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Qlucore社製品 オミックスデータ解析用ソフトウェア
Qlucore Omics Explorer

Qlucore Omics Explorerは、マイクロアレイをはじめとするオミックスデータをよりスピーディーに解析するための次世代型のバイオインフォマティクスソフトウェアです。3Dグラフィック、ポイント&クリック・ユーザー・インターフェース、最高水準の統計解析によって、解析時間を大幅に短縮し、より多くの創造力をお客様の研究に加えることができます。




主な特長


スピーディーなデータ解析と視覚化が可能
すべてのデータを3Dプレゼンテーションとしてフルリアルタイムで動かすことができます。
RNA-Seq、マイクロアレイにおける最新テクノロジーの様々なファイルフォーマットに対応し、データのダイレクトインポートあるいはノーマライゼーション後のデータのインポートが可能です。
GEOで公開されているデータをダウンロードし、お客様ご自身のデータと比較することができます。
1回のマウスクリックでフィルターやパラメーターの設定条件を簡単に変更できます。
階層クラスタリングとヒートマップ、主成分解析(PCA)、ボルケーノプロットやベン図、さらにシングルセルRNA-Seq解析用に、t-SNEプロットをサポートしています。
高スペックのコンピュータを必要とせずに、リアルタイムに大規模データセット(more than 100 million entries)を解析できます。


Visualize(Heat map, Dynamic PCA, Scatter)


データの視覚化は、Qlucore Omics Explorerにおける重要なキーポイントです。パワフルな統計解析機能とフレキシブルな選択ツール、さらにスピーディーな視覚化機能が組み合わさり、迅速に解析結果などの各種データの視覚化を行います。
Qlucore Omics Explorerは、下記プロットグラフによるデータの視覚化をサポートしています。

・Sample and variable 3D PCA plots
・Heatmaps with hierarchical clustering
・t-SNE
・Sample and variable Scatter as well as Volcano plots
・Box, Bar and Histgram plots
・Line and Kaplan-Meier plots and Venn diagrams

複数のプロットグラフをインタラクティブに操作することが可能で、フィルタリングやポイント選択などの変更において、その結果はすべてのプロットに瞬時に反映され、複数の角度から同時にデータを分析することができます。サンプルの分類情報によるグラフのカラー識別や、遺伝子名などのシンボル表示、データ間ネットワーク表示機能を活用し、データをさらにわかりやすく表示することができます。

*以下の画像をクリックすると、拡大画像をご覧頂けます。


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【表示例】 *以下の画像をクリックすると、拡大画像をご覧頂けます。



Analyze(Powerful statistics, Automatic variable lists, Networks)


一般的な線形統計モデルをフレキシブルかつ簡単に使用して、データを解析することが可能です。以下の統計手法を選択することができます。

・two group comparision(t-test)
・Paired t-test
・multi group comparison(F-test)(ANOVA)
・two-way ANOVA
・linear regression
・quadratic regression
・rank regression

上記手法の他に、Fold Changeによるデータのフィルタリングにも対応しています。また、Limma や Mann Whitney の様な、Rの Open API をインテグレードし、ソフトウェア上で使用することが可能です。

Clustering機能では、Projection score と variance filtering と共に、主成分分析(PCA)またはt-SNEを行うことによる半教師付き分類、あるいはkmeans++による教師なし分類をサポートします。

Build classifier 機能と Classify 機能では、Support Vector Machines(SVM)、Random Trees(RT) さらに kNN といった手法を使用し、サンプルの分類モデルの構築と、新しいサンプルへのモデルの適用を容易に行うことが可能です。

GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)機能では、解析結果の遺伝子グループがどの様な機能をもっているのかを、容易に調べることができます。

バイオマーカー探索機能では、複数の統計学的検定をバッチモードで実行することで、医薬品開発におけるバイオマーカー探索を効率的に行います。また、サンプルの臨床データ間の相関を調べる機能も備えており、多種類の臨床データの中から、キーとなる臨床データを探し出すことも可能です。

その他、以下の解析手法もサポートしています。

・Hierarchical clustering
・Isomap
 
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【Hierarchical Clustering】

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【GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)】


Explore(One button GEO download, Synchronized plots, Coloring flexibility)


データの迅速な検索は、Qlucore Omics Explorerの重要なキーポイントです。お客様自身でワークフローと出発点を決定し、特定の要件を満たす様にその検索をコントロールして調整することができます。

・RNA-SeqのAligned BAMファイルをインポートし、発現レベルデータとして使用できます。
・発現レベル、p-value、q-valueの様な変数に対して着色できます。
・異なるデータを同時に選択できます。
・分散分析の様な複数の統計フィルターを利用できます。
・プロットを同期し、また、異なる角度からデータを分析できます。
・GEOの公開データをご自身のデータと比較できます。
・GO(Gene Ontology) Browserを搭載し、遺伝子の機能情報を容易に検索することができます。


【表示例】
*以下の画像をクリックすると、拡大画像をご覧頂けます。


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Share(Export picture & videos, Export lists & data, Global restore & log)


