： Intel® Core^TM i9-13900KS, 3.2GHz(24 cores) ot similar or AMD Ryzen 9 7950X with 16 or more cores
　ハードドライブ： 2TB of free hard drive space or more
　メモリー： 128GB or more
　ソフトウェア： .NET Framework 8 or higher/.NET 8.0 for Linux

■Product Documents（メーカー）

SpectroDive^TM Brochure 日本語版

■デモ版

SpectroDive^TM の無料トライアルライセンスをご希望の場合は、

までお問い合わせください。

■税別価格

製品名	ライセンスタイプ	税別価格	Cat.#
SpectroDive^TM	アカデミック Single system（年間ライセンス）	お問合せ	お問合せ
SpectroDive^TM	コマーシャル Single system（年間ライセンス）	お問合せ	お問合せ

※	テクニカルサポートは、電子メールあるいは電話での対応となります。

SpectroMine^TM （ショットガンプロテオミクス用解析ソフトウェア）

DDA（データ依存性取得）としても知られるショットガンプロテオミクスは、スペクトラルライブラリーの生成、定性的プロテオーム解析、および翻訳後修飾の同定において、重要な役割を果たします。
SpectroMine^TMは、DDAモードで取得した、TMT、iTRAQ、EASI-tagなどのアイソバリック標識された定量実験を解析するために特別に開発された進化的プロテオミクスソフトウェアです。また、同重体ラベルデータのみならず、DDAモードで取得したラベルフリーのデータの定性解析を行うこともできます。

カタログダウンロード（PDF)

■主な特長

	・	ユーザーフレンドリーインストールからライブラリー作成、同定・定量、データ正規化、有意差解析、結果の解釈まで、シームレスなワンクリックで多数のレポート、数千種類のタンパク質を同時に測定可能で、他に類をみないタンパク質同定数の多さです。
	・	アイソバリックラベリング定量 TMT、iTRAQ、EASIタグなどでラベルされたDDAデータの定量化解析を完全にサポートしています。
	・	解析速度 Pulsarエンジンを搭載していることにより、何千ものランデータに対してヒューリスティックなデータ計算を行うため、他のソフトウェアに比べて解析時間が非常に短く、高速処理により効率的な解析が行えます。1,000ランを超える膨大なデータ量でも同時処理が可能です。
	・	正確な統計 PSM、ペプチド、およびタンパク質レベルのFDRをコントロールします。
	・	GOサポート Gene Ontologyのアノテーションを付加し、GO Enrichment解析やGO Clustering解析が行えるため、タンパク質のもつ生物学的な機能を知ることができます。

■アイソバリックラベリング定量

DDAとアイソバリックラベリング定量（ILQ）の組合せは、一度の実験で複数の生物学的サンプルの同時定量、また、高深度なプロテオームカバレッジと定量における高い信頼性と再現性を実現します。SpectroMineでは、アイソバリックラベリング解析のセットアップを迅速かつ効率的に行うことができます。最小限のユーザー設定で最適な結果を得ることができ、またサンプル数がレポーターのマルチプレックス数を超える実験の場合は、サンプルをブロックにまとめて横断的にノーマライゼーションを行うブロックノーマライゼーションに対応しています。解析結果は、SpectroMine上で直接表示でき、サンプル間有意差検定やクラスタリングなどの統計解析に使用することが可能です。

SpectroMineは、下記のアイソバリックラベリングキットをサポートしています。
・TMT (6-plex, 10-plex and 11-plex)
・TMTpro (16-plex and 18-plex)
・iTRAQ (4-plex and 8-plex)
・EASI-tag (6-plex)

■解析パフォーマンス

SpectroMineには、Biognosys社独自の検索エンジンであるPulsarを搭載しており、DDAプロテオミクスにおいて高深度のプロテオームカバレッジと迅速な解析を提供します。
高度なディープラーニングモデルやFDRコントロールにより、様々なサードパーティーのソフトウェア製品との比較テストにおいて、SpectroMineが幅広いDDA実験で最も多くの識別と最速の処理時間を提供することを示しています（左図を参照）。
また、SpectroMineでは、PASEF(Bruker)とFAIMS Pro(Thermo Scientific)の最新のイオンモビリティテクノロジーに対応しています。両テクノロジーにおいて、アイソバリックラベリング定量とラベルフリー定量のいずれにも対応しており、またFAIMSにおいては、単一の補償電圧(Compensation Voltage: CV)と複数のCVの両手法に対応しています。