Qlucore Omics Explorerでは、いくつかの異なる方向で結果を共有することができます。

・Export of images
・Export of variable lists
・Export of data
・Export of videos

ユニークな全記録(ログ)と機能回復は、何を実行したのかについて経過を追うだけでなく、お客様が実行した各解析ステップの情報も含みます。お客様がログポイントを元に戻すとすぐに、すべてのデータが復元されます。つまり、お客様が使用したデータセットがロードされ、すべてのプロットを再生し、そしてフィルターとデータ選択へのすべての設定も回復されます。


【表示例】
*以下の画像をクリックすると、拡大画像をご覧頂けます。


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File formats

 
Qlucore Omics Explorerは、下記のフォーマットファイルのダイレクトインポート、またはノーマライゼーションを行うことが可能です。

RNA-Seq
・Aligned BAM files
・10X Genome Cell Ranger output
・Salmon data (quant.sf)
・Arbitary count data (*.txt, *.tsv, *.csv)

Microarray
・Affymetrix 3', WT and Clariom S arrays CEL files
・Affymetrix Probe Set Files (*.chp)
・Agilent text files (*.txt)
・Agilent Gene View files (*.txt)
・BioArray Software Environment files (*.base)

Others
・Arbitary normalized data (*.txt, *.tsv, *.csv)
・TCGA data
・Geo Data Sets (*.soft and *.soft.gz)
・Geo Series Matrix(*.txt, *.txt.gz)


System Requirements


Windowsバージョン
Windows7 or Windows8 or Windows10 (32bitと64bitの両方に対応)
RAM: 1GB以上
A graphical card with support of at least Open GL 2.1

Macバージョン
OS 11 または 10.15まで
RAM: 1GB以上
A graphical card with support of at least Open GL 2.1

*CPUのマルチコアとマルチプロセッサーをフルに活用することが可能です。


NGS module


Qlucore Omics Exploreでは、別途有償の機能モジュールである「NGS module」を導入することにより、新たな機能を使用できる様になります。

統合されたゲノムブラウザー
変異データやカバレッジデータを用いた、ゲノムブラウザー上でのダイナミックなデータフィルタリング
BAM, VCF, GTF, BEDなど各種ファイルを、プロジェクトマネージャー上でドラッグ&ドロップするだけで、容易に取り込みが可能
BAMファイルからの変異コール機能、さらにChIP-Seq、ATAC-Seqのピークコール機能を搭載
オープンソースツールなどで検出した融合遺伝子リストのサークルプロット表示
 

*以下の画像をクリックすると、拡大画像をご覧頂けます。


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Case Studies


・免疫学研究
 Institute Pasteur, Paris, France

 慢性免疫介在性炎症性疾患における免疫システム研究  →詳細はこちら
・エピジェネティクス研究
 Cancer Genetics Program at the Hospital for Sick Children(SickKids) in Toronto, Canada

 腫瘍一次組織の血液DNAサンプルなどを用いた研究  →詳細はこちら

・トランスクリプトミクス解析
 University of Manchester, UK

 400サンプル以上のマイクロアレイデータのビジュアライゼーションなど  →詳細はこちら

・プロテオミクス解析
 The Center for Interdisciplinary Cardiovascular Sciences, Boston, US

 循環器疾患におけるプロテオミクス研究  →詳細はこちら

・RNA-Seq解析
 Stanford University, US

 拡張型心筋症におけるRNAシークエンスデータを用いた遺伝子発現解析  →詳細はこちら


デモ版ダウンロード


以下のアドレスからデモ版をダウンロードできます。
 https://www.qlucore.com/evaluation


価格


商品名 数量 税別価格 Cat.#
Qlucore Omics Explorer 年間1ライセンス/アカデミック ¥387,000 F-QOE-A
年間1ライセンス/コマーシャル ¥1,437,000 F-QOE-C
NGS module 年間1ライセンス/アカデミック ¥137,000 F-QNG-A
年間1ライセンス/コマーシャル ¥505,000 F-QNG-C
現地取扱説明
Qlucore Omics Explorer
現地取扱説明
1回 お問い合わせ F-QOE-TR
* データベースからのデータダウンロードを行うのに、インターネット接続が必要になります。
* 本ソフトウェアは、年間ライセンスとなります。2年目以降に使用する場合は、再度年間ライセンスを購入していただく必要があります。
* テクニカルサポートは、電話、あるいは、電子メールでの対応のみとなります。


技術資料



Webセミナー資料
・フィルジェンWebセミナー「公共データベースを用いたオミックス解析」(2020年11月27日)  
・フィルジェンWebセミナー「オミックスデータのクラスター解析」(2020年5月25日)  
・フィルジェンWebセミナー「シングルセルRNA-Seqのための情報解析」(2018年6月4日)  
・フィルジェンWebセミナー「Qlucore Omics Explorerを用いた遺伝子発現解析」(2015年9月29日)
日本語資料
・トライアルライセンスのインストール
・操作ガイド
Qlucore Omics Explorer Features
NGS module Features
How to Import Data


使用論文


References(Qlucore社サイト)

お問い合わせ バイオインフォマティクス部: biosupport@filgen.jp P.052-624-4388 https://filgen.jp/
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