■解析機能

SpectroMineは、データ解析、レビュー、解釈、およびエクスポートのための様々な組み込み機能を備えたオールインワンソリューションです。直感的なユーザーインターフェイスには、解析のセットアップをガイドするために、すでに設定済みのウィザードが付属しており、簡単かつユーザーフレンドリーなプロセス実行が可能です。

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Automated Mass Calibration

解析後に、ランサマリー、RTキャリブレーション、マスキャリブレーションなどの様々な視覚化を用いて、実験の確認を行います。目下の実験に応じて、各MSレベルで自動マスキャリブレーションが提供されます。

Differential Abunfance Analysis

直感的なデータ視覚プロットで、実験結果の探索を行います。SpectroMineでは、すべてのサンプル条件間の比較に、ペアワイズt検体を実行します。ボルケーノプロットで、有意差をもつ候補を視覚的に識別し、ワンクリックで出力が可能です。

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■対応機種

・Thermo Scientific^TM Orbitrap Exploris^TM 480
・Thermo Scientific^TM Q Exactive^TM Series
・Thermo Scientific^TM Orbitrap Fusion^TM Series
・Thermo Scientific^TM Orbitrap Astral
・Bruker timsTOF^TM Pro series and timsTOF^TM HT
・Bruker timsTOF^TM SCP and timsTOF^TM Ultra series
・Bruker timsTOF^TM Flex
・Bruker ImpactⅡ
・SCIEX ZenoTOF 7600 System
・SCIEX TripleTOF® Series
・Waters Xevo® G2-XS

■対応している分析手法

	・	DDA、DIA、PRMのMS1データの検索
	・	TMT、EASI-tag、iTRAQなどのアイソバリックラベル実験によるDDAデータの検索と定量
	・	MS2およびSPS-MS3メソッドとすべてのイオントラップ分解能、さらにニュートラルロスベースのフラグメンテーションラベル方法（EASIタグなど）をサポート

■動作環境

・最小システム要件

Operating system	Windows10(64bit)
CPU	Intel® Core^TM CPU, 2.7GHz（4 core） or similar
ハードドライブ	200 GB free space
メモリー	16GB
ソフトウェア	.NET 8.0

・推奨システム要件

Operating system	Windows11(64bit) or higher/ Windows server 2016 or higher/Ubuntu 22.04 LTS
CPU	Intel® Core^TM i9-13900KS, 3.2GHz（24 cores） or similar or AMD Ryzen 9 7950X with 16 or more cores
ハードドライブ	2TB free space(SSD)
メモリー	128GB or more
ソフトウェア	.NET 8.0 or higher/.NET 8.0 for Linux

■Product Documents（メーカー）

SpectroMine^TM Brochure 日本語版

■SpectroMine アップグレード情報

SpectroMine^TM 6 アップグレード情報

■デモ版

SpectroMineの無料トライアルライセンスをご希望の場合は、

までお問い合わせください。

■税別価格

製品名	ライセンスタイプ	税別価格	Cat.#
SpectroMine^TM	アカデミック Single system（年間ライセンス）	お問合せ	お問合せ
SpectroMine^TM	コマーシャル Single system（年間ライセンス）	お問合せ	お問合せ

※	テクニカルサポートは、電子メールあるいは電話での対応となります。

（関連試薬）
ショットガン法とMRM法とHRM法 / Biognosys社製品を使用したプロテオミクス解析ワークフロー / iRT Kit / HRM Calibration Kit / PQ500^TM Reference Peptides / Sample Preparation Kit / PlasmaDive^TM / PlasmaDeepDive^TM

（関連受託解析サービス）　次世代プロテオーム解析サービス

【お問合せ】

バイオインフォマティクス部 052-624-4388

https://filgen.jp/